專利名稱：：確定和確認樣品中存在hpv的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本公開涉及用于確定和確認樣品中存在靶核酸并對靶核酸進行基因分型的方法和組合物。背景生物樣品特別是臨床樣品的保存是必需的，以確保樣品可以連續(xù)用于各種水平的分析。經(jīng)常地，研究人員或醫(yī)師希望對單一的樣品進行多種測試，使得一個測試的結(jié)果可與其它的結(jié)果相關(guān)聯(lián)。而且，當(dāng)臨床樣品的獲得是困難的、令人不舒服或者令人痛苦時，優(yōu)選不對同一個受試者或患者進行多次采樣。因此，需要使在某些測試中使用的樣品量最少，從而使得可以對單一樣品進行的測試的數(shù)目最多。僅作為一個實例，宮頸樣品通常在婦科檢查過程中收集。當(dāng)觀察到這類樣品中異常的細胞學(xué)檢查結(jié)果時，通常有益于確定組織是否受到與宮頸癌有關(guān)的人乳頭瘤病毒(HPV)的感染。用于HPV感染的最常用的測試通常只能區(qū)分高危和低危HPV感染，而不能區(qū)分高危或低危HPV的各個種。在一些情況下，確定HPV感染的具體基因型可能是有用的。已經(jīng)為HPV16、18和45的特異性檢測開發(fā)了digeneHPV基因分型PS測試(PS測試)，意圖用作樣品的反射基因分型測試，定量地確定含有高危人乳頭瘤病毒(HR-HPV)。PS測試經(jīng)常用于對通過digenehc2HPV測試(HC2測試)鑒定的HR-HPV陽性樣品進行基因分型，HC2測試在美國專利Nos.4，849，331;4，849，332;4,849，334;4,908，306;5,411，857;5，643，715;5，712，092;5，876，922;5，952，487;5，958，674;6，107，086;和5,981,173中描述，每篇文件通過提述并入本文。PS測試和HC2測試都基于雜合體捕獲技術(shù)，其在許多參考文獻例如美國專利Nos.4，732，847;4，865，980;和6，228，578B1中描述，每篇文件通過提述并入本文。已經(jīng)證明PS測試與SpecimenTransportMedium(STM)介質(zhì)和通用的液基細胞學(xué)(LBC)介質(zhì)PreservCyt(PC)相容。然而，尚沒有測試其與另一種常用的LBC介質(zhì)SurePath的情況。此外，意圖使用PS測試分別檢測HPV基因型，這需要對于每種測試的基因型的每個患者樣本的分離的等分試樣。此外，一些樣本可能在定量測試之后缺少足夠的體積以對每個待評價基因型進行單獨測試。因此，開發(fā)以減少的體積在SP樣品中進行PS測試的材料和方法是有益的。
發(fā)明內(nèi)容本公開在各個方面和實施例中通過提供對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法致力于解決各種需求和問題。在一個方面中，提供了用于對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法，包括(a)通過如下方法產(chǎn)生第一檢測混合物，所述方法包括使樣品的一部分與第一探針組接觸，其中該第一探針組包括對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針，但是不包括對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針；(b)通過如下方法產(chǎn)生第二檢測混合物，所述方法包括使樣品的一部分與第二探針組接觸，其中該第二探針組包括對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針，但是不包括對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針；和(C)在如下條件下處理第一和第二檢測混合物，其中所述核酸探針與靶核酸的第一、第二和/或第三基因型特異性地雜交；和(d)檢測核酸探針與靶核酸的雜交，其中(i)在第一檢測混合物中雜交但在第二檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第一基因型；(ii)在第二檢測混合物中雜交但在第一檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第三基因型；和(iii)在第一檢測混合物和第二檢測混合物中均雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第二基因型。在一個方面中，靶核酸是HPV核酸。在一個方面中，該靶核酸的第一、第二和第三基因型選自下組HPV2，HPV3，HPV6，HPV10,HPVlI,HPV16,HPV18,HPV26,HPV27,HPV28,HPV29,HPV30,HPV31,HPV32,HPV33,HPV34,HPV35,HPV39,HPV42,HPV45,HPV51,HPV52,HPV53,HPV54,HPV56,HPV57,HPV58,HPV59,HPV64，HPV66,HPV67,HPV68,HPV69,HPV70,HPV73,HPV82,HPV84,HPV85,HPV86,HPV87和HPV94核酸。在一個方面中，該靶核酸的第一、第二和第三基因型是HPV16，HPV18和HPV45核酸。在一個方面中，樣品是保存在液基細胞學(xué)介質(zhì)中的臨床樣品。在一個方面中，液基細胞學(xué)介質(zhì)選自下組Preservcyt和SurePath。在一個方面中，核酸探針的雜交形成DNA:RNA雜合體。在一個方面中，DNA:RNA雜合體通過如下方法檢測，所述方法包括將DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。在一個方面中，靶核酸首先通過如下方法鑒定為靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括用能夠擴增靶核酸的第一、第二和第三基因型中每一種的至少一部分的共有引物擴增HPV核酸。在一個方面中，靶核酸通過包括定量PCR的方法擴增。在一個方面中，靶核酸首先通過如下方法鑒定為靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括將共有探針與靶核酸的基因型雜交，其中該共有探針對于靶核酸的第一、第二和第三基因型的每一種是特異的。在一個方面中，共有探針與第一、第二和/或第三HPV核酸的雜交產(chǎn)生DNA:RNA雜合體。在一個方面中，DNA:RNA雜合體通過如下方法檢測，所述方法包括使DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。在一個方面中，DNA:RNA雜合體通過如下方法檢測，所述方法包括使DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。在一個方面中，該方法包括、基本上由或者由如下構(gòu)成(I)對樣品進行定量PCR反應(yīng)以獲得存在HR-HPV基因型的初始指示；(2)進行雜合體捕獲測定法以確認存在HR-HPV的確定結(jié)果；和(3)進行PS測試以對樣品中確定存在的HR-HPV進行基因分型。附圖簡述圖I圖示了用于確定樣品中存在HPV的例示流程。圖2顯示了用于進行PS測試的例示流程。圖3比較了多重探針混合物與單一探針混合物用于檢測2pg/mL濃度質(zhì)粒DNA的靈敏性。發(fā)明詳述本公開涵蓋用于確定樣品中至少一種HPV核酸的基因分型的方法、組合物、試劑和試劑盒。這些方法、組合物、試劑、系統(tǒng)和試劑盒可用于臨床診斷目的，包括但不限于，確定和鑒定HPV感染的組織，并確定發(fā)生與HPV感染有關(guān)的病理狀態(tài)的風(fēng)險。在一個方面中，提供了用于對樣品中HPV核酸進行基因分型的方法，包括(a)通過如下方法產(chǎn)生第一檢測混合物，所述方法包括使樣品的一部分與第一探針組接觸，其中該第一探針組包含對于第一HPV核酸特異的核酸探針和對于第二HPV核酸特異的核酸探針，但是不包含對于第三HPV核酸特異的核酸探針；(b)通過如下方法產(chǎn)生第二檢測混合物，所述方法包括使樣品的一部分與第二探針組接觸，其中該第二探針組包含對于第二HPV核酸特異的核酸探針和對于第三HPV核酸特異的核酸探針，但是不包含對于第一HPV核酸特異的核酸探針；和(c)在如下條件下處理第一和第二檢測混合物，其中核酸探針與第一、第二和/或第三HPV核酸特異性地雜交；和(d)檢測核酸探針與HPV核酸的雜交，其中(i)在第一檢測混合物中發(fā)生雜交但在第二檢測混合物中不雜交，表明樣品包含第一HPV核酸；(ii)在第二檢測混合物中發(fā)生雜交但在第一檢測混合物中不雜交，表明樣品包含第三HPV核酸；(iii)在第一檢測混合物和第二檢測混合物中均發(fā)生雜交，表明樣品包含第二HPV核酸。A.樣品A.樣品任何樣品均可用作起始點，包括但不限于樣本或培養(yǎng)物(例如細胞、微生物和病毒培養(yǎng)物)，包括臨床和實驗生物學(xué)和環(huán)境樣品。生物樣品可來自動物，包括人，流體、固體(例如糞便)或組織，以及液體或固體食物和飼料產(chǎn)品和成分如乳品(dairyitem)、植物/蔬菜(vegetable)、肉類和肉類副產(chǎn)品，和廢物。環(huán)境樣品包括環(huán)境材料，如表面物質(zhì)、污物/土壤(soil)、水和工業(yè)樣品，以及從食物和乳品加工設(shè)施、設(shè)備、裝置、器皿、一次性和非一次性物品獲得的樣品。例示的生物樣品包括，但不僅限于，宮頸上皮細胞(例如從宮頸拭子獲得的樣品)、腺樣細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、腦脊液、胸膜液、乳汁、淋巴、痰和精液。在一個方面中，生物樣品被收集和儲存在收集介質(zhì)中。收集介質(zhì)具有多種功能，包括作為防腐介質(zhì)以保存核酸并抑制核酸酶，從而防止核酸在分析之前被降解。在一個方面中，收集介質(zhì)是基于洗滌劑的。沒有任何限制，例示的收集介質(zhì)包括見于美國專利公開No.US2010-0105060A1和美國專利公開No.US2010-0159463A1的那些，兩篇文件均通過提述以它們的整體并入本文。在一個方面中，基于洗滌劑的收集介質(zhì)包含如下，基本上由如下組成或者由如下組成1.0%NP-40,O.25%脫氧膽酸鈉，50mMTris-HCl,25mMEDTA,150mMNaCl和O.05%疊氮化鈉。在另一個方面中，基于洗滌劑的收集介質(zhì)包含如下，基本上由如下組成或者由如下組成約O.5%-約2.0%NP-40,約O.10%-約O.40%脫氧膽酸鈉，約25mM-約75mMTris-HCl,約IOmM-約50mMEDTA,約50mM_約200mMNaCl,和約O.01%-約O.10%疊氮化鈉。在另一個方面中，基于洗滌劑的收集介質(zhì)包含如下，基本上由如下組成或者由如下組成約O.8%-約I.5%NP-40,約O.20%-約O.40%脫氧膽酸鈉，約30mM-約60mMTris-HCl,約20mM-約40mMEDTA,約IOOmM-約200mMNaCl,和約O.025%-約O.075%疊氮化鈉。在另外一個方面中，基于洗滌劑的收集介質(zhì)包含如下，基本上由如下組成或者由如下組成約O.9%-約I.2%NP-40,約O.20%-約O.30%脫氧膽酸鈉，約30mM-約60mMTris-HCl,約20mM_約30mMEDTA,約IOOmM-約150mMNaCl,和約O.04%-約O.06%疊氮化鈉。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由NP-40和EDTA組成。在另一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由NP-40、EDTA和疊氮化鈉組成。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由脫氧膽酸鈉、EDTA和疊氮化鈉組成。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由NP-40、脫氧膽酸鈉、EDTA和疊氮化鈉組成。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由NP-40、脫氧膽酸鈉、Tris-HCl、EDTA和疊氮化鈉組成。在另一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由如下組成0.5%-約2.0%NP_40和IOmM-約50mMEDTA。在另一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由如下組成O.5%-約2.0%NP-40,IOmM-約50mMEDTA,和約O.01%-約O.10%疊氮化鈉。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由如下組成約O.10%-約O.40%脫氧膽酸鈉，IOmM-約50mMEDTA，和約O.01%-約O.10%疊氮化鈉。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由如下組成約O.5%-約2.0%NP-40,約O.10%-約O.40%脫氧膽酸鈉，IOmM-約50mMEDTA,和約O.01%-約O.10%疊氮化鈉。在一個方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由如下組成約O.5%-約2.0%NP-40,約O.10%-約O.40%脫氧膽酸鈉，約25mM-約75mMTris-HCl,約IOmM-約50mMEDTA,和約O.01%-約O.10%疊氮化鈉。在某些方面中，收集介質(zhì)包含、基本上由或者由如下組成1%ΝΡ-40,O.25%脫氧膽酸鈉，50mMTris-HCl,25mMEDTA,150mMNaCl和0.09%疊氮化鈉。該介質(zhì)在本文常常稱為Digene收集介質(zhì)或DCM。可將樣品收集在其它已知的收集介質(zhì)中，并可以用在本文所述的方法中。其它收集介質(zhì)的實例包括PRESERVCYT，SUREPATH,尿(urine)和STM(樣品/樣本傳輸介質(zhì))。在這些介質(zhì)的一些中收集的樣品在可對樣品中的核酸進行檢測和分析之前可需要處理。處理樣品(也稱作制備樣品)的多種方法是本領(lǐng)域已知的。例如，在介質(zhì)如PRESERVCYT中收集的用于細胞學(xué)分析的宮頸細胞樣品可以和基于洗滌劑的裂解緩沖液組合，然后添加包含核酸結(jié)合表面的磁珠。在另一個方面中，樣品可包含、由或者基本上由已從生物樣品提取的核酸組成。已知大量方法用于從生物學(xué)或環(huán)境樣品提取核酸，包括但不限于酚/氯仿提取；陰離子交換層析；氯化銫梯度超離心；大小排阻層析；和二氧化娃(silca)/離液鹽(chaotropicsalt)提取。如果期望包含特定核酸大小的樣品，則提取的核酸可通過凝膠電泳根據(jù)大小進一步分離，并從凝膠中提取。B.靶核酸如上文指出的，本文公開的方法涉及樣品中靶核酸的檢測和基因分型。靶核酸可為DNA或RNA或DNA和RNA兩者，并可為單鏈、雙鏈或部分單鏈的。靶核酸可包含在更大的核酸內(nèi)。靶核酸或包含所述靶核酸的更大核酸的檢測涵蓋于本公開。靶核酸可包括，但不限于，樣本或培養(yǎng)物(例如細胞、微生物和病毒培養(yǎng)物)中存在的核酸，包括生物學(xué)和環(huán)境樣品。所述靶核酸可存在于來自如下的生物樣品中動物包括人，流體、固體(例如糞便)或組織，以及液體和固體食品和飼料產(chǎn)品和成分如乳品(dairyitem)、植物/蔬菜、肉類和肉類副產(chǎn)品，和廢物。靶核酸可存在于環(huán)境樣品中，并包括環(huán)境材料如表面物質(zhì)、污物/土壤、水和工業(yè)樣品，以及從食物和乳品加工設(shè)施、設(shè)備、裝置、器皿、一次性和非一次性物品獲得的樣品。生物樣品中存在的靶核酸包括，但不限于，宮頸樣品(例如從宮頸拭子獲得的樣品)或?qū)m頸細胞樣品、腺樣細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、腦脊液、胸膜液、乳、淋巴、痰和精液。所述靶核酸可來自其它病毒、細菌、分枝桿菌或原質(zhì)團(plasmodia)，如巨細胞病毒(CMV)、單純皰疹病毒(HSV)、人免疫缺陷病毒(HIV)、H1N1、淋病奈瑟氏菌(GC)、沙眼衣原體(CT)、陰道毛滴蟲、金黃色葡萄球菌、結(jié)核分枝桿菌、SARS相關(guān)的冠狀病毒或流感病毒。在一個方面中，祀核酸與和如下任意一種樣品相關(guān)的核酸具有至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少98%、至少99%、或100%同一性宮頸樣品(例如從宮頸拭子獲得的樣品)或?qū)m頸細胞樣品、腺樣細胞、肛門上皮細胞、血液、唾液、腦脊液、胸膜液、乳、淋巴、痰、尿和精液、其它病毒、細菌、分枝桿菌或原質(zhì)團(plasmodia)，例如巨細胞病毒(CMV)、單純皰疹病毒(HSV)、人免疫缺陷病毒(HIV)、H1N1、淋病奈瑟氏菌(GC)、沙眼衣原體(CT)、陰道毛滴蟲、金黃色葡萄球菌、結(jié)核分枝桿菌、SARS相關(guān)的冠狀病毒或流感病毒。在一個方面中，所述靶核酸是HPV核酸。在另一個方面中，所述HPV核酸是HR-HPV類型的HPVDNA。在另一個方面中，所述HPV核酸是LR-HPV類型的HPVRNA。在另一個方面中，所述靶核酸是HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68，和82的任一種，或LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90，和91的任一種。在另一個方面中，靶定了多種靶核酸。在一個方面中，所述多種靶核酸由如下組成具有不同核苷酸序列的2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47,48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98，99，或100種核酸的組。可以使用任何靶定核酸的組。在一個方面中，選擇多種靶核酸，使得每一種均與其它靶核酸相關(guān)。作為實例而非限制，核酸的組可以是彼此結(jié)構(gòu)相關(guān)(例如基因家族的成員)；彼此功能相關(guān)(例如編碼致炎細胞因子的核酸)；彼此種系遺傳相關(guān)(例如對于病毒家族(如HPV家族病毒)的不同成員特異的核酸)；由于在不同細胞或組織類型中的差異表達而相關(guān)(例如巨噬細胞相關(guān)的核酸和前列腺相關(guān)的核酸)或者由于疾病狀態(tài)而相關(guān)(宮頸癌相關(guān)核酸)。在一個方面中，核酸的組是不相關(guān)的。在一個方面中，靶核酸的組包含、由或者基本上由HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68和82，或其任何亞組組成。在另一個方面中，靶核酸的組包含、由或者基本上由LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91，或其任何亞組組成。在另一個方面中，靶核酸的組包含、由或者基本上由HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59,66,68和82，或其任何亞組；和LR-HPV類型2，3,6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91，或其任何亞組組成。在另一個方面中，靶核酸與和如下任一者相關(guān)的核酸具有至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少98%、至少99%、或100%同一性HPV、HPV的遺傳變體、HR-HPV類型的HPVDNA或HR-HPV類型的HPVRNA。在另一個方面中，靶核酸與和如下相關(guān)的核酸具有至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少98%、至少99%、或100%同一性=HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68和82的任一種，或者LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，9O和91的任一種。在另一個方面中，HPV的亞組可首先鑒定為感染的候選物，然后可通過本文公開的方法對其進行特定的基因分型。大量的測試是商業(yè)上可得到的，用于確定樣品中高危核酸的存在，如可從QiagenGaithersburg,Inc得到的丨丨HPV測試。這些測試通常鑒定一組HPV核酸，所述核酸通過它們與病理狀況(如宮頸癌)的臨床關(guān)聯(lián)而相關(guān)。然而，它們一般不用于對感染的類型進行特定的基因分型。在一個方面中，選擇了三個核酸的組。作為實例而非限制，HPV16,HPV18和HPV45是與HPV相關(guān)宮頸癌的發(fā)生最常相關(guān)的三種HPV變體。因此，本方法可包括首先通過細胞學(xué)分析鑒定異常的宮頸細胞，確認樣品中存在HPV16，HPV18和HPV45之一，然后根據(jù)本文所述的方法進行基因分型。C.樣品制備在如上所述將樣品收集于收集介質(zhì)中之后，可將樣品用變性試劑處理以使靶核酸可以進行雜交。在一個方面中，樣品用堿性溶液變性。不受限制地，合適的堿包括NaOH和KOH。蛋白質(zhì)的堿處理有效地使樣本均質(zhì)化以確保給定樣品的分析結(jié)果的可再現(xiàn)性。還可以減少樣品的粘性而增加動力學(xué)，使樣品均質(zhì)化，并通過破壞樣品中的任何內(nèi)源單鏈RNA核酸、DNA-RNA雜合體或RNA-RNA雜合體而降低背景。還有助于使可存在于樣品中的酶如RNA酶和DNA酶失活。本領(lǐng)域的技術(shù)人員會意識到，如果RNA是所述靶核酸(與DNA相對)，不同的試劑可為優(yōu)選的，包括但不限于，酚提取和TCA/丙酮沉淀，和硫氰酸胍-酚-氯仿提取。可采用其它的變性方法，如使用加熱步驟，例如將樣品加熱到約95°C以分離核酸鏈。也可以使用酶，如解旋酶。P.檢測混合物在制備出用于雜交的含核酸樣品之后，將其分成2個等分試樣，使每個等分試樣與包含至少一種對于所測試的靶核酸的每個基因型特異的多核苷酸探針的探針組在足以使探針與樣品中的至少一種靶核酸雜交的條件下接觸。該至少一種多核苷酸探針可為全長的、截短的或合成的DNA，或者全長、截短或合成的RNA。在一個方面中，對于每個基因型使用多個多核苷酸探針。在一個方面中，提供了對于每個基因型特異的2、3、4、5、6、7、8、9或10種多核苷酸探針。在另一個方面中，選擇每種多核苷酸探針，使得僅對于一個基因型是特異的，并且在嚴(yán)格條件下不與任何其它的靶核酸交叉反應(yīng)。在另外一個方面中，對于每個基因型提供了至少兩種多核苷酸探針，其中每種多核苷酸探針與靶核酸的不同區(qū)雜交。作為實例，當(dāng)靶核酸包含HPV核酸時，可對于HPV核酸E6/E7和LI區(qū)的每一個選擇至少一種多核苷酸。在一個方面中，在檢測之前使用多核苷酸探針純化靶核酸。在這種情況下，每種多核苷酸探針可僅對于單一的基因型為特異的，或者可設(shè)計為在嚴(yán)格條件下與檢測混合物中靶定的每種基因型雜交。作為實例而非限制，可針對編碼特異基因產(chǎn)物的核酸的高度保守區(qū)設(shè)計多核苷酸探針，使得所述多核苷酸探針可預(yù)期在嚴(yán)格條件下與基本上全部的編碼該基因產(chǎn)物的核酸雜交。在一個方面中，多核苷酸探針能夠與如下核酸雜交或結(jié)合，所述核酸與和HPV、HPV遺傳變體、HR-HPV類型的HPVDNA或HR-HPV類型的HPVRNA、或HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68，和82之一的任一個、或LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91的任一個相關(guān)的核酸具有至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少98%、至少99%、或100%同一性。在另一個方面中，探針與HPV、HPV遺傳變體、HR-HPV類型的HPVDNA或HR-HPV類型的HPVRNA、或HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68，和82之一的任一個、或LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91的任一個互補。在另一個方面中，提供了多個多核苷酸探針，所述多個探針被選擇與檢測混合物中靶定的每種基因型雜交并將其純化。在一個方面中，所述多個多核苷酸探針能夠與由如下組成的靶核酸的組的每個核酸雜交=HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68和82核酸或其任何亞組。在一個方面中，所述多個多核苷酸探針能夠與由如下組成的靶核酸的組的每個核酸雜交=LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91或其任何亞組。在一個方面中，所述多個多核苷酸探針能夠與由如下組成的靶核酸的組的每個核酸雜交HR-HPV類型16，18，26，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66，68和82或其任何亞組；和LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70，71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91或其任何亞組。如果使用堿處理使所述靶核酸變性，則一個或多個多核苷酸探針可稀釋在探針稀釋液中，所述稀釋液也可以充當(dāng)中和雜交緩沖液(以中和堿性變性試劑)。用于DNA或RNA探針的探針稀釋液是不同的，因為DNA和RNA穩(wěn)定性所需的要求是不同的。例如，如果探針是RNA，優(yōu)選首先中和樣品然后添加探針，或者可選地，同時向樣品添加RNA探針和中和劑(探針稀釋液)，因為過多的堿性會破壞RNA。探針稀釋液可用于溶解和稀釋探針，并也有助于將樣品保持在約中性pH，例如約pH6至約pH9，而提供更有利的雜交環(huán)境。可使用足夠體積的探針稀釋液，優(yōu)選樣品體積的一半，來中和堿處理的樣品。對于全長探針，可向樣品添加熱堿性溶液，然后可在室溫向樣品添加探針稀釋液，隨后可再加熱樣品。這樣的方法能夠抑制二級結(jié)構(gòu)的形成。抗體傾向于不可逆地結(jié)合于具有二級結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)。當(dāng)使用非全長探針如截短的或合成的探針時，加熱溶液或樣品可為不需要的，因為不存在二級結(jié)構(gòu)問題。在一個方面中，當(dāng)使用截短的或合成的探針時，不加熱樣品。在用變性試劑處理之后，可以在合適的條件下向樣品添加中和緩沖液的等分試樣，在一個方面中為前述的探針稀釋液，其中溶解了一種或多種探針，以使探針與至少一種靶核酸發(fā)生雜交或結(jié)合。中和緩沖液可含有單一的緩沖鹽。在一個方面中，中和緩沖液不含有多于單一的緩沖鹽。雜交條件足以使一種或多種多核苷酸探針與樣品中可能存在的相應(yīng)互補核酸序列退火以形成雙鏈核酸雜合體。采用適于本文所述的特殊探針和稀釋液的雜交條件。例如，可將探針和樣品核酸溫育一定的雜交時間，優(yōu)選至少約5-約30分鐘，約5-約20分鐘，或者約7-約15分鐘，或者約10分鐘，以及在所述范圍內(nèi)足以使一種或多種多核苷酸探針與相應(yīng)的互補核酸序列退火的任何數(shù)字。雜交條件可包括如下的雜交溫度至少約65°C，約68.5°C，和約67。C-約70°C，以及所述范圍內(nèi)的任何數(shù)字。對于給定的至少一種靶核酸和給定探針，本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員能夠通過常規(guī)實驗容易地確定理想的雜交條件。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員會進一步意識到，雜交時間和溫度必須相對彼此進行優(yōu)化。因此，更高的雜交溫度可進行更短的時間，反之亦然。并非限制，可通過提高溫度、將離子條件增加至O.5M以上(例如NaCl)或降低PAA的濃度而控制嚴(yán)格雜交條件。作為實例而非限制，嚴(yán)格雜交條件可包括在高溫進行雜交反應(yīng)，如至少約65°C，至少約68.5°C，約67°C-約70°C，和約69°C-約70°C。嚴(yán)格雜交條件還可包括高溫，如至少約65°C，至少約68.5°C和約67°C-約70。Co核酸雜交的廣泛指導(dǎo)可見于Tijssen,LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology—HybridizationwithNucleicAcidProbes,第I部分第2章“Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidprobeassays，，，Elsevier,NewYork(1993);和CurrentProtocolsinMolecularBiology,第2章，Ausubel等編，GreenePublishingandffiley-Interscience,NewYork(1995),通過提述以其整體并入。就本目的而言，“嚴(yán)格條件”涵蓋如下條件，即只有雜交分子和靶序列之間有25%或更少的錯配時才會發(fā)生雜交。未來更精確的定義，“嚴(yán)格條件”可分解為嚴(yán)格性的特定水平。因此，如本文所使用的，“溫和嚴(yán)格性”條件是具有超過25%序列錯配的分子不雜交的條件；“中等嚴(yán)格性”條件是具有超過15%錯配的分子不雜交的條件；而“高嚴(yán)格性”條件是具有超過10%錯配的序列不雜交的條件。“非常高嚴(yán)格性”條件是具有超過6%錯配的序列不雜交的條件。關(guān)于獲得特定嚴(yán)格性程度所需的雜交條件的計算也由Sambrook等(編)，MolecularCloning:ALaboratoryManual,第二版，1-3卷，ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,N.Y.,1989,第9和11章討論,通過提述以其整體并入本文。在一個方面中，雜交步驟在50。C在約15-25分鐘內(nèi)；在50。C在約20_25分鐘內(nèi)；或者在50°C在約22.5分鐘內(nèi)完成。在一個方面中，通過將樣品懸浮在收集介質(zhì)中，用變性劑使靶核酸變性，并將靶核酸與懸浮在中和緩沖液中的核酸探針雜交而形成每種檢測混合物。在另一個方面中，中和緩沖液是包含2.2MBES(N,N-雙(2-羥乙基)-2-氨基乙磺酸)，2.6%聚丙烯酸，O.7NNaOH和O.05%疊氮化鈉的探針稀釋液。E.檢測丨在使探針與至少一種靶核酸雜交并形成雙鏈核酸雜合體之后，對雜合體進行檢測。在一個方面中，雜合體在檢測之前首先固定于固相。將雜合體固定于固相之后，通過洗掉未捕獲的核酸可將捕獲的雜合體與樣品的其余部分分離。然后對核酸雜合體進行檢測。在一個方面中，探針或者固定于固相(如通過共價鍵)或者適于固定于固相(如藉由抗生蛋白鏈菌素-生物素相互作用)。在這種情況下，核酸探針與靶核酸的雜交會導(dǎo)致靶核酸固定于固相。在另一個方面中，核酸不固定或者不適于固定于固相。在這種情況下，雜合體可通過使其與抗雜合體抗體接觸而固定于固相。在另一個方面中，抗雜合體抗體在捕獲該雙鏈核酸雜合體之前固定在支持物上。將抗體固定于固體支持物的方法是本領(lǐng)域公知的。作為實例而非限制，抗體可共價連接于固體支持物。作為另一個實例，抗體可吸附在固相上，例如藉由蛋白-蛋白相互作用、蛋白-G珠、生物素-抗生蛋白鏈菌素相互作用、EDAC與羧基或甲苯磺酰基等連接，或者使用例如親和柱中的序列特異性核酸直接雜交到固體支持物上。在另一個方面中，抗雜合體抗體可在固定到固體支持物上之前與雙鏈核酸雜合體復(fù)合。作為實例而非限制，抗雜合體抗體可與生物素標(biāo)簽綴合，而支持物可與抗生蛋白鏈菌素基團綴合。然后在沒有固體支持物的情況下可得到抗雜合體抗體/雙鏈核酸雜合體復(fù)合物。在向反應(yīng)混合物添加固體支持物時，抗雜合體抗體/雙鏈核酸雜合體復(fù)合物通過生物素綴合物和抗生蛋白鏈菌素基團之間的相互作用固定于固體支持物。一旦固定，即可進行檢測。在一個方面中，雜合體可通過將可檢測標(biāo)記的第二核酸探針與靶核酸雜交加以檢測。在另一個方面中，通過使雜合體與特異結(jié)合雙鏈核酸雜合體的分子接觸而檢測雜合體。對于雙鏈核酸雜合體特異的分子包括，但不限于，單克隆抗體、多克隆抗體、蛋白質(zhì)如但不限于RNAseH、核酸包括但不限于適體或序列特異性核酸。適體是隨機序列的短的伸展，其通過與靶物雜交、擴增該雜交的適體和重復(fù)該選擇過程而從連續(xù)地選自序列的文庫。與雙鏈核酸雜合體特異性結(jié)合的分子可被可檢測地標(biāo)記。在一個方面中，在雜交時，探針與靶核酸形成DNA=RNA雜合體。在這種情況下，可通過使用對于雙鏈DNA:RNA雜合體特異的抗體對固定的雜合體進行檢測。抗體可直接或間接地被可檢測標(biāo)記，并可為單克隆或多克隆抗體。在一個方面中，第二抗體是單克隆的。在另一個方面中，抗體用可檢測標(biāo)志直接標(biāo)記且是單克隆的。在一個方面中，抗體具有標(biāo)簽，其必須與底物反應(yīng)以提供可檢測的信號。所述抗體可溶解在合適的緩沖液中。在一個方面中，所述緩沖液包含IOOmMTrisHCl,pH7.4,O.5MNaCl,O.ImMZnCl2，I.OmMMgCl2,O.25%Tween20,O.2mg/mlRNaseA,4%羥丙基_b_環(huán)糊精(環(huán)糊精)，如先前討論的30%珠稀釋緩沖液，O.05%羊IgG，O.05%疊氮化鈉。在一個方面中，在雜交時，探針與靶核酸形成DNA=RNA雜合體，使用對于雙鏈DNAiRNA雜合體特異的抗體將雜合體固定于固相，并用對于雙鏈DNA=RNA雜合體特異的第二抗體對其進行檢測。固體支持物包括但不限于珠；磁珠，包括順磁的、反磁的、強磁的/鐵磁的、強磁的/鐵磁的和反磁的珠、柱子、板、濾紙、聚二甲基娃氧燒(PDMS);浸潰片(dipstick);涂覆的管、板和盤；和樹脂柱。可以使用任何支持物，只要它允許液相的提取并提供分離出結(jié)合的與未結(jié)合的抗體的能力。順磁珠是特別有用的，因為在施加磁場固定珠時，它們能夠被留在溶液中并且液相可以被提取或傾析。小而且具有高表面積的珠是優(yōu)選的，如直徑約Iym的珠。也可以使用其它利用電荷轉(zhuǎn)換或二氧化硅捕獲(與磁場相對)的珠。在一個方面中，將雜合體與附接于支持物的抗雜合體抗體溫育足夠長的時間，以允許固定的抗雜合體抗體捕獲雙鏈核酸雜合體。在一個方面中，支持物是珠。抗雜合體抗體可為單克隆的或多克隆的。在一個方面中，抗體是單克隆的。在一個方面中，抗體通過I-乙基-3-[3-二甲氨基丙基]碳二亞胺鹽酸鹽(EDAC)接頭與支持物偶聯(lián)。在一個方面中，支持物是聚苯乙烯珠。在一個方面中，與抗體偶聯(lián)的支持物或珠稀釋在珠稀釋緩沖液中。該珠稀釋緩沖液有助于使珠上蛋白質(zhì)的變性最小化。珠稀釋緩沖液的一個實例包含6%酪蛋白，IOOmMTris-HCl,300mMNaCl,和O.05%疊氮化鈉。在一個方面中，將用抗雜合體抗體涂覆的珠與樣品在約67°C-約70°C溫育約30分鐘。在另一個方面中，珠和樣品在約68°C-約69°C溫育約30分鐘。在另外一個方面中，珠和樣品在約68.5°C溫育30分鐘。溫育時間的范圍可為約5分鐘-約60分鐘，約15分鐘-約45分鐘，約20分鐘-約40分鐘，或者所述范圍內(nèi)的任何數(shù)字，并且一般地與溫度成反比。本領(lǐng)域的技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)會理解，可以改變溫育時間、溫度和/或振蕩條件以實現(xiàn)期望的可選擇的捕獲動力學(xué)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員會理解，可使用任何可檢測標(biāo)簽，如但不限于，酶、放射性分子、熒光分子、或金屬顆粒如金顆粒。在某些方面中，可檢測標(biāo)簽可為堿性磷酸酶。將標(biāo)簽與抗體綴合的方法是已知的。例如，可用二硫蘇糖醇(DTT)將抗體還原以產(chǎn)生單價抗體片段。然后可將還原的抗體通過Ishikawa等J.Immunoassay4:209-237(1983)和Means等，Chem.1:2-12(1990)的方法直接綴合于馬來酸化的堿性磷酸酶，所述文獻每篇的內(nèi)容通過提述以其整體并入本文，并可通過HPLC純化最終的綴合物。所述綴合物可使用任何類型的大小排阻層析純化。純化的一個益處是一個蛋白與一個抗體的綴合物可與具有其他蛋白-抗體比例的綴合物分離。在另一個方面中，雙鏈核酸雜合體可用非直接標(biāo)記的第二抗雜合體抗體檢測。例如，第二抗體可為小鼠免疫球蛋白，其可通過標(biāo)記的羊抗小鼠抗體加以檢測。存在于被標(biāo)記固體支持物上的標(biāo)簽可用于鑒定靶核酸的特定基因型。探針或檢測抗體上的標(biāo)簽可傳達有關(guān)純化的每種靶核酸的量的信息，而且除此之外，可傳達關(guān)于靶核酸的基因型的額外信息。用于檢測各種標(biāo)簽的方法是本領(lǐng)域已知的。例如，Coutlee等，J.Clin.Microbiol.27:1002-1007(1989)描述了比色法、放射性、表面等離子體共振或化學(xué)發(fā)光法，該文件內(nèi)容通過提述以其整體并入本文。例如，使用試劑如LUMI-PH0S530試劑(Lumigen,Detroit,Ml)或DR2(AppliedBiosystems,FosterCity,CA),使用檢測器如E/LUMINA發(fā)光計(SourceScientificSystems,Inc.,GardenGrove,CA),0PT0C0MPI發(fā)光計(MGMInstruments,Hamden,CT)等，如TurnerBiosystems的Veritas微孔板發(fā)光計通過化學(xué)發(fā)光檢測結(jié)合的堿性磷酸酶綴合物。也可以順序或平行使用多種檢測技術(shù)。例如，可通過化學(xué)發(fā)光和熒光檢測綴合物。在另一個方面中，可通過化學(xué)發(fā)光檢測偶聯(lián)物。使用不同的綴合物檢測技術(shù)的檢測器可為例如以模塊的方式可逆或不可逆附接于能夠執(zhí)行用于確定樣品中是否存在至少一種靶核酸的方法的儀器。本文所用的所有探針可為短的合成RNA探針，其僅特異性結(jié)合至少一種靶核酸。實例在美國專利申請公開No.US2009-0298187A1中描述，該文件內(nèi)容通過提述以其整體并入本文。本公開還提供了測定組合物、探針和條件，其中與標(biāo)準(zhǔn)的FDA批準(zhǔn)的HPV測定和探針組相比，HR-HPV探針組與LR-HPV類型之間的交叉反應(yīng)性被顯著減少。在一個方面中，HPV高危探針組選自下組HPV高危類型16，18，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59,66，68和82，或LR-HPV類型2，3，6，7，10，11，13，27，28，30，32，40，42，43，53，54，55，61，62，67，69，70,71，72，74，81，83，84，85，86，87，89，90和91。使用本測定及這些HR-HPV探針，LR-HPV類型與HR-HPV探針之間的交叉反應(yīng)性減少。參見，例如，美國專利申請公開No.US2009-0298187A1。本公開還提供了用于檢測癌癥例如宮頸癌的方法和測定，其是通過檢測樣品中至少一種靶核酸，如HPV，的存在來進行的。本領(lǐng)域的技術(shù)人員會理解，本發(fā)明可以在大量平臺上進行，包括但不限于，管、浸潰片、微陣列、微孔板、384孔板、其它微滴定板和微流體系統(tǒng)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員會理解，與發(fā)展中國家相關(guān)地，本發(fā)明對于涉及移動液體的步驟可利用低技術(shù)方法，如滴瓶、橡皮球、Pasteur吸管或噴射瓶(squirtbottle)。這些設(shè)備可在測定所需的大致范圍內(nèi)傳遞相對精確的體積。在一個方面中，本公開的方法不包括自動移液器或其它電池供電或能量供電的移液設(shè)備。實施例I.SP樣品反射基因分型PS測試(reflexgenotypingPStest)是用于對已經(jīng)定量確定為HR-HPV陽性的樣品進行基因分型的非靶物擴增平臺。用于PS測試的樣品輸入體積與用于STM、PC和SurePath介質(zhì)的HC2篩選測試所需的樣品輸入體積相同。LBC介質(zhì)的樣品制備也和進行HC2測試所需的制備相同。為了證明SurePath介質(zhì)與基因分型PS測試的相容性，使用了SurePath宮頸樣本。此外，為了證明STM和SurePath溶液樣本之間的等同性，對每種介質(zhì)中HPV靶物的回收進行了檢查和比較。用SurePath臨床樣品證明，PS測試不僅與STM和PC相容，而且與SurePath介質(zhì)相容。PS測試在SurePath臨床樣本中在每個測定5000或更高拷貝下可檢測到HPV16、18和/或45感染，結(jié)果得到了qPCR的確認。此外，結(jié)果證明，HPVDNA的回收對于STM和SurePath介質(zhì)是等同的。每種樣本類型均根據(jù)其各自的加工/變性程序進行了處理,并用PS測試進行了測試。以定量PCR(qPCR)用作參考或確認方法，對HPV基因分型探針組測試(PS)與SurePath樣本的相容性進行了評價。使用HC2測試產(chǎn)生了宮頸樣本中樣品是否含有高危人乳頭瘤病毒(HR-HPV)的定量信號。HC2測試在700μL的SurePath樣本上進行。在本研究中鑒定和使用了50個HC2陽性和10個HC2陰性樣本。從每個樣品，將粗SurePath的250μL等分試樣轉(zhuǎn)移到微離心管中用于DNA分離。將細胞通過離心沉淀，并重懸于200μL的IOOmMTrispH8.O中。向每個樣品添加含有80:20比例的緩沖液ATL和蛋白酶K的緩沖溶液。樣品以600rpm振蕩在60°C溫育2小時。用蛋白酶K消化后,使用Anmp:l<.:|vnnl」ute坤VirusSpin試劑盒根據(jù)制造商的規(guī)程對樣品進行處理。在三個分離的PCR反應(yīng)中，進行qPCR分析作為參考，以確定HPV16，18和/或45的存在和病毒載量(viralload)。在HC2測試和用于qPCR的樣品制備之后，剩余的SurePath體積Γ1850μL)通過離心加以沉淀。棄去上清，將細胞重懸于150μL的STM和75μL的變性試劑中。隨后，向三個分離的孔轉(zhuǎn)移75μL以單獨地鑒定基因型。將樣品變性并將DNA=RNA雜合體捕獲到HC2捕獲板上，并藉由與堿性磷酸酶綴合的專用雜合體特異性抗體進行檢測。最后，添加化學(xué)發(fā)光底物，用發(fā)光計閱讀這些孔以測量相對光單位(RLU)。如果RLU值/截止值(RLU/C0)大于或等于I.3，則將樣品分類為對基因型陽性。結(jié)果示于表I中RLU/COPS測試結(jié)果qPCR測試結(jié)果不一致0.8-0.95OO~1.0-1.22OO~I.3-1.94O(4)2.0-4.932O)>5.01312O)表I總共有16個測試樣本以PS測試測試為陽性樣本，總共有20個陽性結(jié)果，包括4個多重感染。在所有測試的樣品中，根據(jù)PS測試，60個樣本中有56個(93.3%)的結(jié)果與qPCR一致(4個不一致)，而有174/180(96.7%)的基因型結(jié)果與qPCR—致(6個不一致)。所有的不一致結(jié)果均為PS陽性和qPCR陰性。II.PreservCyt樣品PS測試的意欲用途是分別檢測多重HPV基因型，這需要每個患者樣本的多個等分試樣。在HC2測試之后，一些PC樣本可缺乏足夠的體積用于期望的測試數(shù)目。采用探針雞尾酒(cocktailing)可限制所需測試的數(shù)目，并提供顯著減少樣本輸入體積的可選擇的解決方案。在本研究中使用了28個HC2陽性的PC樣本。根據(jù)對于介質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)HC2轉(zhuǎn)換規(guī)程，對12mlPC樣本進行了處理。對來自每種變性樣本的6個等分試樣同時進行了PS測試。使用三種單獨探針的混合物，其中每種探針混合物僅含有一種類型特異性探針，三次測試分別檢測了HPV16、18和45。對每個樣本進行了三次額外的測試以一起檢測兩種或更多種基因型。為了在單次測試中檢測超過一種靶物，將兩種或三種單獨的探針組合入單一的混合物。使用多探針雞尾酒在一次測試中一起檢測HPV16和18，一起檢測HPV18和45，以及全部三種類型。通過使用探針雞尾酒檢測濃度為2pg/ml的HPV質(zhì)粒對分析性能進行評價。結(jié)果表示為相對光單位比截止值(RLU/C0)。實驗根據(jù)表2中所列的方案進行。權(quán)利要求1.提供了一種用于對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法，其包括(a)通過如下方法產(chǎn)生第一檢測混合物，所述方法包括將所述樣品的一部分與第一探針組接觸，其中所述第一探針組包含對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針，但是不包含對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針；(b)通過如下方法產(chǎn)生第二檢測混合物，所述方法包括將所述樣品的一部分與第二探針組接觸，其中所述第二探針組包含對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針，但是不包含對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針；和(C)在如下條件下處理第一和第二檢測混合物，其中所述核酸探針與靶核酸的第一、第二和/或第三基因型特異性地雜交；和(d)檢測所述核酸探針與靶核酸的雜交，其中(i)在第一檢測混合物中雜交但在第二檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第一基因型；()在第二檢測混合物中雜交但在第一檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第三基因型；和(iii)在第一檢測混合物和第二檢測混合物中均雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第二基因型。2.權(quán)利要求I的方法，其中所述靶核酸是HPV核酸，并且所述靶核酸的第一、第二和第三基因型選自下組HPV2,HPV3,HPV6,HPV10,HPVlI,HPV16,HPV18,HPV26,HPV27,HPV28,HPV29，HPV30,HPV31,HPV32,HPV33,HPV34,HPV35,HPV39,HPV42,HPV45,HPV51,HPV52,HPV53,HPV54,HPV56,HPV57,HPV58,HPV59,HPV64,HPV66,HPV67,HPV68,HPV69,HPV70,HPV73,HPV82,HPV84,HPV85,HPV86,HPV87和HPV94。3.權(quán)利要求2的方法，其中所述靶核酸的第一、第二和第三基因型是HPV16，HPV18和HPV45。4.權(quán)利要求1-3中任一項的方法，其中樣品是保存在液基細胞學(xué)介質(zhì)中的臨床樣品。5.權(quán)利要求4的方法,其中所述液基細胞學(xué)介質(zhì)選自下組=Preservcyt和SurePath。6.權(quán)利要求1-5中任一項的方法，其中所述核酸探針的雜交形成DNA:RNA雜合體。7.權(quán)利要求6的方法，其中DNA:RNA雜合體通過如下方法進行檢測，所述方法包括將所述DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。8.權(quán)利要求1-7中任一項的方法，其中通過如下方法將所述靶核酸首先鑒定為是所述靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括用能夠擴增所述靶核酸的第一、第二和第三基因型中每一種的至少一部分的共有引物擴增所述靶核酸。9.權(quán)利要求8的方法，其中所述靶核酸通過包括定量PCR的方法進行擴增。10.權(quán)利要求1-9中任一項的方法，其中通過如下方法將所述靶核酸首先鑒定為是所述靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括將共有探針與所述靶核酸雜交，其中該共有探針對于所述靶核酸的第一、第二和第三基因型的每一種是特異的。11.權(quán)利要求10的方法，其中所述共有探針與第一、第二和/或第三HPV核酸的雜交產(chǎn)生DNA:RNA雜合體。12.權(quán)利要求11的方法,其中DNA:RNA雜合體通過如下方法進行檢測，所述方法包括將所述DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。13.權(quán)利要求6的方法，其中DNA:RNA雜合體通過如下方法進行檢測，所述方法包括將所述DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。14.權(quán)利要求I的方法，包括(I)對樣品進行定量PCR反應(yīng)以獲得存在HR-HPV基因型的初始指示；(2)進行雜合體捕獲測定法以確認對存在HR-HPV的確定；和(3)進行PS測試以對確定存在于所述樣品中的HR-HPV進行基因分型。全文摘要本發(fā)明提供了用于對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法。在各種方面中，這些方法包括在特異針對興趣基因型的探針和靶核酸之間產(chǎn)生核酸雜合體，和檢測樣品中的雜交。在其它方面中，這些方法包括使用多探針混合物，以減少確定靶核酸基因型所需的樣品體積。文檔編號C12Q1/68GK102822353SQ201180016276公開日2012年12月12日申請日期2011年1月28日優(yōu)先權(quán)日2010年1月29日發(fā)明者I.納扎倫科申請人:奇亞根蓋瑟斯堡股份有限公司