快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC及應(yīng)用方法
【專利摘要】本發(fā)明提出了一種快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC及應(yīng)用方法，分子標記的正向引物序列：Wx-YMZCF：TCACCATTCCTTCAGTTCTT，反向引物序列：Wx-YMZCR：TCTGAATAAGAGGGGAAACA。應(yīng)用方法為：1）提取待查水稻基因的DNA；2）對待查水稻基因組DNA進行PCR擴增；3）反應(yīng)產(chǎn)物用10%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測比對Wx基因中(CT)n類型；4）反應(yīng)產(chǎn)物經(jīng)過AccⅠ酶切后用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測比對Wx基因中G/T的堿基類型。利用本發(fā)明的新型分子標記Wx-YMZC只需要一次PCR擴增反應(yīng)以及一次酶切反應(yīng)就可檢測檢測出Wx基因中(CT)n類型和G/T的堿基類型，不僅使實驗更加簡單，而且降低了實驗成本，同時準確率較高。
【專利說明】快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC及應(yīng)用方法
【技術(shù)領(lǐng)域】:
[0001]本發(fā)明涉及水稻直鏈淀粉基因Wx的相關(guān)分子標記方法，特別是快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC及應(yīng)用方法，屬于分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，可用于水稻直鏈淀粉分子標記輔助選擇育種和種質(zhì)的分型鑒定。
【背景技術(shù)】:
[0002]水稻是全球人類賴以生存的最重要糧食作物之一，世界上近半人口以水稻為食。隨著人們對水稻產(chǎn)量要求的不斷提高，越來越多的消費者開始逐漸追求優(yōu)質(zhì)稻米。直鏈淀粉含量是影響稻米品質(zhì)最重要的因素，直鏈淀粉主要由Wx基因編碼的顆粒性結(jié)合淀粉合成酶(GBSS)催化合成， 不同Wx基因類型的材料其直鏈淀粉含量存在差異。
[0003]Wx基因(Waxy gene, Wx)也稱為臘質(zhì)基因,位于第6號染色體的短臂上(Lwata etal.，1971)，是控制直鏈淀粉含量的最主要基因，由14個外顯子和13個內(nèi)含子構(gòu)成，包括編碼區(qū)以及3’端和5’端旁側(cè)在內(nèi)的序列，全長5499bp (Wang et al.，1990)。水稻W(wǎng)x基因前導(dǎo)序列的第一內(nèi)含子5’端剪切位點的上游55bp處存在一段(CT)n的重復(fù)序列，研究表明該(CT)n的重復(fù)序列與直鏈淀粉含量存在顯著關(guān)系(舒慶堯等，1998)。此外，在水稻W(wǎng)x基因第一內(nèi)含子5’端+1的+713bp位置處存在一個G置換為T的堿基突變，該位點的突變明顯改變了 Wx基因的剪接效率，大量研究表明，該位點的剪接效率與直鏈淀粉含量是直接相關(guān)的(王宗陽等，1993)。同時對這兩個基因位點進行檢測和選擇，可為后期稻米品質(zhì)的直鏈淀粉含量改良提供更好的基礎(chǔ)。
[0004]傳統(tǒng)的常用檢測方法是使用484/485分子標記檢測Wx基因中(CT) η的重復(fù)數(shù)(下標η為重復(fù)次數(shù))，使用PCR-Acc I分子標記檢測Wx基因中G/T的堿基類型。使用的引物不同，且需要進行兩次獨立的不同PCR擴增反應(yīng)以及一次酶切反應(yīng)，實驗程序較繁瑣。
[0005]參考文獻
[0006][I]Lwata N, Omura T.Linkage analysis by re-ciprocal translocationmethod in rice plant(Oryza sativa L.)II:Linkage groups corresponding tothe chromosome5,6,7,8,9,IOandlI[J].Sc1.Bull.Fac.Agr., Kyushu Univ.,1971,25:802-804.[0007][2]Macdonald F D,Preiss J.Partial purification and characterization ofgranule-bound starch synthases from normal and waxy maize[J].Plant physiology,1985,78(4):849-852.[0008][3]Wang Z Y, Wu Z L, Xing Y Y, et al.Nucleotide sequence of rice waxygene[J].NuclAcicls Res,1990，18(19):5898.[0009][4]舒慶堯，徐光華，夏英武，等.稻米表觀直鏈淀粉含量研究進展(綜述)[J].浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報，1998，10 (I):47-54.[0010][5]王宗陽，鄭霏琴，高繼平.水稻蠟質(zhì)基因中兩種類似轉(zhuǎn)座因子的順序[J].中國科學(xué)(B 輯)，1993,23(6):598-603.[0011][6]Murray M G, Thompson W F.Rapid isolation of high molecular weightplant DNA[J].Nucleic Acids Research,1980,8(19).
【發(fā)明內(nèi)容】
:
[0012]本發(fā)明的目的是提出一種新型分子標記Wx-YMZC及其相應(yīng)的檢測方法，對水稻直鏈淀粉種質(zhì)進行分型鑒定，可以達到較高的準確率，提高檢測效率。
[0013]本發(fā)明是這樣實現(xiàn)的。設(shè)計一對引物:其正向引物序列=Wx-YMZCF:TCACCATTCCTTCAGTTCTT,反向引物序列:Wx-YMZCR:TCTGAATAAGAGGGGAAACA，命名為Wx-YMZC分子標記。該分子標記用于鑒定水稻直鏈淀粉Wx基因的種質(zhì)和分型。
[0014]利用上述Wx-YMZC分子標記鑒定水稻直鏈淀粉Wx基因的種質(zhì)和分型的方法，其步驟為:
[0015]1.提取待查水稻基因的DNA ;
[0016]2.對待查水稻基因組DNA進行PCR擴增；
[0017]PCR擴增總體系為10 μ L,具體成分如下:
【權(quán)利要求】
1.一種快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC,其特征在于其正向引物序列:Wx-YMZCF:TCACCATTCCTTCAGTTCTT，反向引物序列:Wx-YMZCR:TCTGAATAAGAGGGGAAACA，命名為 Wx-YMZC 分子標記。
2.一種快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC應(yīng)用方法，其特征在于其步驟為: 1)、提取待查水稻基因的DNA； 2)、對待查水稻基因組DNA進行PCR擴增； PCR擴增總體系為10 μ L，具體成分如下:
【文檔編號】C12Q1/68GK103725774SQ201310488947
【公開日】2014年4月16日 申請日期:2013年10月18日 優(yōu)先權(quán)日:2013年10月18日
【發(fā)明者】張再君, 邱東峰, 殷明珠, 辜大川, 楊金松 申請人:湖北省農(nóng)業(yè)科學(xué)院糧食作物研究所