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用于檢測人類ROS1融合基因的核酸、試劑盒及方法與流程

文檔序號:11145793閱讀:來源:國知局

技術特征:

1.用于檢測人類ROS1融合基因的核酸組,其特征在于,該核酸組包括以下S01~S12的12種ROS1融合基因變體類型的檢測引物對的一組或多組:

S01:CD74:ROS1(C6:R32)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID NO.2所示;

S02:SDC4:ROS1(S2:R32)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.4和SEQ ID NO.2所示;

S03:SDC4:ROS1(S4:R32)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.5和SEQ ID NO.2所示;

S04:SLC34A2:ROS1(S4:R32)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.6和SEQ ID NO.2所示;

S05:SDC4:ROS1(S4:R34)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.7和SEQ ID NO.8所示;

S06:CD74:ROS1(C6:R34)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.10和SEQ ID NO.8所示;

S07:EZR:ROS1(E10:R34)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.11和SEQ ID NO.8所示;

S08:SLC34A2:ROS1(S4:R34)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.12和SEQ ID NO.8所示;

S09:TPM3:ROS1(T8:R35)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.13和SEQ ID NO.14所示;

S10:LRIG3:ROS1(L16:R35)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.16和SEQ ID NO.14所示;

S11:GOPC:ROS1(G8:R35)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.17和SEQ ID NO.14所示;

S12:GOPC:ROS1(G4:R36)的檢測引物對:核苷酸序列如SEQ ID No.18和SEQ ID NO.19所示。

2.如權利要求1所述核酸組,其特征在于,還包括用于熒光RT-PCR檢測時,各基因相應的如下檢測探針:

S01:CD74:ROS1(C6:R32)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;

S02:SDC4:ROS1(S2:R32)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;

S03:SDC4:ROS1(S4:R32)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;

S04:SLC34A2:ROS1(S4:R32)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;

S05:SDC4:ROS1(S4:R34)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;

S06:CD74:ROS1(C6:R34)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;

S07:EZR:ROS1(E10:R34)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;

S08:SLC34A2:ROS1(S4:R34)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示;

S09:TPM3:ROS1(T8:R35)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;

S10:LRIG3:ROS1(L16:R35)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;

S11:GOPC:ROS1(G8:R35)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示;

S12:GOPC:ROS1(G4:R36)的檢測探針:核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示,上述檢測探針的5’端標記熒光基團,3’端標記淬滅基團。

3.如權利要求2所述核酸組,其特征在于,還包括用于每組基因檢測的內部質控,所述內部質控包括質控引物對和質控探針,所述質控引物對的核苷酸序列如SEQ ID No.21和SEQ ID No.22所示,所述質控探針的核苷酸序列如SEQ ID No.23所示,所述質控探針的5’端標記有不同于所述檢測探針的熒光基團,3’端標記淬滅基團。

4.如權利要求1-3中任一所述的核酸組,其特征在于,還包括S01~S12的12種ROS1融合基因變體類型中的一組或多組如下的陽性對照品:

S01:CD74:ROS1(C6:R32)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.24所示;

S02:SDC4:ROS1(S2:R32)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.25所示;

S03:SDC4:ROS1(S4:R32)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.26所示;

S04:SLC34A2:ROS1(S4:R32)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.27所示;

S05:SDC4:ROS1(S4:R34)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.28所示;

S06:CD74:ROS1(C6:R34)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.29所示;

S07:EZR:ROS1(E10:R34)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.30所示;

S08:SLC34A2:ROS1(S4:R34)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.31所示;

S09:TPM3:ROS1(T8:R35)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.32所示;

S10:LRIG3:ROS1(L16:R35)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.33所示;

S11:GOPC:ROS1(G8:R35)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.34所示;

S12:GOPC:ROS1(G4:R36)的陽性對照品:含有核苷酸序列如SEQ ID No.35所示。

5.一種用于檢測人類ROS1融合基因的試劑盒,其特征在于,該試劑盒包括如權利要求1-4中任一所述的核酸組。

6.如權利要求5所述的試劑盒,其特征在于,該試劑盒用于熒光RT-PCR檢測,其中,所述熒光基團為FAM、JOE、CY3、HEX、VIC中任意一種,所述淬滅基團為MGB、BHQ1、TAMRA、BHQ2中任意一種。

7.如權利要求6所述的試劑盒,其特征在于,該試劑盒內包括:

不同基因類型的檢測試劑:每一個ROS1融合基因變體的檢測引物和檢測探針在一個反應體系中,該基因類型的反應體系中還含有質控引物對和質控探針,以及PCR緩沖液,構成一管該基因類型的檢測試劑;

一管含反轉錄酶和DNA聚合酶的酶試劑;

有陽性對照品的,還有一管陽性對照品混合液,陽性對照混合液內含與該試劑盒內所有檢測引物基因類型相應的該種ROS1融合基因類型的陽性對照品。

8.如權利要求5所述的試劑盒,其特征在于,試劑盒中包括全部12種ROS1融合基因類型的檢測引物對和檢測探針,每種基因類型的檢測引物和探針,連同質控引物對和質控探針以及PCR緩沖液獨立包裝在一管內。

9.如權利要求6-8任一所述試劑盒的使用方法,其特征在于,用于熒光RT-PCR檢測,其中所述各基因的檢測探針的5’端標記FAM,3’端標記MGB,所述質控探針的5’端標記JOE,3’端標記BHQ1使用方法是將待檢樣品提取的RNA,加入到各種ROS1融合基因類型的檢測反應體系中,進行熒光定量PCR反應,收集反應信號,JOE信號應達到設定閾值Ct值小于26,檢測結果有效,否則應重新檢測;檢測JOE信號滿足Ct值小于26后,進行下列判斷:

每種檢測體系中FAM信號Ct值>30或無Ct值,表明該樣本陰性不存在ROS1融合基因;

其中某種檢測體系中FAM信號Ct值≤30,表明該待檢樣品中含有該種類型的ROS1融合基因。

10.如權利要求9所述的使用方法,其特征在于,所述熒光定量PCR反應的程序為:45℃反應5min,1個循環;95℃反應5min,1個循環;95℃反應30s,58℃反應45s,共10個循環;95℃反應15s,58℃反應45s,共35個循環,在58℃時收集信號。

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