賦予玉米斐濟(jì)病毒抗性的主要qtls的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明涉及賦予玉米斐濟(jì)病毒抗性的主要QTLS。本發(fā)明涉及用于鑒定具有對(duì)斐濟(jì)病毒，尤其是Mal?de?Río?Cuarto病毒(MRCV)和/或玉米粗縮病毒(MRDV)的新賦予的抗性或該抗性增強(qiáng)，或易感該病毒的玉米植物的組合物和方法。該方法使用分子遺傳標(biāo)記鑒定、選擇和/或構(gòu)建抗性植物或鑒定和反選擇易感植物。由本發(fā)明方法產(chǎn)生的表現(xiàn)出新賦予的斐濟(jì)病毒抗性或該抗性增強(qiáng)的玉米植物，也是本發(fā)明的一方面。
【專(zhuān)利說(shuō)明】賦予玉米斐濟(jì)病毒抗性的主要QTLS
[0001]本申請(qǐng)為申請(qǐng)?zhí)枮?00880114461.4的分案申請(qǐng)，要求2007年11月I日的優(yōu)先權(quán)。
[0002]引用的相關(guān)申請(qǐng)
[0003]本申請(qǐng)要求2007年11月I日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)61/001，455號(hào)的優(yōu)先權(quán)，將其通過(guò)引用整體并入。
發(fā)明領(lǐng)域
[0004]本申請(qǐng)涉及用于在植物中產(chǎn)生或增強(qiáng)斐濟(jì)病毒，尤其是Mal de R1 Cuarto病毒和/或玉米粗縮病毒抗性的組合物和方法。此外，本發(fā)明涉及由本發(fā)明組合物遺傳轉(zhuǎn)化的植物。
[0005]發(fā)明背景
[0006]在阿根廷，由Malde R1 Cuarto病毒(MRCV)造成的疾病是主要的玉米疾病，在大爆發(fā)的年份中占到產(chǎn)量損失的70%以上(Rodriguez PE et al.(1998)Plant Dis.82:149-52)。該疾病是斐濟(jì)病毒(Fijivirus)血清群2的成員，該血清群2包括其他病毒例如玉米粗縮病毒(maize rough dwarf virus),水稻黑條矮縮病毒(rice black streakeddwarf virus),和馬唐矮化病毒(pangola stunt virus) (Uyeda I & Milne RG(1995)Semin.Virol.6:85-88)。MRCV 的主要載體是 Delphacodes kuscheli,但其他 Delphacodes種類(lèi)，例如D.haywardi和D.tigrinus,以及Toya propinqua,已證實(shí)可攜帶該病毒。該病毒未顯不出經(jīng)種子傳播至子代。Dist6fano et al.,Arch.Virol.147:1699-1709 (2002),分析了 MRCV序列，并提出其是一種新的與MRDV(玉米粗縮病毒)相關(guān)的斐濟(jì)病毒種類(lèi)。在多個(gè)歐洲國(guó)家(例如，捷克、法國(guó)、·意大利、挪威、西班牙、瑞典)和中國(guó)都發(fā)現(xiàn)了 MRDV，同時(shí)在烏拉圭也檢測(cè)到 MRCV (Ornaghi J.A., Beviacqua J.E.,Aguirrezabala D.A.,March G.J.andLenardon S.L1999.Detection of Malde R1 Cuarto virus in Uruguay.FitopatologiaBrasileira 24:471)。
[0007]MRCV感染引起玉米發(fā)育異常并明顯降低作物產(chǎn)量。易感表型包括生長(zhǎng)遲緩，節(jié)間縮短，具有散落顆粒的多穗，無(wú)花藥的畸形雄花穗，葉片背面存在小的突起，退化根，切斷和退化葉片。植物癥狀取決于植物的物候期、植物基因型和環(huán)境(Lenard6n et al.，“Virus del Mal de R1 Cuarto en maiz”，in Proyecto de Investigaciones enFitovirologia(Lenardon ed.), 2:10(1999)。若在胚芽鞘即第一葉階段感染,會(huì)出現(xiàn)非常嚴(yán)重的癥狀。
[0008]在1996-1997年嚴(yán)重的MRCV爆發(fā)中，在阿根廷有超過(guò)300，000公頃玉米受到感染，造成的損失總計(jì)約$120，000, 000美元。在2006年，Delphacodes kuscheli數(shù)量的增加明顯，導(dǎo)致阿根廷玉米植物重新出現(xiàn)病毒疾病，這顯著地影響到2007年收成。在易感地區(qū)(科爾多瓦省)，易感基因型受到MRCV的強(qiáng)烈感染，而在其他玉米地區(qū)，則受到適度感染。
[0009]分子遺傳標(biāo)記的開(kāi)發(fā)，已促進(jìn)玉米中重要農(nóng)業(yè)性狀的定位和選擇。與抗病性基因緊密連鎖的標(biāo)記,是通過(guò)使用標(biāo)記輔助選擇(marker assisted selection,MRS)、根據(jù)基因型快速鑒定抗性玉米系的寶貴資源。也可通過(guò)使用適宜的DNA標(biāo)記，促進(jìn)抗病性基因向所需培育植物的基因滲入。
[0010]分子標(biāo)記和標(biāo)記輔助詵擇
[0011]遺傳圖譜(genetic map)是基因組(或基因組的一部分例如單個(gè)染色體)的圖解表示，其中通過(guò)界標(biāo)之間的重組頻率測(cè)量染色體界標(biāo)之間的距離。遺傳界標(biāo)可以是多種已知多態(tài)性標(biāo)記的任何標(biāo)記，例如但不限于分子標(biāo)記例如SSR標(biāo)記，RFLP標(biāo)記，F(xiàn)LP標(biāo)記,或SNP標(biāo)記。而且，SSR標(biāo)記可以是來(lái)自于基因組或表達(dá)的核酸(例如ESTs)的。這些物理界標(biāo)的特性和用于檢測(cè)它們的方法不同，但基于多核苷酸長(zhǎng)度和/或序列，所有這些標(biāo)記在物理上是相互可區(qū)別的(以及在任一具體標(biāo)記的多個(gè)等位基因之間)。 [0012]盡管編碼蛋白的具體DNA序列在物種之間通常是非常保守的，但DNA的其他區(qū)域(通常是非編碼區(qū))會(huì)累積多態(tài)性，因此在同一物種的個(gè)體之間是可變的。這些區(qū)域?yàn)榇罅糠肿舆z傳標(biāo)記提供了基礎(chǔ)。通常，在子代之間分離的任何不同遺傳多態(tài)性狀(包括核酸多態(tài)性)都是潛在的標(biāo)記。基因組可變性可以是任何起源的，例如插入、缺失、復(fù)制、重復(fù)元件、點(diǎn)突變、重組事件，或轉(zhuǎn)座元件的存在和序列。在本領(lǐng)域中已知大量的玉米分子標(biāo)記，且是公開(kāi)的或可從不同來(lái)源獲得的，例如MaizeGDB互聯(lián)網(wǎng)資源。同樣，許多檢測(cè)分子標(biāo)記的方法也完全建立。
[0013]從植物育種者角度來(lái)看，發(fā)展分子標(biāo)記技術(shù)的主要?jiǎng)訖C(jī)在于，通過(guò)標(biāo)記輔助選擇(MAS)提高育種效能。與所需表型性狀(例如數(shù)量性狀位點(diǎn)(quantitative trait locus),或QTL，例如具體抗病性)表現(xiàn)出連鎖不平衡的分子標(biāo)記等位基因，為在植物種群中選擇所需性狀提供了可用工具。實(shí)行這種方法的關(guān)鍵步驟是:(i)形成分子標(biāo)記的密集遺傳圖譜，(ii)根據(jù)標(biāo)記和表型可變性之間的統(tǒng)計(jì)關(guān)聯(lián)檢測(cè)QTL，(iii)根據(jù)QTL分析結(jié)果，確定一組所需的標(biāo)記等位基因，和(iv)使用和/或外推這些信息至現(xiàn)有的育種種質(zhì)(breedinggermplasm)中，以使基于標(biāo)記的選擇決定得以進(jìn)行。
[0014]含有增加密度的公共玉米標(biāo)記的玉米基因組的完整的連鎖圖的有效性，有助于玉米遺傳作圖(genetic mapping)和MAS。參見(jiàn)例如萬(wàn)維網(wǎng)上的Maize⑶B資源。
[0015]兩類(lèi)標(biāo)記被頻繁用于標(biāo)記輔助選擇方案，即簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequencerepeat, SSR，也稱(chēng)為微衛(wèi)星)標(biāo)記和單核苷多態(tài)性(SNP)標(biāo)記。術(shù)語(yǔ)SSR通常指任何類(lèi)型的導(dǎo)致長(zhǎng)度可變性的分子異質(zhì)性，且最常是含有兩個(gè)或三個(gè)堿基對(duì)序列的多倍串聯(lián)重復(fù)的DNA短片段(高達(dá)幾百個(gè)堿基對(duì))。因?yàn)閺?fù)制保真度差，例如由聚合酶滑動(dòng)引起，這些重復(fù)序列會(huì)導(dǎo)致長(zhǎng)度可變的高度多態(tài)DNA區(qū)域。SSRs看起來(lái)隨機(jī)分布在整個(gè)基因組中，且其側(cè)翼通常為保守區(qū)。SSR標(biāo)記也可來(lái)源于RNA序列(采用cDNA、部分cDNA或EST形式)以及基因組物質(zhì)。
[0016]SSR異質(zhì)性的特征使它們非常適合用作分子遺傳標(biāo)記，即SSR基因組可變性是遺傳的、多等位基因的、共顯性的并且是重現(xiàn)可檢測(cè)的。日益尖端的基于擴(kuò)增的檢測(cè)技術(shù)(例如，基于PCR)的增加，為核苷酸序列異質(zhì)性檢測(cè)提供了多種靈敏方法。將設(shè)計(jì)引物(或其他類(lèi)型的探針)設(shè)計(jì)為與位于SSR區(qū)側(cè)翼的保守區(qū)雜交，從而使可變的SSR區(qū)擴(kuò)增。由SSR區(qū)產(chǎn)生的不同大小的擴(kuò)增子具有特征性和可復(fù)制的大小。由同一個(gè)體或來(lái)自植物種群不同個(gè)體的兩條同源染色體獲得的不同大小的SSR擴(kuò)增子，通常被稱(chēng)為“標(biāo)記等位基因”。只要存在至少兩個(gè)可產(chǎn)生帶有至少兩個(gè)不同大小的PCR產(chǎn)物的SSR等位基因，則該SSRs可以用來(lái)作為標(biāo)記。[0017]依賴(lài)單核苷酸多態(tài)性(SNPs)的玉米標(biāo)記也是本領(lǐng)域公知的。已發(fā)展多種技術(shù)用于檢測(cè)SNPs，包括等位基因特異性雜交(ASH;參見(jiàn)例如Shattuck-Eidens et al.，(1991) “Rapid detection of maize DNA sequence variation，，，Genet.Anal.Tech.Appl.8:240-245)。也廣泛使用其他類(lèi)型的分子標(biāo)記，包括但不限于表達(dá)的序列標(biāo)簽(ESTs)和來(lái)源于EST序列的SSR標(biāo)記，限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)，擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFLP)，隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性(RAPD)和同工酶標(biāo)記。廣泛地用于檢測(cè)這種多變性的方案也是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的，且這些方案通常是特異性針對(duì)它們?cè)O(shè)計(jì)檢測(cè)的多態(tài)性類(lèi)型。例如，PCR擴(kuò)增、單鏈構(gòu)型多態(tài)性(SSCP)和自主序列復(fù)制(self-sustainedsequence replication, 3SR ;參見(jiàn)Chan and Fox,“NASBA and other transcription-basedamplification methods for research and diagnostic microbiology，，，Reviews inMedical Microbiology 10:185-196(1999))。
[0018]也可產(chǎn)生多種類(lèi)型的FLP標(biāo)記。最常見(jiàn)的是，使用擴(kuò)增引物產(chǎn)生片段長(zhǎng)度多態(tài)性。這種FLP標(biāo)記在許多方面都類(lèi)似于SSR標(biāo)記，除了引物所擴(kuò)增的區(qū)域通常不是高重復(fù)區(qū)之外。擴(kuò)增的區(qū)域或擴(kuò)增子在種質(zhì)之間仍舊會(huì)具有足夠的可變性，通常是由于插入或缺失引起的，使得由擴(kuò)增引物產(chǎn)生的片段可在多態(tài)個(gè)體中區(qū)別出來(lái)，已知在玉米中經(jīng)常發(fā)生這種插入缺失(indels) (Bhattramakki et al.(2002)Plant Mol Biol 48,539-547 ；Rafalski (2002) Plant Sci 162:329-333)。術(shù)語(yǔ)“插入缺失”是指插入或缺失，其中一條鏈相對(duì)于第二條鏈稱(chēng)為具有插入，或第二條鏈相對(duì)于第一條鏈稱(chēng)為具有缺失。本文公開(kāi)的MZA標(biāo)記是已經(jīng)過(guò)選擇的擴(kuò)增的FLP標(biāo)記的實(shí)例，因?yàn)樗鼈兎浅＝咏饕旧w2的QTL。
[0019]一個(gè)分子標(biāo)記與另一分子標(biāo)記的連鎖作為重組頻率來(lái)測(cè)量。通常，兩個(gè)位點(diǎn)(例如兩個(gè)SSR標(biāo)記)在遺傳圖譜上越近，它們?cè)谖锢韴D譜上也相互越近。相對(duì)遺傳距離(由交換頻率測(cè)定，以厘摩衡量；cM)與在染色體上兩個(gè)連鎖位點(diǎn)彼此相隔的物理距離(由堿基對(duì)衡量，例如千堿基對(duì)(kb)或兆堿基對(duì)(Mbp))通常是成比例的。CM和物理距離之間的精確比例的缺乏，可由在不同染色體區(qū)重組頻率的變化獲得，例如某些染色體區(qū)是重組“熱點(diǎn)(hot spot)”，而其他區(qū)域未表現(xiàn)出任何重組，或只發(fā)生了很少的重組事件。通常，一個(gè)標(biāo)記與另一標(biāo)記越接近，無(wú)論是根據(jù)·重組或物理距離測(cè)量，它們都連鎖得越堅(jiān)固。在某些方面，一個(gè)分子標(biāo)記與編碼賦予具體表型(抗病性)的多肽的基因越接近，無(wú)論根據(jù)重組或物理距離測(cè)量，該標(biāo)記都更好地標(biāo)記所需表型性狀。
[0020]遺傳作圖可變性也可在同一作物物種包括玉米的不同種群之間觀(guān)察到。盡管這種遺傳作圖的可變性會(huì)出現(xiàn)在種群之間，但是來(lái)源于一個(gè)種群的遺傳圖譜和標(biāo)記信息通常仍然可用于在多個(gè)種群間鑒定具有所需性狀的植物，反選擇具有不需要性狀的植物和指導(dǎo)MAS0
[0021]QTL 作圖
[0022]植物育種者的目標(biāo)是為具有所需性狀例如病原體抗性的個(gè)體選擇植物和富集植物種群，從而最終提高農(nóng)業(yè)生產(chǎn)率。很長(zhǎng)時(shí)間以來(lái)已經(jīng)認(rèn)識(shí)到，可將與具體表型數(shù)量相關(guān)的具體染色體位點(diǎn)(或區(qū)間)繪制在生物體基因組中。這種位點(diǎn)被稱(chēng)為數(shù)量性狀位點(diǎn)或QTL。植物育種者可有利地利用分子標(biāo)記通過(guò)鑒定標(biāo)記等位基因來(lái)鑒定所需個(gè)體，該等位基因顯示出在統(tǒng)計(jì)上明顯可能與所需表型(例如病原體抗性)共分離，從而證明為連鎖不平衡。通過(guò)鑒定與數(shù)量性狀共分離的分子標(biāo)記或分子標(biāo)記簇，育種者可鑒定一個(gè)QTL。通過(guò)鑒定和選擇與所需表型相關(guān)的標(biāo)記等位基因(或所需的來(lái)自多個(gè)標(biāo)記的等位基因)，植物育種者能夠通過(guò)選擇適當(dāng)?shù)姆肿訕?biāo)記等位基因來(lái)快速選擇所需表型(稱(chēng)為標(biāo)記輔助選擇過(guò)程或MAS)。位于遺傳圖譜上的分子標(biāo)記越多，圖譜適宜進(jìn)行MAS的潛在有效性就越大。
[0023]已發(fā)展多個(gè)實(shí)驗(yàn)范例來(lái)鑒定和分析QTL (參見(jiàn)例如Jansen (1996) TrendsPlant Sci 1:89)。關(guān)于作物物種QTL作圖的大部分公開(kāi)報(bào)道是基于使用雙親代雜交(b1-parental cross， Lynch and Walsh(1997)Genetics and Analysis of QuantitativeTraits, Sinauer Associates，Sunderland)。通常，這些范例包括使一個(gè)或多個(gè)親代對(duì)雜交，它們可以是例如來(lái)自?xún)蓚€(gè)近交品系的單配對(duì)，或不同近交品系或系的多個(gè)相關(guān)或無(wú)關(guān)親代，它們都表現(xiàn)出與感興趣表型性狀相關(guān)的不同特征。通常，這些實(shí)驗(yàn)范例包括由兩個(gè)歧化近交系的單交(例如經(jīng)選擇系之間使表型和分子標(biāo)記差異最大)獲得100-300個(gè)分離的子代。在親代和分離子代中對(duì)多個(gè)標(biāo)記位點(diǎn)進(jìn)行基因分型并對(duì)一個(gè)至多個(gè)數(shù)量性狀(例如抗病性)進(jìn)行評(píng)估。而QTL鑒定為在分離子代中基因型值和表型可變性之間的明顯統(tǒng)計(jì)關(guān)聯(lián)。這些實(shí)驗(yàn)方案的強(qiáng)度來(lái)自于近交后代雜交(inbred cross)的利用，因?yàn)楂@得的Fl親代都具有相同的連鎖相。因此，F(xiàn)l親代自交后，所有分離子代(F2)是有信息的且連鎖不平衡達(dá)到最大，連鎖相是已知的，只有兩個(gè)QTL等位基因，而且除回交子代之外，每個(gè)QTL等位基因的頻率是0.5。
[0024]用于測(cè)定標(biāo)記是否與QTL(或與另一標(biāo)記)遺傳連鎖的許多統(tǒng)計(jì)方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的，包括例如標(biāo)準(zhǔn)線(xiàn)性模型，例如ANOVA或回歸作圖(Haley andKnott (1992) Heredity69:315)，最大可能性方法例如期望_最大化算法(如Lander andBotstein(1989) “Mapping Mendelian factors underlying quantitative traits usingRFLP linkage maps”，Genetics 121:185-199 ;Jansen(1992) “A general mixture modelfor mapping quantitative trait loci by using molecular markers”，Theor.Appl.Genet.，85:252-260 ;Jansen(1993) “Maximum likelihood in a generalized linearfinite mixture model by using the EM algorithm”，Biometrics 49:227-231 ；Jansen(1994)‘‘Mapping of quantitative trait loci by using genetic markers:an overviewof biometrical models”，In J.W van Ooijen and J.Jansen(eds.),Biometrics in Plantbreeding-applications of molecular markers，pp.116—124，CPR0-DL0 Metherlands ；Jansen(1996) “A general Monte Carlo method for mapping multiple quantitativetrait loci，，，Genetics 142:305-311 ；and Jansen and Stam(1994) “High Resolutionof quantitative trait into multiple loci via interval mapping，，，Genetics 136:1447-1455)。示例性統(tǒng)計(jì)方法包括單點(diǎn)標(biāo)記分析、區(qū)間作圖(interval mapping, Landerand Botstein (1989) Genetics 121:185)、復(fù)合區(qū)間作圖(complex interval mapping)、懲罰回歸分析(penalized regression analysis)、復(fù)合系譜分析(complex pedigreeanalysis)、MCMC 分析、MQM 分析(Jansen (1994)Genetics 138:871)、HAPLO-1M+ 分析、HAPL0-MQM 分析、HAPL0-MQM+分析、貝葉斯 MCMC、嶺回歸(ridge regression)、血統(tǒng)同一性分析(identity-by-descent analysis)、Haseman_Elston 回歸，以上任何都適用于本發(fā)明。此外，在美國(guó)專(zhuān)利N0.6，399，855和WO 0149104中描述了有關(guān)可用于鑒定和定位QTLs的適用于復(fù)合育種種群(complex breeding populations)的可選統(tǒng)計(jì)方法的其他細(xì)節(jié)。這些方法中的任何方法都是高度運(yùn)算的，通常在計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和專(zhuān)門(mén)軟件的輔助下進(jìn)行。適宜的統(tǒng)計(jì)軟件包可從多個(gè)公共和商業(yè)來(lái)源獲得，這是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
[0025]Sala等在阿根廷專(zhuān)利申請(qǐng)ARP20030100125號(hào)中公開(kāi)了與玉米植物MRCV抗性相關(guān)的三個(gè) QTL 等位基因的組合。該位點(diǎn)與 bnlgl017，bnlg2277，bnlgl25，bnlg38UPbnlgl80的偏好抗性標(biāo)記等位基因相連，其中存在所有賦予抗性的等位基因時(shí)，出現(xiàn)抗性。
[0026]在本領(lǐng)域中需要可抵抗斐濟(jì)病毒尤其是MRCV和MRDV和它們的致病劑例如Delphacodes kuscheli感染的改良玉米品系。在本領(lǐng)域中需要鑒定表現(xiàn)出斐濟(jì)病毒抗性的玉米植物或種群(種質(zhì))的方法。本領(lǐng)域需要鑒定與斐濟(jì)病毒抗性位點(diǎn)連鎖的分子遺傳標(biāo)記，促進(jìn)MAS，并也需要賦予斐濟(jì)病毒抗性的基因等位基因的基因發(fā)現(xiàn)和克隆。這些標(biāo)記可用于在玉米種群中選擇顯示出偏好標(biāo)記等位基因的個(gè)體植物和植物種群，然后用其選擇抗性表型，或可選地用于反選擇顯示出斐濟(jì)病毒易感性表型的植物或植物種群。本發(fā)明提供了這些和其他優(yōu)勢(shì)。
[0027]發(fā)明概述
[0028]提供了用于鑒定具有新賦予的或增強(qiáng)的斐濟(jì)病毒抗性的玉米植物或種質(zhì)的組合物和方法。還提供了產(chǎn)生抵抗斐濟(jì)病毒的玉米植物或種質(zhì)的方法，例如通過(guò)所需抗性標(biāo)記等位基因的基因滲入和/或通過(guò)轉(zhuǎn)基因產(chǎn)生方法，以及通過(guò)這些方法產(chǎn)生的植物和種植。選擇抗性植物和種質(zhì)的系統(tǒng)和試劑盒，也是本發(fā)明的一部分。
[0029]在一些方面，本發(fā)明提供了鑒定具有對(duì)MRCV的新賦予的抗性、抗性增強(qiáng)或易感性的第一玉米植物或種質(zhì)(例如系或品種)。在這些方法中，在第一玉米植物或種質(zhì)中，檢測(cè)至少一個(gè)或多個(gè)與新賦予的抗性、抗性增強(qiáng)或易感性相關(guān)的標(biāo)記位點(diǎn)(例如，多個(gè)標(biāo)記位點(diǎn))的至少一個(gè)等位基因。 可從表1和2所提供的位點(diǎn)，包括MZA625、MZA16656、MZA15451、MZA15490、MZA2038、MZA11826和MZA9105，以及任何與這些QTL標(biāo)記連鎖的其他標(biāo)記(例如這些位點(diǎn)約IOcM之內(nèi)的)中選擇標(biāo)記位點(diǎn)。表1和2顯示了通過(guò)結(jié)合作圖分析和QTL區(qū)間作圖(包括單標(biāo)記回歸分析)方法確定的證實(shí)與MRCV抗性表型連鎖不平衡的玉米標(biāo)記。該表表明，基因組-SSR或EST-SSR標(biāo)記型(所有簡(jiǎn)單重復(fù)序列)，或SNP或MZA標(biāo)記，定位有標(biāo)記的染色體及其相對(duì)于其他已知標(biāo)記的大概遺傳圖譜位置，以CM表示，在染色體上的零位置是第一(最末端)標(biāo)記。還顯示了用于標(biāo)記隨機(jī)分離分析和統(tǒng)計(jì)概率的玉米種群，和考慮了多檢驗(yàn)的可變性和假陽(yáng)性作為調(diào)整概率(adjusted probability)給出的抗性/易感性表型。還顯示了單標(biāo)記回歸的概率值。
[0030]本發(fā)明也提供了與MRCV相關(guān)的染色體QTL區(qū)間。這些區(qū)間位于連鎖組2上。發(fā)現(xiàn)位于這些區(qū)間之內(nèi)的任何標(biāo)記也可作為MRCV抗性標(biāo)記，這也是本發(fā)明的一部分。這些區(qū)間包括:
[0031](i)MZA8381 和 MZA18180 ；
[0032](ii)MZA4305 和 MZA2803 ；
[0033](iii)MZA15490 和 MZA2038 ；
[0034](iv)bnlgl458b 和 umcl261a ；
[0035](v)bnlgl458b 和 umcl262a ；
[0036](vi) bnlgl327 和 umcl261a ;以及
[0037](viii)bnlgl327 和 umcl262a。
[0038]在同一植物中可選擇多個(gè)標(biāo)記位點(diǎn)。組合選擇哪些QTL標(biāo)記是沒(méi)有特別限制的。組合使用的QTL標(biāo)記可以使表1和2所列的任何標(biāo)記，與表1和2中的標(biāo)記連鎖的任何其他標(biāo)記（例如由MAZEGDB資源確定的連鎖標(biāo)記），或本文所述QTL區(qū)間內(nèi)的任何標(biāo)記。
【權(quán)利要求】
1.鑒定表現(xiàn)出對(duì)里奧夸爾托病毒(Mai de R1 Cuarto Virus,MRCV)或玉米粗縮病毒(maize rough dwarf virus, MRDV)的新賦予的抗性或抗性增強(qiáng)的第一玉米植物或種質(zhì)的方法，該方法包括，在所述第一玉米植物或種質(zhì)中檢測(cè)側(cè)翼為MZA8381和MZA18180并包括MZA8381和MZA18180的染色體區(qū)間內(nèi)的單元型，其中: a.對(duì)于MZA8381的共有序列是SEQID NO:2和對(duì)于MZA18180的共有序列是SEQ IDNO:36 ； b.所述單元型包含: 1.在MZA16656-19-A的“G”，其中所述“G”位于SEQID NO:20的位置218 ;在MZA15490-801-A 的 “G”，其中所述 “G” 位于 SEQ ID NO:22 的位置 96 ;在 MZA15490-137-A的“C”，其中所述“C”位于SEQ ID NO:24的位置84 ;在MZA2038-71-A的“A”，其中所述“A”位于 SEQ ID NO:17 的位置 258 ;在 MZA2038-76-A 的 “T”，其中所述 “T” 位于 SEQ ID NO:16的位置277 ;在MZA11826-801-A的“A”，其中所述“A”位于SEQ ID NO:26的位置89 ;在MZA11826-803-A 的“C”，其中所述“C”位于 SEQ ID NO:27 的位置 701，以及在 MZA9105-8-A的“A”，其中所述“A”位于SEQ ID NO:12的位置123 ;或 i1.在 MZA16656-19-A 的 “A”，其中所述“A” 位于 SEQ ID NO:20 的位置 218 ;在MZA15490-801-A 的 “C”，其中所述 “C” 位于 SEQ ID NO:22 的位置 96 ;在 MZA15490-137-A的“A”，其中所述“A”位于SEQ ID NO:24的位置84 ;在MZA2038-71-A的“T”，其中所述“T”位于 SEQ ID NO:17 的位置 258 ;在 MZA2038-76-A 的 “C”，其中所述 “C” 位于 SEQ ID NO:16的位置277 ;在MZA11826-801-A的“G”，其中所述“G”位于SEQ ID NO:26的位置89 ;在MZA11826-803-A 的“T”，其中所述“T”位于 SEQ ID NO:27 的位置 701，以及在 MZA9105-8-A的“A”，其中所述“A”位于SEQ ID NO:12的位置123 ;以及 c.如果檢測(cè)到所述單元型，選擇所述第一玉米植物或種質(zhì)作為表現(xiàn)出對(duì)里奧夸爾托病毒(MRCV)或玉米粗縮病毒(MRDV)具有新賦予的抗性或抗性增強(qiáng)。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，所述方法還包括將所述第一玉米植物或種質(zhì)中的單元型滲入至第二玉米植物或種質(zhì)，以產(chǎn)生基因滲入的玉米植物或種質(zhì)。
【文檔編號(hào)】C12Q1/70GK103589805SQ201310485429
【公開(kāi)日】2014年2月19日 申請(qǐng)日期:2008年10月31日 優(yōu)先權(quán)日:2007年11月1日
【發(fā)明者】特瑞希塔.馬丁, 何塞.阿勒詹德羅.弗朗奇諾, 恩瑞克.多明戈.克里夫, 安娜.瑪麗亞.布魯科皮烏克, 艾德里安納.托馬斯, 斯坦利.D.盧克, 國(guó)平.G.舒 申請(qǐng)人:先鋒國(guó)際良種公司, 納幕爾杜邦公司