自體免疫疾病基因檢測芯片的制作方法
【專利摘要】本實用新型提供一種自體免疫疾病基因檢測芯片，其包含一基板、一檢測層及一自體免疫疾病基因檢測區域，該自體免疫疾病基因檢測區域包括葛瑞夫茲氏病基因偵測區、類風濕性關節炎基因偵測區、第一型糖尿病基因偵測區、紅斑性狼瘡基因偵測區及橋本氏甲狀腺炎基因偵測區，且該自體免疫疾病基因檢測區域具有檢測CTLA4、TSHR、HLA、PADI4及VDR等等位基因的核苷酸探針。本實用新型涵蓋多種特定的自體免疫疾病基因的單核苷酸多態性(single?nucleotide?polymorphism,SNP)位點的探針能夠有效且專一的與檢測樣本中具有完全互補序列的核苷酸相結合，而可快速且精確的檢測多種自體免疫疾病基因。
【專利說明】自體免疫疾病基因檢測芯片
【技術領域】
[0001]本實用新型是關于一種基因檢測芯片，尤指配置有適當檢測部件而可供用于快速且精確的篩檢自體免疫疾病基因的基因檢測芯片。
【背景技術】
[0002]自體免疫疾病(autoimmune disease)起因于人體免疫系統攻擊正常細胞,進而造成正常細胞的死亡或組織的發炎，即稱為自體免疫疾病(autoimmune disease),并可大略分為“由免疫細胞直接攻擊”及“由免疫細胞制造抗體或引起其它免疫反應的攻擊”。最常見的自體免疫疾病包括:葛瑞夫茲氏癥(Graves’ disease)、類風濕性關節炎(rheumatoidarthritis)、糖尿病第一型(diabetes mellitus, typel)、紅斑性狼瘡(systemiclupuserythematosus, SLE)及橋本氏甲狀腺炎(Hashimoto，s thyroiditis)。
[0003]葛瑞夫茲氏癥是一種免疫系統瑕疵所產生的疾病，且為甲狀腺機能亢進癥中最常見的一種，主要原因是甲狀腺體細胞全面性的過度活耀所致，此種抗體會和甲狀腺濾泡細胞結合，刺激濾泡細胞產生更多甲狀腺荷爾蒙如T3和T4等，進而導致甲狀腺腫大、凸眼癥等癥狀。
[0004]類風濕性關節炎雖侵犯關節為主，但亦會侵犯關節外的器官如心臟(心包膜炎、心肌炎、心內膜炎、傳導障礙)、肺臟(肋膜炎、間質性纖維化)、腎臟、肝、脾、肌肉、眼睛、神經、淋巴腺、血管等。因此患者特定器官或全身性疼痛、腫脹和僵硬，造成關節變形，并會因關節痛楚及磨損而失去部分的活動能力。
[0005]第一型糖尿病是一種緩慢漸進性的自體免疫性疾病，并由患者體內可偵測各種會破壞胰腺中β細胞的抗體和淋巴球；由于患者胰腺的β細胞遭到破壞，通常導致胰島素絕對性缺乏，且患者會逐漸產生多飲、多尿、倦怠、夜尿等癥狀。
[0006]紅斑性狼瘡是一種慢性發炎性疾病，起因是患者的免疫系統錯認正常組織為有害的物質，所以不斷攻擊正常組織并引起發炎，進而造成組織受傷及失去正常功能。致病原因包括先天遺傳的因素(體質)及后天環境的因素(感染、紫外線照射等等)，且紅斑性狼瘡好發于女性，女性病患約為男性病患的十倍。
[0007]橋本氏甲狀腺炎的致病機轉是患者體內存在著攻擊破壞甲狀腺的自體免疫抗體，例如:甲狀腺球蛋白抗體、甲狀腺微粒體抗體等，進而引起長期的甲狀腺發炎；長期發炎的結果使得甲狀腺腫脹硬化，嚴重的會引起甲狀腺萎縮或甲狀腺功能低下。
[0008]為了檢測不同個體或者不同細胞的基因表達(gene expression)或者等位基因型(allele genotype),過去已經發展出多種檢測基因的方法,其中主要傳統方式為北方墨點(Northern Blot)分析或者南方墨點(Southern blot)分析,其原理為令經標定的特定核苷酸探針(nucleotide probe)與經電泳分離、轉染而得的含有標的RNA或DNA的薄膜雜交(hybridization),進而通過經標定的探針的訊號以偵測目標RNA或DNA存在。然而由于此類方法操作上的限制，并不利于應用于大規模篩檢，且一般而言對于單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism, SNP)的檢測，必須再通過核酸定序的程序予以重復確認。
[0009]此外，現有研究顯示特定的自體免疫疾病的基因表現型與特定的人類基因的SNP有關,例如此【技術領域】提供一種利用實時聚合酶鏈式反應(real-time polymerasechainreaction)偵測基因SNP的技術,此技術于單次流程通常僅能分析一個基因，無法一次檢測多數基因，且需要針對個別基因訂制的探針的制作成本昂貴，導致整體檢測技術的成本較高，不利用于大規模的基因檢測。因此，現有技術缺乏可以同時檢測多種自體免疫疾病，尤其是同時檢測兩種以上的自體免疫疾病基因的技術。
[0010]并且，現有技術缺乏一種可同時檢測多種自體免疫疾病的SNP，以幫助個體了解本身是否帶有罹患自體免疫疾病基因，以達到發病前預防及/或發病后有效治療的效果。再者，現有技術的基因檢測技術多半用于偵測特定單一或少數基因表達的有無或表達量高低，而缺乏一種有效、快速、大規模的偵測自體免疫疾病基因的SNP的技術。
[0011]此外，技術人員若欲組合現有技術針對個別自體免疫相關基因的SNP的偵測技術，而應用于偵測不同基因的不同SNP位點的困難點在于:各探針之間與樣本內的核苷酸的雜交條件不同，其中當各探針于基因檢測芯片上的空間配置不佳時，雜交過程中一探針與標的基因片段之間的結合效果可能會受到鄰近探針的影響，而產生假陽性結果(falsepositive result)，進而影響到檢測結果的準確度。因此，現有技術利用探針與標的基因片段雜交以檢測多個基因的技術，倘若要應用于檢測多數基因的SNP時，仍存有許多困難及技術手段亟待克服與改善
實用新型內容
[0012]有鑒于現有技術缺乏一種可同時檢測多種自體免疫疾病基因的基因型的技術手段，亦即現有技術無法大規模有效、準確、快速且同時檢測個體的多種自體免疫疾病基因的缺失，故本實用新型提供一種自體免疫疾病基因檢測芯片，其設有適當配置的檢測結構，而可供用于快速且精確的篩檢多種自體免疫疾病基因的基因型的基因檢測芯片。
[0013]為達上述目的，本實用新型提供一種自體免疫疾病基因檢測芯片，其包含一基板、一疊置于該基板的偵測面的檢測層以及一位于檢測層的自體免疫疾病基因檢測區域；該自體免疫疾病基因檢測區域包括一葛瑞夫茲氏病基因偵測區、一類風濕性關節炎基因偵測區、一第一型糖尿病基因偵測區、一紅斑性狼瘡基因偵測區及一橋本氏甲狀腺炎基因偵測區。
[0014]該葛瑞夫茲氏病基因偵測區包含一第一檢測單兀，該第一檢測單兀包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針。該類風濕性關節炎基因偵測區包含一第二檢測單元，該第二檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該第一型糖尿病基因偵測區包含具有一第三檢測單元，該第三檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該紅斑性狼瘡基因偵測區包含具有一第四檢測單元，該第四檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該橋本氏甲狀腺炎基因偵測區包含具有一第五檢測單元，該第五檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針。各前述的檢測單元的第一核苷酸探針皆與第二核苷酸探針相鄰并排，其中:
[0015]葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段；葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段；
[0016]類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段；類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段；
[0017]第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型第一型糖尿病的等位基因的序列片段；第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第二核苷酸探針的序列的選自于野生型第一型糖尿病的等位基因的序列片段；
[0018]紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型紅斑性狼瘡的等位基因的序列片段；紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型紅斑性狼瘡的等位基因的序列片段；
[0019]橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型橋本氏甲狀腺炎的等位基因的序列片段；橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型橋本氏甲狀腺炎的等位基因的序列片段。
[0020]較佳的，所述的自體免疫疾病基因檢測芯片中，各基因偵測區的檢測單元的第一核苷酸探針的序列排列與對應的第二核苷酸探針的序列排列有一個核苷酸不同。
[0021]較佳的，所述的葛瑞夫茲氏病基因偵測區相鄰于類風濕性關節炎基因偵測區，第一型糖尿病基因偵測區、紅斑性狼瘡基因偵測區及橋本氏甲狀腺炎基因偵測區依序相鄰于類風濕性關節炎基因偵測區。
[0022]較佳的，所述的葛瑞夫茲氏病基因偵測區還包含一第六檢測單元及一第七檢測單元，其中第六檢測單元及第七檢測單元分別各包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針，且葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第一核苷酸探針的序列是獨立選自于突變型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段；第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第二核苷酸探針的序列是獨立選自于野生型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段。
[0023]更佳的，所述的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第一核苷酸探針序列與第二核苷酸探針序列分別包含葛瑞夫茲氏病基因的單核苷酸多態性位點(singlenucleotide polymorphism site, SNP site),且單核苷酸多態性位點是位于選自于細胞毒性T淋巴細胞關聯蛋白4(CTLA4)及甲狀腺促進素受體(TSHR)所構成的群組的等位基因內。
[0024]依據本實用新型，所述的“ CTLA4 ”是指細胞毒性T淋巴細胞關聯蛋白4 (cytotoxicT lymphocyte associated protein4),其基因位于第 2 號染色體的 q33 上，且SNP 位點為 rsl024161。
[0025]依據本實用新型，所述的“TSHR”是指甲狀腺促進素受體(thyiOidstimulatinghormone receptor, TSHR),其基因位于第14號染色體的q31上，且SNP位點分別為 rsl79247 及 rsl2101261。
[0026]較佳的，所述的葛瑞夫茲氏病基因的片段包含選自于CTLA4_rsl024161 (T/C)、TSHR-rsl79247(A/G)及 TSHR_rsl2101261 (T/C)所構成的群組的 SNP 位點。
[0027]較佳的，所述的類風濕性關節炎基因偵測區還包含一第八檢測單元及一第九檢測單元，其中第八檢測單元及第九檢測單元各包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；且類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第一核苷酸探針的序列是獨自選自于突變型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段；第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第二核苷酸探針的序列是獨自選自于野生型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段。
[0028]較佳的，類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的位置是依序與葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元相鄰并排。
[0029]更佳的，所述的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第一核苷酸探針序列與第二核苷酸探針序列包含一類風濕性關節炎基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點是位于選自于CTLA4、HLA及PADI4所構成的群組的等位基因內。
[0030]依據本實用新型，所述的類風濕性關節炎的“CTLA4”是指細胞毒性T淋巴細胞關聯蛋白4，其SNP位點為rs231735。
[0031]依據本實用新型，所述的類風濕性關節炎的“HLA”是指人類白細胞抗原(humanleukocyte antigen)，其基因位于第6號染色體上，且SNP位點為rs660895。
[0032]依據本實用新型，所述的“PADI4”是指肽基精氨酸脫亞胺酶第4型(peptidylarginine deiminase4),其基因位于第I號染色體的q36上，且SNP位點為rs2240335o
[0033]較佳的，所述的類風濕性關節炎的基因片段包含選自于CTLA4_rs231735(T/G)、HLA-rs660895 (A/G)及 PADI4_rs2240335 (A/C)所構成的群組的 SNP 位點。
[0034]更佳的，所述的第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第一核苷酸探針序列與第二核苷酸探針序列包含一第一型糖尿病基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于選自于CTLA4的等位基因內。
[0035]依據本實用新型，所述的第一型糖尿病的“CTLA4”是指細胞毒性T淋巴細胞關聯蛋白 4，其 SNP 位點為 rs3087243 (G/A)。
[0036]較佳的，所述的第一型糖尿病的基因片段包含SNP位點CTLA4-rs3087243 (G/A)。
[0037]更佳的，所述的紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第一核苷酸探針序列與第二核苷酸探針序列包含一紅斑性狼瘡基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于HLA的等位基因內。
[0038]依據本實用新型，所述的與紅斑性狼瘡相關的“HLA”是指人類白細胞抗原，其SNP位點為 rs2187668(G/A)。
[0039]較佳的，所述的紅斑性狼瘡的基因片段包含SNP位點HLA-rs2187668 (G/A)。
[0040]更佳的，所述的橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第一核苷酸探針與第二核苷酸探針分別包含一橋本氏甲狀腺炎基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于VDR的等位基因內。
[0041]依據本實用新型,所述的“VDR”是指維生素D受體(vitamin D receptor),其基因位于第12號染色體的ql3上，SNP位點為rsl0735810 (A/G)。
[0042]較佳的，所述的橋本氏甲狀腺炎的基因片段包含SNP位點VDR_rsl0735810(A/G)。
[0043]本實用新型的第二較佳實施例中，前述的各檢測單元還分別包括一第三核苷酸探針及一相鄰于第三核苷酸探針的第四核苷酸探針，且第三核苷酸探針的序列與第四核苷酸探針的序列有一個核苷酸不同。
[0044]較佳的，所述的各檢測單元內的第一核苷酸探針、第二核苷酸探針、第三核苷酸探針、第四核苷酸探針位于一假想矩形的四個端角位置，且第一核苷酸探針與第四核苷酸探針位于一對角，第二核苷酸探針與第三核苷酸探針位于另一對角，亦即第一核苷酸探針與第二核苷酸探針兩兩并排，第三核苷酸探針及第四核苷酸探針兩兩并排。
[0045]較佳的，所述的葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第一核苷酸探針為突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針，其中野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針與野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針的序列互補(complementary)，突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針與突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針的序列互補，亦即第一檢測單元的第一核苷酸探針與第一檢測單元的第三核苷酸探針互補，第一檢測單元的第二核苷酸探針與第一檢測單元的第四核苷酸探針互補。較佳的，第六檢測單元的第一核苷酸探針與第六檢測單元的第三核苷酸探針互補，第六檢測單元的第二核苷酸探針與第六檢測單元的第四核苷酸探針互補；第七檢測單元的第一核苷酸探針與第七檢測單元的第三核苷酸探針互補，第七檢測單元的第二核苷酸探針與第七檢測單元的第四核苷酸探針互補。
[0046]較佳的，所述的類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第一核苷酸探針為突變型類風濕性關節炎核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型類風濕性關節炎核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型類風濕性關節炎核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型類風濕性關節炎核苷酸負義探針，其中野生型類風濕性關節炎核苷酸正義探針與野生型類風濕性關節炎核苷酸負義探針的序列互補，突變型類風濕性關節炎核苷酸正義探針與突變型類風濕性關節炎核苷酸負義探針的序列互補，亦即類風濕性關節炎基因檢測區的第二檢測單元的第一核苷酸探針與第二檢測單元的第三核苷酸探針互補，第二檢測單元的第二核苷酸探針與第二檢測單元的第四核苷酸探針互補。第八檢測單元的第一核苷酸探針與第八檢測單元的第三核苷酸探針互補，第八檢測單元的第二核苷酸探針與第八檢測單元的第四核苷酸探針互補；第九檢測單元的第一核苷酸探針與第九檢測單元的第三核苷酸探針互補，第九檢測單元的第二核苷酸探針與第九檢測單元的第四核苷酸探針互補。
[0047]較佳的，所述的第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第一核苷酸探針為突變型第一型糖尿病核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型第一型糖尿病核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型第一型糖尿病核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型第一型糖尿病核苷酸負義探針，其中野生型第一型糖尿病核苷酸正義探針與野生型第一型糖尿病核苷酸負義探針的序列互補，突變型第一型糖尿病核苷酸正義探針與突變型第一型糖尿病核苷酸負義探針的序列互補，亦即第三檢測單元的第一核苷酸探針與第三核苷酸探針互補，第二核苷酸探針與第四核苷酸探針互補。
[0048]較佳的，所述的紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第一核苷酸探針為突變型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針，其中野生型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針與野生型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針的序列互補，突變型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針與突變型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針的序列互補，亦即第四檢測單元的第一核苷酸探針與第三核苷酸探針互補，第二核苷酸探針與第四核苷酸探針互補。
[0049]較佳的，所述的橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第一核苷酸探針為突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型橋本氏甲狀腺炎苷酸負義探針，其中野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針與野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸負義探針的序列互補，突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針與突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸負義探針的序列互補，亦即第五檢測單元的第一核苷酸探針與第三核苷酸探針互補，第二核苷酸探針與第四核苷酸探針互補。
[0050]較佳的，所述的自體免疫疾病基因檢測芯片的檢測層還包括有多個確認區，各確認區包含一預定序列的核酸片段，且分別設于自體免疫疾病基因檢測區域的外側靠近基板的外緣處，以供作為確認檢測效用之用。所述的預定序列的核酸片段可為任何已知的特定序列的核酸片段，只要雜交反應過程中加入一預定含量的經標示的對應核酸片段可與該預定序列互補而結合即可，其目的在于確認雜交反應的發生，所述的核酸片段例如，但不限于家管基因(house keeping gene)、獨特的病毒蛋白基因等等,其具體的實施例包括肌動蛋白以及病毒鞘蛋白VP1。
[0051]本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片的優點在于:
[0052]1.本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片包含多種特定自體免疫疾病的基因探針，使涵蓋所述的特定的自體免疫疾病基因的單核苷酸多態性位點的探針能夠有效與檢測樣本中具有完全互補序列的核苷酸相結合，進而使本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片可快速且精確的評估受試者所具有的自體免疫疾病基因，即可進一步針對特定自體免疫疾病基因進行預防療法以及針對特定自體免疫疾病基因所引起的疾病的風險評估。例如:細胞毒性T淋巴細胞相關抗原(CTLA4)基因與第一型糖尿病的生理機制有關，若受試者的CTLA4基因為突變型，即代表受試者較可能罹患第一型糖尿病，因此可提醒受試者定期篩檢或控制飲食；此外，CTLA4基因、人類白細胞抗原(HLA)或肽基精氨酸脫亞胺酶第4型(PAD14)與類風濕性關節炎的生理機制有關，如果前述CTLA4、HLA或PADI4基因為突變型，即表示受試者較可能罹患類風濕性關節炎，因此，可提醒受試者可藉由飲食控制，盡量避免高熱量、高蛋白、高脂肪飲食或是避免受寒受潮等方法保護關節。
[0053]2.各檢測單元的第一核苷酸探針與對應位置的第二核苷酸探針的序列有一個核苷酸不同；第三核苷酸探針與對應位置的第四核苷酸探針的序列有一個核苷酸不同，而可辨別特定自體免疫疾病基因的SNP。當本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片用于檢測個體樣本時，可用以區辨該個體的特定自體免疫疾病基因的基因型是屬于等位基因型的純合子(homozygote),或是等位基因型的異合子(heterozygote),并且將分析結果與該個體是否有表現自體免疫疾病相比較，進而判定特定自體免疫基因的SNP與自體免疫疾病表現型的相關性。
[0054]3.當自體免疫疾病基因檢測區域的各第一、第二、第三及第四核苷酸探針分別具有核苷酸正義探針及核苷酸負義探針時，藉由核苷酸正義探針與核苷酸負義探針序列互補的特性，可做為檢測效果的雙重確認以增加檢測的準確率。
[0055]4.本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片可以用于同時檢測葛瑞夫茲氏癥、類風濕性關節炎、第一型糖尿病、紅斑性狼瘡及橋本氏甲狀腺炎。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0056]圖1是本實用新型的第一實施例的立體外觀示意圖。
[0057]圖2A是本實用新型的第一實施例的側視剖面示意圖。
[0058]圖2B是本實用新型的第一實施例的實施狀態的側視剖面示意圖。
[0059]圖3是本實用新型的第二實施例的平面外觀示意圖。
[0060]圖4是本實用新型的第三較佳實施例的平面外觀示意圖。
[0061]圖5是本實用新型的第三較佳實施例的具體實施例的平面外觀示意圖。
[0062]圖6是本實用新型的第三較佳實施例的另一具體實施例的平面外觀示意圖。
[0063]圖中標號說明:
[0064]10 基板
[0065]11偵測面
[0066]20檢測層
[0067]30自體免疫疾病基因檢測區域
[0068]31，31A，31B葛瑞夫茲氏病基因偵測區
[0069]311，311A, 311B 第一檢測單元
[0070]3111，3111A，3111B 第一核苷酸探針
[0071]3112，3112A，3112B 第二核苷酸探針
[0072]3113B第三核苷酸探針
[0073]3114B第四核苷酸探針
[0074]312A, 312B第六檢測單元
[0075]3121A，3121B第一核苷酸探針
[0076]3122A, 3122B第二核苷酸探針
[0077]3123B第三核苷酸探針
[0078]3124B第四核苷酸探針
[0079]313A, 313B第七檢測單元
[0080]3131A, 3131B第一核苷酸探針
[0081]3132A，3132B第二核苷酸探針
[0082]3133B第三核苷酸探針
[0083]3134B第四核苷酸探針
[0084]32，32A, 32B類風濕性關節炎基因偵測區321，321A, 321B第二檢測單元
[0085]3211，3211A，3211B 第一核苷酸探針
[0086]3212，3212A, 3212B 第二核苷酸探針
[0087]3213B第三核苷酸探針
[0088]3214B第四核苷酸探針
[0089]322A, 322B第八檢測單元[0090]3221A, 3221B第一核苷酸探針
[0091 ]3222A, 3222B第二核苷酸探針
[0092]3223B第三核苷酸探針
[0093]3224B第四核苷酸探針
[0094]323A, 323B第九檢測單元
[0095]3231A, 3231B第一核苷酸探針
[0096]3232A, 3232B第二核苷酸探針
[0097]3233B第三核苷酸探針
[0098]3234B第四核苷酸探針
[0099]33，33A, 33B第一型糖尿病基因偵測區
[0100]331，331B第三檢測單元
[0101]3311，3311B第一核苷酸探針
[0102]3312，3312B第二核苷酸探針
[0103]3313B第三核苷酸探針
[0104]3314B第四核苷酸探針
[0105]34，34A, 34B紅斑性狼瘡基因偵測區
[0106]341，341B第四檢測單元
[0107]3411，3411B第一核苷酸探針
[0108]3412，3412B第二核苷酸探針
[0109]3413B第三核苷酸探針
[0110]3414B第四核苷酸探針
[0111]35，35B橋本氏甲狀腺炎基因偵測區
[0112]351，351B第五檢測單元
[0113]3511，3511B第一核苷酸探針
[0114]3512，3512B第二核苷酸探針
[0115]3513B第三核苷酸探針
[0116]3514B第四核苷酸探針
[0117]40確認區
[0118]50基因產物
【具體實施方式】
[0119]本實用新型藉由下述的實施例作為例示說明，將使得本實用新型的范疇與技術特征更為清楚，但不應視為局限本實用新型的范圍的限制。
[0120]本實用新型的第一實施例的自體免疫疾病基因檢測芯片，如圖1所示，包含有一基板10、一檢測層20、一自體免疫疾病基因檢測區域30及多個確認區40。
[0121]該基板10為玻璃或者聚合物所制成的薄膜。
[0122]該檢測層20疊置于該基板10的偵測面11 (請結合參見圖2A)。
[0123]該自體免疫疾病基因檢測區域30設于檢測層20之上，且該自體免疫疾病基因檢測區域30包括一葛瑞夫茲氏病基因偵測區31、一類風濕性關節炎基因偵測區32、一第一型糖尿病基因偵測區33、一紅斑性狼瘡基因偵測區34及一橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35，其中該葛瑞夫茲氏病基因偵測區31相鄰于類風濕性關節炎基因偵測區32，第一型糖尿病基因偵測區33、紅斑性狼瘡基因偵測區34及橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35依序相鄰于類風濕性關節炎基因偵測區32。
[0124]該葛瑞夫茲氏病基因偵測區31依序包含一第一檢測單元311，其中第一檢測單元311包括有一第一核苷酸探針3111及一相鄰于第一核苷酸探針3111的第二核苷酸探針3112，其中該第一核苷酸探針3111為突變型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3111具有突變型葛瑞夫茲氏病等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3112為野生型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3112具有野生型葛瑞夫茲氏病等位基因的片段序列。
[0125]該突變型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針與野生型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于選自于CTLA4或TSHR等已知等位基因型。
[0126]類風濕性關節炎基因偵測區32包含一第二檢測單元321，該第二檢測單元321包含有一第一核苷酸探針3211及一相鄰于第一核苷酸探針3211的第二核苷酸探針3212，其中該第一核苷酸探針3211為突變型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3211具有突變型類風濕性關節炎等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3212為野生型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3212具有野生型類風濕性關節炎等位基因的片段序列。
[0127]該突變型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針與野生型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于選自于CTLA4、HLA或PADI4等已知等位基因型。
[0128]第一型糖尿病基因偵測區33包含具有一第三檢測單元331，該第三檢測單元331包含有一第一核苷酸探針3311及一相鄰于第一核苷酸探針3311的第二核苷酸探針3312 ；其中該第一核苷酸探針3311為突變型第一型糖尿病等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3311具有突變型第一型糖尿病等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3312為野生型第一型糖尿病等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3312具有野生型第一型糖尿病等位基因的片段序列。
[0129]該突變型第一型糖尿病等位基因的核苷酸探針與野生型第一型糖尿病等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點為CTLA4已知等位基因型。
[0130]紅斑性狼瘡基因偵測區34包含一第四檢測單元341，該第四檢測單元341包含有一第一核苷酸探針3411及一相鄰于第一核苷酸探針3411的第二核苷酸探針3412，其中該第一核苷酸探針3411為突變型紅斑性狼瘡等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3411具有突變型紅斑性狼瘡等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3412為野生型紅斑性狼瘡等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3412具有野生型紅斑性狼瘡等位基因的片段序列。
[0131]該突變型紅斑性狼瘡等位基因的核苷酸探針與野生型紅斑性狼瘡等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點為HLA已知等位基因型。[0132]橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35包含一第五檢測單元351，該第五檢測單元351包含有一第一核苷酸探針3511及一相鄰于第一核苷酸探針3511的第二核苷酸探針3512 ;其中該第一核苷酸探針3511為突變型橋本氏甲狀腺炎等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3511具有突變型橋本氏甲狀腺炎等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3512為野生型橋本氏甲狀腺炎等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3512具有野生型橋本氏甲狀腺炎等位基因的片段序列。
[0133]該突變型橋本氏甲狀腺炎等位基因的核苷酸探針與野生型橋本氏甲狀腺炎等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點為VDR已知等位基因型。
[0134]各確認區40設于自體免疫疾病基因檢測區域30的外側靠近基板10的外緣處，并且包含一預定序列的核酸片段，以供作為確認雜交反應作用發生。所述的預定序列的核酸片段為肌動蛋白或病毒鞘蛋白VP1。
[0135]前述的自體免疫疾病基因檢測區域30的葛瑞夫茲氏病基因偵測區31、類風濕性關節炎基因偵測區32、第一型糖尿病基因偵測區33、紅斑性狼瘡基因偵測區34、橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35以及確認區40是藉由所屬領域的已知技術將指定的核苷酸探針與基板10結合固定，并藉由適當的阻隔手段填補基板10的未與核苷酸探針結合的區域，形成所述的檢測層20，藉以避免芯片與待測樣本之間發生非專一性的結合。
[0136]如圖2A至圖2B所示，本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片于實施時，首先，自一自愿受試者獲取其含有核酸的檢體樣本，利用與特定的CTLA4、TSHR、HLA、PAD14或VDR基因的涵蓋對應的單核苷酸多態性位點序列的旁側序列的引物對，進行聚合酶鏈式反應，以擴增出大小約100至300堿基對的核酸片段，具有所述堿基對的核酸片段為對應前述等位基因的基因片段的基因產物50，所述的聚合酶鏈式反應是使用5’端具有生物素(biotin)標示的引物進行聚合酶鏈式反應。接著將前述的受試者的經標示的基因產物50與本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片于適當的雜交條件下進行雜交反應，藉由前述具有標示的基因產物50與本實用新型的自體免疫疾病基因檢測芯片的自體免疫疾病基因檢測區域30的任一探針完全互補時，基因產物50與探針結合而被捕捉固定于基板10上，并藉由偵測該標示所產生的訊號，以判斷受試者的自體免疫疾病基因是否帶有特定的SNP。
[0137]本實用新型的第二較佳實施例，如圖3所示，葛瑞夫茲氏病基因偵測區31A依序包含一第一檢測單元311A、一第六檢測單元312A及一第七檢測單元313A,其中第六檢測單元312A位于第一檢測單元311A與第七檢測單元313A之間，該第一檢測單元311A、第六檢測單元312A及第七檢測單元313A各包括有一第一核苷酸探針3111A，3121A, 3131A及一相鄰于第一核苷酸探針3111A，3121A, 3131A的第二核苷酸探針3112A，3122A, 3132A，其中該第一核苷酸探針3111A，3121A, 3131A為突變型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3111A，3121A, 3131A具有突變型葛瑞夫茲氏病等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3112A，3122A, 3132A為野生型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3112A，3122A, 3132A具有野生型葛瑞夫茲氏病等位基因的片段序列。
[0138]該突變型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針與野生型葛瑞夫茲氏病等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點選自于CTLA4或TSHR等已知等位基因型。[0139]類風濕性關節炎基因偵測區32A依序包含一第二檢測單元321A、一第八檢測單元322A及一第九檢測單元323A，即第八檢測單元322A位于第二檢測單元321A與第九檢測單元323A之間，且該第二檢測單元321A、第八檢測單元322A及第九檢測單元323A的位置依序與葛瑞夫茲氏病基因偵測區31的第一檢測單元311A、第六檢測單元312A及第七檢測單元313A相鄰并排，該第二檢測單元321A、第八檢測單元322A及第九檢測單元323A分別包含有一第一核苷酸探針3211A，3221A, 3231A及一相鄰于第一核苷酸探針3211A，3221A, 3231A的第二核苷酸探針3212A，3222A, 3232A，其中該第一核苷酸探針3211A, 3221A, 3231A為突變型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針，且第一核苷酸探針3211A, 3221A, 3231A具有突變型類風濕性關節炎等位基因的片段序列；該第二核苷酸探針3212A, 3222A, 3232A為野生型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針，且第二核苷酸探針3212A, 3222A, 3232A具有野生型類風濕性關節炎等位基因的片段序列。
[0140]該突變型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針與野生型類風濕性關節炎等位基因的核苷酸探針涵蓋一單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點選自于CTLA4、HLA或PADI4等已知等位基因型。
[0141]本實用新型的第三較佳實施例，如圖4所示，自體免疫疾病基因檢測區域30B的葛瑞夫茲氏病基因偵測區31B的第一檢測單元311B、第六檢測單元312B及第七檢測單元313B分別還包括一第三核苷酸探針3113B，3123B, 3133B及一相鄰于第三核苷酸探針3113B, 3123B, 3133B的第四核苷酸探針3114B, 3124B, 3134B。就第一檢測單元311B而言，第一核苷酸探針3111B、第二核苷酸探針3112B、第三核苷酸探針3113B、第四核苷酸探針3114B位于一假想矩形的四個端角位置，且其中第一核苷酸探針3111B與第四核苷酸探針3114B位于一對角，第二核苷酸探針3112B與第三核苷酸探針3113B位于另一對角，亦即第一核苷酸探針3111B與第二核苷酸探針3112B兩兩并排，第三核苷酸探針3113B及第四核苷酸探針3114B兩兩并排。第六檢測單元312B及第七檢測單元313B以此類推。
[0142]就第一檢測單元311B而言，其中第一核苷酸探針3111B為突變型葛瑞夫茲氏病正義探針，第三核苷酸探針3113B為突變型葛瑞夫茲氏病負義探針，且第一核苷酸探針3111B的序列與第三核苷酸探針3113B的序列互補(complementary);第二核苷酸探針3112B為野生型葛瑞夫茲氏病正義探針，第四核苷酸探針3114B為野生型葛瑞夫茲氏病負義探針，且第二核苷酸探針3112B的序列與第四核苷酸探針3114B的序列互補。第六檢測單元312B的第一核苷酸探針3121B為突變型葛瑞夫茲氏病正義探針，第三核苷酸探針3123B為突變型葛瑞夫茲氏病負義探針，且第一核苷酸探針3121B的序列與第三核苷酸探針3123B的序列互補；第二核苷酸探針3122B為野生型葛瑞夫茲氏病正義探針，第四核苷酸探針3124B為野生型葛瑞夫茲氏病負義探針，且第二核苷酸探針3122B的序列與第四核苷酸探針3124B的序列互補；第七檢測單元313B的第一核苷酸探針3131B為突變型葛瑞夫茲氏病正義探針，第三核苷酸探針3133B為突變型葛瑞夫茲氏病負義探針，且第一核苷酸探針3131B的序列與第三核苷酸探針3133B的序列互補；第二核苷酸探針3132B為野生型葛瑞夫茲氏病正義探針，第四核苷酸探針3134B為野生型葛瑞夫茲氏病負義探針，且第二核苷酸探針3132B的序列與第四核苷酸探針3134B的序列互補。
[0143]類風濕性關節炎基因偵測區32B的第二檢測單元321B、第八檢測單元322B及第九檢測單元323B分別還包括一第三核苷酸探針3213B，3223B, 3233B及相鄰于第三核苷酸探針3213B, 3223B, 3233B的第四核苷酸探針3214B, 3224B, 3234B。就第二檢測單元321B而言，亦即第一核苷酸探針3211B、第二核苷酸探針3212B、第三核苷酸探針3213B、第四核苷酸探針3214B位于一假想矩形的四個端角位置，且其中第一核苷酸探針3211B、第四核苷酸探針3214B位于一對角，第二核苷酸探針3212B與第三核苷酸探針3213B位于另一對角，亦即第一核苷酸探針3211B與第二核苷酸探針3212B兩兩并排，第三核苷酸探針3213B及第四核苷酸探針3214B兩兩并排。第八檢測單元322B及第九檢測單元323B以此類推。
[0144]就第二檢測單元321B而言，其中第一核苷酸探針3211B為突變型類風濕性關節炎正義探針，第三核苷酸探針3213B為突變型類風濕性關節炎負義探針，且第一核苷酸探針3211B的序列與第三核苷酸探針3213B的序列互補；第二核苷酸探針3212B為野生型類風濕性關節炎正義探針，第四核苷酸探針3214B為野生型類風濕性關節炎負義探針，且第二核苷酸探針3212B的序列與第四核苷酸探針3214B的序列相互補；第八檢測單元322B的第一核苷酸探針3221B為突變型類風濕性關節炎正義探針，第三核苷酸探針3223B為突變型類風濕性關節炎負義探針，且第一核苷酸探針3221B的序列與第三核苷酸探針3223B的序列互補；第二核苷酸探針3222B為野生型類風濕性關節炎正義探針，第四核苷酸探針3224B為野生型類風濕性關節炎負義探針，且第二核苷酸探針3222B的序列與第四核苷酸探針3224B的序列互補；第九檢測單元323B的第一核苷酸探針3231B為突變型類風濕性關節炎正義探針，第三核苷酸探針3233B為突變型類風濕性關節炎負義探針，且第一核苷酸探針3231B的序列與第三核苷酸探針3233B的序列互補；第二核苷酸探針3232B為野生型類風濕性關節炎正義探針，第四核苷酸探針3234B為野生型類風濕性關節炎負義探針，且第二核苷酸探針3232B的序列與第四核苷酸探針3234B的序列互補。
[0145]第一型糖尿病基因偵測區33B的第三檢測單元331B、紅斑性狼瘡基因偵測區34B的第四檢測單元341B及橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35B的第五單元351B還分別包括一第三核苷酸探針3313B，3413B, 3513B及相鄰于該第三核苷酸探針3313B，3413B, 3513B的第四核苷酸探針 3314B, 3414B, 3514B。
[0146]就第三檢測單元331B而言，第一核苷酸探針3311B、第二核苷酸探針3312B、第三核苷酸探針3313B、第四核苷酸探針3314B位于一假想矩形的四個端角位置，且其中第一核苷酸探針3311B、第四核苷酸探針3314B位于一對角，第二核苷酸探針3312B與第三核苷酸探針3313B位于另一對角，亦即第一核苷酸探針3311B與第二核苷酸探針3212B兩兩并排，第三核苷酸探針3313B及第四核苷酸探針3314B兩兩并排。紅斑性狼瘡基因偵測區34B的第四檢測單元341B及橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35B的第五單元351B以此類推。
[0147]第一型糖尿病基因偵測區33B的第三檢測單元331B的第一核苷酸探針3311B為突變型第一型糖尿病正義探針，第三核苷酸探針3313B為突變型第一型糖尿病負義探針，且第一核苷酸探針3311B的序列與第三核苷酸探針3313B的序列互補；第二核苷酸探針3312B為野生型類第一型糖尿病正義探針，第四核苷酸探針3314B為野生型第一型糖尿病負義探針，且第二核苷酸探針3312B的序列與第四核苷酸探針3314B的序列互補。
[0148]紅斑性狼瘡基因偵測區34B的第四檢測單元341B的第一核苷酸探針3411B為突變型紅斑性狼瘡正義探針，第三核苷酸探針3413B為突變型紅斑性狼瘡負義探針，且第一核苷酸探針341IB的序列與第三核苷酸探針3413B的序列互補；第二核苷酸探針3412B為野生型類紅斑性狼瘡正義探針，第四核苷酸探針3414B為野生型紅斑性狼瘡負義探針，且第二核苷酸探針3412B的序列與第四核苷酸探針3414B的序列互補。
[0149]橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35B的第五檢測單元351B的第一核苷酸探針3511B為突變型橋本氏甲狀腺炎正義探針，第三核苷酸探針3513B為突變型橋本氏甲狀腺炎負義探針，且第一核苷酸探針3511B的序列與第三核苷酸探針3513B的序列互補；第二核苷酸探針3512B為野生型類橋本氏甲狀腺炎正義探針，第四核苷酸探針3514B為野生型橋本氏甲狀腺炎負義探針，且第二核苷酸探針3512B的序列與第四核苷酸探針3514B的序列互補。以上藉由等位基因的核苷酸探針序列互補的特性，而可做為檢測效果的雙重確認以增加檢測的準確率。
[0150]在本實用新型第三較佳實施例的一具體實施例中，如圖5所示，葛瑞夫茲氏病基因偵測區31B的第一檢測單元311B的第一核苷酸探針3111B為突變型葛瑞夫茲氏病CTLA4核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3112B為野生型葛瑞夫茲氏病CTLA4核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3113B為突變型葛瑞夫茲氏病CTLA4核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3114B為野生型葛瑞夫茲氏病CTLA4核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為CTLA4-rsl024161。
[0151]第六檢測單元312B的第一核苷酸探針3121B為突變型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3122B為野生型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3123B為突變型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3124B為野生型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為TSHR-rsl79247。
[0152]第七檢測單元313B的第一核苷酸探針3131B為突變型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3132B為野生型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3133B為突變型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3134B為野生型葛瑞夫茲氏病TSHR核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為TSHR-rsl79247。
[0153]當葛瑞夫茲氏病基因偵測區31B的第一檢測單元311B、第六檢測單元312B及第七檢測單元313B的第二核苷酸探針3112B，3122B，3132B以及第四核苷酸探針3114B, 3124B, 3134B產生訊號，第一核苷酸探針3111B, 3121B, 3131B及第三核苷酸探針3113B, 3123B, 3133B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNA雙鏈互補的原則，判定該受試者具有野生型葛瑞夫茲氏病等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患葛瑞夫茲氏病的機率較低。
[0154]類風濕性關節炎基因偵測區32B的第二檢測單元321B的第一核苷酸探針3211B為突變型類風濕性關節炎CTLA4核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3212B為野生型類風濕性關節炎CTLA4核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3213B為突變型類風濕性關節炎CTLA4核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3214B為野生型類風濕性關節炎CTLA4核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為CTLA4-rs231735。
[0155]第八檢測單元322B的第一核苷酸探針3221B為突變型類風濕性關節炎HLA核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3222B為野生型類風濕性關節炎HLA核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3223B為突變型類風濕性關節炎HLA核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3224B為野生型類風濕性關節炎HLA核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為HLA-rs660895o[0156]第九檢測單元323B的第一核苷酸探針3231B為突變型類風濕性關節炎PADI4核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3232B為野生型類風濕性關節炎PADI4核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3233B為突變型類風濕性關節炎PADI4核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3234B為野生型類風濕性關節炎PADI4核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為PADI4-rs2240335。
[0157]當類風濕性關節炎基因偵測區32B的第八檢測單元322B及第九檢測單元323B的第二核苷酸探針3222B，3232B、第四核苷酸探針3224B，3234B以及第二檢測單元321B的第一核苷酸探針3211B及第三核苷酸探針3213B產生訊號，且第八檢測單元322B及第九檢測單元323B的第一核苷酸探針3221B，3231B、第三核苷酸負義探針3223B，3233B以及第二檢測單元321B的第二核苷酸探針3212B及第四核苷酸探針3214B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與野生型類風濕性關節炎HLA及PADI4的核苷酸正義及負義核苷酸探針以及突變型類風濕性關節炎CTLA4的核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNA雙鏈互補的原則，判定該受試者具有野生型類風濕性關節炎等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患類風濕性關節炎的機率較低。
[0158]第一型糖尿病基因偵測區33B的第三檢測單元331B的第一核苷酸探針3311B為突變型第一型糖尿病CTLA4核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3312B為野生型第一型糖尿病CTLA4核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3313B為突變型第一型糖尿病CTLA4核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3314B為野生型第一型糖尿病CTLA4核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為CTLA4-rs3087243。
[0159]當第三檢測單元331B的第二核苷酸探針3312B以及第四核苷酸探針3314B產生訊號，第一核苷酸探針3311B及第三核苷酸探針3313B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與野生型第一型糖尿病核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有野生型第一型糖尿病等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患第一型糖尿病的機率較低。
[0160]紅斑性狼瘡基因偵測區34B的第四檢測單元341B的第一核苷酸探針3411B為突變型紅斑性狼瘡HLB核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3412B為野生型紅斑性狼瘡HLB核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3413B為突變型紅斑性狼瘡HLB核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3414B為野生型紅斑性狼瘡HLB核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為HLB-rs2187668。
[0161]當第四檢測單元341B的第二核苷酸探針3412B以及第四核苷酸探針3414B產生訊號，第一核苷酸探針3411B及第三核苷酸探針3413B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與野生型紅斑性狼瘡核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有野生型紅斑性狼瘡等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患紅斑性狼瘡的機率較低。
[0162]橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35B的第五檢測單元351B的第一核苷酸探針3511B為突變型橋本氏甲狀腺炎VDR核苷酸正義探針，第二核苷酸探針3512B為野生型橋本氏甲狀腺炎VDR核苷酸正義探針，第三核苷酸探針3513B為突變型橋本氏甲狀腺炎VDR核苷酸負義探針，第四核苷酸探針3514B為野生型橋本氏甲狀腺炎VDR核苷酸負義探針，且以上核苷酸探針的SNP位點為VDR-rsl0735810。[0163]當第五檢測單元351B的第二核苷酸探針3512B以及第四核苷酸探針3514B產生訊號，第一核苷酸探針3511B及第三核苷酸探針3513B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有野生型橋本氏甲狀腺炎等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患橋本氏甲狀腺炎的機率較低。
[0164]在本實用新型第三較佳實施例的另一具體實施例中，如圖6所示，當葛瑞夫茲氏病基因偵測區31B的第一檢測單元311B、第六檢測單元312B及第七檢測單元313B的第一核苷酸探針3111B，3121B, 3131B及第三核苷酸探針3113B，3123B, 3133B產生訊號，第二核苷酸探針3112B，3122B, 3132B以及第四核苷酸探針3114B，3124B, 3134B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有突變型葛瑞夫茲氏病等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患葛瑞夫茲氏病的機率較高。
[0165]當類風濕性關節炎基因偵測區32B的第八檢測單元322B及第九檢測單元323B的第一核苷酸探針3221B，3231B、第三核苷酸探針3223B，3233B以及第二檢測單元321B的第二核苷酸探針3212B及第四核苷酸探針3214B產生訊號，且第八檢測單元322B及第九檢測單元323B的第二核苷酸探針3222B，3232B、第四核苷酸探針3224B，3234B以及第二檢測單元321B的第一核苷酸探針3211B及第三核苷酸探針3213B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與突變型類風濕性關節炎HLB及PBDI4的核苷酸正義及負義核苷酸探針以及野生型類風濕性關節炎CTLA4的核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有突變型類風濕性關節炎HLB及PBDI4以及野生型類風濕性關節炎CTLA4等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患類風濕性關節炎的機率較高。
[0166]第一型糖尿病基因偵測區33B的第三檢測單元331B的第一核苷酸探針3311B及第三核苷酸探針3313B產生訊號，第二核苷酸探針3312B以及第四核苷酸探針3314B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與突變型第一型糖尿病核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有突變型第一型糖尿病等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患第一型糖尿病的機率較高。
[0167]紅斑性狼瘡基因偵測區34B的第四檢測單元341B的第一核苷酸探針3411B及第三核苷酸探針3413B產生訊號，以及第二核苷酸探針3412B以及第四核苷酸探針3414B皆無產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與突變型紅斑性狼瘡核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNB雙鏈互補的原則，判定該受試者具有突變型紅斑性狼瘡等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患紅斑性狼瘡的機率較高。
[0168]橋本氏甲狀腺炎基因偵測區35B的第五檢測單元351B的第一核苷酸探針3511B及第三核苷酸探針3513B產生訊號，以及第二核苷酸探針3512B以及第四核苷酸探針3514B亦產生訊號，即代表受試者的基因產物具有與突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義及負義核苷酸探針完全相同的互補序列，基于DNA雙鏈互補的原則，判定該受試者具有突變型橋本氏甲狀腺炎等位基因SNP，進而判定受試者可能罹患橋本氏甲狀腺炎的機率較高。
【權利要求】
1.一種自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，該自體免疫疾病基因檢測芯片包含一基板、一疊置于該基板的偵測面的檢測層以及一位于檢測層的自體免疫疾病基因檢測區域；該自體免疫疾病基因檢測區域包括一葛瑞夫茲氏病基因偵測區、一類風濕性關節炎基因偵測區、一第一型糖尿病基因偵測區、一紅斑性狼瘡基因偵測區及一橋本氏甲狀腺炎基因偵測區；該葛瑞夫茲氏病基因偵測區包含一第一檢測單元，該第一檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該類風濕性關節炎基因偵測區包含一第二檢測單元，該第二檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該第一型糖尿病基因偵測區包含具有一第三檢測單元，該第三檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該紅斑性狼瘡基因偵測區包含具有一第四檢測單元，該第四檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；該橋本氏甲狀腺炎基因偵測區包含具有一第五檢測單元，該第五檢測單元包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；各前述的檢測單元的第一核苷酸探針皆與第二核苷酸探針相鄰并排，其中: 葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段；葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段； 類風濕性 關節炎基因偵測區的第二檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段；類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段； 第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型第一型糖尿病的等位基因的序列片段；第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第二核苷酸探針的序列的選自于野生型第一型糖尿病的等位基因的序列片段； 紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型紅斑性狼瘡的等位基因的序列片段；紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型紅斑性狼瘡的等位基因的序列片段； 橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第一核苷酸探針的序列選自于突變型橋本氏甲狀腺炎的等位基因的序列片段；橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第二核苷酸探針的序列選自于野生型橋本氏甲狀腺炎的等位基因的序列片段。
2.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，各基因偵測區的檢測單元的第一核苷酸探針的序列排列與對應的第二核苷酸探針的序列排列有一個核苷酸不同。
3.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，葛瑞夫茲氏病基因偵測區相鄰于類風濕性關節炎基因偵測區，第一型糖尿病基因偵測區、紅斑性狼瘡基因偵測區及橋本氏甲狀腺炎基因偵測區依序相鄰于類風濕性關節炎基因偵測區。
4.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，葛瑞夫茲氏病基因偵測區還包含一第六檢測單元及一第七檢測單元，其中第六檢測單元及第七檢測單元分別各包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針，且葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第一核苷酸探針的序列是獨立選自于突變型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段；第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第二核苷酸探針的序列是獨立選自于野生型葛瑞夫茲氏病的等位基因的序列片段。
5.如權利要求4所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第一核苷酸探針序列與第二核苷酸探針序列分別包含葛瑞夫茲氏病基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點是位于選自于CTLA4及TSHR所構成的群組的等位基因內。
6.如權利要求5所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，葛瑞夫茲氏病基因片段包含選自于 CTLA4-rsl024161 (T/C)、TSHR-rsl79247 (A/G)及 TSHR_rsl2101261 (T/C)所構成的群組的SNP位點。
7.如權利要求6所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，類風濕性關節炎基因偵測區還包含一第八檢測單元及一第九檢測單元，其中第八檢測單元及第九檢測單元各包含有一第一核苷酸探針及一第二核苷酸探針；且類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第一核苷酸探針的序列是獨自選自于突變型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段；第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第二核苷酸探針的序列是獨自選自于突變型類風濕性關節炎的等位基因的序列片段。
8.如權利要求7所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的位置是依序與葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元相鄰并排。
9.如權利要求7所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第一核苷酸探針與第二核苷酸探針包含一類風濕性關節炎基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點是位于選自于CTLA4、HLA及PADI4所構成的群組的等位基因內。
10.如權利要求9所述 的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，類風濕性關節炎的基因片段包含選自于 CTLA4-rs231735 (T/G)、HLA-rs660895 (A/G)及 PADI4_rs2240335 (A/C)所構成的群組的SNP位點。
11.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第一核苷酸探針與第二核苷酸探針包含一第一型糖尿病基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于CTLA4的等位基因內。
12.如權利要求11所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，第一型糖尿病的基因片段包含SNP位點CTLA4-rs3087243 (G/A)。
13.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第一核苷酸探針與第二核苷酸探針包含一紅斑性狼瘡基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于HLA的等位基因內。
14.如權利要求13所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，紅斑性狼瘡的基因片段包含 SNP 位點 HLA-rs2187668 (G/A)。
15.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第一核苷酸探針與第二核苷酸探針分別包含一橋本氏甲狀腺炎基因的單核苷酸多態性位點，且單核苷酸多態性位點位于VDR的等位基因內。
16.如權利要求15所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，橋本氏甲狀腺炎的基因片段包含SNP位點VDR-rsl0735810 (A/G)。
17.如權利要求4所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，各檢測單元還分別包括一第三核苷酸探針及一相鄰于第三核苷酸探針的第四核苷酸探針，且第三核苷酸探針的序列與第四核苷酸探針的序列有一個核苷酸不同；且各檢測單元內的第一核苷酸探針、第二核苷酸探針、第三核苷酸探針、第四核苷酸探針位于一假想矩形的四個端角位置，且第一核苷酸探針與第四核苷酸探針位于一對角，第二核苷酸探針與第三核苷酸探針位于另一對角，亦即第一核苷酸探針與第二核苷酸探針是兩兩并排，第三核苷酸探針及第四核苷酸探針是兩兩并排。
18.如權利要求17所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，葛瑞夫茲氏病基因偵測區的第一檢測單元、第六檢測單元及第七檢測單元的第一核苷酸探針為突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針，其中野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針與野生型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針的序列互補，突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸正義探針與突變型葛瑞夫茲氏病核苷酸負義探針的序列互補，亦即第一檢測單元的第一核苷酸探針與第一檢測單元的第三核苷酸探針互補，第一檢測單元的第二核苷酸探針與第一檢測單元的第四核苷酸探針互補；第六檢測單元的第一核苷酸探針與第六檢測單元的第三核苷酸探針互補，第六檢測單元的第二核苷酸探針與第六檢測單元的第四核苷酸探針互補；第七檢測單元的第一核苷酸探針與第七檢測單元的第三核苷酸探針互補，第七檢測單元的第二核苷酸探針與第七檢測單元的第四核苷酸探針互補。
19.如權利要求7所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，各檢測單元還分別包括一第三核苷酸探針及一相鄰于第三核苷酸探針的第四核苷酸探針，且第三核苷酸探針的序列與第四核苷酸探針的序列有一個核苷酸不同；且各檢測單元內的第一核苷酸探針、第二核苷酸探針、第三核苷酸探針、第四核苷酸探針位于一假想矩形的四個端角位置，且第一核苷酸探針與第四核苷酸探針位于一對角，第二核苷酸探針與第三核苷酸探針位于另一對角，亦即第一核苷酸探針與第二核苷酸探針是兩兩并排，第三核苷酸探針及第四核苷酸探針是兩兩并排。
20.如權利要求19所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，類風濕性關節炎基因偵測區的第二檢測單元、第八檢測單元及第九檢測單元的第一核苷酸探針為突變型類風濕性關節炎核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型類風濕性關節炎核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型類風濕性關節炎核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型類風濕性關節炎核苷酸負義探針，其中野生型類風濕性關節炎核苷酸正義探針與野生型類風濕性關節炎核苷酸負義探針的序列互補，突變型類風濕性關節炎核苷酸正義探針與突變型類風濕性關節炎核苷酸負義探針的序列互補，亦即類風濕性關節炎基因檢測區的第二檢測單元的第一核苷酸探針與第二檢測單元的第三核苷酸探針互補，第二檢測單元的第二核苷酸探針與第二檢測單元的第四核苷酸探針互補；第八檢測單元的第一核苷酸探針與第八檢測單元的第三核苷酸探針互補，第八檢測單元的第二核苷酸探針與第八檢測單元的第四核苷酸探針互補；第九檢測單元的第一核苷酸探針與第九檢測單元的第三核苷酸探針互補，第九檢測單元的第二核苷酸探針與第九檢測單元的第四核苷酸探針互補。
21.如權利要求1所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，各檢測單元還分別包括一第三核苷酸探針及一相鄰于第三核苷酸探針的第四核苷酸探針，且第三核苷酸探針的序列與第四核苷酸探針的序列有一個核苷酸不同；且各檢測單元內的第一核苷酸探針、第二核苷酸探針、第三核苷酸探針、第四核苷酸探針位于一假想矩形的四個端角位置，且第一核苷酸探針與第四核苷酸探針位于一對角，第二核苷酸探針與第三核苷酸探針位于另一對角，亦即第一核苷酸探針與第二核苷酸探針是兩兩并排，第三核苷酸探針及第四核苷酸探針是兩兩并排。
22.如權利要求21所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，第一型糖尿病基因偵測區的第三檢測單元的第一核苷酸探針為突變型第一型糖尿病核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型第一型糖尿病核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型第一型糖尿病核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型第一型糖尿病核苷酸負義探針，其中野生型第一型糖尿病核苷酸正義探針與野生型第一型糖尿病核苷酸負義探針的序列互補，突變型第一型糖尿病核苷酸正義探針與突變型第一型糖尿病核苷酸負義探針的序列互補，亦即第三檢測單元的第一核苷酸探針與第三核苷酸探針互補，第二核苷酸探針與第四核苷酸探針互補。
23.如權利要求21所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，紅斑性狼瘡基因偵測區的第四檢測單元的第一核苷酸探針為突變型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針，其中野生型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針與野生型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針的序列互補，突變型紅斑性狼瘡核苷酸正義探針與突變型紅斑性狼瘡核苷酸負義探針的序列互補，亦即第四檢測單元的第一核苷酸探針與第三核苷酸探針互補，第二核苷酸探針與第四核苷酸探針互補。
24.如權利要求21所述的自體免疫疾病基因檢測芯片，其特征在于，橋本氏甲狀腺炎基因偵測區的第五檢測單元的第一核苷酸探針為突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針；第二核苷酸探針為野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針；第三核苷酸探針為突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸負義探針；第四核苷酸探針為野生型橋本氏甲狀腺炎苷酸負義探針，其中野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針與野生型橋本氏甲狀腺炎核苷酸負義探針的序列互補，突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸正義探針與突變型橋本氏甲狀腺炎核苷酸負義探針的序列互補，亦即第五檢測單元的第一核苷酸探針與第三核苷酸探針互補，第二核苷酸探針與第四核苷酸探針互補。
【文檔編號】C12M1/34GK203683546SQ201320824010
【公開日】2014年7月2日 申請日期:2013年12月12日 優先權日:2013年6月11日
【發明者】關淑君, 林詠翔, 施惠馨, 黃雪茵, 蔡岳穎 申請人:大江基因醫學股份有限公司