專利名稱：慢性淋巴細胞性白血病(cll)生物標志物的制作方法
技術領域：
本發明涉及慢性淋巴細胞性白血病(CLL)的生物標志物。具體地，本發明涉及作為生物標志物用于CLL中患者選擇的miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K、以及治療性處理的方法、制品及其制備方法、診斷用試劑盒以及做與其有關的廣告的方法。
背景技術：
慢性淋巴細胞性白血病(CLL)是西方世界中成人白血病的最常見形式。類似于許多其它B細胞惡性腫瘤，CLL由CD20表面抗原的表達表征并且可以由此由抗⑶20療法靶向。已經證明了利妥昔單抗(一種單克隆的嵌合抗⑶20抗體)對濾泡性 NHL 患者(Marcus 等，J Clin Oncol.26:4579-4586 (2008) ; Hiddemann 等，Bloodl06:3725-3732 (2005))和彌漫性大 B 細胞淋巴瘤(DLBCL)患者(Coiff ier 等，N.EnglJ.Med.346:235-242(2002) ; Feugier 等，J Clin Oncol.23 (18): 4117-4126 (2005))就無進展存活(PFS)和總體存活(OS)而言的重大益處。另外，還已經顯示了使用化療加利妥昔單抗相比于單獨的化療延長CLL中未經治療的和復發的/不應性患者中的PFS (Hallek等，Blood, ASH Annual Meeting Abstract, 112:325(2008);Robak 等，Blood, ASH AnnualMeeting Abstracts, 112: lba-1 (2008)),且最近還顯示延長總體存活(Hal Iek 等，Blood, ASH Annual Meeting Abstracts, 114:摘要 535 (2009))。利妥昔單抗清除B細胞的作用機制包括抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)(Golay 等，Blood95 (12): 3900-3908 (2000))、補體依賴性細胞毒性(CDC) (Golay 等，Blood95(12):3900-3908(2000) ; Harjunpaa 等，Scand J Immunol.51 (6): 634-641 (2000))和直接的促凋亡效應(Hofmeister 等，Blood Cells Mol Dis.6 (2): 133-143 (2000))。盡管已經知道了抗⑶20抗體利妥昔單抗的作用機制，但對于會預測對基于CD20抗體的療法的響應或抗性的疾病或宿主有關因子仍然缺少認知。在CLL中已經公開了眾多被證明為影響疾病預后的因子。這些因子包括細胞遺傳的和分子的畸變、IgVH基因座的突變狀態、ZAP70和CD38表達以及更多(綜述于Moreno和Monserrat BloodReviews22:211-219(2008)) o然而，迄今為止，這些標志物中沒有一個對CLL中基于抗⑶20抗體的療法顯示真正的預測性意義。另外，與其它NHL實體中作用機制有關的Fe Y受體多態性(Cartron等，Blood99 (3): 754-758 (2002) ; Weng和 Levy, J Clin Oncol.21 (21): 3940-7 (2003))并未顯示影響 CLL 中基于抗 CD20 的療法的結果(Farag 等，Bloodl03:1472-1474(2004) ; Dornan 等，Blood(ASH Annual Meeting Abstracts)114:2338(2009))。本研究的目的是在一項有對照的隨機化試驗內用標準化療(氟達拉濱/環磷酰胺；FC)或FC加利妥昔單抗(R-FC)治療的大患者組中發現預測性的生物標志物，并將基因組數據與臨床結果關聯。microRNA(miRNA)是通過影響mRNA的穩定性和翻譯牽涉多細胞生物體中基因表達的轉錄后調控的短的(17-27個核苷酸)非編碼RNA。miRNA可以結合靶mRNA并且抑制其翻譯或促進其降解，由此影響生物學過程。miRNA1513p是發現于8號染色體上的microRNA，其在PTK2的內含子中(intronic)。關于miRNA1513p的出版物包括:Fulci 等 Genes, Chromosomes&Cancer48(12):1069-1082(2009);Agirre 等 Mol.CancerRes.6(12):1830-1840(2008) ;Ding 等 Nat.Cell Biol.12(4):390-399(2010) ;Kawahara 等EMB08(8):763-769(2007)。Visone 等 Bloodl 14 (18):3872-3879(2009)關注 CLL 中核型特異性的 miRNA 簽名。發明概述本文中的發明涉及鑒定生物標志物miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K來預測CLL中對療法的應答。依照第一個實施方案，本發明涉及一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有升高量的一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的CLL藥物。這類CLL藥物的例子包括:-誘導FAK信號傳導和/或同型粘附的CLL藥物；-B細胞拮抗劑諸如CD20抗體，例如人源化的、人的或嵌合的抗CD20抗體-1型抗CD20抗體

-1I 型抗 CD20 抗體-抗0)20抗體諸如利妥昔單抗、奧法木單抗(ofatumumab)、GA10USB1-087、維妥珠單抗(veltuzumab)、和 AME-133。在另一個實施方案中，本發明提供一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有升高量的一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的利妥昔單抗、氟達拉濱和環磷酰胺的組合。另外，本發明涉及一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有降低量的一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的除利妥昔單抗以外的CLL藥物。本發明還涉及為慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者選擇療法的方法，其包括測定來自患者的樣品中選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達，并基于生物標志物的表達水平來選擇CLL藥物。在一個實施方案中，如果癌癥樣品表達升高水平的生物標志物，則對所述患者選擇用CLL藥物(例如誘導FAK信號傳導或同型粘附的CLL藥物，或者是B細胞拮抗劑諸如CD20抗體的CLL藥物)治療。在另一個實施方案中，如果癌癥樣品表達降低水平的生物標志物，則對所述患者選擇用除利妥昔單抗以外的CLL藥物治療。本發明還提供了一種診斷用試劑盒，其包含一種或多種試劑，所述試劑用于測定來自CLL患者的樣品中選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達。
本發明還涉及一種制品，其包含包裝在一起的在藥學可接受的載體中的CLL藥物和包裝插頁，所述包裝插頁指示所述CLL藥物基于一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達來治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者。在一個有關的方面，本發明涉及一種用于制造制品的方法，其包括在包裝中組合包含CLL藥物的藥物組合物和包裝插頁，所述包裝插頁指示所述藥物組合物基于一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達來治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者。此外，本發明涉及一種用于做CLL藥物廣告的方法，其包括向目標受眾推廣CLL藥物基于一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達來治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的用途。在另一個方面，本發明涉及一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有減少的PI3K生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的CLL藥物。此外，本發明在一個方面提供了一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有減少的PI3K生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的利妥昔單抗、氟達拉濱和環磷酰胺的組合。另外，提供了一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有升高的PI3K生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的除利妥昔單抗以外的CLL藥物。

附圖簡述

圖1A圖示了關于miRNA1513p表達(基于陣列)和療法的無進展存活(PFS)。圖1B圖示了關于miRNA1513p表達(基于qRT_PCR)和療法的PFS。圖2A圖示了關于miRNA4093p表達(基于陣列)和療法的PFS。圖2B圖示了關于miRNA4093p表達(基于qRT_PCR)和療法的PFS。圖3 圖示了關于治療和 PTK2 表達的 AFFYMETRIX Exonl.0ST PFS。圖4圖示了關于治療和PTK2表達的AFFYMRTRIX U133+2PFS。圖5圖示了關于治療和PTK2表達的qRT_PCR:PFS。圖6圖示了由miRNA1513p靶向3’ UTR0如在方法中描述的用miRNA1513p或NTC轉染海拉(HeLa)細胞。將miRNA1513p對每種構建物的阻抑標準化到NTC。數據推導自3次生物學重復。通過兩側Student t檢驗來測定統計學顯著性。**P〈0.01，*P〈0.05。圖1圖示了由治療和PIK3R3表達(高:大于等于中值=4 ;低:小于4)分層的患者中的PFS。圖8A-8C圖示了 PIK3R3表達的結果關聯:PIK3R3表達亞組的FCR對FC的治療效果(圖8A) ；FC分支中PIK3R3表達的預后效果(圖8B);和FCR分支中PIK3R3表達的效果(圖8C)。標志物截留指在指定的四分位數處或作為連續變量的PIK3R3表達。發明詳述1.定義“慢性淋巴細胞性白血病”或“CLL”指白細胞(淋巴細胞)癌。本文中CLL的例子包括，“一線”或“未經治療”的CLL (即其中CLL患者針對CLL治療未接受過任何在先療法)，“先前治療過的CLL” (其中CLL患者已經針對CLL接受過在先治療)，“不應性” CLL(其中患者對CLL療法是不應性的)，“復發的CLL” (其中患者在針對CLL的在先療法后復發)。在本文中患者”是人患者。所述患者可以是“CLL患者”,即患有或有風險患上一種或多種CLL癥狀的人。此外，所述患者可以是既往治療過的CLL患者。對于本文中的目的，“先前治療過的”CLL患者接受過在先CLL療法，這類療法包括苯丁酸氮芥(chlorambucil)(有或無潑尼松(prednisone)/潑尼松龍(prednisolone))、氟達拉濱(或其它核苷類似物)、和/或含有烷化物的聯合方案。任選地，這類先前治療過的CLL患者對于在先烷化劑是敏感或不應性的，但優選地對于氟達拉濱是敏感的(例如實現持續6個月或更長的響應)?！安粦浴盋LL在即使對CLL患者施用抗腫瘤劑(諸如化療劑)的情況下仍然進展。不應性癌癥的一個例子是對以下任何一種或多種為不應性的癌癥:核苷類似物(例如氟達拉濱)、環磷酰胺；氟達拉濱和環磷酰胺(FC);苯丁酸氮芥；潑尼松或潑尼松龍；含有烷化物的聯合療法，包括環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CHOP)、或環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CVP);阿侖單抗(alemtuzumab) (Campath)等?！癈LL藥物”是對治療CLL有效的藥物。CLL藥物的例子包括下文記載的化療劑和化療方案；B細胞拮抗劑諸如CD20抗體(例如利妥昔單抗或奧法木單抗等)、CD22抗體、和CD79b抗體；靜脈內免疫球蛋白；CD52抗體(例如阿侖單抗)；烷化劑(例如苯丁酸氮芥、苯達莫司汀(bendamustine)、或環磷酰胺)；核苷類似物或抗代謝物(例如氟達拉濱)、氟達拉濱和環磷酰胺(FC);潑尼松或潑尼松龍；含有烷化物的聯合療法，包括環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CH0P)，或環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CVP);等等。在一個實施方案中，所述CLL藥物誘導FAK信號傳導和/或同型聚集。“ FAK信號傳導”指FAK的上調或活化(例如經由FAK的Tyr397的磷酸化)，包括活化下游信號傳導分子諸如Src激酶、生長因子受體結合蛋白2銜接頭蛋白(Grb2)的活化，和/或Ras/促細胞分裂原(mitogen)活化的蛋白質激酶途徑(由FAK活化所致)。用于鑒定誘導FAK信號傳導的CLL藥物s或B細胞拮抗劑(例如⑶20抗體)的方法記載于Altomonte 等 J.Cell.Physiol200:272-274(2004)。“同型粘附”或“同型聚集”指相同細胞彼此之間的相互作用和附接，其可能導致程序化細胞死亡?？梢匀缬涊d于Ivanov等J.Clin.1nvest.119 (8): 2143-2159 (2009)或Altomonte等J.Cell.Physiol200:272-274(2004)中的那樣評估用于鑒定誘導同型聚集的CLL藥物或B細胞拮抗劑(例如CD20抗體)的方法。如本文中使用的，術語“生物標志物”或“標志物” 一般指其在組織或細胞中/上表達或分泌的可以通過已知的方法(或本文所披露的方法)來檢測且是預測性的或可以用于預測(或幫助預測)細胞、組織或患者對治療方案的響應性的分子，包括基因、mRNA、蛋白質、碳水化合物結構或糖脂。本文中特別感興趣的生物標志物是PTK2、miRNA1513p、和miRNA4093p。 “蛋白質酪氨酸激酶2 ”或“PTK2 ”用于本文指人蛋白質酪氨酸激酶2 (PTK2)，也稱為焦點粘著激酶I (FADK l)。對于本文中的目的，“PTK2”指編碼PTK2的DNA或mRNA，以及編碼的PTK2蛋白，包括其中任意一種的促進樣品中PTK2檢測的片段或部分。PTK2序列公眾可獲于:http: //www.ncb1.nlm.nih.gov/sites/entrez db=gene&cmd=Retrieve&dopt=Graphi cs&list uids=5747,或 http: //www.uniprot.0rg/uniprot/Q05397。PTK2 也稱為:FAK;FADK;FAKI;FRNK;pp125FAK;PTK20 PTK2基因編碼細胞質蛋白質酪氨酸激酶，其被發現集中于在存在胞外基質組分的情況中生長的細胞之間形成的焦點粘著中。該編碼的蛋白是蛋白質酪氨酸激酶的焦點粘著激酶(FAK)子家族的成員，但與其它子家族的激酶缺乏顯著的序列相似性。對該基因的活化可能是應答某些神經肽或細胞與胞外基質的相互作用所觸發的細胞內信號轉導途徑和細胞生長中的一個重要的早期步驟。對于該基因至少已經發現了編碼4種不同同等型的4種轉錄變體，但僅確定了其中兩種的全長性質。術語“PTK2”在本文中包括其每種同等型，包括同等型1、2、3、和4(分別為Q05397-l、-2、-3、和-4)?？梢砸勒毡景l明評估PTK2的DNA、mRNA和/或蛋白質?！傲姿峒〈?-激酶”和“PI3K”指人磷酸肌醇3-激酶，包括其亞基。PI3K是能夠將磷酸肌醇的肌醇環的3’ OH磷酸化的脂質激酶。PI3K在本文中包含I類(包含IA類和IB類)、II類和III類PI3K。在一個實施方案中，PI3K是I類PI3K，且任選地，該PI3K包含其調節亞基諸如調節亞基3(PIK3R3)。對于本文中的目的，PI3K(和別名)指編碼PI3K的DNA或mRNA、或PI3K蛋白(包含PI3K亞基)，以及其中任意一種的促進樣品中PI3K檢測的片段或部分?？梢砸勒毡景l明評估PI3K的DNA、mRNA和/或蛋白質，以及PI3K活化。由此，“減少的PI3K生物標志物”指量和/或活性降低了的PI3K生物標志物，且“升高的PI3K生物標志物”指量和/或活性增加了的PI3K生物標志物?！傲姿峒〈?3-激酶，調節亞基3 U ) ”、“PIK3R3”和“p55_ y ”指能夠與PI3K催化亞基(IlOkDa)相互作用的人PI3K調節亞基3。參見例如Dey等Gene209 (1-2): 175-83 (1998)，Ingham 等 J.Biol.Chem.276 (15): 12257-65 (2001)和 UniProtKB/Swiss-Prot:P55G HUMAN.Q92569。在此定義中明確地納入了 PIK3R3同等型。對于本文中的目的，PIK3R3(和別名)指編碼 PIK3K3的DNA或mRNA、或PIK3K3蛋白、以及其中任意一種的促進樣品中PIK3K3檢測的片段或部分?？梢砸勒毡景l明來評估PIK3R3的DNA、mRNA、和/或蛋白質、和/或PIK3R3的活化(或包含PIK3R3的PI3K的活化)。“microRNA”或“miRNA”是通過影響mRNA的穩定性和翻譯兩者牽涉多細胞生物體中基因表達的轉錄后調控的短(一般約15-30個核苷酸)的非編碼RNA?！癿iRNA1513p” 用于本文指包含以下序列的 miRNA:CUAGACUGAAGCUCCUUGAGG(SEQID NO:1)。亦參見:http: //www.ncb1.nlm.nih.gov/gene/442893 矛P http: //www.mirbase.0rg/cg1-bin/mirna entry.pl acc=M10000809o miRNA1513p 在 PTK 的內含子中且與其共表達。對于本文中的目的，該術語包括DNA或mRNA，包括其促進樣品中miRNA1513p檢測的片段或部分。“miRNA4093p”用于本文指包含以下序列的 RNA:GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU (SEQ IDN0:2)。亦參見:http: //www.ncb1.nlm.nih.gov/gene/574413 或 http: //www.mirbase.0rg/cg1-bin/mirna entry.pl acc=M10001735o 對于本文中的目的，該術語包括 DNA 或mRNA，包括其促進樣品中miRNA4093p檢測的片段或部分?！盎颊邩悠贰敝笍腃LL患者獲得的相似細胞的集合。組織或細胞樣品的來源可以是實體組織，像來自新鮮的、冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或活檢樣品或穿刺樣品；血液或任何血液組分；體液，諸如腦脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)或間隙液；來自受試者的妊娠或發育任何時間的細胞。組織樣品可能包含在自然界中天然不與組織混雜的化合物，諸如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營養物、抗生素、等等。本文中腫瘤樣品的例子包括但不限于，腫瘤活檢、循環中的腫瘤細胞、血清或血漿、外周血單個核細胞(PBMC)、循環中的血漿蛋白質、腹水、自腫瘤衍生或展現出腫瘤樣特性的原代細胞培養物或細胞系、以及保存的腫瘤樣品，諸如福爾馬林固定的、石蠟包埋的腫瘤樣品或冷凍的腫瘤樣品。在一個實施方案中，所述樣品包含外周血單個核細胞(PBMC)，其包括富集CD19的PBMC。患者對藥物治療的“有效響應”或“響應性”及類似用語指當施用CLL藥物時，給予患者(該患者有CLL風險或患有CLL)的臨床或治療受益。此類受益包括下列任意一種或多種:延長存活(包括總體存活和無進展存活)；產生客觀響應(包括完全響應或部分響應)、或改善CLL的征候或癥狀等。在一個實施方案中，使用生物標志物來鑒定用藥物治療時，預期相對于不以相同水平表達該生物標志物的患者具有更大的無進展存活(PFS)的患者。本文中生物標志物(一種或多種)的出現有效預示或以高靈敏度預示這類有效響應。“存活”指患者保持存活·，并且包括總體存活以及無進展存活。“總體存活”指患者自診斷或治療時間起保持一定時期存活,諸如I年、5年等?！盁o進展存活”指患者保持存活且癌癥沒有進展或惡化。“延長存活”意味著使接受治療的患者中總體存活或無進展存活相對于未接受治療的患者(即相對于未用所述藥物治療的患者)或者不以指定水平表達生物標志物的患者，和/或相對于用已獲批準的抗腫瘤劑(諸如氟達拉濱和環磷酰胺的化療方案，FC)治療的患者有延長?！翱陀^響應”指可測量的響應，包括完全響應(CR)或部分響應(PR)?！巴耆憫被颉癈R”意指癌癥的所有癥候響應治療而消失。這并不總是意味著癌癥得到治愈?！安糠猪憫被颉癙R”指一處或多處腫瘤或損傷的大小或癌癥在身體中的范圍響應治療而縮小。與CLL患者升高的臨床受益有關的生物標志物的“量”或“水平”是生物學樣品中可檢測的水平。這些可以通過本領域中技術人員已知的且也被本發明披露的方法來測量。所評估的生物標志物的表達水平或量可用于測定對治療的響應。術語“表達的水平”或“表達水平”通?？苫Q使用，且一般指生物學樣品中多核苷酸、mRNA或氨基酸產物或蛋白質的量?！氨磉_”一般指基因所編碼的信息轉換成細胞中存在的和運行的結構的過程。因此，依照本發明，基因的“表達”可以指轉錄成多核苷酸、翻譯成蛋白質、或甚至蛋白質的翻譯后修飾。轉錄得到的多核苷酸的、翻譯得到的蛋白質的、或翻譯后修飾得到的蛋白質的片段也應視為表達的，無論它們是源自通過可變剪接生成的轉錄物或經過降解的轉錄物，或者是源自蛋白質的翻譯后加工(例如通過蛋白水解)?！氨磉_的基因”包括轉錄成多核苷酸(如mRNA)、然后翻譯成蛋白質的基因，還有轉錄成RNA但不翻譯成蛋白質的基因(例如miRNA)。生物標志物的“升高”或“較高”的量或水平指所述量等于或大于患者群體中(例如在CLL患者群體中或在CLL患者的亞群(例如先前治療過的CLL患者)中)生物標志物的中值量。例如，所述量可以在50%至約100%，例如約75至100%的百分位數范圍中。生物標志物的“降低”或“較低”的量或水平指所述量小于患者群體中生物標志物的中值量。例如，所述量可以在0%-約49%的百分位數范圍中，例如從約0-25%。
短語“基于...的表達”用于本文意指使用本文中一種或多種生物標志物的表達水平的信息來傳達治療決策、在包裝插頁上提供的信息或銷售/推廣指導等。在生物標志物的表達升高的情況中，可以用CLL藥物諸如B細胞拮抗劑例如CD20抗體(諸如利妥昔單抗)來治療患者。在生物標志物的表達水平降低的情況中，可以用除利妥昔單抗以外(或除抗⑶20抗體以外)的CLL藥物來治療患者?！癇細胞表 面標志物”或“B細胞表面抗原”在本文中指在B細胞表面上表達的抗原，可以用能結合它的拮抗劑來靶向它。例示性的B細胞表面標志物包括⑶10、⑶19、⑶20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD37、CD40、CD53、CD72、CD73、CD74、CDw75、CDw76、CD77、CDw78、CD79a、CD79b、CD80、CD81、CD82、CD83、CDw84、CD85 和 CD86 白細胞表面標志物(有關說明參見 The Leukocyte Antigen Facts Book,第 2 版，1997, Barclay 等編，Academic Press,Harcourt Brace&C0.，New York)。其它 B 細胞表面標志物包括 RP105、FcRH2、B 細胞 CR2、CCR6、P2X5、HLA-DOB、CXCR5、FCER2、BR3、BAFF、BLyS、Bt i g、NAG14、SLGC16270、FcRHl、IRTA2、ATWD578、FcRH3、IRTAl、FcRH6、BCMA、和239287。在一個實施方案中，所述B細胞表面標志物是 CD20、CD22、或 CD79b。“⑶20”抗原或“⑶20”是在超過90%來自外周血或淋巴樣器官的B細胞表面上找到的約35kDa非糖基化磷蛋白。⑶20存在于正常B細胞和惡性B細胞二者上，但在干細胞上不表達。⑶20在文獻中的其它名稱包括“B淋巴細胞限制抗原”和“Bp35”。⑶20抗原記載于例如 Clark 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.(USA) 82:1766 (1985)?！癇細胞拮抗劑”指在結合B細胞表面標志物或B細胞特異性存活或增殖因子后破壞或消減哺乳動物中的B細胞和/或干擾B細胞存活和/或一項或多項B細胞功能的分子，例如通過降低或阻止B細胞引發的體液應答。所述拮抗劑優選能夠消減用它治療的哺乳動物中的B細胞(即降低循環中的B細胞水平)。這類消減可通過多種機制來實現，諸如ADCC和/或⑶C、抑制B細胞增殖、或B細胞直接裂解和/或誘導B細胞死亡(例如通過凋亡)。拮抗劑可通過本領域已知的、用于凋亡和消減的其它度量、和B細胞增殖和生長的延遲或終止、或B細胞存活的多種方法來篩選。“結合B細胞表面標志物的抗體”或“針對B細胞表面標志物的抗體”指在結合B細胞表面標志物后破壞或消減哺乳動物中的B細胞和/或干擾一種或多種B細胞功能(例如通過降低或阻止由B細胞引發的體液應答)的分子。優選地，該抗體能夠在用其處理的哺乳動物中消減B細胞(即降低循環中的B細胞水平)。這種消減可通過各種機制來實現，諸如抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)和/或補體依賴性細胞毒性(CDC)、抑制B細胞增殖、和/或誘導B細胞死亡(如通過凋亡)。在一個實施方案中，所述抗體是結合人CD20的抗體?？笴D20抗體的例子包括:嵌合抗CD20抗體諸如利妥昔單抗(參見下文)；人抗⑶20抗體諸如奧法木單抗(由Genmab, Denmark銷售；亦參見Glennie和van deWinkel, Drug Discovery Today8:503-510(2003);Cragg 等，BloodlOl:1045-1052 (2003) ;W02004/035607;和W02005/103081);人源化抗CD20抗體諸如人源化2H7 (參見下文)或維妥珠單抗(M20) (Goldenberg 等 Bloodll3 (5):1062-1070(2009));糖基化變體抗體，包括具有兩分無巖藻糖基化的Fe區-碳水化合物的糖基化變體諸如GA101 (參見下文)；小型模塊化免疫藥物(Small Modular ImmunoPharmaceutical) (SMIP)或單鏈抗體諸如SB1-087 ;釔[90]標記的2B8鼠抗體，稱作“Y2B8”或“替伊莫單抗(IbritumomabTiuxetan) ” ( ZLVALIN和)，可購自 Biogen Idee, Inc.(例如美國 5，736，137 ；2B8 于1993年6月22日保藏于ATCC登錄號HB11388下)；鼠IgG2a “BI”，也稱為“托西莫單抗(tositumomab) ”,任選用131I標記以生成“1311-B1”或“碘1131托西莫單抗”抗體(BEXXAR )，可購自Corixa(亦參見例如U.S.5，595，721);鼠單克隆抗體“1F5”(例如Press等Blood69(2):584-591(1987))及其變體，包括“框架修補的”或人源化的1F5 (例如 TO2003/002607, Leung, S.;ATCC 保藏物 HB-96450) ;US2004/0093621 (Shitara 等)中記載的Fe區結合有復雜N-糖苷連接的糖鏈的抗體；W02006/106959 (Numazaki等,BiomedicsInc.)中記載的對CD20抗原的細胞外表位具有高結合親和力的嵌合化的或人源化的單克隆抗體；結合CD20的單克隆抗體和抗原結合片段(例如W02005/000901，Tedder等)，諸如HB20-3、HB20-4、HB20-25、和MB20-11 ;結合CD20的單鏈蛋白質，包括但不限于TRU-015 (例如 US2005/0186216 (Ledbetter 和 Hayden-Ledbetter);US2005/0202534(Hayden-Ledbetter 和 Ledbetter);US2005/0202028(Hayden-Ledbetter 和 Ledbetter);US2005/136049 (Ledbetter 等);US2005/0202023(Hayden-Ledbetter 和 Ledbetter) - Trubion PharmInc.) ;CD20結合分子諸如AME系列抗體，例如如在W02004/103404;US2005/0025764;和US2006/0251652 (Watkins 等，Applied Molecular Evolution, Inc.)中列出的 AME-133抗體，和如在例如 W02005/070963 (Allan 等，Applied Molecular Evolution, Inc.)中列出的具有Fe突變的抗⑶20抗體KD20結合分子諸如記載于W02005/016969和US2005/0069545 (Carr等)中的那些；雙特異性抗體，如例如在W02005/014618 (Chang等)中列出的;針對⑶20的全人抗體，如例如記載于W02006/130458 ; Gaz i t等,Amgen/AstraZeneca)中的；針對 CD20 的抗體，如例如記載于 W02006/126069 (Morawala, AvesthaGengraine Technologies Pvt Ltd.)中的；A20抗體或其變體,諸如嵌合的或人源化的A20抗體(分別為 cA20、hA20)和 IMMUN-106(例如 US2003/0219433, Immunomedics)；以及單克隆抗體L27、G28-2、93-1B3、B-Cl或NU-B2，可從國際白細胞分型研究組(InternationalLeukocyte Typing Workshop)獲得(例如 Valentine 等，于:Leukocyte TypingIII (McMichael 編，第 440 頁，Oxford University Press (1987))?！癐型”⑶2 0抗體經由有力的補體依賴性細胞毒性(⑶C)和抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)介導細胞死亡。I型抗CD20抗體的例子包括利妥昔單抗、維妥珠單抗、ocrelizumab、奧法木單抗和 AME-133?！癐I型”⑶20抗體經由不依賴于胱天蛋白酶的凋亡(伴隨著磷脂酰絲氨酸暴露)啟動靶細胞死亡，且比I型抗CD20抗體展現出更強的同型粘附和ADCC。II型抗體不將⑶20局部化到脂筏中。II型抗⑶20抗體的例子包括托西莫單抗(BI)、11B8、AT80和人源化B-Lyl抗體?！袄孜魡慰埂笔墙Y合B細胞上的⑶20抗原并消減體內B細胞的嵌合的IgGl抗⑶20抗體。它的重鏈和輕鏈的氨基酸序列公開于美國專利N0.7，381，560中，并通過提述明確并入本文。利妥昔單抗在美國可以從Genentech RITUXAN 商標下購得，在其它國家可以從Roche MABTIILRA負下購得。已經將編碼利妥昔單抗的核酸在1992年11月10日保藏于ATCC保藏號69119下。利妥昔單抗的生物學活性被認為牽涉結合⑶20時靶細胞中的信號傳導，其導致生長抑制和(非經典的)凋亡(稱為“直接細胞死亡”)、補體依賴性細胞毒性(⑶c)、和由展示Fe Y受體(Fe y R)的細胞(諸如表達Fe YRIIIa的NK細胞和巨噬細胞)介導的抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)。術語“人源化B-Lyl抗體”和“GA101”在本文中指人源化的IgGlB-Lyl抗體，如披露于描述鼠單克隆抗CD20抗體B-Lyl的人源化變體的W02005/044859和W02007/031875中的。此外，優選地，人源化B-Lyl抗體是依照記載于W02005/044859、W02004/065540、W02007/031875、Umana等Nature Biotechnol.17(1999) 176-180(1999)和 W01999/54342 中的規程在Fe區中經過糖工程改造(GE)的。在本發明的一個實施方案中優選無巖藻糖基化的、經過糖工程改造的人源化B-Lyl (B-HH6-B-KV1GE)。這類糖工程改造的人源化B-Lyl抗體在Fe區中具有改變的糖基化模式,優選地具有降低水平的巖藻糖殘基。優選地，巖藻糖的量是在Asn297處的寡糖總量的60%或更少(在一個實施方案中，巖藻糖的量介于40%和60%之間,在另一個實施方案中,巖藻糖的量是50%或更少,且在再一個實施方案中,巖藻糖的量是30%或更少)。此外，Fe區的寡糖優選為兩分的。這些糖工程改造的人源化B-Lyl抗體具有增加的ADCC。純粹為了本文的目的，除非另有說明，“2H7”或“2H7抗體”指包含記載于US2006/0034835 和 W02004/056312 (同由 Lowman 等);US2006/0188495 (Barron 等)；和US2006/0246004(Adams等)的可變域序列的人源化抗CD20抗體。簡言之，以一系列定點誘變步驟進行鼠抗人CD20抗體2H7 (本文中也稱作m2H7，m代表鼠))的人源化。鼠2H7抗體可變區序列和具有小鼠V和人C的嵌合2H7已經記載于例如美國專利N0.5，846，818和6，204，023。通過比較鼠2H7可變域的氨基酸序列(披露于US5，846，818)與已知抗體的序列(Kabat 等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第 5 版(PublicHealth Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)),鑒定了 2H7 的CDR殘基?；谛蛄懈咦冃?Kabat等，見上)定義了輕鏈和重鏈的CDR區。使用合成的寡核苷酸，利用定點誘變(KunkeI, Proc.Natl.Acad.Sc1.(USA)，82:488-492 (1985))將鼠 2H7的所有六個⑶R區引入質粒PVX4上所包含的、與共有序列Vk 1、VhIII (V^亞組1、Vh亞組III)對應的完整人Fab框架(參見W02004/056312中的圖2)。通過定點誘變在噬菌粒pVX4中對V區(CDR和/或FR)進行進一步的修飾。構建用于表達全長IgG的質粒，其通過將嵌合2H7Fab以及人源化Fab2至6型的Vl和Vh域亞克隆入先前描述的pRK載體中(Gorman等，DNA Prot.Eng.Tec h., 2:3-10 (1990))進行哺乳動物細胞表達。Ocrelizumab是本文中人源化2H7抗體的一個例子。如本文中使用的，“聚合酶鏈式反應”或“PCR”技術通常指其中如1987年7月28日公告的美國專利N0.4，683，195中所記載的，擴增微量的核酸(RNA和/或DNA)特定片段的規程。通常，需要獲知目的區域末端或以外的序列信息，從而可設計寡核苷酸引物；這些弓I物在序列上將與待擴增模板的對立鏈相同或相似。兩條引物的5 ’末端核苷酸可與所擴增物質的末端一致。PCR可用于從總基因組DNA和由總細胞RNA轉錄的cDNA、噬菌體或質粒序列等擴增特定RNA序列、特定DNA序列。一般參見Mullis等，Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263(1987);Erlich 編，PCR Technology, (Stockton Press, NY,1989)。如本文中使用的，PCR被認為是用于擴增核酸測試樣品的核酸聚合酶反應方法的一個(但非唯一的)例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作為引物并利用核酸聚合酶來擴增或生成核酸的特定片段或者擴增或生成與特定核酸互補的核酸特定片段。
“定量實時聚合酶鏈式反應”或“ qRT-PCR ”指PCR的一種形式，其中在PCR反應的每個步驟測量PCR產物的量。這種技術已經記載于多份出版物，包括Cronin等，Am.J.Pathol.164 (I): 35-42 (2004);和 Ma 等，Cancer Cell 5:607-616(2004)。術語“微陣列”指可雜交陣列元素(優選為多核苷酸探針)在基片上的有序排列。術語“多核苷酸”在以單數或復數使用時一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脫氧核糖核苷酸，可以是未經修飾的RNA或DNA或經修飾的RNA或DNA。由此，例如，如本文中定義的多核苷酸包括但不限于單鏈和雙鏈DNA、包含單鏈區和雙鏈區的DNA、單鏈和雙鏈RNA、和包含單鏈區和雙鏈區的RNA、包含DNA和RNA的雜合分子，它可以是單鏈的，或者更典型的是雙鏈的，或者包含單鏈區和雙鏈區。另外，如本文中使用的，術語“多核苷酸”指包含RNA或DNA或RNA和DNA 二者的三鏈區。此類區中的鏈可來自同一分子或來自不同分子。所述區可包含一種或多種分子的整個，但是更典型的是只包含有些分子的一個區。三股螺旋區的分子之一常常是寡核苷酸。術語“多核苷酸”明確包括cDNA。該術語包括包含一種或多種經修飾堿基的DNA (包括cDNA)和RNA。如此，主鏈為穩定性或其它原因而修飾的DNA或RNA也是“多核苷酸”該術語在本文中的意圖所在。此外，包含罕見堿基諸如肌苷或經修飾堿基諸如氚化堿基的DNA或RNA也包括在如本文中所定義的術語“多核苷酸”內。一般而言，術語“多核苷酸”涵蓋未修飾多核苷酸的所有化學、酶和/或代謝修飾形式，以及病毒和細胞(包括簡單和復雜細胞)的特征性的DNA和RNA的化學形式。術語“寡核苷酸”指相對短的多核苷酸，包括但不限于單鏈脫氧核糖核苷酸、單鏈或雙鏈核糖核苷酸、RNA:DNA雜合物、和雙鏈DNA。寡核苷酸(諸如單鏈DNA探針寡核苷酸)經常通過化學方法合成，例如使用商品化的自動化寡核苷酸合成儀。然而，可通過多種其他方法來制備寡核苷酸,包括體外重組DNA介導的技術以及通過在細胞和生物體中表達DNA。雜交反應的“嚴格性”可以由本領域中的普通技術人員容易地確定，而且通常根據探針長度、洗滌溫度和鹽濃度憑經驗計算。一般而言，較長的探針要求較高的溫度以正確退火，而較短的探針需要較低的溫度。雜交通常依賴于當互補鏈存在于低于其解鏈溫度的環境中時變性DNA重新退火 的能力。探針與可雜交序列之間的期望同源性程度越高，可使用的相對溫度也越高。結果，可推出較高相對溫度將趨向于使反應條件更為嚴格，而較低溫度也就較不嚴格。關于雜交反應嚴格性的其它細節和解釋，參見Ausubel等，CurrentProtocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers，1995。如本文中所定義的，“嚴格條件”或“高嚴格條件”通常為:(1)對于洗滌采用低離子強度和高溫，例如0.015M氯化鈉/0.0015M檸檬酸鈉/0.1%十二烷基硫酸鈉，50° C ；
(2)在雜交期間使用變性劑，諸如甲酰胺，例如50%(v/v)甲酰胺及0.1%牛血清清蛋白/0.l%Ficoll/0.1%聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸鈉緩沖液pH6.5及750mM氯化鈉、75mM檸檬酸鈉的，42° C;或(3)使用50%甲酰胺、5x SSC (0.75M NaCl、0.075M檸檬酸鈉)、50mM磷酸鈉(pH6.8)、0.1%焦磷酸鈉、5x登哈特氏(Denhardt，s)溶液、超聲處理的鮭精DNA(50 y g/ml)、0.1%SDS和10%硫酸右旋糖苷，42° C，在42° C于0.2x SSC (氯化鈉/檸檬酸鈉)和50%甲酰胺中洗滌，然后在55° C進行由含有EDTA的0.1x SSC組成的高嚴格洗滌?！爸械葒栏駰l件”可規定為如 Sambrook 等，Molecular Cloning:A LaboratoryManual, New York:Cold Spring Harbor Press, 1989所描述的，而且包括使用與上文所述那些相比較不嚴格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強度和％SDS)。中等嚴格條件的一個例子是在含20%甲酰胺、5x SSC(150mM NaCl，15mM檸檬酸三鈉)、50mM磷酸鈉(pH7. 6)、 5x登哈特氏溶液、10%硫酸右旋糖苷和20mg/ml變性的剪切的鮭精DNA的溶液中于37° C 溫育過夜，然后于約37-50° C在lx SSC中洗滌濾膜。熟練技術人員會認識到如何根據適 應諸如探針長度等因素的需要來調節溫度、離子強度等。 “化療劑”指可用于治療癌癥的化學化合物?；焺┑睦影ㄍ榛瘎╊悾T如 塞替派(thiotepa)和環磷酰胺(CYTOXAN^O ;磺酸焼基酯類(alkyl sulfonates)， 諸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan);氮丙唳類 (aziridines)，諸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa) 和烏瑞替派(uredepa);乙撐亞胺類(ethylenimines)和甲基蜜胺類(methylamelamines)， 包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撐蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撐磷酰胺 (triethylenephosphoramide)、三乙撐硫代憐酉先胺(triethylenethiophosphoramide) 和三輕甲蜜胺(trimethylolomelamine);番蒸枝內酯類(acetogenins)(尤其 是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone)) ； 8 -9-四氫大麻酷 (tetrahydrocannabinol)(屈大麻酪(dronabinol), MARINOL ) ; 3 -拉帕酉昆 (lapachone);拉帕醇(lapachol);秋水仙素類(colchicines);白禪脂酸(betulinic acid);喜樹堿(camptothecin)(包括合成類似物托泊替康(topotecan) (HYCAMTIN )、CPT-11(伊立替康(irinotecan)，CAMPTOSAR )、乙酰喜樹堿、東莨菪亭(scopoletin)和 9-氨基喜樹減)；苔蘚抑素(bryostatin) ;callystatin ;CC_1065 (包括其 阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)和比折來新(bizelesin)合成類似物)； 鬼曰毒素(podophyllotoxin);鬼曰酸(podophyllinic acid);替尼泊苷(teniposide)； 隱藻素類(cryptophycins)(特別是隱藻素1和隱藻素8);多拉司他汀(dolastatin)； duocarmycin (包括合成類似物，KW-2189 和 CB1-TM1);艾植塞洛素(eleutherobin)； pancratistatin ；sarcodictyin ;海綿抑素(spongistatin);氮芥類(nitrogen mustards)，諸如苯丁酸氮芥、萘氮芥(chlornaphazine)、膽磷酰胺(cholophosphamide)、 雌莫司汀(estramustine)、異環憐酸胺(ifosfamide)、雙氯乙基甲胺(mechlorethamine)、 鹽酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法侖(melphalan)、新氮 芥(novembichin)、苯芥膽留醇(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲憐 胺(trofosfamide)、尿啼卩定氮芥(uracil mustard);亞硝脲類(nitrosoureas)，諸如卡 莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀 (lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine);抗生素類，諸如烯二炔 類(enediyne)抗生素(例如加利車霉素(calicheamicin)，尤其是加利車霉素Y II和加 利車霉素 co II (參見例如 Nicolaou 等，Angew. Chem Intl. Ed. Engl.，33:183-186 (1994))； CDP323，一種口服a-4整聯蛋白抑制劑；蒽環類抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A;埃斯波霉素(esperamicin);以及新制癌素(neocarzinostatin)發色團和相關色蛋 白烯二炔類抗生素發色團)、阿克拉霉素(aclacinomycin)、放線菌素(actinomycin)、 氨茴霉素(authramycin)、偶氮絲氨酸(azaserine)、博來霉素(bleomycin)、放線菌素 C(cactinomycin)、carabicin、洋紅霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、 色霉素(chromomycin)、放線菌素 D (dactinomycin)、柔紅霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6_ 二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)(包括AL)RL\MYUN啦、嗎啉代多柔比星、氰基嗎啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星、鹽酸多柔比星脂質體注射劑(DOXIL )、脂質體多柔比星TLC D-99(MYO€ET ).PEG化脂質體多柔比星(CAELYX )和脫氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅霉素(marcel1mycin)、絲裂霉素類(mitomycins)諸如絲裂霉素 C、霉酷酸(mycophenolic acid)、諾拉霉素(nogalamycin)、橄欖霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、呤霉素(puromycin)、三鐵阿霉素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素(streptonigrin)、鏈佐星(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、凈司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin);抗代謝物類，諸如甲氨噪呤、吉西他濱(gemcitabine) ( GEMZAR )、替加氟(tegafur) ( UFTORAL )、卡培他濱(capecitabine) ( XFLODA^ )、埃坡霉素(epothilone)和 5-氟尿啼P定(5-FU);葉酸類似物，諸如二甲葉酸(denopterin)、甲氨噪呤、蝶酰三谷氨酸(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate) ; 票呤類似物，諸如氟達拉濱、6_巰基_呤(mercaptopurine)、硫咪票呤(thiamiprine)、硫鳥票呤(thioguanine);啼卩定類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6_氮尿苷(azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙脫氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifIuridine)、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷(f1xuridine);抗腎上腺類，諸如氨魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);葉酸補充劑，諸如亞葉酸(folinic acid);醋葡醒內酯(aceglatone);醒磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside);氨基乙酉先丙酸(aminolevulinic acid);恩尿啼唳(eniluracil);安口丫P定(amsacrine) ；bestrabucil ;比生群(bisantrene);依達曲沙(edatraxate);地憐酉先胺(defosfamide);地美可辛(demecolcine);地口丫酉昆(diaziquone) ;elfornithine ;依利醋銨(elliptinium acetate);依托格魯(etoglucid);硝酸鎵；輕脲(hydroxyurea)；香燕多糖(Ientinan);氯尼達明(1nidamine);美登木素生物堿類(maytansinoids),諸如美登素(maytansine)和安絲菌素(ansamitocin);米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone);莫哌達醇(mopidamol) ； 二胺硝口丫 P定(nitracrine)；噴司他丁 (pentostatin);蛋氨氮芥(phenamet)；卩比柔比星(pirarubicin);洛索蒽醌(1soxantrone) ;2_ 乙基酉先餅(ethylhydrazide);丙卡巴餅(procarbazine) ;PSK.B,多糖復合物(JHS Natural Products, Eugene, OR);雷佐生(razoxane);根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran);螺旋錯(spirogermanium);細交鏈抱菌酮酸(tenuazonic acid);三亞胺醌(triaziquone) ;2，2’，2’’ -三氯三乙胺；單端孢菌素類(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、撫孢菌素(verracurin)A、桿孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan);達卡巴曝(dacarbazine);甘露莫司汀(mannomustine) ;二漠甘露醇(mitobronitol) ;二溴衛矛醇(mitolactol);哌泊溴焼(pipobroman) ;gacytosine ;阿糖胞苷(arabinosid e) (“Ara_C”)；塞替派；類紫杉醇(taxoid)，例如帕利他塞(paclitaxel)(了八XOI ；]<))、帕利他塞的清蛋白改造的納米顆粒劑型(ABRAXANE )和多西他塞(doxetaxel) ( TAXOTERE ));苯丁酸氮芥；6_ 硫鳥票呤(thioguanine);巰基票呤;甲氨喋呤；鉬劑，諸如順鉬(cisplatin)、奧沙利鉬(oxaliplatin)和卡鉬(carboplatin)；阻止微管蛋白聚合而形成微管的長春花藥類(vincas),包含長春堿(vinblastine)(VELBAN )、長春新堿(vincristine) ( ONCOVIN )、長春地辛(vindesine)(ELDISINE , FILDESIN )、和長春瑞濱(vinorelbine) ( NAVELBINE )；依托泊苷(etoposide) (VP-16);異環磷酰胺(ifosfamide);米托蒽酉昆(mitoxantrone)；亞葉酸(Ieucovorin);能滅瘤(novantrone);依達曲沙(edatrexate);道諾霉素(daunomycin);氨基蝶呤(aminopterin);伊本膦酸鹽(ibandronate);拓撲異構酶抑制劑RFS2000 ;二氟甲基鳥氨酸(DMFO);類視黃酸類(retinoids),諸如視黃酸(retinoicacid),包括 bexarotene ( j ARCj RL"3I N1Jv ) ; 二膦酸鹽類(bisphosphonates),諸如氯膦酸鹽(clodronate)(例如 BONEFOS 或 OSTAC⑩)、依替膦酸鈉(etidronate)(I)IDROCA1.-B1 )、NE_58095、唑來膦酸 / 唑來膦酸鹽(zoledronic acid/zoledronate)(ZOMETA )、阿倫膦酸鹽(alendronate) ( FOSAMAX )、帕米膦酸鹽(pamidronate) ( ARED1A )、替魯膦酸鹽(tiludronate) ( SKEIJ.D )或利塞膦酸鹽(risedronate) ( ACTONEL );曲沙他濱(troxacitabine) (I, 3_ 二氧戊環核苷胞啼唆類似物)；反義寡核苷酸，特別是那些抑制牽涉異常細胞增殖的信號途經中的基因表達的，諸如例如PKC-a、Raf、H-Ras和表皮生長因子受體(EGF-R)；疫苗，諸如THERATOPE 疫苗和基因療法疫苗，例如ALLOVECTIN 疫苗、LEUVECTIN 疫苗和VAX1.D 疫苗；拓撲異構酶I抑制劑(例如L.URTOTECAN ) ；rmRH(例如ABA.RELDC ') ;BAY439006 (sorafenib; Bayer) ; SU-11248 (Pfizer);哌立福辛(perifosine)、C0X-2 抑制劑(例如塞來考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib))、蛋白體抑制劑(例如PS341)；硼替佐米(bortezomib) ( Vhj ,(.’AD丨) ;CCI_779 ;替批法尼(tipifarnib) (R11577)；orafenib ；ABT510 ;Bcl_2 抑制劑，諸如哈眠那(oblimersen sodium) ( GENASENSE );匹杉瓊(pixant rone) ;EGFR抑制劑(參見下文定義)；酪氨酸激酶抑制劑(參見下文定義)；和任何上述物質的藥學可接受鹽、酸或衍生物；以及兩種或更多上述物質的組合，諸如CHOP (環磷酰胺、多柔比星、長春新堿和潑尼松龍聯合療法的縮寫)和FOLFOX (奧沙利鉬(EL0XATIN )聯合5-FU和亞葉酸的治療方案的縮寫)。在本文中，化療劑包括“抗激素劑”或“內分泌治療劑”，其作用于調節、降低、阻斷或抑制能夠促進癌癥生長的激素的效果。它們可以本身就是激素，包括但不限于:具有混合的激動劑/拮抗劑譜的抗雌激素類，包括他莫昔芬(tamoxifen) ( NOLVADEX)、4-輕基他莫昔芬、托瑞米芬(toremifene) ( W\R[::,S [ON )、艾多昔芬(idoxifene)、屈洛昔芬(dro1xifene)、雷洛昔芬(raloxifene) ( EVTSTA )、曲沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、以及選擇性雌激素受體調控物類(SERM)諸如SERM3;沒有激動劑特性的純粹的抗雌激素，諸如氟維司群(fulvestrant) ( FAS丨.0DFXH )和EM800 (此類藥劑可阻斷雌激素受體(ER) 二聚化，抑制DNA結合，提高ER周轉，和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制劑，包括類固醇芳香酶抑制劑，諸如福美坦(formestane)和依西美坦(exemestane) ( AROMASIN )，及非類固醇芳香酶抑制劑，諸如阿那曲唑(anastrozole) ( ARIMIDEX )、來曲唑(Ietrozole) ( FEMARA )和氨魯米特(aminoglutethimide),及其它芳香酶抑制劑，包括伏羅唑(vorozole) ( RIV丨SORt )、醋酸甲地孕酮(megestrol acetate) ( MEGASE )、法倔唑(fadrozole)、和 4 (5)-咪唑；黃體生成素(lutenizing hormone)釋放激素激動劑，包括亮丙瑞林(Ieuprolide)(LlJjjRON H 和 tl」(..jARDU:;)、戈舍瑞林(goserelin)、布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(triptorelin);性類固醇類，包括孕激素，諸如醋酸甲地孕酮(megestrolacetate)和醋酸甲輕孕酮(medroxyprogesterone acetate),雌激素，諸如乙烯雌酌'(diethylstilbestrol)和倍美力(premarin),及雄激素/類維生素A,諸如氟甲睪酮(fluoxymesterone)、全反式維A酸(all transretionic acid)和芬維A胺(fenretinide)；奧那司酮(onapristone);抗孕酮類；雌激素受體下調調節劑(ERD);抗雄激素類，諸如氟他米特(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide);及上述任何物質的藥學可接受的鹽、酸或衍生物；以及兩種或更多種上述物質的組合。本文中的化療劑或化療方案的特定例子包括:烷化劑類(例如苯丁酸氮芥、苯達莫司汀或環磷酰胺)；核苷類似物或抗代謝物類(例如氟達拉濱)、氟達拉濱和環磷酰胺(FC);潑尼松或潑尼松龍；含有烷化物的聯合療法，包括環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CHOP)或環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CVP)等。“目標受眾”指接受如通過銷售或做廣告(尤其為了特定用途、治療、或適應癥)進行的特定藥物促銷或意圖進行的特定藥物促銷的人群或機構，諸如患者個體，患者群體，報紙、醫學文獻、和雜志讀者，電視或因特網觀眾，無線電或因特網聽眾，內科醫生，藥品公司等 “包裝插頁”用于指通常包括在治療用產品的商品包裝中的說明書，它們包含有關涉及此類治療用產品應用的適應征、用法、劑量、施用、禁忌癥、要與所包裝產品聯用的其它治療用產品、和/或警告等的信息。本文中的術語“抗體”以其最廣義使用并且涵蓋各種抗體結構，包括但不限于，單克隆抗體、多克隆抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體)和抗體片段，只要它們表現出期望的抗原結合活性?！翱贵w片段”指與完整抗體不同的包含完整抗體的一部分的分子，其結合完整抗體所結合的抗原?？贵w片段的例子包括但不限于，Fv、Fab、Fab’、Fab’ _SH、F(ab’ )2 ;雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子(例如scFv);和從抗體片段形成的多特異性抗體?！坝H和力成熟的”抗體指在一個或多個高變區(HVR)中具有一處或多處改變、導致該抗體對抗原的親和力與沒有這類改變的親本抗體相比有所改進的抗體。與參照抗體“結合相同表位的抗體”指在競爭測定法中將參照抗體對其抗原的結合阻斷50%或更多的抗體，且相反，參照抗體在競爭測定法中將該抗體對其抗原的結合阻斷50%或更多。本文中提供了例示性的競爭測定法。在一個實施方案中，所述抗體與利妥昔單抗、奧法木單抗、GA101、SB1-087、維妥珠單抗或AME-133結合相同的表位。術語“嵌合”抗體指這樣一種抗體，其中重鏈和/或輕鏈的一部分自特定來源或物種衍生，而重鏈和/或輕鏈的剩余部分自不同的來源或物種衍生?？贵w的“類”指其重鏈具有的恒定域或恒定區的類型。抗體有五大類:IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可進一步分為“亞類”(同種型)，例如IgG1UgG2UgG3UgG4UgAi和IgA2。將與不同類的免疫球蛋白對應的重鏈恒定域分別稱作a、6、e、Y和y。如在本文中使用的，術語“細胞毒劑”指抑制或防止細胞的功能和/或導致細胞死亡或破壞的物質。細胞毒劑包括但不限于，放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y9°、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)；化療劑或化療藥物(例如甲氨蝶呤、阿霉素(adriamycin)、長春花生物堿類(vinca alkaloids)(長春新堿、長春堿、依托泊苷)、多柔比星、美法侖、絲裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔紅霉素或其它嵌入劑)；生長抑制劑；酶及其片段，諸如溶核酶；抗生素；毒素，諸如小分子毒素或者細菌、真菌、植物或動物起源的酶活毒素，包括其片段和/或變體；以及下文披露的各種抗腫瘤劑或抗癌劑。
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“效應器功能”指那些可歸于抗體Fe區且隨抗體同種型而變化的生物學活性。抗體效應器功能的例子包括:Clq結合和補體依賴性細胞毒性(CDC) ；Fc受體結合；抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC);吞噬作用；細胞表面受體(例如B細胞受體)下調jPB細胞活化。術語“Fe區”在本文中用于定義免疫球蛋白重鏈的C-端區域，其至少包含恒定區的一部分。該術語包括天然序列Fe區和變體Fe區。在一個實施方案中，人IgG重鏈Fe區從Cys226或從Pro230延伸至重鏈的羧基末端。然而，Fe區的C末端賴氨酸(Lys447)可以存在或者不存在。除非在本文中另外指出的，依照EU編號系統(也稱為EU索引)來對Fe區或恒定區中的氨基酸殘基編號，如記載于Kabat等，Sequences of Proteins ofImmunological Interest,第 5版.Public Health Service, National Institutes ofHealth, Bethesda, MD, 1991 中的。“框架區”或“FR”指除高變區(HVR)殘基以外的可變域殘基。可變域的FR—般由4個FR域組成:FR1、FR2、FR3、和FR4。因此，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以下列順序出現:FR1-H1 (LI) -FR2-H2 (L2) -FR3-H3 (L3) -FR4。術語“全長抗體”和“完整抗體”在本文中可互換使用，指具有基本上類似于天然抗體結構的結構或具有含有如本文中定義的Fe區的重鏈的抗體?！叭丝贵w”是具有對應于由人或人細胞生成的抗體的氨基酸序列的抗體、或者自利用了人抗體全集或其它編碼人抗體的序列的非人來源衍生的抗體。人抗體的這種定義明確排除包含非人抗原結合殘基的人源化抗體?！叭嗽椿笨贵w指包含來自非人HVR的氨基酸殘基和來自人FR的氨基酸殘基的嵌合抗體。在某些實施方案中，人源化抗體會會包含至少一個、通常兩個基本上整個如下的可變域，其中所有或基本上所有HVR (例如CDR)對應于非人抗體的HVR，且所有或基本上所有FR對應于人抗體的FR。人源化抗體任選地可以包含至少部分自人抗體衍生的抗體恒定區。抗體例如非人抗體的“人源化形式”指已經經過人源化的抗體。如本文中使用的，術語“高變區”或“HVR”指抗體可變域中序列上高度可變和/或形成結構上定義的環(“高變環”)的每個區域。通常，天然的4條鏈的抗體包含六個HVR ;三個在VH中(H1、H2、H3)，且三個在VL中(L1、L2、L3) oHVR通常包含來自高變環和/或來自“互補決定區”(CDR)的氨基酸殘基，后者具有最高的序列變異性和/或牽涉抗原識別。例示性的高變環存在于氨基酸位置 26-32 (LI)、50-52 (L2) ,91-96 (L3) ,26-32 (Hl) ,53-55 (H2)，和96-101 (H3)中。(Chothia 和 Lesk, J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。例示性 CDR(CDR_L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-Hl、CDR-H2 和 CDR-H3)存在于 LI 的氨基酸殘基 24_34、L2 的 50_56、L3的 89_97、H1 的 31_35B、H2 的 50-65、和 H3 的 95-102。(Kabat 等，Sequences of Proteinsof Immunological Interest,第 5 版 Public Health Service, National Institutes ofHealth, Bethesda, MD(1991))。除了 VH中CDRl例外以外，CDR—般包含形成高變環的氨基酸殘基。⑶R還包含“特異性決定殘基”或“SDR”，其為接觸抗原的殘基。SDR包含在稱為縮略(abbreviated) -CDR 或 a_CDR 的 CDR 區內。例示性的 a-CDR(a_CDR-Ll、a_CDR_L2、a-CDR-L3、a-CDR-Hl、a-CDR-H2 和 a_CDR_H3)存在于 LI 的氨基酸殘基 31-34、L2 的 50-55、L3的 89-96,Hl 的 31-35B、H2 的 50-58、和 H3 的 95-102。(參見 Almagro 和 Fransson, Front.Biosc1.13:1619-1633(2008))。除非另外指示的，可變域中的HVR殘基和其它殘基(例如FR殘基)在本文中依照Kabat等，見上編號。在一個實施方案中，本文中的⑶20抗體包含利妥昔單抗、奧法木單抗、GA101、SB1-087、維妥珠單抗或AME-133的HVR?！懊庖吲悸撐铩敝缚贵w偶聯至一種或多種異源分子，包括但不限于細胞毒劑。如本文中使用的，術語“單克隆抗體”指從一群基本上同質的抗體獲得的抗體，即構成群體的各個抗體相同和/或結合相同表位，除了一般以少量存在的可能的變體抗體(例如含有天然存在的突變或在生產單克隆抗體制備物的過程中產生)外。與通常包含針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制備物不同，單克隆抗體制備物的每個單克隆抗體針對抗原上的單一決定簇。因此，修飾語“單克隆”指示抗體從基本上同質的抗體群獲得的特征，不應解釋為要求通過任何特定方法來生成抗體。例如，依照本發明所要使用的單克隆抗體可通過多種技術來制備，包括但不限于雜交瘤方法、重組DNA方法、噬菌體展示技術、以及利用含有所有或部分的人免疫球蛋白基因座的轉基因動物的方法，本文中描述的這類方法以及其它用于制備單克隆抗體的例示性方法。

“裸抗體(裸露的抗體)”指未偶聯異源模塊(例如“細胞毒性模塊”)或放射性標記物的抗體。所述裸抗體可以以藥物配制劑存在。“天然抗體”指天然存在的具有各種結構的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗體是約150，000道爾頓的異四聚體糖蛋白，由以二硫鍵結合的兩條相同的輕鏈和兩條相同的重鏈構成。每條重鏈從N末端到C末端都具有可變區(VH)(也稱為可變重域或重鏈可變域)，接著是3個恒定域(CH1、CH2和CH3)。類似地，每條輕鏈從N末端到C末端都具有可變區(VL)(也稱為可變輕域或輕鏈可變域)，接著是恒定輕(CL)域?？贵w的輕鏈根據其恒定域的氨基酸序列可以分為兩型，稱為卡帕(K)和拉姆達(入)。術語“包裝插頁”用于指通常包括在治療用產品的商品包裝中的說明書，它們包含有關涉及此類治療用產品應用的適應征、用法、劑量、施用、聯合療法、禁忌癥、和/或警告的信息。術語“藥物配制劑”指其形式容許藥物的生物學活性是有效的，且不含對會施用該配制劑的受試者產 生不可接受的毒性的別的成分的無菌制備物?！盁o菌”配制劑是無菌的或者沒有任何活的微生物及其孢子?！霸噭┖小敝赴辽僖环N試劑(例如用于治療CLL的藥物，或用于特異性檢測本發明的生物標志物基因或蛋白的探針)的任何制品(例如包裝或容器)。優選地，所述制品以用于實施本發明方法的單元來宣傳、分發、或銷售。“藥學可接受載體”指藥物配制劑中除活性成分以外的成分，其對受試者是無毒性的。藥學可接受載體包括但不限于緩沖劑、賦形劑、穩定劑或防腐劑。
I1.CLL 藥物在一個方面,本發明涉及基于本文中披露的一種或多種生物標志物的表達來選擇能夠用CLL藥物治療的患者。CLL藥物的例子包括但不限于:-上文所記載的化療劑和化療方案，具體包括:烷化劑類(例如苯丁酸氮芥、苯達莫司汀或環磷酰胺)；核苷類似物或抗代謝物類(例如氟達拉濱)，氟達拉濱和環磷酰胺(FC);潑尼松或潑尼松龍；含有烷化物的聯合療法，包括環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CHOP)，或環磷酰胺、長春新堿、潑尼松龍(CVP);等等。-B細胞拮抗劑，諸如CD20抗體(例如利妥昔單抗、奧法木單抗、GAlOU SB1-087、維妥珠單抗和AME-133等)、⑶22抗體或⑶79b抗體；-靜脈內免疫球蛋白；-⑶52抗體(例如阿侖單抗)；以及-正在開發中或已被批準的用于治療CLL的其它藥物或其組合。在一個實施方案中，所述CLL藥物誘導FAK信號傳導和/或同型聚集。任選地，所述CLL藥物選自:B細胞拮抗劑、B細胞抗體、⑶20抗體、I型⑶20抗體、II型⑶20抗體、CD22抗體、CD79b抗體等。在一個實施方案中(其中生物標志物的表達水平低于中值)，所述CLL藥物不是利妥昔單抗。在一個實施方案中，所述藥物是例如針對或結合CD20的抗體。本文中的抗體包括:單克隆抗體，其包含嵌合的、人源化的或人的抗體。在一個實施方案中，所述抗體是抗體片段，例如？￥4&13、 ？&13’、8(^1雙抗體、或？(&13’)2片段。在另一個實施方案中，所述抗體是全長抗體，例如完整的IgGl抗體或如本文中定義的其它抗體類或同種型。在一個實施方案中，所述抗體(例如本文方法中使用的抗體)可單一地或組合地摻入以下1-6部分中所描述的任何特征:1.抗體片段在某些實施方案中，本文中提供的抗體是抗體片段。抗體片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’ _SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，及下文所描述的其它片段。對于某些抗體片段的綜述，參見Hudson等Nat.Med.9:129-134(2003)。關于scFv片段的綜述，參見例如 Pluckthiin,于 The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第 113 卷，Rosenburg和 Moore 編，(Springer-Verlag, New York),第 269 頁-第 315 頁(1994);還可參見W093/16185 ;和美國專利Nos.5，571，894和5，587，458。對于包含拯救受體結合表位殘基，并且具有延長的體內半衰期的Fab和F(ab’ )2片段的論述，參見美國專利5，869，046。雙抗體是具有兩個抗原結合位點的抗體片段，其可以是二價的或雙特異性的。參見例如 EP404, 097; W01993/01161; Hudson 等，Nat.Med.9:129-134 (2003);和 Hollinger 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:6444-6448 (1993)。三抗體和四抗體也記載于 Hudson 等,Nat.Med.9:129-134(2003)。 單域抗體是包含抗體的整個或部分重鏈可變域或整個或部分輕鏈可變域的抗體片段。在某些實施方案中，單域抗體是人單域抗體(Domantis, Inc., Waltham, MA;參見例如美國專利 N0.6，248，516B1)。可以通過多種技術，包括但不限于對完整抗體的蛋白水解消化及重組宿主細胞(例如大腸桿菌或噬菌體)的生成來生成抗體片段，如本文中所描述的。2.嵌合的和人源化的抗體在某些實施方案中，本文中提供的抗體是嵌合抗體。某些嵌合抗體記載于例如美國專利 N0.4，816，567 ；和 Morrison 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 81:6851-6855 (1984))中。在一個例子中，嵌合抗體包含非人可變區(例如自小鼠、大鼠、倉鼠、家兔、或非人靈長類諸如猴衍生的可變區)和人恒定區。在另一個例子中，嵌合抗體是“類轉換的”抗體，其中類或亞類已經自親本抗體的類或亞類改變。嵌合抗體包括其抗原結合片段。在某些實施方案中，嵌合抗體是人源化抗體。通常，將非人抗體人源化以減少對人的免疫原性，同時保留親本非人抗體的特異性和親和力。一般地，人源化抗體包含一個或多個可變域，其中HVR例如CDR(或其部分)自非人抗體衍生，而FR(或其部分)自人抗體序列衍生。任選地，人源化抗體還會至少包含人恒定區的一部分。在一些實施方案中，將人源化抗體中的一些FR殘基用來自非人抗體(例如衍生HVR殘基的抗體)的相應殘基取代，例如以恢復或改善抗體特異性或親和力。人源化抗體及其制備方法綜述于例如Almagro和Fransson, Front.Biosc1.13:1619-1633 (2008),并且進一步記載于例如 Riechmann等，Nature332:323-329 (1988) ;Queen 等，Proc.Nat’ I Acad.Sc1.USA86:10029-10033(1989);美國專利 N0.5，821，337、7，527，791、6，982，321和 7，087，409;Kashmiri 等，Methods36: 25-34 (2005)(描述了 SDR(a-CDR)嫁接);Padlan, Mol.Tmmuno1.28:489-498 (1991)(描述了“重修表面”)；Dall，Acqua 等，Methods36:43-60 (2005)(描述了 “FR 改組”);和 Osbourn 等，Methods36:61-68 (2005)和Klimka 等，Br.J.Cancer, 83:252-260(2000)(描述了 FR 改組的“引導選擇”方法)。

可以用于人源化的人框架區包括但不限于:使用“最佳擬合(best-fit)”方法選擇的框架區(參見例如Sims等J.1mmunol.151:2296 (1993))；自輕鏈或重鏈可變區的特定亞組的人抗體的共有序列衍生的框架區(參見例如Carter等Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 89: 4285 (1992);和 Presta 等 J.1mmunol.，151: 2623 (1993))；人成熟的(體細胞突變的)框架區或人種系框架區(參見例如Almagro和Fransson, Front.Biosc1.13:1619-1633 (2008));和通過篩選 FR 文庫衍生的框架區(參見例如 Baca 等，J.Biol.Chem.272:10678-10684 (1997)和 Rosok 等，J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。利妥昔單抗是結合CD20的嵌合抗體的一個例子。結合CD20的人源化抗體的例子包括:GA101、SB1-087、AME-133和維妥珠單抗。3.人抗體在某些實施方案中，本文中提供的抗體是人抗體?？梢允褂帽绢I域中已知的多種技術生成人抗體。一般地，人抗體記載于van Dijk和van de Winkel, Curr.0pin.Pharmacol.5:368-74(2001)和 Lonberg, Curr.0pin.Tmmuno1.20:450-459(2008)?？梢酝ㄟ^對轉基因動物施用免疫原來制備人抗體，所述轉基因動物已經修飾為應答抗原性攻擊而生成完整人抗體或具有人可變區的完整抗體。此類動物通常含有所有或部分的人免疫球蛋白基因座，其替換了內源性免疫球蛋白基因座，或者其存在于染色體外或被隨機整合入動物的染色體中。在此類轉基因小鼠中，一般已經將內源免疫球蛋白基因座滅活。關于自轉基因動物獲得人抗體的方法的綜述，參見Lonberg，Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。還參見，例如美國專利 N0.6，075，181 和 6，150，584(描述XEN0M0USE 技術)；美國專利N0.5，770, 429 (描述HuM AR 技術)；美國專利N0.7，041,870(描述 K-M MOUSE 技術);美國專利申請公開 N0.US2007/0061900 (描述VELOaMOUSE 技術)?？梢酝ㄟ^例如與不同的人恒定區組合進一步修飾來自由此類動物生成的完整抗體的人可變區。也可以通過基于雜交瘤的方法來制備人抗體。已經描述了用于生成人單克隆抗體的人骨髓瘤和小鼠-人異源骨髓瘤細胞系。(參見例如Kozbor J.1mmunol.，133:3001 (1984) ;Brodeur 等，Monoclonal Antibody Production Techniques andApplications,第 51 頁-第 63 頁(Marcel Dekker, Inc., New York, 1987);和 Boerner等，J.1mmunol.，147:86 (1991)。)經由人B細胞雜交瘤技術生成的人抗體還記載于Li等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 103:3557-3562 (2006)。其它方法包括那些例如記載于美國專利N0.7，189，826 (描述從雜交瘤細胞系生成單克隆人IgM抗體)和Ni，XiandaiMianyixue, 26 (4): 265-268 (2006)(描述人-人雜交瘤)的。人雜交瘤技術(Trioma技術)還記載于 Vollmers 和 Brandlein, Histology and Histopathology, 20 (3): 927-937 (2005)以及 Vollmers 和 Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)。還可以通過分離選自人衍生的噬菌體展示文庫的Fv克隆可變域序列來生成人抗體。然后，可以將這類可變域序列與期望的人恒定域組合。下文描述了自抗體文庫選擇人抗體的技術。

奧法木單抗是結合⑶20的人抗體的一個例子。4.文庫衍生的抗體可以通過對組合文庫篩選具有期望的一種或多種活性的抗體來分離本發明的抗體。例如，用于生成噬菌體展示文庫并對此類文庫篩選擁有期望結合特征的抗體的多種方法是本領域中已知的。此類方法綜述于例如Hoogenboom等于Methods in MolecularBiologyl78:1-37 (0，Brien 等編,Human Press, Totowa, NJ, 2001)，并且進一步記載于例如 McCafferty 等，Nature348:552-554;Clackson 等，Nature352:624-628(1991);Marks等，J.Mo 1.Biol.222: 581-597 (1992) ; Marks 和 Bradbury,于 Methods in MolecularBiology 248: 161-175 (Lo 編，Human Press, Totowa, NJ, 2003) ; Sidhu 等，J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004) ; Lee 等，J.Mol.Biol.340(5): 1073-1093(2004) ;Fellouse, Proc.Natl.Acad.Sc1.USAlOl (34): 12467-12472 (2004);和 Lee 等，J.1mmunol.Methods284(1-2): 119-132(2004)。在某些噬菌體展示方法中，將VH和VL基因的全集分別通過聚合酶鏈式反應(PCR)克隆，并在噬菌體文庫中隨機重組，然后可以對所述噬菌體文庫篩選抗原結合噬菌體，如記載于Winter等，Ann.Rev.1mmunol., 12:433-455(1994)的。卩遼菌體通常以單鏈Fv(ScFv)片段或以Fab片段展示抗體片段。來自經免疫的來源的文庫提供針對免疫原的高親和力抗體，而不需要構建雜交瘤?；蛘?，可以(例如自人)克隆天然全集以在沒有任何免疫的情況中提供針對一大批非自身和還有自身抗原的抗體的單一來源，如由Griffiths等，EMB0J，12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通過自干細胞克隆未重排的V基因區段，并使用含有隨機序列的PCR引物編碼高度可變的CDR3區并在體外實現重排來合成生成未免疫文庫，如由 Hoogenboom 和 Winter, J.Mol.Biol.，227:381-388(1992)所描述的。描述人抗體噬菌體文庫的專利出版物包括例如:美國專利N0.5，750，373，和美國專利公開 N0.2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764,2007/0292936 和 2009/0002360。認為自人抗體文庫分離的抗體或抗體片段是本文中的人抗體或人抗體片段。5.多特異性抗體在某些實施方案中，本文中提供的抗體是多特異性抗體，例如雙特異性抗體。多特異性抗體是對至少兩種不同位點具有結合特異性的單克隆抗體。在某些實施方案中，結合特異性之一針對CD20，而另一種針對任何其它抗原。在某些實施方案中，雙特異性抗體可以結合CD20的兩種不同表位。也可以使用雙特異性抗體來將細胞毒劑局部化于表達CD20的細胞。雙特異性抗體可以以全長抗體或抗體片段制備。用于生成多特異性抗體的技術包括但不限于具有不同特異性的兩對免疫球蛋白重鏈-輕鏈的重組共表達(參見 Milstein 和 Cuello, Nature305:537 (1983)、W093/08829和Traunecker等，EMBO J.10:3655 (1991))、和“突起-入-空穴”工程(參見例如美國專利N0.5，731，168)。也可以通過用于生成抗體Fe-異二聚體分子的工程化靜電操縱效應(W02009/089004A1);交聯兩種或更多種抗體或片段(參見例如美國專利N0.4，676，980和Brennan等，Science, 229:81 (1985));使用亮氨酸拉鏈來生成雙特異性抗體(參見例如Kostelny等，J.1mmunol.，148 (5): 1547-1553 (1992));使用用于生成雙特異性抗體片段的“雙抗體”技術(參見例如 Hollinger 等,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA, 90:6444-6448 (1993))；及使用單鏈Fv(sFv) 二聚體(參見例如Gruber等，J.1mmunol., 152:5368(1994));及如例如Tutt等J.1mmunol.147:60 (1991)中所描述的,制備三特異性抗體來生成多特異性抗體。本文中還包括具有三個或更多個功能性抗原結合位點的工程化改造抗體，包括“章魚抗體”(參見例如US2006/0025576A1)。

本文中的抗體或片段還包括包含結合CD20及另一種不同抗原的抗原結合位點的“雙重作用FAb”或“DAF”(參見例如US2008/0069820)。6.抗體變體在某些實施方案中，涵蓋本文中提供的抗體的氨基酸序列變體。例如，可以期望改善抗體的結合親和力和/或其它生物學特性。可以通過將合適的修飾引入編碼抗體的核苷酸序列中，或者通過肽合成來制備抗體的氨基酸序列變體。此類修飾包括例如對抗體的氨基酸序列內的殘基的刪除、和/或插入和/或替代?？梢赃M行刪除、插入、和替代的任何組合以得到最終的構建體，只要最終的構建體擁有期望的特征，例如，抗原結合。在某些實施方案中，提供了具有一處或多處氨基酸替代的抗體變體。替代誘變感興趣的位點包括HVR和FR。可以將氨基酸替代引入感興趣的抗體中，并且對產物篩選期望的活性，例如保留/改善的抗原結合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。一類替代變體牽涉替代親本抗體(例如人源化或人抗體)的一個或多個高變區殘基。一般地，為進一步研究選擇的所得變體相對于親本抗體會具有某些生物學特性的改變(例如改善)(例如升高的親和力、降低的免疫原性)和/或會基本上保留親本抗體的某些生物學特性。一種例示性的替代變體是親和力成熟的抗體，其可以例如使用基于噬菌體展示的親和力成熟技術諸如本文中所描述的那些技術來方便地生成。簡言之，將一個或多個HVR殘基突變，并將變體抗體在噬菌體上展示，并對其篩選特定的生物學活性(例如結合親和力)。氨基酸序列插入包括長度范圍為I個殘基至含有100或更多個殘基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及單個或多個氨基酸殘基的序列內插入。末端插入的例子包括具有N末端甲硫氨?；鶜埢目贵w。抗體分子的其它插入變體包括抗體的N或C末端與酶(例如對于ADEPT)或延長抗體的血清半衰期的多肽的融合物。在某些實施方案中，改變本文中提供的抗體以提高或降低抗體糖基化的程度。可以通過改變氨基酸序列，使得創建或消除一個或多個糖基化位點來方便地實現對抗體的糖基化位點的添加或刪除。在抗體包含Fe區的情況中，可以改變其附著的碳水化合物。由哺乳動物細胞生成的天然抗體通常包含分支的、雙觸角寡糖，其一般通過N連接附著于Fe區的CH2域的Asn297。參見例如Wright等TIBTECH15:26-32 (1997)。寡糖可以包括各種碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、和唾液酸，以及附著于雙觸角寡糖結構“主干”中的GlcNAc的巖藻糖。在一些實施方案中，可以對本發明抗體中的寡糖進行修飾以創建具有某些改善的特性的抗體變體。在一個實施方案中，提供了抗體變體，其具有缺乏附著(直接或間接)于Fe區的巖藻糖的碳水化合物結構。例如，此類抗體中的巖藻糖量可以是1%至80%、1%至65%、5%至65%或20%至40%。通過相對于附著于Asn297的所有糖結構(例如，復合的、雜合的和高甘露糖的結構)的總和，計算Asn297處糖鏈內巖藻糖的平均量來測定巖藻糖量，如通過MALD1-T0F質譜術測量的，例如如記載于W02008/077546的。Asn297指位于Fe區中的約第297位(Fe區殘基的Eu編號方式)的天冬酰胺殘基；然而，Asn297也可以由于抗體中的微小序列變異而位于第297位上游或下游約±3個氨基酸，即在第294位和第300位之間。此類巖藻糖基化變體可以具有改善的ADCC功能。見例如美國專利公開文本N0.US2003/0157108 (Presta, L.) ; US2004/0093621 (Kyowa Hakko Kogyo C0.，Ltd)。涉及“脫巖藻糖基化的”或“巖藻糖缺乏的”抗體變體的出版物的例子包括:US2003/0157108;W02000/61739;W02001/29246;US2003/0115614;US2002/0164328;US2004/0093621;US2004/0132140;US2004/0110704;US2004/0110282;US2004/0109865;W02003/085119;W02003/084570;W02005/035586;W02005/035778;W02005/053742;W02002/031140;Okazaki 等 J.Mol.Biol.336:1239-1249 (2004) ; Yamane-Ohnuki 等 Biotech.Bioeng.87:614 (2004)。能夠生成脫巖藻糖基化抗體的細胞系的例子包括蛋白質巖藻糖基化缺陷的Lecl3CH0細胞(Ripka等Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986);美國專利申請 No US2003/0157108A1, Presta, L;及TO2004/056312A1，Adams等，尤其在實施例11)，和敲除細胞系，諸如a -1, 6-巖藻糖基轉移酶基因FUT8敲除CHO細胞(見例如Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614 (2004) ; Kanda, Y.等,Biotechnol.Bioeng., 94 (4): 680-688 (2006);及W02003/085107)。進一步提供了具 有兩分型寡糖的抗體變體，例如其中附著于抗體Fe區的雙觸角寡糖是通過GIcNAc兩分的。此類抗體變體可以具有降低的巖藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此類抗體變體的例子記載于例如W02003/011878 (Jean-Mairet等)；美國專利 N0.6，602，684 (Umana 等)；及 US2005/0123546 (Umana 等)。還提供了在附著于 Fe 區的寡糖中具有至少一個半乳糖殘基的抗體變體。此類抗體變體可以具有改善的CDC功能。此類抗體變體記載于例如 W01997/30087(Patel 等)；W01998/58964(Raju, S.);及W01999/22764(Raju, S.)。GAlOl是結合⑶20的抗體糖基化變體的一個例子。在某些實 施方案中，可以將一處或多處氨基酸修飾引入本文中提供的抗體的Fe區中，由此生成Fe區變體。Fe區變體可以包含在一個或多個氨基酸位置包含氨基酸修飾(例如替代)的人Fe區序列(例如，人IgGl、IgG2、IgG3或IgG4Fc區)。在某些實施方案中，本發明涵蓋擁有一些但不是所有效應器功能的抗體變體，這使其成為如下應用的期望候選物，其中抗體的體內半衰期是重要的，而某些效應器功能(諸如補體和ADCC)是不必要的或有害的。具有降低的效應器功能的抗體包括那些具有Fe區殘基238、265、269、270、297、327和329中的一個或多個的替代的(美國專利N0.6，737，056)。此類Fe突變體包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的兩處或更多處具有替代的Fe突變體，包括殘基265和297替代成丙氨酸的所謂的“DANA”Fc突變體(美國專利N0.7，332，581)。描述了具有改善的或降低的對FcR的結合的某些抗體變體。(參見例如美國專利N0.6，737，056;W02004/056312,和 Shields 等，J.Biol.Chem.9 (2): 6591-6604 (2001))。在某些實施方案中，抗體變體包含具有改善ADCC的一處或多處氨基酸替代，例如Fe區的位置298、333、和/或334(殘基的EU編號方式)的替代的Fe區。在一些實施方案中，對Fe區做出改變，其導致改變的(S卩，改善的或降低的)Clq結合和/或補體依賴性細胞毒性(CDC)，例如，如記載于美國專利N0.6，194，551，W099/51642，和 Idusogie 等 J.Tmmun01.164:4178-4184 (2000)的。具有延長的半衰期和改善的對新生兒Fe受體(FcRn)的結合的抗體記載于US2005/0014934Al(Hinton等)，新生兒Fe受體(FcRn)負責將母體IgG轉移至胎兒(Guyer等,J.Tmmun01.117:587 (1976)及 Kim 等,J.Tmmuno1.24:249 (1994))。那些抗體包含其中具有改善Fe區對FcRn結合的一處或多處替代的Fe區。此類Fe變體包括那些在Fe區殘基 238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434中的一處或多處具有替代，例如，Fe區殘基434的替代的(美國專利N0.7，371，826)。還可見Duncan 和 Winter, Nature322:738-40 (1988);美國專利 N0.5，648，260;美國專利N0.5，624，821;及W094/29351，其關注Fe區變體的其它例子。在某些實施方案中，可以期望創建經半胱氨酸工程化改造的抗體，例如，“thioMAb”，其中抗體的一個或多個殘基用半胱氨酸殘基替代。在具體的實施方案中，替代的殘基存在于抗體的可接近位點。通過用半胱氨酸替代那些殘基，反應性硫醇基團由此定位于抗體的可接近位點，并且可以用于將抗體與其它模塊，諸如藥物模塊或接頭-藥物模塊偶聯，以創建免疫偶聯物，如本文中進一步描述的。在某些實施方案中，可以用半胱氨酸替代下列殘基之任一個或多個:輕鏈的V205 (Kabat編號方式)；重鏈的Al 18 (EU編號方式);和重鏈Fe區的S400(EU編號方式)?？梢匀缋缑绹鴮＠鸑0.7，521，541所述生成經半胱氨酸工程化改造的抗體。
在某些實施方案中，可以進一步修飾本文中提供的抗體以含有本領域知道的且易于獲得的額外非蛋白質性質模塊。適合于抗體衍生化的模塊包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纖維素、右旋糖苷、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1，3- 二氧戊環、聚-1，3，6-三2惡烷、乙烯/馬來酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或隨機共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、環氧丙烷/環氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的穩定性，聚乙二醇丙醛在生產中可能具有優勢。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附著到抗體上的聚合物的數目可以變化，而且如果附著了超過一個聚合物，那么它們可以是相同或不同的分子。一般而言，可根據下列考慮來確定用于衍生化的聚合物的數目和/或類型，包括但不限于抗體要改進的具體特性或功能、抗體衍生物是否將用于指定條件下的治療等。在另一個實施方案中，提供了抗體和可以通過暴露于輻射而選擇性加熱的非蛋白質性質模塊的偶聯物。在一個實施方案中，非蛋白質性質模塊是碳納米管(Kam等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA102:11600-11605 (2005))。輻射可以是任何波長的，并且包括但不限于對普通細胞沒有損害，但是將非蛋白質性質模塊加熱至抗體-非蛋白質性質模塊附近的細胞被殺死的溫度的波長。在一個實施方案中，所述藥物是包含偶聯于一種或多種細胞毒劑的抗體(諸如CD20抗體)的免疫偶聯物,所述細胞毒劑諸如化療劑或化療藥物、生長抑制劑、毒素(例如蛋白質毒素，細菌、真菌、植物或動物起源的酶活毒素，或其片段)、或放射性同位素。在一個實施方案中，免疫偶聯物是抗體-藥物偶聯物(ADC)，其中抗體偶聯于一種或多種藥物，所述藥物包括但不限于美登木素生物堿(maytansinoid)(參見美國專利 N0.5，208，020,5, 416，064 和歐洲專利 EP0425235B1) ；auristatin 諸如單甲基auristatin藥物模塊DE和DF (MMAE和MMAF)(參見美國專利N0.5，635，483和5，780，588，和7，498，298);多拉司他汀(dolastatin);加利車霉素或其衍生物(參見美國專利 N0.5，712，374、5，714，586、5，739，116、5，767，285、5，770，701、5，770，710、
5,773, 001 和 5, 877, 296; Hinman 等，Cancer Res.53:3336-3342 (1993);和 Lode 等，Cancer Res.58:2925-2928 (1998));蒽環類抗生素諸如道諾霉素或多柔比星(參見 Kratz 等，Current Med.Chem.13:477-523 (2006) ; Jeffrey 等，Bioorganic&Med.Chem.Lettersl6:358-362(2006);Torgov 等，Bioconj.Chem.16:717-721 (2005);Nagy等，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA97: 829-834 (2000) ; Dubowchik 等，Bioorg.&Med.Chem.Lettersl2:1529-1532 (2002) ; King 等，J.Med.Chem.45:4336-4343(2002);和美國專利N0.6，630，579);甲氨蝶呤、長春地辛；紫杉烷類諸如多西他塞、帕利他塞、larotaxel、tesetaxel 和 ortataxel ;單端抱菌毒素(trichothecene);和 CC1065。在另一個實施方案中，免疫偶聯物包含如本文中描述的抗體偶聯于酶活性毒素或其片段，包括但不限于白喉A鏈、白喉毒素的非結合活性片段、外毒素A鏈(來自銅綠假單孢菌(Pseudomonas aeruginosa))、、蓖麻毒蛋白A鏈、相思豆毒蛋白A鏈、蒴蓮根毒素(modeccin)A鏈、ct -帝曲毒素 (sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、香石竹(dianthin)蛋白、美洲商陸(Phytolaca Americana)蛋白(PAP1、PAPII 和 PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制物、麻瘋樹毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥阜草(sapaonaria officinalis)抑制物、白樹毒素(gelonin)、絲林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酌 霉素(phenomycin)、依諾霉素(enomycin)和單端孢菌毒素。在另一個實施方案中，免疫偶聯物包含如本文中描述的抗體偶聯于放射性原子以形成放射偶聯物。多種放射性同位素可用于生成放射偶聯抗體。例子包括At211，I131，I125，Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32，Pb212和Lu的放射性同位素。在將放射偶聯物用于檢測時，它可包含放射性原子用于閃爍照相研究，例如Tc99m或1123，或是包含自旋標記物用于核磁共振(NMR)成像(也稱為磁共振成像，MRI)，諸如碘-123、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氣-15、氧_17、禮、猛或鐵?？梢允褂枚喾N雙功能蛋白質偶聯劑來生成抗體和細胞毒劑的偶聯物，諸如N-琥珀酰亞氨基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亞氨基-4-(N-馬來酰亞氨基甲基)環己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亞氨基硫烷(IT)，亞氨酸酯(諸如鹽酸己二酰亞氨酸二甲酯)、活性酯類(諸如辛二酸二琥珀酰亞氨基酯)、醛類(諸如戊二醛)、雙疊氮化合物(諸如雙(對-疊氮苯甲?；?己二胺)、雙重氮衍生物(諸如雙(對-重氮苯甲?；?_乙二胺)、二異硫氰酸酯(諸如甲苯2，6-二異氰酸酯)、和雙活性氟化合物(諸如1，5-二氟-2，4-二硝基苯)的雙功能衍生物。例如，可以如Vitetta等，Science238:1098(1987)中描述的制備蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14標記的1-異硫氰酸苯甲基-3-甲基二亞乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于將放射性核苷酸與抗體偶聯的例示性螯合劑。參見W094/11026。接頭可以是便于在細胞中釋放細胞毒藥物的“可切割接頭”。例如，可使用酸不穩定接頭、肽酶敏感接頭、光不穩定接頭、二甲基接頭、或含二硫化物接頭(Chari等，Cancer Res.52:127-131 (1992);美國專利 N0.5，208，020)。本文中的免疫偶聯物或ADC明確涵蓋但不限于用下列交聯試劑制備的這類偶聯物:商品化(如購自 Pierce Biotechnology Inc., Rockford, IL, U.S.A.)的 BMPS、EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS、MPBH、SBAP, SIA、SIAB, SMCC、SMPB, SMPH、sulfo-EMCS、suIfo-GMBS,suIfo-KMUS、sulfo-MBS、sulfo-SIAB、sulfo-SMCC和 sulfo-SMPB、和 SVSB (琥珀酰亞氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)。II1.診斷方 法在一個方面，本文在的發明涉及為慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者選擇療法的方法，其包括測定來自患者的樣品中選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達(或活化)，并基于該生物標志物的表達水平來選擇CLL藥物。在一個實施方案中，升高水平的生物標志物(一種或多種)會導致選擇誘導FAK信號傳導和/或同型粘附的CLL藥物、和/或B細胞拮抗劑、和/或CD20抗體來用于治療患者。在另一個實施方案中，當生物標志物(一種或多種)以降低水平或中值以下的水平存在時，對該患者會選擇除利妥昔單抗以外或除CD20抗體以外的CLL藥物來治療。可以基本與測量生物標志物表達同時地來測定生物標志物的中值表達水平,或可以先前已經測定生物標志物的中值表達水平。熟練的技術人員能夠對各種診斷測定法測定患者群體中生物標志物的中值表達水平。這在下表中例示，下表提供了下文實施例中的各種生物測定法和生物標志物的中值表達水平。
權利要求
1.一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有升高量的一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的CLL藥物。
2.權利要求1的方法，其中所述CLL藥物誘導FAK信號傳導或同型粘附。
3.權利要求1的方法，其中所述CLL藥物是B細胞拮抗劑。
4.權利要求1的方法，其中所述CLL藥物是抗CD20抗體。
5.權利要求4的方法，其中所述抗CD20抗體是人源化的、人的、或嵌合的抗CD20抗體。
6.權利要求4的方法,其中所述抗CD20抗體選自下組:利妥昔單抗(rituximab)、奧法木單抗(ofatumumab)、GA101、SB1-087、維妥珠單抗(veltuzumab)、和 AME-133。
7.權利要求6的方法，其中所述抗CD20抗體是利妥昔單抗。
8.前述權利要求中任一項的方法，其中所述患者相對于不具有升高量的所述生物標志物的患者具有更大的無進展存活(PF S)。
9.前述權利要求中任一項的方法，其進一步包括對所述患者施用化療。
10.權利要求9的方法，其中所述化療包含環磷酰胺和氟達拉濱。
11.權利要求1的方法，其中所述患者具有升高量的miRNA1513p。
12.權利要求1的方法，其中所述患者具有升高量的miRNA4093p。
13.權利要求1的方法，其中所述患者具有升高量的PTK2。
14.權利要求1的方法，其中通過基因表達序型分析(profiling)來評估所述生物標志物的量。
15.權利要求14的方法，其中所述基因表達序型分析包括聚合酶鏈式反應(PCR)。
16.權利要求15的方法，其中所述PCR包括定量實時PCR(qRT-PCR)。
17.前述權利要求中任一項的方法，其包括對來自所述患者的樣品測試所述生物標志物的表達。
18.權利要求17的方法，其中所述樣品包含外周血單個核細胞(PBMC)。
19.一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有升高量的一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的利妥昔單抗、氟達拉濱和環磷酰胺的組合。
20.一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有降低量的一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、和PTK2的生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的除利妥昔單抗以外的CLL藥物。
21.一種用于為慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者選擇療法的方法，其包括測定所述患者的樣品中選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達，并基于所述生物標志物的表達水平來選擇CLL藥物。
22.權利要求21的方法，其中如果所述癌癥樣品表達升高水平的生物標志物，則對該患者選擇用CLL藥物治療。
23.權利要求21的方法，其中所述CLL藥物誘導FAK信號傳導或同型粘附。
24.權利要求21的方法，其中所述CLL藥物是B細胞拮抗劑。
25.權利要求21的方法，其中所述CLL藥物是抗CD20抗體。
26.權利要求21的方法，其中如果所述癌癥樣品表達降低水平的生物標志物，則對該患者選擇用除利妥昔單抗以外的CLL藥物治療。
27.—種診斷用試劑盒，其包含一種或多種試劑，所述試劑用于測定來自CLL患者的樣品中選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達。
28.權利要求27的診斷用試劑盒，其進一步包含使用所述試劑盒來選擇CLL藥物以治療所述CLL患者的說明書。
29.權利要求27或28的診斷用試劑盒，其中所述一種或多種試劑包含用于檢測所述生物標志物的探針和一對DNA引物。
30.一種制品，其包含包裝在一起的CLL藥物和包裝插頁，所述CLL藥物在藥學可接受的載體中，所述包裝插頁指示所述CLL藥物是基于一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達來治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的。
31.一種用于制造制品的方法，其包括在包裝中組合包含CLL藥物的藥物組合物和包裝插頁，所述包裝插頁指示所述藥物組合物是基于一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達來治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的。
32.一種用于做CLL藥物廣告的方法，包括向目標受眾推廣CLL藥物基于一種或多種選自miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和PI3K的生物標志物的表達來治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的用途。`
33.一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有減少的PI3K生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的CLL藥物。
34.權利要求33的方法，其中所述PI3K生物標志物包含PIK3R3。
35.一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有減少的PI3K生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的利妥昔單抗、氟達拉濱和環磷酰胺的組合。
36.權利要求35的方法，其中所述PI3K生物標志物包含PIK3R3。
37.一種用于治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)患者的方法，其包括如果發現所述患者具有升高的PI3K生物標志物，則對所述患者施用治療有效量的除利妥昔單抗以外的CLL藥物。
38.權利要求37的方法，其中所述PI3K生物標志物包含PIK3R3。
全文摘要
本申請描述了慢性淋巴細胞性白血病(CLL)的生物標志物。具體地，本發明涉及作為生物標志物用于CLL中患者選擇的miRNA1513p、miRNA4093p、PTK2、和/或PI3K、以及治療性處理的方法、制品及其制備方法、診斷用試劑盒、和做與其有關的廣告的方法。
文檔編號A61K39/395GK103153341SQ201180048232
公開日2013年6月12日 申請日期2011年8月2日 優先權日2010年8月3日
發明者D.多南, G.杜查蒂厄-古延, T.Q.古延, G.帕勒莫, M.維瑟, R-F.葉 申請人:霍夫曼-拉羅奇有限公司