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一種全基因組高效基因區富集測序方法與流程

文檔序號:11145196閱讀:來源:國知局

技術特征:

1.用于全基因組高效基因區富集測序的建立DNA基因區富集庫的方法,包括以下步驟:

A) 樣品進行全基因組DNA的提取;

B) 全基因組mRNA 的提取;

C )將步驟B)得到的全基因組mRNA 反轉錄為cDNA;

D )將步驟C)得到的全基因組cDNA 的碎片化;

E )分批回收步驟D)的碎片化cDNA得到20-50bp的短序列片段;

F) 將步驟A)得到的全基因組DNA,進行單酶切;

G )對步驟F)得到的酶切片段末端可增加barcode接頭連接,以區分不同樣品;

H) 將步驟G)產出的DNA酶切片段裝入環形質粒中,構建DNA文庫;

I )由步驟E)中的cDNA碎片為左引物,根據質粒兩端序列分別設計兩對引物為右引物;

J )將步驟I)的兩對引物對,對H中構建好的DNA文庫進行PCR擴增;

K )對步驟J)擴增片段進行高通量測序,獲得基因區富集序列。

2.用于全基因組高效基因區富集測序的建立DNA基因區富集庫的方法,包括以下步驟:

A) 樣品進行全基因組DNA的提取;

B) 全基因組mRNA 的提取;

C )將步驟B)得到的全基因組mRNA 進行碎片化;反轉錄為cDNA;

D )將步驟C)得到的碎片化mRNA反轉錄為cDNA;

E )分批回收步驟D)的碎片化cDNA得到20-50bp的短序列片段;

F) 將步驟A)得到的全基因組DNA,進行單酶切;

G )對步驟F)得到的酶切片段末端增加barcode接頭連接,以區分不同樣品;

H) 將步驟G)產出的DNA酶切片段裝入環形質粒中,構建DNA文庫;

I )由步驟E)中的cDNA碎片為左引物,根據質粒兩端序列分別設計兩對引物為右引物;

J )將步驟I)的兩對引物對,對H中構建好的DNA文庫進行PCR擴增;

K )對步驟J)擴增片段進行高通量測序,獲得基因區富集序列。

3.如權利要求1或者2所述的建立DNA基因區富集庫的方法,其特征是:所述cDNA或者mRNA碎片化方式,為物理破碎,或者為酶切破碎。

4.如權利要求1或者2所述的建立DNA基因區富集庫的方法,其特征是:所述步驟E) 中片段化分批回收技術,為普通電泳膠回收方式,或者為E-Gel膠按時間回收方式。

5.如權利要求1或者2所述的建立DNA基因區富集庫的方法,其特征是:所述步驟 F) 中酶切,選擇4-6堿基酶,根據目標基因組大小和特征調整,或者結合甲基化敏感酶進行甲基化識別。

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