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輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法及其專用試劑盒的制作方法

文檔序號:576366閱讀:375來源:國知局

專利名稱::輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法及其專用試劑盒的制作方法
技術領域
:本發明涉及輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法及其專用試劑盒。
背景技術
:在棉花品種審定中,棉花區域試驗很重要,棉花區域試驗的主要目的是在不同區域鑒定棉花品種的豐產性、抗病性、纖維品質及適應性、穩定性,為棉花品種的審定和推廣提供科學依據。目前參加試驗的棉花品種分常規棉和雜交棉。常規棉指采取常規的育種方法如系統選育、雜交育種、誘變育種等方法,經過多代自交使基因型純合的棉花品種。雜交棉是相對于常規棉而言,是棉花雜種優勢的利用,是運用人工去雄授粉而得到的種子,基因型為雜合型的棉花品種。雜交棉產量較常規棉花高,制種成本高,推廣面積較小。目前利用三系制種較為方便,不用人工去雄,只采用人工授粉,制種成本能相應降低,有利于大面積推廣。雜交棉產量高于常規棉,在參試各級棉花區域試驗時,因為利益驅動,個別單位用雜交棉代替常規棉參加區試,利用雜交棉的雜種優勢與常規棉進行對比試驗,造成不公平的競爭;相反,在棉花品種審定后,有的種子公司利用常規棉代替雜交棉出售種子,有的種子公司利用F2代種子替代Fl代,來牟取暴利。隨著轉基因型抗蟲棉花品種的推廣,品種間遺傳基礎相對越來越窄,雜交棉的親本較接近,由于遺傳背景的相似程度較高,有的雜交材料F2代分離不明顯,較難辨別。目前常規棉與雜交棉、F1代與F2代均不好區別。因此,需要一種快速準確的鑒別常規棉和雜交棉的方法。
發明內容本發明的一個目的是提供一種輔助鑒別常規棉和雜交棉的試劑盒或一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的試劑盒。本發明所提供的輔助鑒別常規棉和雜交棉的試劑盒或一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的試劑盒,由下述引物對1至引物對16所示的16對引物組成由下述引物對la或引物對lb所示的引物對1:引物對la:—條引物序列為CTATCACCCTTCTCTAGTTGCGTT,另一條引物序列為ATCGGGCTCACAAACATCA;引物對lb:將所述引物對la中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對la產生相同SSR圖譜的由引物對la衍生的引物對;由下述引物對2a或引物對2b所示的弓|物對2:引物對2a:—條引物序列為CATGCAAATCCATGCTAGAG,另一條引物序列為GGTTTCTTTGGTGGTGAAAC;引物對2b:將所述引物對2a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對2a產生相同SSR圖譜的由引物對2a衍生的引物對;由下述引物對3a或引物對3b所示的引物對3:引物對3a:—條引物序列為ACCAACAATGGTGACCTCTT,另一條引物序列為CCCTCCATAACCAAAAGTTG;引物對3b:將所述引物對3a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對3a產生相同SSR圖譜的由引物對3a衍生的引物對;由下述引物對4a或引物對4b所示的弓|物對4:引物對4a:—條引物序列為AGTCGCCCCTTCTCTAATTT,另一條引物序列為TGTAAACCGAACTCGTTGTG;引物對4b:將所述引物對4a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對4a產生相同SSR圖譜的由引物對4a衍生的引物對;由下述引物對5a或引物對5b所示的引物5:引物對5a:—條引物序列為ATCTCTCTGTCTCCCCCTTC,另一條引物序列為GCATATCTGGCGGGTATAAT;引物對5b:將所述引物對5a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對5a產生相同SSR圖譜的由引物對5a衍生的引物對;由下述引物對6a或引物對6b所示的引物對6:引物對6a:—條引物序列為GGAGCCAGAAGTTGAGAAAA,另一條引物序列為TTCGGCTTCTGCTTTTACTT;引物對6b:將所述引物對6a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對6a產生相同SSR圖譜的由引物對6a衍生的引物對;由下述引物對7a或引物對7b所示的引物對7:引物對7a:—條引物序列為AATGGTCCTGCTCCAGATT,另一條引物序列為AATCGTCGTCGTCGAATTAT;引物對7b:將所述引物對7a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對7a產生相同SSR圖譜的由引物對7a衍生的引物對;由下述引物對8a或引物對8b所示的弓|物對8:引物對8a:—條引物序列為AACAAGAGCCAAGGTTCATC,另一條引物序列為GGATGCTGTATAGGGCTCAT;引物對8b:將所述引物對8a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對8a產生相同SSR圖譜的由引物對8a衍生的引物對;由下述引物對9a或引物對9b所示的弓|物對9:引物對9a:—條引物序列為CATGCAAATCCATGCTAGAG,另一條引物序列為GGTTTCTTTGGTGGTGAAAC;引物對9b:將所述引物對9a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對9a產生相同SSR圖譜的由引物對9a衍生的引物對;由下述引物對10a或引物對10b所示的引物對10:引物對10a:—條引物序列為TACCTGAAACCCAAAATGGT,另一條引物序列為ACGCTGTTATAGGGCTCATC;引物對10b:將所述引物對10a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對10a產生相同SSR圖譜的由引物對10a衍生的引物對;9由下述引物對11a或引物對lib所示的引物對11:引物對1la:—條引物序列為TGGCAGAGATGAATGTAAGC,另一條引物序列為GGTAACGGATGGAAAATCAC;引物對lib:將所述引物對11a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對11a產生相同SSR圖譜的由引物對11a衍生的引物對;由下述引物對12a或引物對12b所示的引物對12:引物對12a:—條引物序列為CAACCAACATATTCCAAACA,另一條引物序列為TTATTTCGGCCTTGTTTTTC;引物對12b:將所述引物對12a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對12a產生相同SSR圖譜的由引物對12a衍生的引物對;由下述引物對13a或引物對13b所示的引物對13:引物對13a:—條引物序列為AAAGGAAGCAGGAGAGACAA,另一條引物序列為CTTCTTCATTCATGGCCTTC;引物對13b:將所述引物對13a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對13a產生相同SSR圖譜的由引物對13a衍生的引物對;由下述引物對14a或引物對14b所示的引物對14:引物對14a:—條引物序列為TCCTCGGATTATCAAAACCT,另一條引物序列為TGAAGAGGACATTGATGACG;引物對14b:將所述引物對14a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對14a產生相同SSR圖譜的由引物對14a衍生的引物對;由下述引物對15a或引物對15b所示的引物對15:引物對15a:—條引物序列為GAACTAGCCACATGATGCAC,另一條引物序列為TTGTTGAGGCATTAGTTTGC;引物對15b:將所述引物對15a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對15a產生相同SSR圖譜的由引物對15a衍生的引物對;由下述引物對16a或引物對16b所示的引物對16:引物對16a:—條引物序列為GCTTTGCTTTGGAATGAGAT,另一條引物序列為TACTGCAACCCCTCACACT;引物對16b:將所述引物對16a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對16a產生相同SSR圖譜的由引物對16a衍生的引物對。本發明的另一個目的是提供一種輔助鑒別常規棉和雜交棉的組合SSR圖譜或一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的組合SSR圖譜。本發明所提供的輔助鑒別常規棉和雜交棉的組合SSR圖譜或一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的組合SSR圖譜,是將用上述試劑盒中所述引物對分別PCR擴增棉花品種得到的SSR圖譜組合在一起得到的。本發明所提供的輔助鑒別常規棉和雜交棉的組合SSR圖譜或一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的組合SSR圖譜,具體由下述16組48個SSR圖譜組成1)所述試劑盒中引物對laPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為375bp-385bp和205bp_215bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為395bp-405bp和225bp_235bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為395bp-405bp、375bp-385bp、225bp-235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;2)所述試劑盒中引物對2aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為325bp-335bp、235bp-245bp和215bp_225bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為375bp-385bp、255bp-265bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為375bp-385bp、325bp-335bp、255bp-265bp、235bp-245bp和215bp_225bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;3)所述試劑盒中引物對3aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為225bp-215bp、195bp-205bp、167bp-173bp和157bp_163bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為295bp-305bp、245bp-255bp、177bp-183bp和167bp-173bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為295bp-305bp、245bp-255bp、225bp-215bp、195bp-205bp、177bp-183bp和167bp_173bp和157bp-163bp的7條DNA條帶組成的SSR圖譜;4)所述試劑盒中引物對4aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為295bp-305bp、255bp_265bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為425bp-435bp、275bp-285bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為425bp-435bp、295bp-305bp、275bp-285bp、255bp-265bp和235bp_245bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;5)所述試劑盒中引物對5aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為485bp-495bp、355bp-365bp、217bp-223bp和207bp_213bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為515bp-525bp、485bp-495bp、235bp-245bp和207bp-213bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為515bp-525bp、485bp-495bp、355bp-365bp、235bp-245bp、217bp-223bp和207bp_213bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜;6)所述試劑盒中引物對6aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為285bp-295bp、195bp-205bp和175bp_185bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為325bp-335bp、195bp-205bp和175bp_185bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為325bp-335bp、285bp-295bp、195bp-205bp和175bp_185bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;7)所述試劑盒中引物對7aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為325bp-335bp、235bp-245bp、178bp-182bp和168bp_172bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、173bp-177bp和168bp-172bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、325bp-335bp、235bp-245bp、178bp-182bp、173bp-177bp和168bp-172bp的7條DNA條帶組成的SSR圖譜;8)所述試劑盒中引物對8aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為375bp-385bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為395bp-405bp和175bp_185bp的2條DNA條帶11組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為395bp-405bp、375bp-3855bp、175bp-185bp和155bp-165bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;9)所述試劑盒中引物對9aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為345bp-355bp、237bp-243bp和215bp_225bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為365bp-375bp、247bp-253bp和237bp_243bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、247bp-253bp、237bp-243bp和215bp_225bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;10)所述試劑盒中引物對10aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為305bp-315bp、155bp-165bp和135bp_145bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為325bp-335bp、167bp-173bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為325bp-335bp、305bp-315bp、167bp-173bp、155bp-165bp和135bp_145bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;11)所述試劑盒中引物對11aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為405bp-415bp、315bp-325bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為435bp-445bp、375bp-385bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為435bp-445bp、405bp-415bp、375bp-385bp、315bp-325bp和235bp_245bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;12)所述試劑盒中引物對12aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為455bp-465bp、345bp-355bp、225bp-235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為475bp-485bp、395bp-405bp、225bp-235bp和205bp-215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為475bp-485bp、455bp-465bp、395bp-405bp、345bp-355bp、225bp-235bp和205bp_215bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜;13)所述試劑盒中引物對13aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為385bp-395bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為415bp-425bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為415bp-425bp、385bp-395bp、175bp-185bp和155bp-165bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;14)所述試劑盒中引物對14aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為167bp-173bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp_113bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為177bp-183bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp-113bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為177bp-183bp、167bp-173bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp_113bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;15)所述試劑盒中引物對15aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為205bp-215bp和125bp_135bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為225bp-235bp和145bp_155bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為225bp-235bp、205bp-215bp、145bp-155bp和125bp_135bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;1216)所述試劑盒中引物對16aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為347bp-353bp、257bp_263bp和247bp_253bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為367bp-373bp、357bp_363bp、267bp_273bp和247bp-253bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為367bp_373bp、357bp-363bp、347bp-353bp、267bp-273bp、257bp-263bp和247bp_253bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜。本發明的另一個目的是提供一種輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法。本發明所提供的輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法,由如下步驟組成1)提取待鑒別棉花的基因組DNA;2)以所述待鑒別棉花的基因組DNA為模板,分別用所述試劑盒中的每一對引物進行PCR擴增,獲得每一對引物的PCR擴增產物;3)檢測所述每一對引物的PCR擴增產物的圖譜,若每一對引物的PCR擴增產物的圖譜均與上述組合SSR圖譜中相同引物對對應的I型圖譜或II型圖譜一致,則所述待鑒別棉花為常規棉;若所述每一對引物的PCR擴增產物中,至少有一對引物的PCR擴增產物的圖譜與上述組合SSR圖譜中相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述待鑒別棉花為雜交棉。上述方法中,所述檢測每一對引物的PCR擴增產物的圖譜的方法具體可為將所述PCR擴增產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳。SSR分子標記是以孟德爾方式遺傳,呈共顯性。上述所提供的I型圖譜和II型圖譜實際上是純合品種的圖譜,也可以說是某一雜交品種的兩個親本的不同圖譜。以I型圖譜和II型圖譜的品種為親本,雜交后的圖譜就是III型圖譜,即共顯型圖譜,所以用此法可以判別常規棉品種和雜交棉品種。上述鑒別方法中,在引物的擴增下,不是所有的雜交棉均能顯示雜合帶型。原因是一對引物僅結合一個或幾個位點,對某些品種而言,某些引物的結合位點在兩個親本中是一致的,該引物擴增兩個親本得到的帶型完全相同,則雜交種也顯示親本的純合帶型,這樣就鑒別不出雜交棉;只有用另一不同的引物(該引物在兩親本中的結合位點不一致),擴增兩個親本得到的DNA片段不一致,用這對引物擴增雜交棉時才會顯示兩親本的雜合帶型,才能鑒別出雜交棉。所以鑒別雜交棉時,并不是所有引物對都有III型圖譜,會出現某些引物對只有一種I型圖譜或II型圖譜的情況;但是只要有一對引物表現出III型圖譜,就可判定待鑒別棉花種子為雜交棉。本發明的最后一個目的是提供一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的方法。本發明所提供的輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的方法,由如下步驟組成1)從待鑒別棉花種子中隨機抽取種子,作為檢測種子;2)提取基因組DNA;此步驟既可以提取種子的基因組DNA也可以提取種子播種后得到的子葉或植株真葉的基因組DNA。3)用所述試劑盒中的引物對,對各基因組DNA進行PCR擴增,得到各檢測種子的PCR擴增產物;134)檢測所述各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜,若各所述引物對所對應的各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜如下與上述組合SSR圖譜中所述的相同引物對對應的I型圖譜一致,或與上述組合SSR圖譜中所述的相同引物對對應的II型圖譜一致,或與上述組合SSR圖譜中所述的相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述各檢測種子均為Fl代棉花種子,判定所述待鑒別棉花種子為Fl代棉花種子;若至少一對引物所對應的各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜如下所述檢測種子中一部分種子的PCR擴增產物的圖譜均與上述組合SSR圖譜中相同引物對對應的I型圖譜一致,所述檢測種子中另一部分種子的PCR擴增產物的圖譜均與上述組合SSR圖譜中相同引物對對應的II型圖譜一致,和所述檢測種子中其余種子的PCR擴增產物的圖譜均與上述組合SSR圖譜中相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述各檢測種子為F2代棉花種子,判定所述待鑒別棉花種子為F2代棉花種子。上述方法中,所述檢測所述各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜的方法具體可為將所述PCR擴增產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳。上述方法中,所述步驟1)中隨機抽取種子的數目為至少20顆。實驗證明,本發明的試劑盒、SSR圖譜及鑒別方法能夠有效、準確、快速的區分待測棉花是常規棉還是雜交棉,待測棉花種子是F1代還是F2代。本發明的試劑盒、SSR圖譜及鑒別方法可以應用于各級棉花區域試驗中,為棉花區域試驗創造一個公平競爭的平臺,能使棉花種子市場得到凈化,有利于誠信企業的發展;還可以應用于種子公司的純度鑒定,考核制種單位的種子質量;還可以應用于種子質量檢查部門,能做到科學打假。因此,本發明的試劑盒、SSR圖譜及鑒別方法將有廣闊的應用前景。圖1為引物DPL0431的檢4138、ZY09-1;圖2為引物NAU1042的檢中棉所48;圖3為引物NAU1071的檢35;圖4為引物NAU1085的檢中棉所48;圖5為引物NAU1102的檢48;圖6為引物NAU1103的檢雜棉10號;圖7為引物NAU1186的檢10號;圖8為引物NAU1187的檢雜35;圖9為引物NAU1255的檢測結果;1表示邯109,II表示中棉所49,III表示長雜測結果;1表示中植棉2號,II表示中棉所49,III表示測結果;1表示中棉所49,II表示邯109,III表示豫雜測結果;1表示中棉所64,II表示中植棉2號,III表示測結果;1表示SGK3,II表示魯棉研17,III表示中棉所測結果;1表示魯棉研28,II表示中棉所50,III表示鄂測結果;1表示SGK3,II表示中棉所64,III表示鄂雜棉測結果;1表示魯棉研28,II表示中棉所49,III表示豫測結果;1表示魯棉研29,II表示中棉所49,III表示中棉所48;圖10為引物NAU1269的檢測結果鄂雜棉10號;圖11為引物NAU1369的檢測結果德998;圖12為引物NAU2190的檢測結果10號;圖13為引物NAU2272的檢測結果示中棉所51;圖14為引物NAU2274的檢測結果瑞雜816;圖15為引物NAU2277的檢測結果棉10號;圖16為引物NAU2343的檢測結果I表示中棉所64,II表示中棉所49,III表示I表示魯棉研28,II表示魯棉研17,III表示I表示邯郫109,II表示SGK3,III表示鄂雜棉:1表示中植棉2號,II表示魯棉研29,III表I表示中MB8620,II表示中棉所50,III表示I表示SGK3,II表示中棉所64,III表示鄂雜I表示SGK3,II表示中棉所50,III表示中棉所48;圖17為用引物NAU1269鑒定常規棉石抗126自交后代種子及魯棉研15F2的結果<圖18為用引物NAU1085鑒定雜交棉錦科雜1號F2代種子的結果。圖19為用引物NAU1085鑒定常規棉魯棉研21號自交后代種子的結果。具體實施例方式下述實施例中所使用的實驗方法如無特殊說明,均為常規方法。下述實施例中所用的材料、試劑等,如無特殊說明,均可從商業途徑得到。實施例1、試劑盒的組成及SSR圖譜的組成—、輔助鑒別常規棉和雜交棉或輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的試劑盒由如下16對引物組成表1、16對引物序列<table>tableseeoriginaldocumentpage15</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage16</column></row><table>二、輔助鑒別常規棉和雜交棉或輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的SSR圖譜的組成16對引物各對應的3種圖譜具體如下其中,I型圖譜或II型圖譜是引物擴增純合常規棉得到的,III型圖譜是引物擴增雜交棉得到的。1)表1中引物對1PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為375bp-385bp和205bp_215bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為395bp-405bp和225bp_235bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為395bp-405bp、375bp-385bp、225bp-235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;2)表1中引物對2PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為325bp-335bp、235bp-245bp和215bp_225bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為375bp-385bp、255bp-265bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為375bp-385bp、325bp-335bp、255bp-265bp、235bp-245bp和215bp_225bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;3)表1中引物對3PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為225bp-215bp、195bp-205bp、167bp-173bp和157bp_163bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為295bp-305bp、245bp-255bp、177bp-183bp和167bp-173bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為295bp-305bp、245bp-255bp、225bp-215bp、195bp-205bp、177bp-183bp和167bp_173bp和157bp-163bp的7條DNA條帶組成的SSR圖譜;4)表1中引物對4PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為295bp-305bp、255bp_265bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為425bp-435bp、275bp-285bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為425bp-435bp、295bp-305bp、275bp-285bp、255bp-265bp和235bp_245bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;5)表1中引物對5PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為485bp-495bp、355bp-365bp、217bp-223bp和207bp_213bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為515bp-525bp、485bp-495bp、235bp-245bp和207bp-213bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為515bp-525bp、485bp-495bp、355bp-365bp、235bp-245bp、217bp-223bp和207bp_213bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜;6)表1中引物對6PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為285bp-295bp、195bp-205bp和175bp_185bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為325bp-335bp、195bp-205bp和175bp_185bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為325bp-335bp、285bp-295bp、195bp-205bp和175bp_185bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;7)表1中引物對7PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為325bp-335bp、235bp-245bp、178bp-182bp和168bp_172bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、173bp-177bp和168bp-172bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、325bp-335bp、235bp-245bp、178bp-182bp、173bp-177bp和168bp-172bp的7條DNA條帶組成的SSR圖譜;8)表1中引物對8PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為375bp-385bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為395bp-405bp和175bp_185bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為395bp-405bp、375bp-3855bp、175bp-185bp和155bp-165bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;9)表1中引物對9PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為345bp-355bp、237bp-243bp和215bp_225bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為365bp-375bp、247bp-253bp和237bp_243bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、247bp-253bp、237bp-243bp和215bp_225bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;10)表1中引物對10PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為305bp-315bp、155bp-165bp和135bp_145bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為325bp-335bp、167bp-173bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為325bp-335bp、305bp-315bp、167bp-173bp、155bp-165bp和135bp_145bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;11)表1中引物對11PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為405bp-415bp、315bp-325bp和235bp_245bp的3條DNA條17帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為435bp-445bp、375bp-385bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為435bp-445bp、405bp-415bp、375bp-385bp、315bp-325bp和235bp_245bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;12)表1中引物對12PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為455bp-465bp、345bp-355bp、225bp-235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為475bp-485bp、395bp-405bp、225bp-235bp和205bp-215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為475bp-485bp、455bp-465bp、395bp-405bp、345bp-355bp、225bp-235bp和205bp_215bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜;13)表1中引物對13PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為385bp-395bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖i普:為由大小為415bp-425bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為415bp-425bp、385bp-395bp、175bp-185bp和155bp-165bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;14)表1中引物對14PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為167bp-173bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp_113bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為177bp-183bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp-113bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為177bp-183bp、167bp-173bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp_113bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;15)表1中引物對15PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為205bp-215bp和125bp_135bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為225bp-235bp和145bp_155bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為225bp-235bp、205bp-215bp、145bp-155bp和125bp_135bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;16)表1中引物對16PCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為347bp-353bp、257bp_263bp和247bp_253bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;11型圖譜為由大小為367bp-373bp、357bp_363bp、267bp_273bp和247bp-253bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為367bp_373bp、357bp-363bp、347bp-353bp、267bp-273bp、257bp-263bp和247bp_253bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜。下述實施例2和實施例3中,提取DNA的方法、PCR擴增方法、聚丙烯酰胺凝膠電泳的方法均如下所述1、DAN提取的步驟如下采用CTAB法提取棉花DNA,1)從田間取棉花幼嫩葉片2-3片,直接裝于2ml的離心管中,保存于_701:低溫冰箱中備用。2)提取時用匪301混合型研磨儀進行冷凍研磨。3)研磨后迅速加入提取液700ul,搖勻,水浴40分鐘,中間每10分鐘緩慢顛倒離心管。(提取液的組成0.1MTris-HCL、0.025MEDTA鈉鹽、2XCTAB、2%pvp、1.5MNaCL、2%巰基乙醇;提取液用于裂解細胞膜及分離棉酚);4)取出離心管加入等體積的氯仿異戊醇(24:1),蓋上蓋子后,緩慢顛倒30-50下,離心15分鐘。5)取上清液于1.5ml的離心管中,加入等體積的氯仿異戊醇(24:l),重提一次。6)重取上清液,加入0.6倍的冰冷酒精,緩慢顛倒離心管,直至有絮狀沉淀集結,靜止10分鐘,用移液器槍頭把絮狀物挑到離心管中。7)用70%的酒精洗兩次,100%酒精洗一次,倒干酒精,風干。8)用500ul滅菌超純水溶解DNA,保存于_201:冰箱中備用。2、PCR擴增體系如下模板DNA1iiL,ddH206.5iiL,Buffer(含Mgcl2)1iiL,dNTP(10mM)0.3iiL,正弓|物(10iiM)0.5iiL,反弓|物(10iiM)0.5iiL,Taq酶(2.5U/iiL)O.2iiL,合計10.OiiL。3、聚丙烯酰胺凝膠電泳的方法如下電泳將組裝好的玻璃板裝在電泳槽上,將配好的膠倒入玻璃板內,待膠完全凝固后加入1XTBE電泳液到電泳槽內,每個孔點樣品1.8iiL,180v電壓lh。固定用固定液固定10分鐘。滲透用滲透液滲透12分鐘。蒸餾水快速洗兩遍。顯色用顯色液顯色5分鐘。蒸餾水洗兩遍。終止倒入終止液,終止反應。照相并記錄結果。電泳中用到的試劑的組成如下8%聚丙烯酰胺凝膠的組成ddH2021.2ml,5XTBE8ml,PAGE母液10.8ml,10%AP(10%過硫酸銨)720iiL,TEMED(四甲基乙二胺)28.2yL,總量40ml。PAGE母液的組成丙烯酰胺甲叉雙丙烯酰胺=29:1,每30克加超純水至100ml。固定液95%乙醇40ml+100X乙酸2ml+358mldH20,共400ml。滲透液0.6克AgN03+300mlH20。顯色液:6克NaOH+5ml甲醛+2.5ml0.2%Na2S203(最后力口)+400mldH20(共400ml)。終止液3克Na2C03+400mldH20。實施例2、用實施例1中試劑盒及SSR圖譜鑒別常規棉和雜交棉—、鑒別方法如下1)取一個待鑒別棉花品種,隨機取10粒種子室內發芽,得到10株待鑒別棉花;2)分別提取10株待鑒別棉花子葉的基因組DNA;3)以每株棉花的基因組DNA為模板,用16對引物分別進行PCR擴增,得到每株棉花對應16對引物的PCR擴增產物;4)將每株棉花對應16對引物的PCR擴增產物(即所有PCR擴增產物)進行聚丙烯酰胺凝膠電泳;5)檢測每株棉花對應每一對引物的PCR擴增產物的圖譜,若每株棉花對應16對引物的PCR擴增產物中,每一對引物的PCR擴增產物的圖譜均與實施例1中相同引物對對應的I型圖譜或II型圖譜一致,則所述待鑒別棉花為常規棉;若每株棉花對應16對引物的PCR擴增產物中,至少有一對弓I物的PCR擴增產物的19圖譜與實施例1中相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述待鑒別棉花為雜交棉。實驗設3次重復。二、實驗中所用材料如表2所示。表2中各棉花品種的種子來源如下中棉系列品種均購自中國農業科學院棉花研究所,魯棉系列均購自山東棉花研究中心,中植棉2號購自河南科林種業有限公司,SGK3購自國欣農研會,邯鄲109購自邯鄲市農業科學院,瑞雜816購自德州市銀瑞棉花研究所,鄂雜棉10號購自湖北惠民農業科技有限公司,豫雜35購自河南省農科院棉油所。各品種都已經國家級或省級審定。三、實驗結果結果表明,每次實驗中受試的同一品種的10個植株的結果相同,具體結果如表2、表3和圖1-16所示。表3、16個棉花品種的I、II、III型圖譜的引物比例表(1、II型圖譜為親本帶型圖譜,III型圖譜為共顯型圖譜)品種名稱類型檢測總引物對產生親本帶型圖譜的引物對產生共顯型圖譜的引物對產生親本帶型圖譜的引物比例%產生共顯型圖譜的引物比例%中植棉2號常規棉161601000魯棉研28常規棉161601000中棉所45常規棉161601000中棉所41常規棉161601000SGK3常規棉161601000中棉所49常規棉161601000中棉所50常規棉161601000中棉所64常規棉161601000魯棉研17常規棉161601000魯棉研29常規棉161601000邯鄲109常規棉161601000中棉所51雜交棉1613381.218.820品種名稱類型檢測總引物對產生親本帶型圖譜的引物對產生共顯型圖譜的引物對產生親本帶型圖譜的引物比例%產生共顯型圖譜的引物比例%瑞雜816雜交棉1614287.512.5鄂雜棉10號雜交棉1661037.562.5中棉所48雜交棉168850.050.0豫雜35雜交棉167943.756.3表2、16對引物對應每一棉花品種的圖譜檢測結果(I表示I型圖譜,II表示II型圖譜,III表示III型圖譜)棉花品種常規棉雜交棉12345678910111213141516引物引物中魯中中S中中中魯魯邯中瑞雜鄂中豫序號名稱植棉棉棉G棉棉棉棉棉鄲棉816雜棉雜棉2研所所K所所所研研1所棉所35號28454134950641729095110號481DPL0431IIIIIIHIIIInIIII1IIIIIIIIII2NAU1042IIII1III1IIIIIIIIIIIIII3NAU1071IIIII1IIiIIIIIIIIIIIIII4NAU1085IIIIIIIIIIIIiIIIIIIII11IIIIIIIII5NAU1102IIIIIIIIiIIIInIIIinIII116NAU1103IIII11IIInIIIIiIIIIinIHIII21<table>tableseeoriginaldocumentpage22</column></row><table>實驗結果表明,本發明方法對常規棉和雜交棉的鑒定準確度可達100%。實施例3、用實施例1中試劑盒及SSR圖譜鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子1)從待鑒別棉花種子中隨機抽取24粒種子,作為檢測種子;2)將24粒檢測種子室內發芽,得到24株棉花,分別提取24株棉花子葉的基因組DNA;3)用實施例1中的部分引物,對各株棉花的基因組DNA進行PCR擴增,得到各檢測種子的PCR擴增產物;4)對各檢測種子的PCR擴增產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳,以檢測各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜;若各所述引物對所對應的各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜如下與實施例1中所述的相同引物對對應的I型圖譜一致,或與實施例1中所述的相同引物對對應的II型圖譜一致,或與實施例1中所述的相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述各檢測種子均為Fl代棉花種子,判定所述待鑒別棉花種子為Fl代棉花種子;若至少一對引物所對應的各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜如下所述檢測種子中,一部分種子的PCR擴增產物的圖譜均與實施例1中相同引物對對應的I型圖譜一致,另一部分種子的PCR擴增產物的圖譜均與實施例1中相同引物對對應的II型圖譜一致,和其余種子的PCR擴增產物的圖譜均與實施例1中相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述各檢測種子為F2代棉花種子,判定所述待鑒別棉花種子為F2代棉花種子。實驗材料為常規棉石抗126自交種子、雜交棉錦科雜1號F2代種子、雜交棉魯棉研15號F2代種子、常規棉魯棉研21號自交種子。石抗126購自河北省石家莊市農科院,錦科雜1號購自新鄉市錦科棉花研究所,魯棉研15、魯棉研21號均購自山東棉花研究中心。實驗設3次重復,各重復間結果一致,具體結果如圖17-19所示。圖17為用引物NAU1269的鑒定結果。A框為常規棉石抗126自交后代圖譜,為與引物NAU1269對應的II型圖譜,沒有分離,純度好。B框為雜交棉魯棉研15號F2代圖譜,一部分為為與引物NAU1269對應的I型圖譜,一部分為為與引物NAU1269對應的11型圖譜,其余部分為為與引物NAU1269對應的III型圖譜。圖18為用引物NAU1085的鑒定結果。框內為雜交棉錦科雜1號F2代圖譜,圖譜帶型分離,一部分為I型圖譜,一部分為II型圖譜,其余部分為III型圖譜。圖19為用引物NAU1085的鑒定結果。框內為常規棉魯棉研21號自交后代圖譜,為II型圖譜,沒有分離,純度好。實驗結果表明,本發明方法對Fl代棉花種子和F2代棉花種子的鑒定準確度可達100%。序列表〈110〉中國農業科學院棉花研究所〈120〉輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法及其專用試劑盒〈160>2〈210>1〈211>24〈212>DNA〈213>人工序列〈220〉〈400>1ctatcacccttctctagttgcgtt24〈210>2〈211>19〈212>DNA〈213〉人工序列〈220〉〈400>2atcgggctcacaaacatca19權利要求一種輔助鑒別常規棉和雜交棉的試劑盒或一種輔助鑒別F1代棉花種子和F2代棉花種子的試劑盒,由下述引物對1至引物對16所示的16對引物組成由下述引物對1a或引物對1b所示的引物對1引物對1a一條引物序列為CTATCACCCTTCTCTAGTTGCGTT,另一條引物序列為ATCGGGCTCACAAACATCA;引物對1b將所述引物對1a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對1a產生相同SSR圖譜的由引物對1a衍生的引物對;由下述引物對2a或引物對2b所示的引物對2引物對2a一條引物序列為CATGCAAATCCATGCTAGAG,另一條引物序列為GGTTTCTTTGGTGGTGAAAC;引物對2b將所述引物對2a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對2a產生相同SSR圖譜的由引物對2a衍生的引物對;由下述引物對3a或引物對3b所示的引物對3引物對3a一條引物序列為ACCAACAATGGTGACCTCTT,另一條引物序列為CCCTCCATAACCAAAAGTTG;引物對3b將所述引物對3a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對3a產生相同SSR圖譜的由引物對3a衍生的引物對;由下述引物對4a或引物對4b所示的引物對4引物對4a一條引物序列為AGTCGCCCCTTCTCTAATTT,另一條引物序列為TGTAAACCGAACTCGTTGTG;引物對4b將所述引物對4a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對4a產生相同SSR圖譜的由引物對4a衍生的引物對;由下述引物對5a或引物對5b所示的引物5引物對5a一條引物序列為ATCTCTCTGTCTCCCCCTTC,另一條引物序列為GCATATCTGGCGGGTATAAT;引物對5b將所述引物對5a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對5a產生相同SSR圖譜的由引物對5a衍生的引物對;由下述引物對6a或引物對6b所示的引物對6引物對6a一條引物序列為GGAGCCAGAAGTTGAGAAAA,另一條引物序列為TTCGGCTTCTGCTTTTACTT;引物對6b將所述引物對6a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對6a產生相同SSR圖譜的由引物對6a衍生的引物對;由下述引物對7a或引物對7b所示的引物對7引物對7a一條引物序列為AATGGTCCTGCTCCAGATT,另一條引物序列為AATCGTCGTCGTCGAATTAT;引物對7b將所述引物對7a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對7a產生相同SSR圖譜的由引物對7a衍生的引物對;由下述引物對8a或引物對8b所示的引物對8引物對8a一條引物序列為AACAAGAGCCAAGGTTCATC,另一條引物序列為GGATGCTGTATAGGGCTCAT;引物對8b將所述引物對8a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對8a產生相同SSR圖譜的由引物對8a衍生的引物對;由下述引物對9a或引物對9b所示的引物對9引物對9a一條引物序列為CATGCAAATCCATGCTAGAG,另一條引物序列為GGTTTCTTTGGTGGTGAAAC;引物對9b將所述引物對9a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對9a產生相同SSR圖譜的由引物對9a衍生的引物對;由下述引物對10a或引物對10b所示的引物對10引物對10a一條引物序列為TACCTGAAACCCAAAATGGT,另一條引物序列為ACGCTGTTATAGGGCTCATC;引物對10b將所述引物對10a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對10a產生相同SSR圖譜的由引物對10a衍生的引物對;由下述引物對11a或引物對11b所示的引物對11引物對11a一條引物序列為TGGCAGAGATGAATGTAAGC,另一條引物序列為GGTAACGGATGGAAAATCAC;引物對11b將所述引物對11a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對11a產生相同SSR圖譜的由引物對11a衍生的引物對;由下述引物對12a或引物對12b所示的引物對12引物對12a一條引物序列為CAACCAACATATTCCAAACA,另一條引物序列為TTATTTCGGCCTTGTTTTTC;引物對12b將所述引物對12a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對12a產生相同SSR圖譜的由引物對12a衍生的引物對;由下述引物對13a或引物對13b所示的引物對13引物對13a一條引物序列為AAAGGAAGCAGGAGAGACAA,另一條引物序列為CTTCTTCATTCATGGCCTTC;引物對13b將所述引物對13a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對13a產生相同SSR圖譜的由引物對13a衍生的引物對;由下述引物對14a或引物對14b所示的引物對14引物對14a一條引物序列為TCCTCGGATTATCAAAACCT,另一條引物序列為TGAAGAGGACATTGATGACG;引物對14b將所述引物對14a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對14a產生相同SSR圖譜的由引物對14a衍生的引物對;由下述引物對15a或引物對15b所示的引物對15引物對15a一條引物序列為GAACTAGCCACATGATGCAC,另一條引物序列為TTGTTGAGGCATTAGTTTGC;引物對15b將所述引物對15a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對15a產生相同SSR圖譜的由引物對15a衍生的引物對;由下述引物對16a或引物對16b所示的引物對16引物對16a一條引物序列為GCTTTGCTTTGGAATGAGAT,另一條引物序列為TACTGCAACCCCTCACACT;引物對16b將所述引物對16a中的引物序列經過一個或幾個堿基的取代和/或缺失和/或添加且與引物對16a產生相同SSR圖譜的由引物對16a衍生的引物對。2.—種輔助鑒別常規棉和雜交棉的組合SSR圖譜或一種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的組合SSR圖譜,是將用權利要求1中所述引物對分別PCR擴增棉花品種得到的SSR圖譜組合在一起得到的。3.根據權利要求2所述的組合SSR圖譜,其特征在于所述組合SSR圖譜由下述16組SSR圖譜組成1)所述權利要求1中引物對laPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為375bp-385bp和205bp-215bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為395bp-405bp和225bp-235bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為395bp-405bp、375bp-385bp、225bp-235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;2)所述權利要求1中引物對2aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為325bp-335bp、235bp-245bp和215bp_225bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為375bp-385bp、255bp-265bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為375bp-385bp、325bp-335bp、255bp-265bp、235bp-245bp和215bp-225bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;3)所述權利要求1中引物對3aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為225bp-215bp、195bp-205bp、167bp-173bp和157bp_163bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為295bp-305bp、245bp-255bp、177bp-183bp和167bp_173bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為295bp-305bp、245bp-255bp、225bp-215bp、195bp-205bp、177bp-183bp和167bp-173bp和157bp_163bp的7條DNA條帶組成的SSR圖譜;4)所述權利要求1中引物對4aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為295bp-305bp、255bp-265bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為425bp-435bp、275bp-285bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為425bp-435bp、295bp-305bp、275bp-285bp、255bp-265bp和235bp-245bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;5)所述權利要求1中引物對5aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為485bp-495bp、355bp_365bp、217bp-223bp和207bp_213bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為515bp-525bp、485bp-495bp、235bp-245bp和207bp_213bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為515bp-525bp、485bp-495bp、355bp-365bp、235bp-245bp、217bp-223bp和207bp_213bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜;6)所述權利要求1中引物對6aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為285bp-295bp、195bp-205bp和175bp_185bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為325bp-335bp、195bp-205bp和175bp_185bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;111型圖譜為由大小為325bp-335bp、285bp_295bp、195bp_205bp和175bp_185bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;7)所述權利要求1中引物對7aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為325bp-335bp、235bp-245bp、178bp-182bp和168bp_172bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、173bp-177bp和168bp_172bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、325bp-335bp、235bp-245bp、178bp-182bp、173bp-177bp和168bp_172bp的7條DNA條帶組成的SSR圖譜;8)所述權利要求1中引物對8aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為375bp-385bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為395bp-405bp和175bp-185bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為395bp-405bp、375bp-3855bp、175bp-185bp和155bp_165bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;9)所述權利要求1中引物對9aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為345bp-355bp、237bp-243bp和215bp_225bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為365bp-375bp、247bp-253bp和237bp_243bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為365bp-375bp、345bp-355bp、247bp-253bp、237bp-243bp和215bp-225bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;10)所述權利要求1中引物對10aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為305bp-315bp、155bp-165bp和135bp_145bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為325bp-335bp、167bp-173bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為325bp-335bp、305bp-315bp、167bp-173bp、155bp-165bp和135bp-145bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;11)所述權利要求1中引物對11aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為405bp-415bp、315bp-325bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為435bp-445bp、375bp-385bp和235bp_245bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為435bp-445bp、405bp-415bp、375bp-385bp、315bp-325bp和235bp-245bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;12)所述權利要求1中引物對12aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為455bp-465bp、345bp_355bp、225bp_235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為475bp-485bp、395bp-405bp、225bp-235bp和205bp_215bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為475bp-485bp、455bp-465bp、395bp-405bp、345bp-355bp、225bp-235bp和205bp_215bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜;13)所述權利要求1中引物對13aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為385bp-395bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為415bp-425bp、175bp-185bp和155bp_165bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為415bp-425bp、385bp-395bp、175bp-185bp和155bp_165bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;14)所述權利要求1中引物對14aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為167bp-173bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp_113bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為177bp-183bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp_113bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為177bp-183bp、167bp-173bp、157bp-163bp、117bp-123bp和107bp-113bp的5條DNA條帶組成的SSR圖譜;15)所述權利要求1中引物對15aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜為由大小為205bp-215bp和125bp-135bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖譜為由大小為225bp-235bp和145bp-155bp的2條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖i普:為由大小為225bp-235bp、205bp-215bp、145bp-155bp和125bp_135bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;16)所述權利要求1中引物對16aPCR擴增棉花品種得到的如下3種SSR圖譜I型圖譜:為由大小為347bp-353bp、257bp-263bp和247bp_253bp的3條DNA條帶組成的SSR圖譜;II型圖i普:為由大小為367bp-373bp、357bp-363bp、267bp-273bp和247bp_253bp的4條DNA條帶組成的SSR圖譜;III型圖譜為由大小為367bp-373bp、357bp-363bp、347bp-353bp、267bp-273bp、257bp-263bp和247bp_253bp的6條DNA條帶組成的SSR圖譜。4.一種輔助鑒別常規棉和雜交棉的方法,由如下步驟組成1)提取待鑒別棉花的基因組DNA;2)以所述待鑒別棉花的基因組DNA為模板,分別用權利要求1所述試劑盒中的每一對引物進行PCR擴增,獲得每一對引物的PCR擴增產物;3)檢測所述每一對引物的PCR擴增產物的圖譜,若每一對引物的PCR擴增產物的圖譜均與權利要求3中相同引物對對應的I型圖譜或II型圖譜一致,則所述待鑒別棉花為常規棉;若所述每一對引物的PCR擴增產物中,至少有一對引物的PCR擴增產物的圖譜與權利要求3中相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述待鑒別棉花為雜交棉。5.根據權利要求4所述的方法,其特征在于所述檢測每一對引物的PCR擴增產物的圖譜的方法為將所述PCR擴增產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳。6.—種輔助鑒別Fl代棉花種子和F2代棉花種子的方法,由如下步驟組成1)從待鑒別棉花種子中隨機抽取種子,作為檢測種子;2)提取基因組DNA;3)用權利要求1所述試劑盒中的引物對,對各基因組DNA進行PCR擴增,得到各檢測種子的PCR擴增產物;4)檢測所述各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜,若各所述引物對所對應的各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜如下與權利要求3中所述的相同引物對對應的I型圖譜一致,或與權利要求3中所述的相同引物對對應的II型圖譜一致,或與權利要求3中所述的相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述各檢測種子均為Fl代棉花種子,判定所述待鑒別棉花種子為Fl代棉花種子;若至少一對引物所對應的各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜如下所述檢測種子中一部分種子的PCR擴增產物的圖譜均與權利要求3中相同引物對對應的I型圖譜一致,所述檢測種子中另一部分種子的PCR擴增產物的圖譜均與權利要求3中相同引物對對應的II型圖譜一致,和所述檢測種子中其余種子的PCR擴增產物的圖譜均與權利要求3中相同引物對對應的III型圖譜一致,則所述各檢測種子為F2代棉花種子,判定所述待鑒別棉花種子為F2代棉花種子。7.根據權利要求6所述的方法,其特征在于所述檢測所述各檢測種子的PCR擴增產物的圖譜的方法為將所述PCR擴增產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳。8.根據權利要求6或7所述的方法,其特征在于所述步驟1)中隨機抽取種子的數目為至少20顆。全文摘要本發明公開了一種輔助鑒別常規棉花和雜交棉花的方法及其專用試劑盒。輔助鑒別常規棉花和雜交棉花的方法,由如下步驟組成1)提取待鑒別棉花的基因組DNA;2)以所述待鑒別棉花的基因組DNA為模板,分別所述試劑盒中的每一對引物進行PCR擴增,獲得每一對引物的PCR擴增產物;3)檢測所述每一對引物的PCR擴增產物的圖譜。實驗證明,本發明的試劑盒、SSR圖譜及鑒別方法能夠有效、準確、快速的區分待測棉花是常規棉還是雜交棉,待測棉花種子是F1代還是F2代。因此,本發明的試劑盒、SSR圖譜及鑒別方法將有廣闊的應用前景。文檔編號C12Q1/68GK101696450SQ20091023551公開日2010年4月21日申請日期2009年9月29日優先權日2009年9月29日發明者付小瓊,楊付新,湯磊鵬,王秀玲,郭峰光申請人:中國農業科學院棉花研究所;
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