Ikzf1基因突變檢測特異性引物和液相芯片的制作方法
【專利摘要】本發明公開了一種IKZF1基因突變檢測液相芯片和特異性引物，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對T136G位點的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8，針對G75C位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，和/或針對T107C位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；有anti-tag序列包被的微球；擴增引物。本發明所提供的檢測液相芯片的檢測結果與測序法的吻合率高達100％，能實現多個突變位點的野生型和突變型單獨和并行檢測。
【專利說明】IKZF1基因突變檢測特異性引物和液相芯片
【技術領域】
[0001]本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種IKZFl基因突變檢測特異性引物和液相芯片。
【背景技術】 [0002]KZFl基因稱Ikaros家族鋒指蛋白I,英文名稱為karos family zinc fingerl,位于7號染色體7pl2.2的短臂上，具體位置位于7號染色體50344377到50367357堿基對之間。IKZFl屬于鋅指蛋白家族成員，是編碼淋巴轉錄因子IKAROS的基因，而且是一種極為重要的造血轉錄調節因子，尤其在淋系造血方面發揮著關鍵性調節作用。IKZFl基因在信號途徑中的改變與急性淋巴細胞白血病的高危因素息息相關，IKZFl基因獲得性改變會導致急性淋巴細胞白血病復發率升高，新的依據表明該基因的遺傳學變異會使急性淋巴細胞白血病發病率升高。IKZFl在正常淋巴細胞或者白細胞發育中具有重要作用，如果發生遺傳學改變，可能會影響這些基因的功能，從而使正常淋巴細胞發育途徑受阻，轉變成癌癥細胞。另有研究發現，IKZFl基因多態性與系統性紅斑狼瘡易感性顯著相關。
[0003]目前，IKZFl基因突變檢測方法主要有=Illumina光纖微珠芯片技術和 Affymetrix SNP6.0芯片技術，雖然Illumina光纖微珠芯片技術是高靈敏度和精確性的高通量檢測系統，但是自動化程度低，手工操作比較多，難以滿足實際應用的需要。雖然高通量使Affymetrix SNP6.0芯片技術比較成熟，然而該芯片技術對于中低密度的臨床診斷型芯片并不合適，很難在同一個反應體系中擴展檢測眾多生物學性狀相關的SNP或標簽SNP， 另外，Affymetrix SNP6.0芯片主要在表達譜芯片上比較強，物種較多，在SNP芯片上相對較弱，而且檢測價格昂貴，并不能滿足實際需要。
[0004]本發明目標檢測的IKZFl基因突變位點，如表所示:
[0005]
【權利要求】
1.一種IKZFl基因突變檢測液相芯片，其特征是，包括有(A).針對IKZFl基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物對:每條 ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為:針對T136G位點的SEQ IDN0.7及SEQ IDN0.8，針對G75C位點的SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或針對 T107C 位點的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12 ;所述 tag 序列選自 SEQ ID N0.1 ~SEQ ID N0.6 ；(B).有ant1-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述ant1-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述ant1-tag序列選自SEQ ID N0.13~SEQ ID N0.18，且所述ant1-tag序列能應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。
2.根據權利要求1所述的IKZFl基因突變檢測液相芯片，其特征是，所述擴增引物為針對 T136G 位點的 SEQ ID N0.19 及 SEQ ID N0.20，針對 G75C 位點的 SEQ ID N0.21 及 SEQ ID N0.22，和 / 或針對 T107C 位點的 SEQ ID N0.23 及 SEQ ID N0.24。
3.根據權利要求1或2所述的IKZFl基因突變檢測液相芯片，其特征是，所述ASPE引物為:針對T136G位點的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.7組成的序列及由SEQ ID N0.2和 SEQ ID N0.8組成的序列，針對G75C位點的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.9組成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.10組成的序列，和/或針對T107C位點的由SEQ ID N0.5和 SEQ ID N0.11組成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.12組成的序列。
4.根據權利要求1或2所述的IKZFl基因突變檢測液相芯片，其特征是，所述間隔臂為5— 10 個 T。
5.用于IKZFl基因突變檢測的特異性引物，其特征是，所述特異性引物為針對T136G位點的 SEQ ID N0.7 及 SEQ ID N0.8，針對 G75C 位點的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或針對 T107C 位點的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12。
【文檔編號】C12N15/11GK103571924SQ201210250295
【公開日】2014年2月12日 申請日期:2012年7月18日 優先權日:2012年7月18日
【發明者】許嘉森, 劉志明 申請人:益善生物技術股份有限公司