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Pcr-ssp法定性檢測(cè)hla-b*1502基因的方法及臨床試劑盒的制作方法

文檔序號(hào):422960閱讀:864來源:國(guó)知局
專利名稱:Pcr-ssp法定性檢測(cè)hla-b*1502基因的方法及臨床試劑盒的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域
本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及一種定性檢測(cè)HLA-B*1502基因的方法及相應(yīng)的臨床檢測(cè)試劑盒。
背景技術(shù)
癲癇病是一種高發(fā)性神經(jīng)性疾病,發(fā)病人數(shù)在國(guó)外每年為40 70/10萬人口,國(guó)內(nèi)為30/10萬左右[1],治療癲癇的主要藥物有苯妥英鈉、卡馬西平、乙琥胺、丙戊酸鈉等常規(guī)藥物及拉莫三嗪、奧卡西平、托吡酯等新型藥物。卡馬西平和苯妥英鈉是目前常用的一線抗癲癇藥,對(duì)復(fù)雜部分性發(fā)作的癲癇具有顯著的療效。抗癲癇藥物的副反應(yīng)有頭痛頭暈、行走不穩(wěn)、厭食、惡心、嘔吐,長(zhǎng)期服用對(duì)人體的記憶、運(yùn)動(dòng)速度、神經(jīng)系統(tǒng)有很大危害,會(huì)導(dǎo)致精神失常、人體各器官機(jī)能損傷,兒童智力發(fā)育受影響及可能威脅生命的皮膚不良反應(yīng),皮膚不良反應(yīng)包括輕度的斑丘包疹及重度的重型藥疹Stevens-Johnson綜合征(SJS)和中毒性表皮壞死松解癥(TEN)。SJS和TEN是罕見的皮膚疾病,其發(fā)病率分別為每年每百萬人1.2 6和0.4 1.2人次[2],SJS的死亡率是5%,TEN的死亡率達(dá)25_35%。多種抗癲癇藥物都會(huì)誘導(dǎo)SJS-TEN,包括芳香環(huán)藥物卡馬西平、苯妥英鈉、苯巴比妥及非芳香環(huán)的拉莫三嗪,發(fā)病率為1-10/10000左右。對(duì)亞洲人群(中國(guó)東南部[3],馬來西亞[4],泰國(guó)[5 ])研究證實(shí)卡馬西平、苯妥英鈉誘導(dǎo)的SJS-TEN與患者是否攜帶HLA-B*1502基因有很大關(guān)聯(lián)。美國(guó)食品藥物管理局(FDA)給出了相關(guān)警告且將HLA-B*1502列為卡馬西平和苯妥英鈉誘導(dǎo)SJS-TEN的基因關(guān)聯(lián)生物標(biāo)記物。美國(guó)食品藥物管理局(FDA)的資料顯示,中國(guó)、泰國(guó)、馬來西亞和臺(tái)灣等亞洲地區(qū)帶有HLA-B*1502的人群高達(dá)10%以上,而日本、韓國(guó)帶有HLA-B^l502的人群的比率低于1%,歐洲人群的HLA_B*1502則很罕見[6]。因此對(duì)癲癇病人首先進(jìn)行HLA-B*1502分型再?zèng)Q定是否給病人服用卡馬西平、苯妥英鈉還是其他替代藥物是很有意義的。人的主要組織相容性復(fù)合體(MHC)稱為HLA(human leukocyte antigen)。HLA復(fù)合體位于第6號(hào)染色體短臂上6p21`.3 (6號(hào)染色體短臂2區(qū)I帶3亞帶),全長(zhǎng)約4000kb。HLA-B*1502是其中的一個(gè)等位基因,代表一種單體型。HLA-B基因序列比較復(fù)雜,每個(gè)基因型與其他相比有數(shù)個(gè)不同且不相連的位點(diǎn)差異,因此一般的PCR難以進(jìn)行分型。目前檢測(cè) HLA_B*1502 的主要方法為 PCR-SBT (Polymerase chain reaction sequence-basedtyping,基于測(cè)序分型的聚合酶鏈反應(yīng))m、PCR-SSP (Polymerase chain reactionsequence specific primer,序列特異引物引導(dǎo)的聚合酶鏈反應(yīng))M和PCR - SSO (PCRusing sequence-specific oligonucleotides,序列特異性寡核苷酸探針雜交聚合酶鏈反應(yīng))[9]三種方法檢測(cè)。PCR-SBT方法是對(duì)HLA基因的B位點(diǎn)進(jìn)行測(cè)序,進(jìn)而確定HLA_B*1502的高分辨率方法,但是其需要很高的人力及物力花費(fèi),需要精密的高端儀器在專門的研究中心實(shí)驗(yàn),并且周轉(zhuǎn)時(shí)間較長(zhǎng)(大于I天);PCR-SSP方法是利用與HLA等位基因序列互補(bǔ)的引物,對(duì)待測(cè)樣本DNA進(jìn)行特異特異性PCR擴(kuò)增,具有人力、物力花費(fèi)低,時(shí)間短的特性;PCR-SS0方法是PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用一組與HLA等位基因序列互補(bǔ)探針進(jìn)行雜交,然后確定HLA-B基因型的方法,其缺點(diǎn)是設(shè)備要求高、操作過程復(fù)雜,難以在短時(shí)間內(nèi)完成全部HLA等位基因的分型。總的來說PCR-SSP相對(duì)是比較簡(jiǎn)單方便、特異性高的方法。傳統(tǒng)的PCR-SSP方法需要四對(duì)特異引物和兩對(duì)內(nèi)參引物進(jìn)行6次PCR反應(yīng),這不僅造成檢測(cè)繁瑣,分析困難,而且無論是靈敏度還是特異度均不夠理想。如果想把PCR-SSP方法推廣到臨床應(yīng)用當(dāng)中,其價(jià)格、反應(yīng)時(shí)間還可以再進(jìn)行優(yōu)化。目前市場(chǎng)已有的基于PCR-SSP方法單特異引物檢測(cè)HLA-B*1502試劑盒是臺(tái)灣的Pharmigene公司的PG1502試劑盒_,其特異度為98.35% (616個(gè)樣本),由于價(jià)格較高,不便在內(nèi)地市場(chǎng)推廣。另外,其檢測(cè)引物不能區(qū)別HLA-B*15:13, 15:31, 15:55, 15:88, 15:89, 18:20, 95:12, 95:21, 95:44, 95:70 等HLA-B等位基因,會(huì)產(chǎn)生假陽性。且該試劑盒沒有采取防PCR污染的措施,在臨床檢測(cè)中也容易導(dǎo)致假陽性。假陽性結(jié)果使得病人無法選擇合適的藥物,其后果對(duì)于兒童癲癇患者特別嚴(yán)重。相比其他藥物卡馬西平對(duì)兒童的副作用較小,丙戊酸鈉會(huì)對(duì)肝臟產(chǎn)生重大損傷,而苯巴比妥會(huì)造成兒童智力下降。若檢測(cè)有假陽性存在會(huì)導(dǎo)致兒童無法正確選用卡馬西平而服用其他藥物,造成可能的損害。本發(fā)明提供了一種快速,簡(jiǎn)便地定性檢測(cè)HLA_B*1502基因的PCR-SSP方法,具有快速、簡(jiǎn)便、高特異度,抗污染的的優(yōu)點(diǎn)。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于提供一種快速、簡(jiǎn)便,特異度高的定性檢測(cè)HLA_B*1502基因的PCR-SSP 方法。本發(fā)明提供的定性檢測(cè)HLA-B*1502基因的PCR-SSP方法,首先進(jìn)行HLA_B*1502特異位點(diǎn)的解析和PCR-SSP引物設(shè)計(jì)區(qū)域的確定:通過對(duì)超過200個(gè)HLA-B等位基因的序列比對(duì),得到HLA-B*1502的6個(gè)特異區(qū)域,它們位于HLA-B等位基因的第2和第3外顯子,見附圖1所示;然后根據(jù)這6個(gè)特異區(qū)域,設(shè)計(jì)PCR-SSP檢測(cè)的特異引物,這些特異引物見表2所示。具體操作步驟為:
(I)收集 IMGT/HLA 數(shù)據(jù)庫(kù)(http: //www.eb1.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/)的 HLA-B,特別是HLA-B*15單體型的基因組、轉(zhuǎn)錄組的序列,找出HLA-B*1502的特異區(qū)域。(2)通過序列比對(duì),得到HLA_B*1502基因第2和第3外顯子的6個(gè)特異區(qū)域(附圖1),HLA-B^l502單體型的基因序列中第126至第140個(gè)堿基為第一特異區(qū)域,其序列為 CCGAGGATGGCGCCC (SEQ N0.1),其中核心位點(diǎn)為 Gm,A132, T133, C136, C140 ;第 182 至第 199個(gè)堿基為第二特異區(qū)域,其序列為CCGGM£ACACAGATCT£ (SEQ N0.2),其中核心位點(diǎn)為A186,C188, C199 ;第229至第246個(gè)堿基為第三特異區(qū)域,其序列為SCCTGCGGAAC£IGC£CS (SEQN0.3),其中核心位點(diǎn)為G229, A238, C240, T241, G244, G246 ;第274至第296個(gè)堿基為第四特異區(qū)域,其序列為 CTCACATCATCCAGAGGATGTAT (SEQ N0.4),其核心位點(diǎn)為 T28tl,C281,A282 , T283,C284,G289, G290, A295, T296 ;第331至第347個(gè)堿基為第五特異區(qū)域,其序列為GCGGGIAT£ACCAGT£C(SEQ N0.5),其核心位點(diǎn)為T336,G339, C346 ;第460至第487個(gè)堿基為第六特異區(qū)域,其序列為AGCAGCTGAGAGCCTACCTGGAGGGCCT (SEQ N0.6),其核心位點(diǎn)為 C465,T466, C467, C486, T4870(3)依據(jù)上述特異區(qū)域設(shè)計(jì)引物,共6個(gè),這些引物見表2所示;從這6個(gè)引物中,隨機(jī)組合出15對(duì)引物,見表3。其中p2,p3,p4,p5為雙向引物。通過序列比對(duì),分別找出其可能造成假陽性的HLA-B基因型,選用其中可能假陽性數(shù)目較少即特異度較高的引物組進(jìn)行特異性、靈敏度的比較實(shí)驗(yàn),篩選得一對(duì)高特異性、高靈敏度特異引物(參見如表4B1502-SSP-F2 和 B1502-SSP-R5)。(4)選擇一對(duì)內(nèi)參引物用于檢測(cè)DNA模板的質(zhì)量(參見如表4 B1502_iCTRL_F和B1502-1CTRL-R)。本發(fā)明提供的定性檢測(cè)HLA-B*1502基因的PCR-SSP方法,具體步驟為:
(1)提取受試者血液或組織的基因組DNA ;
(2 )以步驟(1)提取的受試者的基因組DNA為模板,在含檢測(cè)HLA-B*1502單特異弓I物及dUTP和UDG酶的PCR反應(yīng)體系中進(jìn)行PCR擴(kuò)增;B1502_SSP_F2和B1502-SSP-R5 ;內(nèi)參引物為 B1502-1CTRL-F 和 B1502_iCTRL_R ;
(3)擴(kuò)增結(jié)束后,將擴(kuò)增后的樣品在2%瓊脂糖凝膠孔中進(jìn)行電泳分離。若有一條特異條帶和一條內(nèi)參對(duì)照條帶則說明樣品為HLA-B*1502陽性,若只含有內(nèi)參對(duì)照條帶那么所測(cè)樣品為HLA-B*1502陰性。若無條帶則說明DNA質(zhì)量不合格,需要重新提取DNA進(jìn)行檢測(cè);
最后(可使用ABI3730測(cè)序儀)測(cè)序,驗(yàn)證結(jié)果。上述檢測(cè)方法步驟(2)中的12 μ 1反應(yīng)體系為:11 μ 1試劑盒試劑,1 μ 1受試者樣品 DNA l-10ng)。上述檢測(cè)方法步驟的PCR反應(yīng)條件為 先37。C恒溫孵育3min,再熱啟動(dòng)95° C10min,l個(gè)循環(huán);然 后變性95° C 20sec,延伸68° C 50sec,共40個(gè)循環(huán);最后72° C5min。上述檢測(cè)方法步驟(3)電泳條件為:電泳時(shí)間為20_30min,電泳電場(chǎng)強(qiáng)度不高于5V/cm。本發(fā)明還提供用于HLA_B*1502基因快速檢測(cè)的試劑盒。本試劑盒具體包含4管試劑,第一管為PCR Mix,包括2XPCR Mix,特異引物B1502-SSP-F2 和 B1502-SSP-R5, B1502_iCTRL_F 和 B1502_iCTRL_R, dUTP 和 UDG 酶,共120 μ 1 ;第二管為雙蒸水100 μ I ;第三管為HLA-B*1502陽性對(duì)照樣品12 μ 1 ;第四管為HLA-B^l502陰性對(duì)照樣品12 μ I。本發(fā)明具有如下優(yōu)點(diǎn):
1.本法可以快速地在3小時(shí)內(nèi)完成對(duì)待測(cè)樣本基因型的檢測(cè),單特異引物和內(nèi)參引物降低了成本,方便操作,適用性廣,對(duì)儀器要求低,適于廣泛的臨床檢測(cè)應(yīng)用。2.本檢測(cè)方法針對(duì)HLA_B*1502第2和第3外顯子區(qū)域設(shè)計(jì)引物,特異性強(qiáng),可以區(qū)分除了在亞洲地區(qū)頻率極低的HLA-B*15:13,15:139,15:112和15:144外的其他HLA-B基因型,靈敏度和特異度高達(dá)100%和99.46%,相比pharmigene公司的PG1502試劑盒有所提高。同時(shí)有效地減少假陽性使病人得到安全合理的治療。3.本檢測(cè)方法靈敏度高,僅需I至10納克DNA即可達(dá)到100%的檢測(cè)靈敏度。4.本檢測(cè)方法對(duì)部分降解的DNA也能進(jìn)行有效的擴(kuò)增。5.本檢測(cè)方法增加了 UDG酶防PCR污染體系,可以有效控制污染造成的假陽性問題。


圖1為HLA_B*1502第2、第3外顯子及中間內(nèi)含子區(qū)段(虛線標(biāo)出),其中框出的
1、2、3、4、5、6區(qū)域標(biāo)識(shí)出了序列比對(duì)得到的HLA-B*1502六個(gè)特異區(qū)段,其中核心特異堿基
位點(diǎn)是:特異區(qū)1:Gm,A132 T133 C136, C140 ;特異區(qū) 2 =A186, C188, C199 ;特異區(qū) 3 =G229, A238, C240,丁241,G244,G246 ;牛寸升區(qū) 4: T280 C281 j A282J T283J C284J G289J G290, A295, T296 ;牛寸升區(qū) 5:T336,G339, C346 ;特異區(qū)6:C465, T466, C467, C486, T4870其中本方法引物覆蓋第2號(hào)和第5號(hào)特異區(qū)段的核心區(qū)域,能夠擴(kuò)增第2號(hào)和第5號(hào)特異區(qū)段之間的序列。圖2為用特異引物擴(kuò)增HLA-B基因的電泳凝膠成像圖。其中三條分別為1.空白對(duì)照;2.HLA-B^l502陰性樣本;3為HLA_B*1502陽性樣本。第二個(gè)樣本(條帶3)中有兩條帶,一條HLA-B*1502特異條帶(430bp), —條內(nèi)參對(duì)照條帶(219bp),而在第一個(gè)樣本(條帶2)中沒有特異條帶。圖3用特異引物擴(kuò)增HLA-B基因的電泳凝膠成像圖部分樣本實(shí)驗(yàn)結(jié)果示意圖,更清楚地展示實(shí)驗(yàn)結(jié)果。表I為部分代表性HLA-B基因型與HLA_B*1502序列比對(duì)結(jié)果。表2為針對(duì)HLA_B*1502第2、3外顯子的6個(gè)特異區(qū)域設(shè)計(jì)的6個(gè)引物。表3為6個(gè)引物任取2個(gè)得到15組引物對(duì),與HLA-B基因型進(jìn)行序列比對(duì)得到的可能假陽性基因型。表4為本法引物名稱和序列。表5為199個(gè)樣本實(shí)驗(yàn)結(jié)果,分別是本法檢測(cè)和測(cè)序方法檢測(cè)。
具體實(shí)施方式
實(shí)施例1.參照生產(chǎn)廠家的說明書提取受試者的全血、唾液或其他組織的基因組DNA。2.主要試劑:HLA-B*1502臨床試劑盒試劑。主要成分包括2XPCR Mix (Roche),dUTP, UDG 酶(Therm。Scientific)。3.反應(yīng)體系及PCR程序。配置12μ IPCR反應(yīng)體系:包括11 μ I試劑盒試劑,受試者樣品DNA I μ I(l-10ng)。PCR反應(yīng)程序:先37° C恒溫孵育3min,再熱啟動(dòng)95° C lOmin,I個(gè)循環(huán);然后變性95° C20sec,延伸68° C 50sec,共40個(gè)循環(huán);最后72° C 5min。4.PCR片段分離:2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),電場(chǎng)強(qiáng)度不高于5V/cm,時(shí)間20_30min,凝膠成像系統(tǒng)成像。若有長(zhǎng)度為430bp堿基的HLA-B*1502特異條帶和長(zhǎng)度為219bp堿基的內(nèi)參對(duì)照條帶,所測(cè)樣品為HLA-B*1502陽性,若只含有內(nèi)參對(duì)照條帶,所測(cè)樣品則為HLA-B^l502 陰性,見圖 2。5.用ABI3730測(cè)序儀進(jìn)行測(cè)序檢測(cè)。6.結(jié)果。通過對(duì)199個(gè)中國(guó)未知HLA_B*1502樣本進(jìn)行單特異引物PCR-SSP分型,同時(shí)用ABI3730測(cè)序,得到的結(jié)果見表5。 靈敏度為100%,特異度為99.46%,其中一個(gè)假陽性為HLA-B*15:13,在中國(guó)人群中頻率極低。這一結(jié)果證實(shí)了本檢測(cè)方法的準(zhǔn)確性及可行性。參考文獻(xiàn):[1]中國(guó)癲癇診療指南(最終稿)
[2]曹志豪,駱肖群.卡馬西平誘發(fā)藥疹與HLA-B在漢族人群中的關(guān)系[J].醫(yī)學(xué)綜述,2011,17(6):923-924.[3]PeiChen, Ph.D., Jue1-Jueng Lin,M.D..Carbamazepine-1nduced Toxic Effectsand HLA-B^I502 Screening in Taiwan[J], The New England Journal of Medicine,2011, 364:1126-1133.[4]Choong-ChorChang,MRCP.Association of HLA_B*1502 allele withcarbamazepine-1nduced toxic epidermal necrolysis and Stevens - Johnsonsyndrome in the mult1-ethnic Malaysian population[J],International Journal ofDermatology, 2011,50:221 - 224.[5]WichittraTassaneeyakulj Somsak Tiamka0.Association between HLA-B^1502and carbamazepine-1nduced severe cutaneous adverse drug reactions in a Thaipopulation[J],Epilepsia,2010,51 (5):926 - 930.[6]PBrent Ferrell Jrj Howard L McLeod.Carbamazepine,HLA_B*1502 andrisk of Stevens - Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis: US FDArecommendations[R],Pharmacogenomicsj2008,9(10):1543-1546.[7] S.Pozzij A.Longoj G.B.Ferrara.HLA-B locus sequence-based typing[J], Tissue Antigens, 1999,53 (3): 275-281.[8]M.Buncej G.C.Fanning.Comprehensive, serologically equivalent DNA typingfor HLA-B by PCR using sequence specfic primers (PCR-SSP)[J],Tissue Antigens,1995,45:81-90.[9]L.Linj K.Tokunagaj H.Tanaka.Further molecular diversity in the HLA-B15group [J] , Tissue Antigens, 1996,47:265-274.[10]http://www.pharmigene.com/genetic_tests/genetic_tests_1502.htm。
表1-1.不同HLA-B序列主要差異區(qū)域示意表(部分)
權(quán)利要求
1.一種HLA-B*1502特異位點(diǎn)的解析和PCR-SSP特異引物設(shè)計(jì)方法,其特征在于:通過對(duì)超過200個(gè)HLA-B等位基因的序列比對(duì),得到HLA-B*1502的6個(gè)特異區(qū)域,它們位于HLA-B等位基因的第2和第3外顯子;然后根據(jù)這6個(gè)特異區(qū)域,設(shè)計(jì)PCR-SSP檢測(cè)的特異引物,具體操作步驟為: (1)收集IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫(kù)的HLA-B,特別是HLA_B*15單體型的基因組、轉(zhuǎn)錄組的序列,找出HLA-B*1502的特異區(qū)域; (2)通過序列比對(duì),得到HLA-B*1502基因第2和第3外顯子的6個(gè)特異區(qū)域:HLA-B*1502單體型的基因序列中第126至第140個(gè)堿基為第一特異區(qū)域,其序列為:CCGAGGATGGCGCCC,其中核心位點(diǎn)為 Gm,A132, T133, C136, C140 ;第 182 至第 199 個(gè)堿基為第二特異區(qū)域,其序列為:CCGGAACACACAGATCTC,其中核心位點(diǎn)為A186, C188, C199 ;第229至第246個(gè)堿基為第三特異區(qū)域,其序列為:£CCTGCGGAAC£IGC£C£,其中核心位點(diǎn)為G229, A238, C240, T241, G244, G246 ;第274至第296個(gè)堿基為第四特異區(qū)域,其序列為:CTCACATCATCCAGAGGATGTAT,其核心位點(diǎn)為 T28。,C281, A282 , T283, C284, G289, G290, A295, T296 ;第 331至第347個(gè)堿基為第五特異區(qū)域,其序列為:GCGGGIAT£ACCAGT£C,其核心位點(diǎn)為T336,G339,C346 ;第460至第487個(gè)堿基為第六特異區(qū)域,其序列為:AGCAGCTGAGAGCCTACCTGGAGGGCCT,其核;L1、似點(diǎn)為 C465,T466J C467J C486J T487 ; (3)依據(jù)上述特異區(qū)域設(shè)計(jì)引物,共6個(gè),這些引物見表2所示;從這6個(gè)引物中,隨機(jī)組合出15對(duì)引物,通過序列比對(duì),分別找出其可能造成假陽性的HLA-B基因型,選用其中可能假陽性數(shù)目較少即特異度較高的引物組進(jìn)行特異性、靈敏度的比較實(shí)驗(yàn),篩選得一對(duì)高特異性、高靈敏度特異引物:B1502-SSP-F2和B1502-SSP-R5 ; 表2針對(duì)HLA-B ~k 1502特異區(qū)域設(shè)計(jì)引物
2.—種PCR-SSP法定性檢測(cè)HLA-B*1502基因的方法,其特征在于具體步驟如下: (1)提取受試者血液或組織的基因組DNA; (2)以步驟(I)提取的受試者的基因組DNA為模板,在含檢測(cè)HLA-B*1502單特異引物及dUTP和UDG酶的PCR反應(yīng)體系中進(jìn)行PCR擴(kuò)增;特異引物為B1502-SSP-F2和B1502-SSP-R5 ;內(nèi)參引物為 B1502_iCTRL_F 和 B1502_iCTRL_R ; (3)擴(kuò)增結(jié)束后,將擴(kuò)增后的樣品在2%瓊脂糖凝膠孔中進(jìn)行電泳分離,并進(jìn)行判別:若有一條特異條帶和一條內(nèi)參對(duì)照條帶,則表明所測(cè)樣品為HLA-B*1502陽性;若只含有內(nèi)參對(duì)照條帶,則表明所測(cè)樣品為HLA-B*1502陰性;若無條帶,則表明DNA質(zhì)量不合格,需要重新提取DNA進(jìn)行檢測(cè)。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,其特征在于:步驟⑵中,PCR反應(yīng)體系為:11μ I試劑盒試劑,I μ I受試者樣品DNA =1-1Ongo
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,其特征在于:步驟⑵中,PCR反應(yīng)條件為:先37°C恒溫孵育3min,再熱啟動(dòng)95°C lOmin,I個(gè)循環(huán);然后變性95°C 20sec,延伸68°C 50sec,共40個(gè)循環(huán);最后72 5min。
5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,其特征在于:步驟(3)中,電泳時(shí)間為20-30min,電場(chǎng)強(qiáng)度不高于5V/cm。
6.一種用于PCR-SSP法定性檢測(cè)HLA-B*1502基因的試劑盒,其特征在于:包含2 XPCRMix,內(nèi)參引物 B1502-1CTRL-F 和 B1502_iCTRL_R、特異引物 B1502-SSP-F2 和B1502-SSP-R5、dUTP、UDG酶、雙蒸水及HLA_B*1502基因的陽性和陰性對(duì)照樣品。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的可供10人次檢測(cè)的試劑盒,其特征在于,包含4管試劑,第一管為PCR Mix,包括2XPCR Mix,特異引物B1502-SSP-F2和B1502-SSP-R5,內(nèi)參引物B1502-1CTRL-F 和 B1502_iCTRL_R,dUTP 和 UDG 酶,共 120 μ I ;第二管為雙蒸水 100 μ I ;第三管為HLA-B*1502陽性對(duì)照樣品12 μ I ;第四管為HLA_B*1502陰性對(duì)照樣品12 μ I。
全文摘要
本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域,具體為一種PCR-SSP法定性檢測(cè)HLA-B*1502基因的方法及臨床檢測(cè)試劑盒。本發(fā)明方法包括找出6個(gè)能夠有效識(shí)別HLA-B*1502等位基因型的特異區(qū)域;設(shè)計(jì)覆蓋6個(gè)特異區(qū)域的6個(gè)特異引物,從中篩選高特異性的適用于PCR-SSP的引物對(duì);反應(yīng)體系中加入dUTP和UDG酶(尿嘧啶-DNA糖基化酶),解決PCR交叉污染的問題,從而進(jìn)一步提高了檢測(cè)的可靠性。據(jù)此研發(fā)HLA-B*1502快速簡(jiǎn)便定性檢測(cè)試劑盒。本發(fā)明具有操作簡(jiǎn)便、花費(fèi)時(shí)間短、特異性強(qiáng)、準(zhǔn)確性高及成本低等優(yōu)點(diǎn)。適用于中國(guó)或亞洲人種中癲癇患者在服用卡馬西平和苯妥英鈉之前,通過HLA-B*1502基因型檢測(cè),實(shí)現(xiàn)個(gè)體化安全合理用藥。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK103114138SQ201310029230
公開日2013年5月22日 申請(qǐng)日期2013年1月27日 優(yōu)先權(quán)日2013年1月27日
發(fā)明者徐劍鋒, 劉旭 申請(qǐng)人:復(fù)旦大學(xué)
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