一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法和系統的制作方法
【專利摘要】本發明提供一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法和系統，所述方法包括提取未知來源個體的DNA;獲得所述DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型；將所述各特異性位點的基因型利用STRUCTURE軟件獲得群體遺傳主成分分析結果。本發明提供的方案能實現對未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳主成分析，并為未知來源個體進行非、歐、東亞群體來源推斷提供數據支持。
【專利說明】一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的 方法和系統

【技術領域】
[0001] 本發明涉及一種推斷未知個體來源的方法和系統，尤其涉及一種對未知來源個體 進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法和系統。

【背景技術】
[0002] 伴隨經濟全球化，不同國家、區域間的人員流動加大，涉外、反恐、跨區域流動作案 等復雜案件不斷增多，案件偵查的難度日益加大。例如，北京、上海、廣東等大城市經常出現 涉外案件。目前國際人種主要分為歐洲、非洲、東亞三大人種及由這些人種形成的混合人 種，我國境內的混合人群主要包括新疆的維吾爾族、哈薩克族、柯爾克孜族等歐洲和東亞的 混合人群。
[0003] 通常，從案件現場生物檢材中提取到的DNA會進行STR檢測，分型結果錄入數據庫 比對查找，或者直接與目標嫌疑人的STR分型進行比對。而在比對不中的情況下，我們還可 以利用DNA中蘊含的祖先信息（例如群體遺傳主成分析）來推測供者的群體來源，這對案 件的偵破能起到指導性作用。在基因組DNA中，有一部分常染色體SNPs等位基因在不同人 群中會存在較大的頻率分布差異，差值S >〇. 3,這部分位點被定義為AMs。
[0004] 國際上針對洲際層面非、歐、東亞這3大最主要人群的分類劃分已經研究的較為 深入，形成了很多不同的AIMs位點組合，并構建了少數幾套復合擴增檢測體系用于實踐檢 驗。目前，由于已有的AMs位點組合包含的位點數目較多，不易于構建復合擴增檢測體系， 且由于受到SNP檢測平臺的限制，這些已經構建的檢測體系也很難推廣使用。
[0005] 因此，如何提供一種能有效的對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析 的方法和系統，并具有廣泛的適用性成為有待解決的問題。


【發明內容】

[0006] 本發明提供了一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法，通 過獲得未知來源個體的DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，結合STRUCTURE 軟件對未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳主成分析，從而為進行未知來源個體的非、歐、 東亞群體來源推斷提供數據支持。
[0007] 本發明還提供了一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的系統， 利用該系統中的復合擴增檢測體系能快速獲得未知來源個體的DNA27個非、歐、東亞群體 特異性位點的基因型，進而與現有軟件結合，實現對未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳 主成分析。
[0008] 本發明還提供了一種復合擴增檢測體系，能快速獲得未知來源個體的DNA27個 非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，為獲得未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳主成分 分析結果提供數據支持。
[0009] 本發明還提供了一種檢測試劑盒，含有所述復合擴增檢測體系。該試劑盒能快速 獲得未知來源個體的DNA 27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型。
[0010] 本發明提供的一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法，該 方法包括：
[0011] 1)提取未知來源個體的DNA ;
[0012] 2)獲得所述DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，所述27個非、歐、 東亞群體特異性位點為：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl0496971, rsl0497191, rs6444 724, rsl586861,rs28777, rsl3182883,rsl366220,rsl59606,rs7752055,rs321198,rs3661 78, rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl448485, rs7170869,rsl45 3858,rs2342747,rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ;
[0013] 3)將所述各特異性位點的基因型利用STRUCTURE軟件獲得群體遺傳主成分分析 結果。
[0014] 進一步的，上述2)包括采用與所述27個特異性位點--對應的27對擴增引物對 其進行擴增以獲得擴增產物的步驟；以及使用與所述27個特異性位點一一對應的27條延 伸引物對所述擴增產物進行延伸以獲得延伸產物的步驟。
[0015] 更進一步的，所述擴增引物為序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序 列；所述延伸引物為序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
[0016] 在本發明的一個【具體實施方式】中，2)還包括在獲得延伸產物后，使用遺傳分析儀 分析該延伸產物，以獲得所述27個特異性位點的基因型的步驟。在本發明的方案中，所述 遺傳分析儀可以是本領域技術人員常規使用的遺傳分析儀，例如ABI3130或ABI3500型遺 傳分析儀，通過GeneMapper? ID-X軟件或其他GeneMapper軟件等分析該延伸產物中所 述27個特異性位點的基因型。
[0017] 本發明提供的一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的系統，包 括DNA提取體系，復合擴增檢測體系，數據獲取體系；
[0018] 所述DNA提取體系用于提取未知來源個體的DNA ;
[0019] 所述復合擴增檢測體系用于獲得所述DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點 的基因型，所述27個非、歐、東亞群體特異性位點為：rs595961，rs2710684，rs260690，rs 10496971, rsl0497191, rs6444724, rsl586861, rs28777, rsl3182883,rsl366220, rsl596 06,rs7752055,rs321198,rs366178,rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs72 8404,rsl448485, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929,rsll97062 和 rs4789193 ；
[0020] 所述數據獲取體系用于由所述各特異性位點的基因型利用STRUCTURE軟件獲得 群體遺傳主成分分析結果。
[0021] 在本申請的方案中，STRUCTURE軟件為本領域現有的數據分析軟件，其使用方法為 本領域已知的，利用上述軟件實施本發明的方案對本領域技術人員來說是可以實現的。
[0022] 進一步的，所述復合擴增檢測體系用于采用與所述27個特異性位點一一對應的 27對擴增引物對其進行擴增以獲得擴增產物，并使用與所述27個特異性位點一一對應的 27條延伸引物對該擴增產物進行延伸以獲得延伸產物，并由獲得的延伸產物得到未知來源 個體的DNA的27個特異性位點的基因型。
[0023] 更進一步的，所述擴增引物為序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序 列，所述延伸引物為序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
[0024] 本發明提供的一種復合擴增檢測體系，包括未知來源個體DNA，27個非、歐、東亞 群體特異性位點，擴增引物以及延伸引物，
[0025] 所述復合擴增檢測體系用于利用擴增引物擴增未知來源個體的DNA的27個特異 性位點獲得擴增產物，并使用延伸引物對該擴增產物進行延伸，并由獲得的延伸產物得到 未知來源個體的DNA的27個特異性位點的基因型；
[0026] 所述27個非、歐、東亞群體特異性位點為：rs595961，rs2710684，rs260690，rsl 0496971, rsl0497191, rs6444724, rsl586861,rs28777, rsl3182883,rsl366220, rsl5960 6, rs7752055, rs321198,rs366178,rs3780962, rs4244304, rsl498553,rs3825663,rs728 404,rsl448485, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ；
[0027] 所述擴增引物由與所述27個特異性位點一一對應的27對擴增引物組成，所述擴 增引物為序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序列；
[0028] 所述延伸引物由與所述27個特異性位點一一對應的27條延伸引物組成，所述延 伸引物為序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
[0029] 本發明提供的一種檢測試劑盒，其特征在于，包括所述的復合擴增檢測體系。
[0030] 在本發明的方案中，本發明利用所述復合擴增檢測體系進行27個特異性位點的 分型的方法，包括：1)將提取的未知來源個體DNA作為模板；2)使用所述擴增引物對作為 模板的未知來源個體DNA進行多重PCR擴增反應以得到擴增產物；3)使用延伸引物對該擴 增產物進行延伸（例如SNaPshot延伸）；4)將所述延伸產物利用遺傳分析儀進行分析，以 獲得27個特異性位點的分型結果。
[0031] 上述27個特異性位點的組合是 申請人:通過查閱大量參考文獻，通過對非、歐、東 亞人群的生活環境、種族起源等進行綜合分析，考察各地區民族人口的表型特征差異，包括 外形特征，生理指標等，針對這些差異進行文獻和網絡數據庫調研，在已有研究的基礎上獲 得的能進行非洲、歐洲、東亞個體來源推斷的位點的組合。并且這些位點的組合適合構建 one-tube復合擴增體系。
[0032] 所述未知來源個體可以為來自非洲、歐洲、東亞人群，以及其混合人群的樣本，例 如血樣、脫落細胞、骨頭、牙齒、精斑和口腔拭子等樣本,這些樣本的個體來源未知。
[0033] 本發明的所述27個非、歐、東亞群體特異性位點的信息如表1所示：

【權利要求】
1. 一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法，其特征在于，該方 法包括： 1) 提取未知來源個體的DNA ; 2) 獲得所述DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，所述27個非、歐、東亞 群體特異性位點為：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl0496971, rsl0497191, rs6444724, rsl586861, rs28777, rsl3182883, rsl366220, rsl59606, rs7752055, rs321198,rs366178, r s3780962,rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl448485, rs7170869, rsl453858 ,rs2342747, rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ; 3) 將所述各特異性位點的基因型利用STRUCTURE軟件獲得群體遺傳主成分分析結果。
2. 根據權利要求1所述的方法，其特征在于，2)包括采用與所述27個特異性位點一一 對應的27對擴增引物對其進行擴增以獲得擴增產物的步驟；以及使用與所述27個特異性 位點一一對應的27條延伸引物對所述擴增產物進行延伸以獲得延伸產物的步驟。
3. 根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述擴增引物為序列表中SEQ ID No. 1至 SEQ ID No. 54的核苷酸序列；所述延伸引物為序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的 核苷酸序列。
4. 根據權利要求3所述的方法，其特征在于，其中2)還包括在獲得延伸產物后，使用遺 傳分析儀分析該延伸產物，以獲得所述27個特異性位點的基因型的步驟。
5. -種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的系統，其特征在于，所述 系統包括DNA提取體系，復合擴增檢測體系，數據獲取體系； 所述DNA提取體系用于提取未知來源個體的DNA ; 所述復合擴增檢測體系用于獲得所述DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因 型，所述27個非、歐、東亞群體特異性位點為：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl0496971 ,rsl0497191,rs6444724, rsl586861,rs28777,rsl3182883,rsl366220,rsl59606,rs77520 55,rs321198,rs366178,rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl4484 85, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929,rsll97062 和 rs4789193 ; 所述數據獲取體系用于由所述各特異性位點的基因型利用STRUCTURE軟件獲得群體 遺傳主成分分析結果。
6. 根據權利要求5所述的系統，其特征在于，所述復合擴增檢測體系用于采用與所述 27個特異性位點一一對應的27對擴增引物對其進行擴增以獲得擴增產物，并使用與所述 27個特異性位點一一對應的27條延伸引物對該擴增產物進行延伸以獲得延伸產物，并由 獲得的延伸產物得到未知來源個體的DNA的27個特異性位點的基因型。
7. 根據權利要求6所述的系統，其特征在于，所述擴增引物為序列表中SEQ ID No. 1至 SEQ ID No. 54的核苷酸序列，所述延伸引物為序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的 核苷酸序列。
8. -種復合擴增檢測體系，其特征在于，所述體系包括未知來源個體DNA，27個非、歐、 東亞群體特異性位點，擴增引物以及延伸引物， 所述復合擴增檢測體系用于利用擴增引物擴增未知來源個體的DNA的27個特異性位 點獲得擴增產物，并使用延伸引物對該擴增產物進行延伸，并由獲得的延伸產物得到未知 來源個體的DNA的27個特異性位點的基因型； 所述27個非、歐、東亞群體特異性位點為：rs595961, rs2710684, rs260690, rsl049697 I, rsl0497191,rs6444724, rsl586861,rs28777, rsl3182883,rsl366220, rsl59606,rs7752 055, rs321198, rs366178, rs3780962, rs4244304, rsl498553, rs3825663, rs728404, rsl448 485, rs7170869, rsl453858, rs2342747, rs4787040, rs881929, rsll97062 和 rs4789193 ; 所述擴增引物由與所述27個特異性位點一一對應的27對擴增引物組成，所述擴增引 物為序列表中SEQ ID No. 1至SEQ ID No. 54的核苷酸序列； 所述延伸引物由與所述27個特異性位點一一對應的27條延伸引物組成，所述延伸引 物為序列表中SEQ ID No. 55至SEQ ID No. 81的核苷酸序列。
9. 一種檢測試劑盒，其特征在于，包括權利要求8所述的復合擴增檢測體系。
【文檔編號】C12Q1/68GK104212886SQ201410361064
【公開日】2014年12月17日 申請日期:2014年7月25日 優先權日:2014年7月25日
【發明者】李彩霞, 魏以梁, 葉健 申請人:公安部物證鑒定中心