基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法
【專利摘要】本發明公開了基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔、擴增后構建一組轉化文庫并測序獲得基因組單倍型甲基化信息。本發明最大的優點是實現了高通量分析基因組單倍型甲基化信息，通過轉化、稀釋和分隔等步驟，利用較短讀長的高通量測序實現長片段基因組單倍型甲基化信息的判讀；本發明的方法簡單，操作簡易，不需要額外增加特殊的儀器設備，所述過程均可通過成熟技術實現；本發明適用面廣，既適用于雜合度較低的雙倍型的人類基因組的單倍型甲基化分析，又適用于其他雜合度高或者多倍型的基因組的單倍型甲基化分析。
【專利說明】基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法

【技術領域】
[0001]本發明屬于生物【技術領域】，是一種實現對基因組甲基化情況進行單倍測定的高通量測序方法，具體涉及一種對基因組DNA進行亞硫酸氫鹽轉化后構建亞單倍型文庫進行高通量測序的獲取基因組DNA單倍型甲基化信息的方法。

【背景技術】
[0002]1939年，生物學家Waddington CH正式提出了 “表觀遺傳學”這一術語；1975年Holliday R對表觀遺傳學作了較為明確的定義:表觀遺傳的研究不僅包括發育過程中，而且還包括成體階段可遺傳基因的表達改變研究。表觀遺傳信息在細胞的親代和子代之間傳遞，然而并不伴隨著DNA序列的改變。DNA甲基化是最早發現且比較常見的表觀遺傳現象之一，是指在DNA甲基轉移酶(DNMTs)的作用下，以S-腺苷硫氨酸(SAM)為甲基供體，將甲基添加到DNA分子中的堿基上。常見的DNA甲基化發生在DNA分子上的胞嘧啶的第5個碳原子上，胞嘧啶由此被修飾為5甲基胞嘧啶(5mC)。
[0003]研究發現，甲基化在基因表達過程中起到重要的作用，在對一些腫瘤的研究中發現，異常DNA甲基化總是出現在一些抑癌基因和癌基因中，以改變它們的表達水平，而發生在基因啟動子區域的DNA甲基化通常會導致基因沉默。一般認為，DNA甲基化有兩個途徑調控基因的表達，一個途徑是DNA的甲基化抑制轉錄基因因子和增強子封閉元件與DNA的結合，導致基因的下調和上調；另一個途徑認為甲基化調控基因表達與甲基化結合域蛋白相關。已有的研究表明，DNA甲基化與包括癌癥、白血病、糖尿病、阿爾茨海默綜合征和系統性紅斑狼瘡等在內的眾多人類疾病有著密切的關聯，對DNA甲基化的研究在這些疾病的研究中占有重要的地位。
[0004]單倍體基因型，簡稱單倍型，指在同一染色體上進行共同遺傳的多個基因座上等位基因的組合，單倍型有時可指同一條染色體上所有基因組上等位基因組的組合，單倍型是上述遺傳差異的直接體現。由于大量的真核生物的基因組是雙倍體或多倍體，在同一生物個體內存在兩條或多條同源染色體，這些同源染色體間核苷酸鏈的長度、堿基的位置和排列順序相近。同一個體的兩條或多條染色體同源區域的甲基化情況往往并不一致，甚至同一個體不同組織、器官、細胞內的染色體同源區域的甲基化情況也不一致。然而，要精細分析同一個體同源染色體的單倍型甲基化情況，以及同一個體不同組織、器官、細胞內的染色體單倍型甲基化情況一直是一個技術難題。
[0005]在過去的若干年中，科學家們陸續開發出了多種的DNA甲基化檢測方法。這些方法主要可以分為三類:第一類是基于亞硫酸氫鹽轉化的檢測方法，亞硫酸氫鹽在一定的條件下可以將核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶(C)去氨基變成尿嘧啶(U)，而甲基化的胞嘧啶(mC)則由于甲基的存在不能被去氨基而保持不變，這一方法一直以來被認為是最直接、最可靠的甲基化檢測方法；第二類是基于甲基化敏感性酶切的檢測方法，甲基化敏感性內切酶酶切方法是通過DNA能否被甲基化敏感性內切酶進行酶切來判斷酶切位點的甲基化狀態。如果位點能夠被甲基化敏感性內切酶酶切，則該位點并未發生及計劃，如果該位點能被對甲基化不敏感的同工酶酶切，而不能被甲基化敏感性酶酶切，則該位點發生甲基化；第三類是基于甲基化DNA免疫沉淀的檢測方法，甲基化免疫沉淀法是通過能夠識別甲基化DNA的蛋白或識別甲基化胞嘧啶的抗體，特異性的富集甲基化DNA片段，去除非甲基化的DNA片段，以便于后續的DNA甲基化的檢測。以上述的方案為基礎，陸續出現了多種進行基因組甲基化檢測方案，這就包括HPLC技術、全基因組限制性酶切掃描、高密度基因芯片以及高通量DNA測序技術。HPLC是第一個在全基因組范圍內檢測甲基化的方法，該方法將基因組DNA裂解為堿基，通過色譜柱分離各種堿基后由紫外光測定各自的吸收峰并定量，從而計算出甲基化胞嘧啶在所有胞嘧啶中所占的比例。然而，HPLC僅僅只能評估基因組中甲基化胞嘧啶的含量水平，并不能分析各個基因位點甲基化的水平。之后出現的全基因組限制性酶切掃描技術，通過甲基化敏感限制性內切酶，獲得基因組DNA甲基化敏感性的酶切圖譜，這一方法的檢測能力較HPLC有所提升，可以在基因組水平構建甲基化與酶切片段長度的關聯體系，建立甲基化與基因的模糊關聯。高密度基因芯片技術，通過不同的芯片方案設計，可以分析基因組一些區域或一些位點的甲基化水平，實現了甲基化與基因的直接關聯，盡管芯片的密度越來越高，依然無法覆蓋基因組中的所有位點。高通量DNA測序技術的出現，為全基因組甲基化水平分析提供了更為有力的手段，通過亞硫酸氫鹽轉化后的DNA序列和未經轉化的DNA序列的測定，可以分析基因組中絕大多數區域的甲基化情況。然而，由于目前的高通量測序技術的測序讀長較短，基因組甲基化測序僅僅能展示樣本所包含的一系列同源染色體在各個位點的平均甲基化水平，并不能進行長片段的甲基化連鎖分析，更無法實現單倍體甲基化分析的。


【發明內容】

[0006]發明目的:針對上述現有技術存在的問題，本發明的目的是提供一種對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔和擴增操作構建亞單倍型的轉化基因組，從而實現單倍體甲基化的高通量測序的方法。本發明有助于高通量測序在基因組甲基化單倍型研究中的應用，為單倍體甲基化的研究提供了一個新的方法，具有方法簡單、效率高的優點。
[0007]本發明的目的就是通過對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔和擴增操作構建亞單倍型的轉化基因組，從而實現單倍體甲基化的高通量測序。本發明首先對基因組DNA進行亞硫酸氫鹽的轉化，實現對甲基化的胞嘧啶和非甲基化的胞嘧啶的區分。隨后對轉化后的基因組進行稀釋，取包含亞單倍體DNA質量的轉化DNA用于構建亞單倍型轉化文庫，所謂亞單倍體DNA質量是指DNA規模小于等于一個單倍體DNA總質量。構建的過程是首先對所取的DNA進行擴增以提高核酸的總量，隨后進行常規的測序文庫構建。分別獨立構建一系列上述亞單倍型轉化文庫。每個文庫包含的核酸總質量小于等于一個單倍體基因組，一系列亞單倍型轉化文庫的規模滿足高通量測序對測序深度的要求。對所構建的一系列亞單倍型轉化文庫進行獨立測序或者編碼測序。根據本發明的設計，在同一亞單倍型轉化文庫內，因為原始的DNA規模小于等于一個單倍體基因組，所以多數轉化后的DNA片段沒有另外一條或多條含有相同等位基因的片段存在，因此每個獨立文庫內可以比對、拼接出含有多個SNP (單堿基多態性)位點的片段長度較長的單倍型轉化片段，利用兩條染色體中不同的SNP位點對單倍型轉化片段進行拼接，獲得長度更長的單倍型轉化片段乃至完整的單條染色體轉化序列。最后通過與未轉化序列的比較，確定全基因組單倍型甲基化情況。
[0008]技術方案:為實現上述目的，本發明通過下述技術方案實現:基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔、擴增后構建一組轉化文庫并測序獲得基因組單倍型甲基化信息，具體步驟為:對提取的基因組DNA進行亞硫酸氫鹽轉化后構建一組轉化片段文庫并對每個文庫進行擴增，每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，測序結果首先在每個轉化片段文庫內進行序列比對或拼接，獲得長轉化核酸序列后進行跨轉化片段文庫的序列比對和拼接獲得轉化基因組單倍型信息，通過與未轉化的序列信息進行比較實現利用高通量測序獲得基因組單倍型甲基化信息。
[0009]所述的亞硫酸氫鹽轉化是指利用亞硫酸氫鹽將核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶去氨基變成尿嘧啶，而不改變甲基化的胞嘧啶。
[0010]所述的基因組DNA是由一個完整基因組構成，或者一個完整基因組的一部分構成，基因組DNA的含量是I個拷貝或者是多個拷貝。
[0011]所述的擴增是指在基因組水平進行的非特異性擴增，采用聚合酶鏈式反應擴增或采用聚合酶等溫擴增。
[0012]所述的轉化片段文庫，每個轉化片段文庫中核酸片段的總長度小于單倍體基因組DNA全長，每個片段文庫中一半以上的核酸片段彼此之間不包含等位區域。
[0013]所述的每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，是每個轉化片段庫獨立構建完全獨立的文庫并分別進行測序，或者使用條碼技術基于多個轉化片段庫構建編碼文庫進行高通量測序。
[0014]所述的高通量測序是指通過核酸鏈的合成反應、核酸的連接反應、核酸的降解反應或核酸鏈通過納米孔道大規模并行測定核酸序列信息。
[0015]所述的單倍型甲基化信息是一條完整的染色體或核酸鏈的單倍型甲基化信息，或者是一段較長的核酸鏈的單倍型甲基化信息。
[0016]所述的序列比對和拼接是在有參考序列的幫助下進行，或者在沒有參考序列的幫助下進行。
[0017]本發明的一種對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔和擴增等操作從而實現單倍體甲基化的高通量測序的方法，其技術原理可以表述如下:
[0018]提取來自多個拷貝的雙倍型或多倍型生物的基因組DNA，根據提取基因組DNA采用的技術流程的不同，提取的過程會導致基因組DNA斷成長度從數千堿基至數百兆堿基不等的核酸片段。隨后使用亞硫酸氫鹽對提取的基因組DNA進行操作，亞硫酸氫鹽在適當的條件下可使核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶(C)去氨基變成尿嘧啶(U)，而甲基化的胞嘧啶(mC)則由于甲基的存在不能被去氨基而保持不變，從而實現了對甲基化的胞嘧啶和非甲基化的胞嘧啶的區分。隨后將上述含有多個基因組拷貝的混合轉化片段分為一組轉化片段文庫，每個轉化片段文庫內的核酸片段數量根據基因組倍型數量、基因組大小、核酸片段長度、等位基因片段出現概率確定，以保證在同一轉化片段文庫中，多數片段之間不含有等位基因或等位序列。每個轉化片段文庫中全部片段的堿基總和，小于等于該樣本單倍型基因組堿基數的一半。由于每個轉化片段文庫中的堿基總數小于該樣本單倍型堿基數的一半，即每個轉化片段文庫中全部核酸片段能夠覆蓋基因組的總區域小于等于基因組全部區域的一半，根據隨機分布的原理，其中發生兩個或多個片段重疊覆蓋同一區域的概率較小，多數區域僅有唯一片段覆蓋，對這些區域的測序即獲得單倍體甲基化數據。這一分組過程將轉化后雙倍型或多倍型的基因組人工分隔成為一系列單倍型亞基因組規模文庫的組合。上述一系列亞單倍型轉化文庫的規模滿足高通量測序對測序深度的要求。之后對每一個轉化片段文庫進行擴增，提高文庫中核酸序列總量，但不提高核酸序列覆蓋的總區域的廣度。對每一個擴增后的轉化片段文庫獨立構建高通量測序文庫，并進行高通量DNA測序。測序完成后，首先對每個轉化片段文庫內的測序閱讀(reads)與參考基因組序列進行比對。由于每個轉化片段文庫內的測序閱讀(reads)來源于一系列長核酸片段，因此比對后可以獲得一組長度較長的轉化單倍型片段。將不同的轉化片段文庫內比對得出的較長的單倍型片段進行組裝，即可獲得完整的轉化單倍型基因組。最后通過與未轉化序列的比較，確定全基因組單倍型甲基化情況。
[0019]有益效果:相比與現有技術，本發明的優點如下:
[0020]1、本發明最大的優點是實現了高通量分析基因組單倍型甲基化信息，通過轉化、稀釋和分隔等步驟，利用較短讀長的高通量測序實現長片段基因組單倍型甲基化信息的判讀；
[0021]2、本發明的方法簡單，操作簡易，不需要額外增加特殊的儀器設備，所述過程均可通過成熟技術實現；
[0022]3、本發明適用面廣，既適用于雜合度較低的雙倍型的人類基因組的單倍型甲基化分析，又適用于其他雜合度高或者多倍型的基因組的單倍型甲基化分析。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0023]圖1是本發明的總體流程示意圖:提取獲得的基因組DNA經過亞硫酸氫鹽轉化，未甲基化的胞嘧啶(C)去氨基變成尿嘧啶(U)，甲基化的胞嘧啶保持不變。對來源于多個基因組拷貝的混合轉化片段進行稀釋和分隔，形成一組轉化片段文庫，由基因組倍型數量、基因組大小、核酸片段長度、等位基因片段出現概率等因素確定每個轉化片段文庫內的核酸片段數量，以保證在同一轉化片段文庫中，多數片段之間不含有等位基因或等位序列。每個轉化片段文庫獨立構建測序文庫并分別測序，首先在每個樣本內部比對和拼接以獲得較長的轉化序列，再通過跨樣本的比對和拼接獲得轉化的單倍型信息。最后通過與未轉化序列的比較，確定全基因組單倍型甲基化情況；
[0024]圖2是本發明的詳細過程示意圖:①本發明測序的樣本為基因組DNA，基因組可以是雙倍型，也可以是多倍型，基因組DNA的拷貝數量可以是I個，也可以是多個，圖2中是3個拷貝的雙倍型基因組，用白色和黑色分別表示一對同源染色體，以CG作為示例表示可能存在的甲基化位點基因組DNA在提取的過程中受外力的作用形成一系列長度較長的核酸片段，示意圖中每條完整的核酸鏈被折斷為4條長度較長的核酸片段，共24條片段；③對提取獲得的基因組核酸長片段進行亞硫酸氫鹽轉化操作，其中未甲基化的胞嘧啶(C)去氨基變成尿嘧啶(U)，甲基化的胞嘧啶保持不變，以區分甲基化的胞嘧啶和未甲基化的胞嘧啶；④對轉化后的基因組核酸長片段進行分組，每個轉化片段文庫內的核酸片段總長度小于一個基因組的大小，步驟3中轉化所得的轉化核酸片段可以在本步驟被全部使用，也可以不被全部使用，示意圖中將全部24條較長核酸片段分為12個轉化片段文庫，每個片段文庫包含2條核酸片段。之后每個轉化片段文庫獨立構建測序文庫并分別測序，首先在每個樣本內部比對和拼接以獲得較長的轉化序列，再通過跨樣本的比對和拼接獲得轉化的單倍型信息。最后通過與未轉化序列的比較，確定全基因組單倍型甲基化情況。

【具體實施方式】
[0025]以下結合實施例對本發明作進一步的詳細說明。
[0026]實施例1:
[0027]基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔、擴增后構建一組轉化文庫并測序獲得基因組單倍型甲基化信息，具體步驟為:對提取的基因組DNA進行亞硫酸氫鹽轉化后構建一組轉化片段文庫并對每個文庫進行擴增，每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，測序結果首先在每個轉化片段文庫內進行序列比對或拼接，獲得長轉化核酸序列后進行跨轉化片段文庫的序列比對和拼接獲得轉化基因組單倍型信息，通過與未轉化的序列信息進行比較實現利用高通量測序獲得基因組單倍型甲基化信息。
[0028]所述的亞硫酸氫鹽轉化是指利用亞硫酸氫鹽將核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶去氨基變成尿嘧啶，而不改變甲基化的胞嘧啶。
[0029]所述的基因組DNA是由一個完整基因組構成，或者一個完整基因組的一部分構成，基因組DNA的含量是I個拷貝或者是多個拷貝。
[0030]所述的擴增是指在基因組水平進行的非特異性擴增，采用聚合酶鏈式反應擴增或采用聚合酶等溫擴增。
[0031]所述的轉化片段文庫，每個轉化片段文庫中核酸片段的總長度小于單倍體基因組DNA全長，每個片段文庫中一半以上的核酸片段彼此之間不包含等位區域。
[0032]所述的每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，是每個轉化片段庫獨立構建完全獨立的文庫并分別進行測序，或者使用條碼技術基于多個轉化片段庫構建編碼文庫進行高通量測序。
[0033]所述的高通量測序是指通過核酸鏈的合成反應、核酸的連接反應、核酸的降解反應或核酸鏈通過納米孔道大規模并行測定核酸序列信息。
[0034]所述的單倍型甲基化信息是一條完整的染色體或核酸鏈的單倍型甲基化信息，或者是一段較長的核酸鏈的單倍型甲基化信息。
[0035]所述的序列比對和拼接是在有參考序列的幫助下進行，或者在沒有參考序列的幫助下進行。
[0036]實施例2:基于轉化、稀釋擴增文庫構建方法進行人類全基因組單倍型甲基化分析:
[0037]采用酚-氯仿法提取人類全基因組DNA，由于酚-氯仿法自身的特性，人類基因組會斷裂成為長度約為30Kbp的核酸片段。隨后對提取的人類基因組DNA進行亞硫酸氫鹽轉化，亞硫酸氫鹽可將核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶(C)去氨基變成尿嘧啶(U)，而甲基化的胞嘧啶(mC)則由于甲基的存在不能被去氨基而保持不變。
[0038]人類全基因組DNA的總長度約為3Gbp，因此一個拷貝的人類基因組(即一個單倍體)包含約10萬個上述長約為30Kbp的核酸片段。每個堿基對的平均分子量為650，通過計算可知3Gbp核酸的絕對質量約為3.24皮克(I皮克=10_12克)，每I萬個30Kbp的片段的絕對質量為0.324皮克。轉化之后的片段盡管在GC含量上較普通序列有所差異，依然可以采用上述方法近似計算。
[0039]利用紫外分光光度計對轉化后的基因組DNA進行定量，定量后對基因組DNA進行梯度稀釋，隨后吸取100組轉化核酸片段，每組核酸片段的質量為0.324皮克，由上述計算可知每組轉化核酸片段包含I萬個30Kbp的轉化片段，這樣一組轉化核酸片段稱為一個轉化片段文庫，共構建100個轉化片段文庫。利用基于phi 29DNA聚合酶及隨機引物的多重鏈替換方法對每個片段文庫進行獨立全基因組擴增，以提高每個片段文庫中DNA鏈的數量及核酸的總質量。之后，將每個片段文庫中的擴增產物采用超聲的方法打斷成為長約500bp的短片段，構建配對末端(pair-end)文庫，每個獨立的轉化片段文庫至少獲得4000萬條長度150merX2的核酸序列。
[0040]將這4000萬條長度為150merX2的核酸序列與人類基因組的參考序列進行甲基化特異性比對，比對過程對參考序列進行亞硫酸氫鹽模擬處理，即在CpG位點容忍堿基C和堿基T的錯配。由于這4000萬條150merX2的序列來源于I萬條30Kbp的轉化片段，因此比對過程中在基因組的大約I萬個區域出現密集匹配，平均每個區域的覆蓋深度為40倍。經過這一輪比對，可以獲得大約I萬條30Kbp左右的轉化核酸序列。尤為重要的是，I萬條30Kbp轉化序列僅覆蓋人類基因組1/10的區域，雖然人是雙倍體，建庫時獲得的I萬條片段彼此之間包含等位基因的平均概率小于1/10。因此這I萬條30Kbp左右的轉化核酸序列中的90%的序列彼此之間不重疊，是單倍型轉化片段。
[0041]隨后將全部100個轉化片段文庫中的共1000萬條30Kbp左右的轉化核酸序列在人類參考基因組的幫助下進行轉化后的單倍型拼接。人的基因組中平均約600-1000bp就會出現一個SNP，因此雖然一個個體的兩套染色體相似程度很高，但來源于兩套染色體的長度為30Kbp的同源片段之間，也會存在至少30個堿基的差異，加上兩條染色體之間甲基化水平的不一致帶來的轉化序列差異，30Kbp的同源轉化片段之間的差異超過30個堿基。因此拼接過程中可以基于兩套染色體進行獨立的轉化單倍型拼接，100個片段文庫中可覆蓋整個單倍型基因組10倍，由此獲得兩套獨立的轉化基因組單倍型。通過與已知的未轉化序列進行比較，即可獲得基因組單倍型甲基化信息。
【權利要求】
1.基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔、擴增后構建一組轉化文庫并測序獲得基因組單倍型甲基化信息，具體步驟為:對提取的基因組DNA進行亞硫酸氫鹽轉化后構建一組轉化片段文庫并對每個文庫進行擴增,每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，測序結果首先在每個轉化片段文庫內進行序列比對或拼接，獲得長轉化核酸序列后進行跨轉化片段文庫的序列比對和拼接獲得轉化基因組單倍型信息，通過與未轉化的序列信息進行比較實現利用高通量測序獲得基因組單倍型甲基化信息。
2.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的亞硫酸氫鹽轉化是指利用亞硫酸氫鹽將核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶去氨基變成尿嘧啶，而不改變甲基化的胞嘧啶。
3.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的基因組DNA是由一個完整基因組構成，或者一個完整基因組的一部分構成，基因組DNA的含量是I個拷貝或者是多個拷貝。
4.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的擴增是指在基因組水平進行的非特異性擴增，采用聚合酶鏈式反應擴增或采用聚合酶等溫擴增。
5.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的轉化片段文庫，每個轉化片段文庫中核酸片段的總長度小于單倍體基因組DNA全長，每個片段文庫中一半以上的核酸片段彼此之間不包含等位區域。
6.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，是每個轉化片段庫獨立構建完全獨立的文庫并分別進行測序，或者使用條碼技術基于多個轉化片段庫構建編碼文庫進行高通量測序。
7.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的高通量測序是指通過核酸鏈的合成反應、核酸的連接反應、核酸的降解反應或核酸鏈通過納米孔道大規模并行測定核酸序列信息。
8.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的單倍型甲基化信息是一條完整的染色體或核酸鏈的單倍型甲基化信息，或者是一段較長的核酸鏈的單倍型甲基化信息。
【文檔編號】C12Q1/68GK104328183SQ201410606032
【公開日】2015年2月4日 申請日期:2014年10月30日 優先權日:2014年10月30日
【發明者】涂景, 陸祖宏, 姚貝, 李俊吉, 郭靖, 高珅 申請人:東南大學