專利名稱：：條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及海洋生物基因技術(shù)的改進，尤其是涉及條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其是將許多特定的cDNA基因片段有規(guī)律地排列固定于載體上的技術(shù)，從而獲得所需基因序列及其表達的大量信息。
背景技術(shù)：
：本
技術(shù)領(lǐng)域：
的技術(shù)人員眾所周知，一個基因組的所有堿基對中一般只有很少一部分基因編碼蛋白質(zhì)，絕大部分為非編碼區(qū)，因此，對基因組直接測序不是經(jīng)濟有效的途徑。盡管在高等真核生物中基因組分析的基本策略是對全基因組和cDNA進行測序，大量的實驗證明以cDNA的形式進行基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的大規(guī)模測序生成表達序列標簽(EST)是了解基因組，收集基因組信息以及發(fā)現(xiàn)新基因的有效途徑。采用生物信息學方法延伸表達序列標簽(ESTs)序列，獲得基因部分乃至全長cDNA序列，將為基因克隆和表達分析提供空前的動力，并為生物信息學功能的發(fā)展提供廣闊的空間。隨著生物實驗技術(shù)的不斷革新和發(fā)展，生物數(shù)據(jù)日益膨脹。傳統(tǒng)的以雜交或電泳為基礎(chǔ)的基因表達、測序、突變檢測和多態(tài)性分析等研究方法效率太低，無法適應現(xiàn)代研究的要求。近年來，隨著實驗技術(shù)和設(shè)備水平的提高，基因芯片便應用而生。基因芯片技術(shù)正逐漸的被廣泛應用于動植物的基因組學和功能基因組學研究中。ESTs序列代表了某種特定時空和生理條件下基因的表達情況，但基因表達是動態(tài)變化的，在生物體不同時相、不同發(fā)育時期或不同生理狀態(tài)下基因表達的差異對于生物體的生長發(fā)育、抗病抗逆、適應環(huán)境等具有重要的意義。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明的目的是完善基因芯片技術(shù)應用于海洋生物基因組學和功能基因組學的研究，尤其提供條斑紫菜功能基因序列構(gòu)成的基因芯片。本發(fā)明的任務是由以下技術(shù)方案完成的研制了一種條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片。該芯片是在適合的載體面上點制組合有如附表所示的471個序列點，諸序列點所對應代表的EST在國際基因序列庫(GeneBank)中的接收號及其對應的矩陣號1——4；列號1——11；行號1——11；EST編號；即，該471個序列點排布在平行的四個矩陣單元中，諸矩陣間有四次重復；該芯片諸矩陣右側(cè)或左側(cè)的兩個矩陣為起始矩陣；該芯片中的每序列點是以100——3000bp連續(xù)的核苷酸為探針的序列或同源序列或其互補序列。所述的起始矩陣，其第一排2——11個序列點為質(zhì)控對照點，前1——10個是質(zhì)控陽性對照序列點，后1——2個是質(zhì)控陰性對照序列點。所述的質(zhì)控陽性對照序列點，其是七個質(zhì)控陽性對照序列點，即3C8，3C9，3E3，3E11，3F3，3H3，py661。所述的質(zhì)控陰性對照序列點，其是兩個質(zhì)控陰性對照序列點，即DMSO，POLYA。所述的適合的載體是固相載體，其或為玻片，或為硅片，或為尼龍膜，或為硝酸纖維膜，或為凝膠。所述的核苷酸，其是脫氧核糖核酸，和/或核糖核酸，和/或多聚寡核苷酸。上述EST編號(序列標簽)所組成的基因芯片就是在載體上結(jié)合有如附表中所示的序列或同源序列或其互補序列的核酸分子。本發(fā)明的優(yōu)點在于由于本發(fā)明的基因cDNA芯片具備高通量的優(yōu)勢，它正被越來越多的研究人員應用于基因表達檢測，通過定量監(jiān)測大量基因表達水平，闡述基因功能、探索疾病原因及機理、發(fā)現(xiàn)可能的診斷及治療靶。采用本發(fā)明的基因芯片技術(shù)從整體水平研究功能基因的表達譜等技術(shù)是一種高通量的進行功能基因表達分析的研究手段。具體講本發(fā)明的基因芯片具有(1)可同時檢測除去9個對照點以外的包括條斑紫菜功能基因在內(nèi)的462條基因的表達情況；(2)可用于克隆植物的重要功能基因，如抗病、抗逆、生長發(fā)育相關(guān)基因的克隆；(3)該基因芯片還可用于動植物的育種和植物新品種的產(chǎn)生；(4)該基因芯片還可用于從整體上研究整個信使核糖核酸(mRNA)的表達，這對生物體基因調(diào)節(jié)的整體性研究具有重要的科研和實踐指導價值；(5)應用該基因芯片還可以運用突變體研究植物，為發(fā)現(xiàn)植物中的基因功能和生理代謝途徑提供重要的理論依據(jù)；總之本發(fā)明的基因芯片可以作為一種商品，廣泛應用于工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)當中。當然，目前，條斑紫菜基因組學研究尚處于起步階段，某些功能基因仍舊處于單基因研究階段等。但是，將cDNA芯片技術(shù)應用于條斑紫菜功能基因的研究將打破傳統(tǒng)的對單個基因的研究，使得從整體水平高通量的研究條斑紫菜基因表達分析成為可能，大大縮小了與模式生物研究的差距，為下一步的遺傳育種研究提供條件。附圖及其具體實施方式本發(fā)明的實施例結(jié)合如下圖1為條斑紫菜cDNA芯片雜交前的矩陣掃描圖。圖2為條斑紫菜cDNA芯片的起始矩陣放大掃描圖。圖3為條斑紫菜cDNA芯片應用于基因表達檢測中雜交后的掃描圖。參見圖1，2制成的一種條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片。該芯片是在美國FullMoon公司出品的cDNA基片的載體面上點制組合有如附表所示的471個序列點，諸序列點所對應代表的EST在國際基因序列庫(GeneBank)中的接收號及其對應的矩陣號1——4；列號1——11；行號1——11；EST編號；即，該471個序列點排布在平行的四個矩陣單元中，諸矩陣間有四次重復；該芯片諸矩陣右側(cè)或左側(cè)的兩個矩陣為起始矩陣；如圖1所示圖中的矩陣排布形式為2×2，以平行的4個矩陣(A、B、C、D矩陣)為單位，矩陣間4次重復，圖1中的A、B、C、D矩陣為矩陣間的重復。前兩個A、D矩陣，如圖1中的大括號所示的最右一排9個點為質(zhì)控對照點。在A矩陣中從右至左分別有第一、二、三、四單個矩陣。在B、C、D矩陣中也同樣區(qū)分。每個矩陣(A、B、C、D)中的單個矩陣形式11×11。該芯片中的每序列點是以100——3000bp連續(xù)的核苷酸為探針的序列或同源序列或其互補序列。所述的起始矩陣，其第一排2，或9，或11個序列點為質(zhì)控對照點，前1，或7，或10個是質(zhì)控陽性對照序列點，后1，或2個是質(zhì)控陰性對照序列點。如圖2所示所述的質(zhì)控陽性對照序列點，其是七個質(zhì)控陽性對照序列點1，即3C8，3C9，3E3，3E11，3F3，3H3，py661；或者是一個質(zhì)控陽性對照序列點，即py661(圖中未畫出)；或者是十個質(zhì)控陽性對照序列點，即3C8，3C9，3E3，3E11，3F3，3H3，py661，myx0208，3H6，3B9(圖中未畫出)。如圖2所示所述的質(zhì)控陰性對照序列點2，其是兩個質(zhì)控陰性對照序列點，即DMSO，POLYA；或者是一個陰性對照POLYA(圖中未畫出)。本發(fā)明的基因芯片所對應的每個點代表的EST在國際基因序列庫(GeneBank)中的接收號如下附表<tablesid="table4"num="004"><tablewidth="848">22222222222233333344444513579112468101py363py434py443py464py509py516py528py571py583py587py672py685CX874149CX874212CX874219CX874237CX874277CX874284CX874295CX874333CX874344CX874348CX874418CX87443022222222222233333444444524681013579112py365py440py456py476py514py518py531py579py585py591py680py694CX874151CX874216CX874230CX874248CX874282CX874286CX874298CX874593CX874346CX874351CX874425CX874435</table></tables><tablesid="table5"num="005"><tablewidth="837">矩陣號列號行號EST編號GeneBank號矩陣號列號行號EST編號GeneBank號222222222222222222222222222555556666677777788888999999357911246810135791124681013沒57911py705py804pyA6pyC1myx0006myx0022myx0073myx0175myx0212myx03531A41A121B61C121D51D101F41F91G62B32B72C22E82F32F103A43A8CX874446CX874525CX874542CX874552DR907542DR907412DR907440DR907531DR907515DR907424AU186671AU186737AU186827AU186985AU187658AU187935AU188902AU189650AU190696AU193716AU194204AU194423AU197093AV429555AV429828AV431039AV431669222222222222222222222222222555566666677777888888999991046810135791124681013579112468101py713pyA4pyB8pyC2myx0011myx0045myx0081myx0205myx0338myx03731A91B21B91D21D71D121F61F111G92B52B112C42F12F72G23A63B1CX874452CX874540CX874550CX874555DR907405DR907526DR907365DR907519DR907500DR907564AU186716AU186756AU186892AU187528AU187690AU188005AU189323AU190051AU191070AU194164AU194263AU194469AV429442AV429649AV430131AV431386AV431827</table></tables>本發(fā)明的基因芯片在國際基因序列庫的接收號所對應的功能分類與注釋表如下本發(fā)明的基因芯片上的462個克隆序列點的具體實施方式與實驗數(shù)據(jù)如下實施例1cDNA文庫的構(gòu)建用Oligo-capping方法構(gòu)建cDNA文庫(Maruyama等，1994)。一、總RNA的提取總RNA提取為UNIQ-10柱式Trizol總RNA抽提試劑盒，購自上海生物工程有限公司。材料取自本實驗室藻種庫的條斑紫菜絲狀體，采用改進的一步法提取總RNA。具體步驟如下●無菌水清洗并經(jīng)濾紙吸干后稱藻體70mg，于液氮中速凍20分鐘；●液氮充分研磨后藻粉轉(zhuǎn)移到預冷的1.5mlEP管中，加入450μlTrizol，劇烈渦旋30s，充分混合；●26-G#針頭剪切2次以形成勻漿液；●勻漿液轉(zhuǎn)移至一個新的1.5mlRNase-freeEP管，加入100μl氯仿/異戊醇，劇烈渦旋30s；●12000轉(zhuǎn)離心5分鐘，將水相與有機相分開，此時蛋白質(zhì)及部分酚被抽提至有機相；●將水相轉(zhuǎn)移至一個新的1.5mlRNase-freeEP管，加入1/3體積無水乙醇，顛倒混勻，此時可見明顯的多糖及DNA絮狀沉淀；●將溶液轉(zhuǎn)移至UNIQ-10柱中，22℃保溫2分鐘后8000rpm離心1min。此時RNA結(jié)合到silicagel膜上；●棄濾過液，將UNIQ-10柱放回收集管中。向UNIQ-10柱加入500μl緩沖液RPE，10000rpm室溫離心30s，以洗滌RNA；●棄濾過液，將UNIQ-10柱放回收集管中，重復上述操作一次。此時多糖及大部分DNA被去除；●向上述UNIQ-10柱中加入RNase-freeDNase，22℃保溫15分鐘；●重復洗滌一次，棄收集管，將UNIQ-10柱放到一個新的1.5mlRNase-freeEP管，室溫離心15s，去除殘留的RPE緩沖液；●將UNIQ-10柱放到一新的1.5mlRNase-freeEP管，加入40μlRNase-freeH2O到UNIQ-10柱的中央，12000rpm離心1.5min；●離心液即總RNA水溶液。分裝置于-70℃保存?zhèn)溆谩６⑷チ姿峄?)去磷酸化流程①在1.5ml離心管里按照下表配制10μl去磷酸化反應體系。RNA用量為1-5μg；②用槍頭混勻，短暫渦旋30s，3000rpm離心30s；③50℃溫育1h；④溫育后，短暫離心30s，放在冰上。2)去磷酸化步驟中的RNA沉淀(都用1.5mlRnase-freeEP管)；①加90μlDEPC水和100μl酚氯仿，劇烈渦旋30s以沉降RNA；②12000轉(zhuǎn)離心5min，室溫；③將上清轉(zhuǎn)移至一新的離心管中(~100μl)；④加2μl10mg/mlmusselglycogen，10μl3Msodiumacetate，pH5.2，混勻后再加220μl95％ethanol，渦旋30s；⑤干冰冷凍10minutes；⑥12000轉(zhuǎn)離心20min，4℃；⑦去除上清；⑧加500μl70％ethanol洗滌；⑨12000轉(zhuǎn)離心2minutesat+4℃；⑩去除上清后再3000轉(zhuǎn)離心30s；去除乙醇，室溫干燥2min；用8μlDEPC水重溶RNA，取1μl；電泳檢測完整性。三、去帽(RemovingthemRNACapStructure)1)去帽流程①在1.5ml離心管里按照下表配制10μl去帽反應體系DephosphorylatedRNA7μl10XTAPBuffer1μlRNaseOutTM(40U/μl)1μlTAP(0.5U/μl)1μlTotalVolume10μl②用槍頭混勻，短暫渦旋30s，3000rpm離心30s；③37℃溫育1h；④溫育后，短暫離心30s，放在冰上。2)去帽步驟中的RNA沉淀(PrecipitatingRNA)①加90μlDEPC水和100μl酚∶氯仿，劇烈渦旋30s以沉降RNA；②12000轉(zhuǎn)離心5min，室溫；③將上清轉(zhuǎn)移至一新的離心管中(~100μl)；④加2μl10mg/mlmusselglycogen，10μl3Msodiumacetate，pH5.2，混勻后再加220μl95％ethanol，渦旋30s；⑤干冰冷凍10minutes；⑥12000轉(zhuǎn)離心20min，4℃；⑦去除上清；⑧加500μl70％ethanol洗滌；⑨12000轉(zhuǎn)離心2minutesat4℃；⑩去除上清后再3000轉(zhuǎn)離心30s去除乙醇，室溫干燥2min。四、與Oligo連接1)連接反應注意0ligo為干粉形式，用前要離心使干粉集中于管底。開蓋時小心防止粉末濺出減少引物的量。①在盛有GeneRacer.RNAOligo(0.25μg)的離心管中加7μlof脫磷酸化的，去帽的RNA用槍頭吸打幾次重懸RNAOligo.短暫離心使液體沉到管底；②65℃溫育5mi；③冰上冷卻2minutes，短暫離心④然后加入下列試劑，并用槍頭輕輕混勻；10XLigaseBuffer1μl10mMATP1μlRNaseOutTM(40U/μl)1μlT4RNAligase(5U/μl)1μlTotalVolume10μl⑤37℃溫育1h；⑥溫育后，短暫離心30s，放在冰上。2)連接反應步驟中的RNA沉淀Note本次RNA沉降后用10μl水溶解①加90μlDEPC水和100μl酚∶氯仿，劇烈渦旋30s以沉降RNA；②12000轉(zhuǎn)室溫離心5min；③將上清轉(zhuǎn)移至一新的離心管中(~100μl)；④加2μl10mg/mlmusselglycogen，10μl3Msodiumacetate，pH5.2，混勻后再加220μl95％ethanol，渦旋30s；⑤干冰冷凍10minutes；⑥12000轉(zhuǎn)離心20min，4℃；⑦去除上清；⑧加500μl70％ethanol洗滌；⑨12000轉(zhuǎn)離心2minutesat+4℃；⑩去除上清后再3000轉(zhuǎn)離心30s；去除乙醇，室溫干燥2min；用10μlDEPC水重溶RNA。五、反轉(zhuǎn)錄(SuperScript.IIIRTReaction)①將下列藥品加入到上述10μl已經(jīng)與Oligo進行連接的RNA；Primers1μldNTPMix1μlSterile，distilledwater1μl；②65℃溫育5minutes；③冰上冷卻2minutes，短暫離心；④然后加入下列試劑5×FirstStrandBuffer4μl0.1MDTT1μlRNaseOut.(40U/μl)1μlSuperScript.IIIRT(200U/μl)1μlTotalVolume20μl⑤用槍頭輕輕混勻；Note如果使用隨機引物則要在65℃溫育之前，提前25℃溫育5min，以使隨機引物能充分與模板結(jié)合；⑥短暫離心；50℃溫育30-60min；⑦70℃溫育15minutes滅活反轉(zhuǎn)錄酶。然后于冰上冷卻2min；12000轉(zhuǎn)離心3分鐘；⑧加入1μlofRNaseH(2U)；⑨37℃溫育20min；⑩3000轉(zhuǎn)離心30s。生成的RNA可以立即使用或者在-20℃保存。用于RT-PCR的RNA量可以達到2μl。六、PCR合成雙鏈1)按照下列組分配制PCR反應液OneShotLAPCRMix25μl模板DNA(2.5ng)2μl引物1(10μM)2μl引物2(10μM)2μl滅菌dddH2O19μlTotal50μl2)PCR反應條件95℃2min72℃10min總計時間3.5h七、cDNA片段大小分級以及與載體連接并通過低熔點凝膠電泳回收的辦法分別收集不同分子大小片段(薩姆布魯克等，1992)。按照500bp-1K，1-2K，2K以上三個范圍分別進行了回收。并對每個回收范圍分別與pMD-18T進行了連接，條件為16℃，連結(jié)過夜。以保證所構(gòu)建文庫的覆蓋率。八、轉(zhuǎn)化轉(zhuǎn)化操作流程①從-70℃取出2管感受態(tài)細胞(100μl/管)。握在手心融化細胞。細胞一經(jīng)融化立即把EP管冰浴10min；②取4μl連接反應物加至100μl感受態(tài)細胞中；③輕輕旋轉(zhuǎn)幾次混勻，冰浴30min；④42℃熱激90s(恰好90s，不可搖動試管)；⑤快速轉(zhuǎn)移至冰浴中，2-3min；⑥每管加入400μlLB液體培養(yǎng)基(無抗生素)，37℃，180rpm振蕩45min-1h；⑦每個90mm平板(LB+AMP+IPTG+X-Gal)加200μl上述混合物，用無菌玻棒涂均勻；⑧將平板置于室溫下直至液體被吸收；⑨37℃倒置培養(yǎng)12-16h，選擇陽性克隆，進行保存和培養(yǎng)。實施例2數(shù)據(jù)庫構(gòu)建用0ilgo-capping方法構(gòu)建的條斑紫菜cDNA文庫作為測序EST的文庫來源。所用通用引物為M13F(5’-GTAAAACGACGGCCAGT-3’)，自動測序儀為MegaBaceTM1000。去除序列中的載體序列并修正3`端測出的模糊堿基后，將片段長度小于100的序列視為無效序列，對其余的序列利用ESTAnalysisPipelineSystemTM協(xié)助進行生物信息學分析，確定功能和降低冗余度。該程序組合了生物信息學分析的常用工具，包括BLAST，Phred，Pfam，Crossmatch，Phrap，Cap3等。得到469條代表不同基因的EST序列，通過相似性檢索工具BLAST在NCBI中的非冗余蛋白質(zhì)和核酸數(shù)據(jù)庫以及SWISS-PROT蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫對非冗余基因進行同源性檢索。即將拼接好的疊連群和未能拼接的EST與NCBI非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫比對，然后通過BLASTX對各非冗余基因進行蛋白質(zhì)功能域分析或功能注釋。實施例3芯片的制備一、對目的克隆進行擴增及純化處理對獲得的代表不同基因的表達序列標簽進行重新PCR擴增，采用的引物序列為，正向引物5`CAGGAAACAGCTATGAC3`，反向為引物5`GTTTTCCCAGTCACGAC3`。每100μl體系包括10×Buffer10μl，25mMMgCl210μl，10mMdNTP2μl，50pmol/μl的正反向引物各0.4μl，質(zhì)粒模板為50ng。PCR擴增流程94℃預變性5min，每個循環(huán)94℃變性30s，50℃退火1min，72℃延伸1.5min，35個循環(huán)后，72℃延伸10分鐘。PCR產(chǎn)物處理。加入等量的異丙醇室溫放置30min，4℃12000rpm/min離心20min，棄上清，沉淀用70％乙醇洗滌，干燥后溶解于20μl水中。二、芯片制備將點樣液溶于50％的DMSO中，使每個點樣點終濃度為250ng/μl，用GeneMachine公司的OmniGrid100點樣儀點制芯片。片基是美國FullMoon公司的cDNA基片，樣品點與片基結(jié)合的方式是多聚賴氨酸結(jié)合。點樣后經(jīng)過紫外交聯(lián)處理。單個矩陣形式11×11，矩陣排布形式2×2，以平行的4個矩陣為單位，矩陣間4次重復，以驗證試驗的重復性。實施例4檢測不同世代條斑紫菜表達差異基因一、總RNA抽提(Trizol法)使用Trizol試劑(Gibco公司)分別提取條斑紫菜絲狀體和葉狀體組織總RNA，溶于無RNA酶的DEPC水中，用瓊脂糖電泳檢測總RNA較完整，測定A值后于-70℃保存。二、熒光探針制備反轉(zhuǎn)錄cDNA第一鏈時摻入熒光素Cy32-dUTP或Cy5-dUTP制備熒光標記探針。反轉(zhuǎn)錄反應為總RNA(10g/L)10μl，RNasin(40U/μl)0.5μl，70℃10min，加5×第一鏈緩沖液5μl，Cy3-dUTP或Cy5-dUTP(25nmol/L，Sigma公司)1μl，Oligo(dT)15(0.5g/L)4μl(大連寶生物公司)，4μl10×低dTTP的dNTPs(dGTP、dATP、dCTP，各25μmol/L，10μmol/LdTTP)，DTT(0.1mol/L)1μl42℃孵育2min，SuperscriptIIreverseRNaseH-reversetranscripase(200U/μl，GIBCO)1.5μl，42℃孵2h。反應結(jié)束后加1mol/LNaOH5μl，65℃孵育1h以消化RNA。最后乙醇沉淀熒光標記探針，并進行紫外分光光度分析以確定合成的cDNA的量及摻入的熒光核苷酸的百分比。三、雜交將熒光標記探針溶于8μl1×UniHybTM雜交液(TeleChem公司)，96℃4min變性，與預處理的cDNA芯片在雜交盒(TeleChem公司)中65℃雜交16h。兩種組織的熒光標記探針分別與cDNA芯片等量混合后與同一陣列同時雜交。雜交后用1×SSC/0.2％SDS洗5min，0.1×SSC/0.2％SDS洗5min，0.1×SSC漂洗，空氣中干燥。四、信號掃描與分析使用ScanArrayTM4000共聚焦熒光掃描儀。Cy3激發(fā)波長為532nm，Cy5激發(fā)波長633nm，激光強度設(shè)為95％，光管度值設(shè)為90％信號分析標準為背景亮度值均設(shè)為0，同一克隆對照標本的亮度分別是待測標本對應點亮度的2倍以上方可確信此克隆代表的基因在這兩種樣本中有明顯的表達差異。本發(fā)明的實驗結(jié)果表明(見圖3所示的基因芯片雜交后的掃描圖)本發(fā)明的基因芯片上462個克隆中有384個克隆是在兩個世代中共同表達，在76個差異表達的克降中，有9個克隆在葉狀體中表達量明顯下調(diào)，有23個克隆在葉狀體中表達量明顯上調(diào)，推測是與葉狀體條斑紫菜生長發(fā)育相關(guān)的基因。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員都會理解，在本發(fā)明的保護范圍內(nèi)，對于上述實施例進行修改，添加和替換都是可能的，其都沒有超出本發(fā)明的保護范圍。權(quán)利要求1.一種條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其特征在于該芯片是在適合的載體面上點制組合有如附表所示的471個序列點，諸序列點所對應代表的EST在國際基因序列庫(GeneBank)中的接收號及其對應的矩陣號1——4；列號1——11；行號1——11；EST編號；即，該471個序列點排布在平行的四個矩陣單元中，諸矩陣間有四次重復；該芯片諸矩陣右側(cè)或左側(cè)的兩個矩陣為起始矩陣；該芯片中的每序列點是以100——3000個連續(xù)的核苷酸為探針的序列和/或同源序列和/或其互補序列。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其特征在于所述的起始矩陣，其第一排2——11個序列點為質(zhì)控對照點，前1——10個是質(zhì)控陽性對照序列點，后1——2個是質(zhì)控陰性對照序列點。3.根據(jù)權(quán)利要求2所述條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其特征在于所述的質(zhì)控陽性對照序列點，其是七個質(zhì)控陽性對照序列點，即3C8，3C9，3E3，3E11，3F3，3H3，py661。4.根據(jù)權(quán)利要求2所述條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其特征在于所述的質(zhì)控陰性對照序列點，其是兩個質(zhì)控陰性對照序列點，即DMSO，POLYA。5.根據(jù)權(quán)利要求1所述條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其特征在于所述的適合的載體是固相載體，其或為玻片，或為硅片，或為尼龍膜，或為硝酸纖維膜，或為凝膠。6.根據(jù)權(quán)利要求1所述條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，其特征在于所述的核苷酸，其是脫氧核糖核酸，和/或核糖核酸，和/或多聚寡核苷酸。全文摘要本發(fā)明是一種條斑紫菜功能基因構(gòu)成的基因芯片，是在適合的載體面上點制組合有如附表所示的471個序列點，諸序列點所對應代表的EST在國際基因序列庫(GeneBank)中的接收號及其對應的矩陣號1—4；列號1—11；行號1—11；EST編號；在平行的四個矩陣單元中，諸矩陣間有四次重復；該芯片諸矩陣右側(cè)或左側(cè)的兩個矩陣為起始矩陣；該芯片中的每序列點是以100—3000bp連續(xù)的核苷酸為探針的序列或同源序列或其互補序列。該芯片具備高通量的優(yōu)勢，它正被應用于基因表達檢測，通過定量監(jiān)測大量基因表達水平，闡述基因功能、探索疾病原因及機理、發(fā)現(xiàn)可能的診斷及治療靶，從整體水平研究功能基因的表達譜；總之該芯片廣泛應用于工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)當中。文檔編號C12N15/29GK1757722SQ20051004427公開日2006年4月12日申請日期2005年8月14日優(yōu)先權(quán)日2005年8月14日發(fā)明者茅云翔,周曉君,隋正紅,徐民俊申請人:中國海洋大學