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一種用于乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒及其方法與流程

文檔序號:11899424閱讀:來源:國知局

技術特征:

1.一種用于乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,包括雜交用試劑、PCR擴增試劑及富集度檢測試劑;其中所述雜交用試劑包括如下SEQ NO.1-SEQ NO.173探針混合物,且摩爾數比為SEQ NO.1:SEQ NO.(2-172):SEQ NO.173=1:1:1,檢測時,濃度為2nM each的上述探針混合物用量為1μl;

所述PCR擴增試劑包括如下SEQ NO.176和SEQ NO.177構成的引物對:

所述富集度檢測試劑包括如下SEQ NO.156和SEQ NO.157構成的引物對:

2.如權利要求1所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,還包括雜交體系所用試劑:Block3.1/3.2、Human Cot-1PerfectHybTMPlus hybridization buffer;其中,Block3.1/3.2包括如下SEQ NO.174和SEQ NO.175構成的引物:

SEQ NO.174AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTSEQ NO.175CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATIIIIIIGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT

且摩爾數比為SEQ NO.174:SEQ NO.175=1:1,檢測時濃度為300μM each的上述混合液用量為1μl。

3.如權利要求1所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述雜交體系所用試劑由以下體積的各組分組成:

4.如權利要求3所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,還包括雜交后通過生物素親和素的反應使目標DNA片段錨定在帶有親和素的Streptavidin beads,以及用于洗去非目標DNA的1×washing buffer緩沖液、0.1×washing buffer緩沖液和將捕獲的DNA洗脫下來的FE buffer緩沖液。

5.如權利要求4所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述1×washing buffer緩沖液包括0.15M濃度的氯化鈉、15mM的檸檬酸鈉和0.1%SDS。

6.如權利要求4所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述0.1×washing buffer緩沖液包括0.015M的氯化鈉、1.5mM的檸檬酸鈉、0.1%SDS。

7.如權利要求4所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述FE buffer緩沖液為pH8.2的含95%甲酰胺的10mMEDTA的溶液。

8.如權利要求4所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,還包括雜交后用于洗滌Streptavidin beads的BW緩沖液。

9.如權利要求8所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,BW緩沖液包括5mM Tris·Cl、0.5mM EDTA、1.0M氯化鈉和0.01%吐溫-20。

10.如權利要求1所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述PCR擴增試劑還包括PCR預混液和去離子水。

11.如權利要求10所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述PCR預混液為2×預混液,使用時終濃度為1×。

12.如權利要求11所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述2×預混液包括2×Q5buffer、1×GC enhancer buffer、各組分濃度為0.4mM的dNTP、用量為0.2μl的濃度2000U/ml為Q5高保真DNA聚合酶。

13.如權利要求1所述的乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變檢測的雜交捕獲試劑盒,其特征在于,所述富集度檢測試劑還包括2×SYBR Green Master Mix(vazyme)、Primer mix(10uM each)、dH2O和input/R1/R2。

14.一種檢測乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變雜交富集的方法,其特征在于,具體包括如下步驟:

1)文庫構建。

2)雜交捕獲:對構建好的文庫等比例混合后使用SEQ NO.1-SEQ NO.173探針混合物進行液相探針捕獲雜交,富集獲得DNA;其中SEQ NO.1-SEQ NO.173探針混合物的摩爾數比為SEQ NO.1:SEQ NO.(2-172):SEQ NO.173=1:1:1,檢測時,濃度為2nM each的上述探針混合物用量為1μl;

雜交捕獲所采用的雜交體系由以下體積的各組分組成:

雜交程序如下:

將H1、H2混勻離心后分別放入PCR中,變性退火程序如下:

程序運行完畢后將H1用移液槍一次性小心加入到H2中,由于PerfectHybTMPlus hybridization buffer比較粘稠請勿用槍頭吹打混勻;將混合液放在漩渦振蕩器上振蕩混勻離心后放入PCR儀中,50℃雜交過夜;

用1ml BW重新懸浮Streptavidin beads,洗滌兩次;

將雜交完畢的混合液用移液槍小心轉移至含SA beads的離心管中,緩慢地一次性將管壁上的SA beads沖到離心管底部,漩渦振蕩10s后甩一下,于50℃1200rpm孵育45min;

取預熱好的500μl 1×washing buffer/each sample洗滌SA beads兩次,每次50℃1200rpm孵育1min;

然后用500μl 0.1×washing buffer/each sample洗滌SA beads兩次,每次50℃1200rpm孵育1min;

向洗滌后的磁珠加入20μl FE buffer,漩渦振蕩混勻短暫離心后95℃1200rpm孵育10min;

最后使用Nucleotide Removal Kit對上清進行純化;

3)PCR擴增:對一輪富集獲得DNA進行PCR擴增,擴增使用的引物對(SEQ NO.176和SEQ NO.177),擴增后使用1×AMPur XP beads進行純化。

所述的擴增體系包括:雜交產物20μl、5ul引物(SEQ NO.176和SEQ NO.177)、50μl PCR預混液、去離子水,總體積100μl。

PCR擴增程序如下:

4)二輪雜交富集:對純化后的一輪PCR產物留取20ng用于富集度檢測,其余全部用于二輪雜交。其中,二輪雜交input量為100ng-500ng,雜交時間為4h,其余條件與步驟同一輪雜交;

5)PCR擴增:對二輪富集獲得DNA進行PCR擴增,擴增使用的引物對SEQ NO.176和SEQ NO.177,擴增所用循環數為10,擴增后使用1×AMPur XP beads進行純化;

6)富集度檢測:對步驟2)所得的multiplex DNA sample library pool、步驟3)和步驟5)經過PCR擴增后的一輪、二輪DNA分別使用StepOneTM and StepOnePlusTM Realtime PCR system進行Realtime PCR富集度檢測,每個樣本做三個重復,以超純水做陰性對照,以混合前任意一文庫做陽性對照。模板使用量均為3.44ng;計算每個樣本Ct的平均值,然后使用富集前DNA樣本Ct的平均值減去富集后的DNA樣本Ct的平均值得到ΔCt;計算富集度,富集度計算方法為:Fold enrichment=EΔCp,其中E為引物對為SEQ NO.156和SEQ NO.157的PCR擴增效率,經檢測該引物對的擴增效率為2.0,R2為0.991;

7)測序:對經步驟6)檢測后有一定富集度的步驟2)獲得的PCR擴增產物進行測序。

8)分析:對步驟7)獲得的測序結果進行分析,完成全外顯子區的突變檢測。

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