本發(fā)明屬于豬分子標(biāo)記，具體涉及與豬黑/白毛色相關(guān)的單倍型分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、毛色是哺乳動(dòng)物最顯著和最明顯的特征之一。由于人類對(duì)動(dòng)物的偏好和馴化，以及棲息地和氣候條件的不同，家豬在毛色方面也表現(xiàn)出明顯差異，其中黑色和白色毛色在豬中較為常見，是多個(gè)家豬品種的典型表型特征。毛色與豬的經(jīng)濟(jì)性狀、疾病特征有著密切關(guān)系，被毛全黑的亞洲家豬，具有繁殖力高、耐粗飼、肉質(zhì)風(fēng)味佳的優(yōu)點(diǎn)；常用母系母本大白豬被毛白色，具有生長速度快、飼料利用率高、瘦肉率高的優(yōu)良特性，也存在大紅細(xì)胞貧血癥和肉色較差等不足(liang?x,lan?j,xu?m,et?al.impact?of?kit?editing?on?coatpigmentation?and?fresh?meat?color?in?yorkshire?pigs[j].crispr?j,2022,5(6):825-42.)。毛色作為遺傳標(biāo)識(shí)，可用于品種鑒別、純度鑒定、判斷親緣關(guān)系等方面(白小青，王金勇.豬毛色遺傳的研究進(jìn)展[j].動(dòng)物科學(xué)與動(dòng)物醫(yī)學(xué),2004,21(8):32-33.)，也是主要的選育性狀之一。

2、全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wide?association?study,gwas)是一種對(duì)全基因組范圍內(nèi)的常見遺傳變異總體關(guān)聯(lián)的方法，可直接鑒定出與表型變異密切相關(guān)且具有特定功能的基因位點(diǎn)或標(biāo)記位點(diǎn)，gwas已成為標(biāo)記輔助育種的常用手段。毛色成因錯(cuò)綜復(fù)雜，目前已知大部分豬種的黑色毛色是由mc1r基因的錯(cuò)義突變導(dǎo)致(lai?f,ren?j,ai?h,etal.chinese?white?rongchang?pig?does?not?have?the?dominant?white?allele?of?kitbut?has?the?dominant?black?allele?of?mc1r[j].j?hered.2007；98(1):84-87.)。kijas等對(duì)不同毛色豬種的mc1r基因的序列進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，野豬的毛色由mc1r*1等位基因調(diào)控，梅山豬的顯性黑色由mc1r*2等位基因調(diào)控，漢普夏的條帶由mc1r*3等位基因調(diào)控，杜洛克的紅色由mc1r*4等位基因調(diào)控(kijas?j?m,walesa,et?al.melanocortinreceptor?1(mc1r)mutations?and?coat?color?in?pigs[j].genetics,1998,150(3):1177-1185.)。xu等發(fā)現(xiàn)金華豬、上高蒙山豬、東山豬、寧鄉(xiāng)豬具有mc1r*2等位基因(xu?gl,ren?j,ding?ns,et?al.genetic?analysis?of?the?kit?and?mc1r?genes?in?chineseindigenous?pigs?with?belt-like?coat?color?phenotypes[j].anim?genet.2006；37(5):518-519.)。但尚未明確所有黑/白毛豬種均全部是由mc1r基因的錯(cuò)義突變導(dǎo)致。

3、本發(fā)明通過gemma軟件的lmm模型進(jìn)行g(shù)was，篩選出與黑/白毛色相關(guān)的snp分子標(biāo)記，本發(fā)明篩選的snp分子標(biāo)記與豬的黑/白毛色的相關(guān)性達(dá)到了顯著水平，為豬毛色的基因輔助選擇提供了新的分子標(biāo)記。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的在于提供一種與豬黑/白毛色性狀相關(guān)的單倍型分子標(biāo)記，通過將豬重測序數(shù)據(jù)比對(duì)到豬參考基因組上，獲得snp分型數(shù)據(jù)，并使用gwas篩選與豬毛色相關(guān)的snp，提供基于全基因組重測序篩選的與豬黑/白毛色相關(guān)的snp分子標(biāo)記組合。

2、為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用以下技術(shù)方案：

3、發(fā)明人通過整合自測序的云南地方豬重測序數(shù)據(jù)和ncbi數(shù)據(jù)庫(sra,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)的公開重測序數(shù)據(jù)，包含15個(gè)品種的366頭黑色毛色豬、2個(gè)品種的265頭白色毛色豬，并將重測序數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組(基因組版本11.1，sscrofa11.1)上，獲得snp分型，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選出4個(gè)與豬黑/白毛色性狀顯著關(guān)聯(lián)的snp位點(diǎn)，參閱ensembl，得到每個(gè)snp位點(diǎn)上下游50bp的核苷酸序列，具體如下：

4、chr6:191762所在的核苷酸序列如seq?id?no.1或2所示，多態(tài)性位點(diǎn)位于所述序列的第51位，對(duì)應(yīng)于豬基因組6號(hào)染色體第191762位，多態(tài)性位點(diǎn)為g或a；

5、chr6:195878所在核苷酸序列如seq?id?no.3或4所示，多態(tài)性位點(diǎn)位于所述序列的第51位，對(duì)應(yīng)于豬基因組6號(hào)染色體第195878位多態(tài)性位點(diǎn)為c或t；

6、chr6:223834所在核苷酸序列如seq?id?no.5或6所示，多態(tài)性位點(diǎn)位于所述序列的第51位，對(duì)應(yīng)于豬基因組6號(hào)染色體第223834位，多態(tài)性位點(diǎn)為a或c；

7、chr6:233254所在核苷酸序列如seq?id?no.7或8所示，多態(tài)性位點(diǎn)位于所述序列的第51位，對(duì)應(yīng)于豬基因組6號(hào)染色體第233254位，多態(tài)性位點(diǎn)為a或g；

8、參考的基因組版本為sus?scrofa?11.1，上述4個(gè)snp完全連鎖，構(gòu)成單倍型分子標(biāo)記，單倍型為atcg的純合基因型的個(gè)體為黑色毛色，單倍型為gcaa的純合基因型的個(gè)體為白色毛色。

技術(shù)特征：

1.與豬黑/白毛色性狀相關(guān)的單倍型分子標(biāo)記，其特征在于，所述單倍型分子標(biāo)記由4個(gè)snp位點(diǎn)組成：

2.權(quán)利要求1所述單倍型分子標(biāo)記在豬黑/白毛色性狀預(yù)測或輔助選擇中的應(yīng)用。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，所述單倍型分子標(biāo)記為atcg的純合基因型的個(gè)體為黑色毛色，所述單倍型分子標(biāo)記為gcaa的純合基因型的個(gè)體為白色毛色。

4.根據(jù)權(quán)利要求2或3所述的應(yīng)用，其特征在于，所述豬的品種為中國地方豬、大白豬及長白豬。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明屬于豬分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與豬黑/白毛色有關(guān)的單倍型分子標(biāo)記及其應(yīng)用。本發(fā)明通過全基因組高深度測序并結(jié)合NCBI數(shù)據(jù)庫公開的重測序數(shù)據(jù)，基于全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選出與黑/白毛色性狀顯著關(guān)聯(lián)的4個(gè)SNP位點(diǎn)，這4個(gè)SNP位點(diǎn)位于6號(hào)染色體且完全連鎖，由其組成的單倍型分子標(biāo)記可用于豬黑/白毛色的輔助選擇與育種。

技術(shù)研發(fā)人員：嚴(yán)達(dá)偉,周春露,董新星,李昕鵬,金思琪,蘭國湘,蘭藝,羅舒元
受保護(hù)的技術(shù)使用者：云南農(nóng)業(yè)大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/3/20