本發明涉及一種snp分子標記及其應用，尤其涉及一種橡膠樹的snp分子標記及其在乳管列數檢測上的應用。
背景技術：
1、天然橡膠樹是一種重要的工業原料，熱帶作物橡膠樹是其主要的商業來源。傳統有性雜交育種是橡膠樹產量育種的主要和常規方法，然而常規育種周期長，橡膠樹遺傳背景狹窄，種質資源的匱乏，極大制約了橡膠樹良種培育進程和產業發展。隨著現代分子生物技術的發展，分子標記輔助選擇育種能在一定程度上解決上述問題，推動橡膠樹育種進程。
2、橡膠樹樹皮中的乳管是天然橡膠合成和貯存的地方，是決定天然橡膠產量的一個重要結構因素，與其產量密切相關。通過挖掘有效的橡膠樹乳管列數性狀相關的分子標記，可以實現早期產量選育和提高產量性狀的準確性，從而縮短橡膠樹產量育種周期，有效推動橡膠樹遺傳改良進程。
技術實現思路
1、本發明在于克服現有技術中的不足，提供一種橡膠樹的snp分子標記及其在乳管列數檢測上的應用。
2、本發明的第一個方面是提供一種橡膠樹的snp分子標記，所述snp分子標記的序列如seq?id?no.1所示，所述seq?id?no.1所示序列自5'端起第216?bp位點處的堿基為t或c（應當理解的是，在序列表中seq?id?no.1自5'端起第216?bp位點用“t”表示，只是為了正常提交核苷酸序列表，并不影響本申請權利要求1和說明書的相關限定）。
3、發明人發現，該snp分子標記的位點處基因型為tc基因型橡膠樹乳管列數多。
4、基于所述snp分子標記，可以開發橡膠樹乳管列數的基因型鑒定方法，通過對所述snp位點堿基序列分析，所述snp位點的基因型為tc，初步鑒定橡膠樹乳管列數多，準確度高。
5、為進行所述snp分子標記檢測，本發明的第二個方面是提供一種用于檢測本發明第一個方面所述的snp分子標記的引物對，所述引物對包括正向引物f：5’-?aaa?ctg?ccagaa?gga?ggt?ggt?-3’和反向引物r：5’-?ggc?agt?agc?cct?cat?aat?ctt?atc?tgc?-3’。
6、本發明的第三個方面是提供一種用于檢測本發明第一個方面所述的snp分子標記的試劑盒，其包含本發明第二個方面所述的引物對。
7、本發明的第四個方面是提供本發明第一個方面所述的snp分子標記、或者本發明第二個方面所述的引物對、或者本發明第三個方面所述的試劑盒在橡膠樹乳管列數檢測上的應用。
8、本發明的第五個方面是提供一種幼苗期檢測橡膠樹乳管列數性狀的方法：提取待測橡膠樹的基因組dna，以待測橡膠樹基因組dna為模板，采用本發明第二個方面所述引物對進行pcr擴增，分析pcr擴增產物的序列，進行本發明第一個方面所述的snp分子標記的檢測，確定待測橡膠樹的基因型，從而確定待測橡膠樹的乳管列數性狀。
9、其中，所述snp位點的基因型為tc時鑒定橡膠樹乳管列數多。
10、本發明的第六個方面是提供一種橡膠樹的選育方法：提取待選橡膠樹的基因組dna，以所得基因組dna為模板，采用本發明第二個方面所述引物對進行pcr擴增，分析pcr擴增產物的序列，進行本發明第一個方面所述的snp分子標記的檢測，確定各個待選橡膠樹的基因型，對橡膠樹進行選育。
11、本發明的第七個方面是提供如本發明第一個方面所述的snp分子標記、或者本發明第二個方面所述的引物對、或者本發明第三個方面所述的試劑盒、或者本發明第五個方面所述的方法、或者本發明第六個方面所述的選育方法在橡膠樹選育中的用途。
12、本發明的有益效果在于：
13、（1）本發明首次從大數據層面，鑒定到位于seq?id?no.1核苷酸序列第216?bp位點處的snp與乳管列數的多/少密切關聯，利于檢測，準確可靠，操作方便。
14、（2）利用本發明提供的所述snp分子標記對橡膠樹乳管列數性狀進行鑒定，篩選乳管列數多的橡膠樹準確度高達80%以上。
15、（3）本發明提供的snp分子標記及其檢測方法不受橡膠樹樹齡影響，可以在幼苗期進行選擇，極大地減少了育種工作量，顯著縮短了橡膠樹產量育種選擇周期，提高了育種效率，可以在實踐中用于橡膠樹產量分子標記輔助育種。
1.一種橡膠樹的snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記的序列如seq?id?no.1所示，所述seq?id?no.1所示序列自5'端起第216?bp位點處的堿基為t或c；所述snp分子標記的tc基因型橡膠樹乳管列數多。
2.一種用于檢測權利要求1所述的snp分子標記的引物對，其特征在于，所述引物對包括正向引物f：5’-?aaa?ctg?cca?gaa?gga?ggt?ggt?-3’和反向引物r：5’-?ggc?agt?agccct?cat?aat?ctt?atc?tgc?-3’。
3.一種用于檢測權利要求1所述的snp分子標記的試劑盒，其特征在于，其包含權利要求2所述的引物對。
4.如權利要求1所述的snp分子標記、或者權利要求2所述的引物對、或者權利要求3所述的試劑盒在橡膠樹乳管列數檢測上的應用。
5.一種幼苗期檢測橡膠樹乳管列數性狀的方法，其特征在于，提取待測橡膠樹的基因組dna，以待測橡膠樹基因組dna為模板，采用權利要求2所述引物對進行pcr擴增，分析pcr擴增產物的序列，進行權利要求1所述的snp分子標記的檢測，確定待測橡膠樹的基因型，從而確定待測橡膠樹的乳管列數性狀。
6.如權利要求5所述的方法，其特征在于，snp位點的基因型為tc時鑒定橡膠樹乳管列數多。
7.一種橡膠樹的選育方法，其特征在于，提取待選橡膠樹群體中各個待選橡膠樹的基因組dna，以所得基因組dna為模板，采用權利要求2所述引物對進行pcr擴增，分析pcr擴增產物的序列，進行權利要求1所述的snp分子標記的檢測，確定各個待選橡膠樹的基因型，從而確定各個待選橡膠樹的乳管列數性狀，對橡膠樹進行選育。
8.如權利要求1所述的snp分子標記、或者權利要求2所述的引物對、或者權利要求3所述的試劑盒、或者權利要求5或6所述的方法、或者權利要求7所述的選育方法在橡膠樹選育中的用途。