本公開總體上涉及klrb1結合劑,特別是抗klrb1抗體,以及針對自身免疫性疾病、過敏性疾病、移植物排斥、血液系統惡性腫瘤和癌癥使用該劑的治療方法。
背景技術:
1、滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;也稱為cd161)的表達定義了與多種自身免疫和過敏性疾病有關的獨特免疫細胞群體。例如,t輔助il-17分泌(th17)細胞表達klrb1(maggi等人,2010)。th17細胞及其產生的細胞因子il-17與牛皮癬、牛皮癬關節炎、強直性脊柱炎、炎癥性腸病(yang等人,2014)以及其他自身免疫性疾病有關。針對il-17或刺激il-17產生細胞的上游細胞因子il-23的單克隆抗體治療劑已獲得fda批準并上市用于治療牛皮癬(例如,蘇金單抗(secukinumab)和依奇珠單抗(ixekizumab))和強直性脊柱炎(例如,蘇金單抗)。然而,直接針對這些分子的治療發展仍然有限,對于包括自身免疫性疾病在內的各種適應癥,仍然需要降低這些細胞因子的活性的新治療劑。
技術實現思路
1、本發明通過提供與在細胞表面上表達klrb1的細胞結合并且靶向那些結合的細胞進行耗竭的抗體及其抗原結合片段,提供了上述問題的解決方案。那些被靶向的細胞直接產生或導致其他細胞產生上述細胞因子。通過耗竭那些細胞,細胞因子的產生就會減少,從而帶來治療益處。
2、本文描述了具有多種用途(包括治療和診斷用途)的klrb1結合抗體(及其抗原結合片段)。例如,該抗體及其抗原結合片段可用于治療、并且在一些情況下預防與klrb1表達細胞相關的各種疾病(即通過耗竭klrb1表達細胞),例如用于治療,并且在一些情況下預防以下疾病(即降低罹患以下疾病的風險):自身免疫性疾病,包括牛皮癬、牛皮癬關節炎、強直性脊柱炎、掌跖膿皰病、化膿性汗腺炎和炎癥性腸??;過敏性疾病,包括哮喘和特應性皮炎;移植物排斥;血液系統惡性腫瘤和癌癥??乖Y合片段(本文中也稱為抗體片段)包括本文中描述的那些,例如fab、fab'、f(ab')2、fv和單鏈抗體(例如scfv)。
3、本文提供了一種特異性地結合至滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;任選地為seq?id?no:1或seq?id?no:2)的抗體或其抗原結合部分,其中該抗體或其抗原結合部分包含以下中的至少一者或由以下中的至少一者組成:(a)重鏈可變區(vh),該重鏈可變區(vh)包含vh互補決定區(cdr)1,該vh互補決定區(cdr)1包含與表1至53,優選表1、30、31或32之一中所示的vh?cdr1氨基酸序列至少95%同一的序列;vh?cdr2,該vh?cdr2包含與表1至53,優選表1、30、31、32,或45至53之一中所示的vh?cdr2氨基酸序列至少95%同一的序列;和vh?cdr3,該vh?cdr3包含與表1至53,優選表1、30、31、32,或45至53之一中所示的vhcdr3氨基酸序列至少95%同一的序列;以及(b)輕鏈可變區(vl),該輕鏈可變區(vl)包含vlcdr1,該vl?cdr1包含與表1至53,優選表1、30、31、32或45至53之一中所示的vl?cdr1氨基酸序列至少95%同一的序列;vl?cdr2,該vl?cdr2包含與表1至53,優選表1、30、31、32,或45至53之一中所示的vl?cdr2氨基酸序列至少95%同一的序列;和vl?cdr3,該vl?cdr3包含與表1至53,優選表1、30、31、32,或45至53之一中所示的vl?cdr3氨基酸序列至少95%同一的序列。
4、在一些實施方案中,vh包含表1、30、31、32,或45至53中所示的vh氨基酸序列或者由表1、30、31、32,或45至53中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vl包含表1、30、31、32,或45至53中所示的vl氨基酸序列或者由表1、30、31、32,或45至53中所示的vl氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表1中所示的vh氨基酸序列或者由表1中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表1中所示的vh氨基酸序列或者由表1中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表30中所示的vh氨基酸序列或者由表30中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表30中所示的vh氨基酸序列或者由表30中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表31中所示的vh氨基酸序列或者由表31中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表31中所示的vh氨基酸序列或者由表31中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表32中所示的vh氨基酸序列或者由表32中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表32中所示的vh氨基酸序列或者由表32中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表45中所示的vh氨基酸序列或者由表45中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表45中所示的vh氨基酸序列或者由表45中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表46中所示的vh氨基酸序列或者由表46中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表46中所示的vh氨基酸序列或者由表46中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表47中所示的vh氨基酸序列或者由表47中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表47中所示的vh氨基酸序列或者由表47中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表48中所示的vh氨基酸序列或者由表48中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表48中所示的vh氨基酸序列或者由表48中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表49中所示的vh氨基酸序列或者由表49中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表49中所示的vh氨基酸序列或者由表49中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表50中所示的vh氨基酸序列或者由表50中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表50中所示的vh氨基酸序列或者由表50中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表51中所示的vh氨基酸序列或者由表51中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表51中所示的vh氨基酸序列或者由表51中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表52中所示的vh氨基酸序列或者由表52中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表52中所示的vh氨基酸序列或者由表52中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含表53中所示的vh氨基酸序列或者由表53中所示的vh氨基酸序列組成,并且vl包含表53中所示的vh氨基酸序列或者由表53中所示的vh氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含與表1中所示的vh氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列或者由與表1中所示的vh氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列組成,并且vl包含與表1中所示的vl氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列或者由與表1中所示的vl氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列組成。在一些實施方案中,vh包含與表30、31、32,或45至53之一中所示的vh氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列或由與表30、31、32,或45至53之一中所示的vh氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列組成,并且vl包含與表30、31、32,或45至53之一中所示的氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列或者由與表30、31、32,或45至53之一中所示的氨基酸序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列組成,優選地其中vh和vl來自同一表。
5、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分包含恒定區重鏈和輕鏈,其中該恒定區重鏈和/或輕鏈包含表58之一中所示的氨基酸序列或者由表58之一中所示的氨基酸序列組成。
6、此外,本文提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表1中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表1中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
7、本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;seq?id?no:1)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表30中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表30中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
8、此外,本文提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表31中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表31中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
9、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表32中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表32中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
10、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表45中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表45中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
11、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表46中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表46中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
12、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表47中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表47中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
13、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表48中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表48中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
14、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表49中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表49中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
15、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表50中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表50中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
16、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表51中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表51中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
17、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;seq?id?no:1)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表52中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表52中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
18、進一步地,本文還提供了特異性地結合至人滅殺細胞凝集素樣受體b亞家族成員1(klrb1;例如seq?id?no:1或2)的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含以下或由以下組成:由表53中所示的hc氨基酸序列組成的可變區重鏈和由表53中所示的lc氨基酸序列組成的可變區輕鏈,以及任選的恒定區,任選地其中該抗體或其抗原結合部分包含與表57中所示的序列至少95%同一的序列。
19、在一些實施方案中,恒定區包含如表58中所示的序列或者由如表58中所示的序列組成。
20、在一些實施方案中,該抗體包含與表56中所示的序列至少95%同一的重鏈可變序列和/或輕鏈可變序列或者由與表56中所示的序列至少95%同一的重鏈可變序列和/或輕鏈可變序列組成。
21、在一些實施方案中,該抗體包含與表57中所示的序列至少95%同一的完整重鏈序列和/或輕鏈序列或者由與表57中所示的序列至少95%同一的完整重鏈序列和/或輕鏈序列組成。
22、本文還提供了特異性地結合至人klrb1的抗體或其抗原結合部分,該抗體或其抗原結合部分包含來自本文的不同表的cdr,或來自本文的不同表的重/輕鏈對。優選地,該抗體或其抗原結合部分結合至klrb1表達細胞并靶向它們進行耗竭,例如,通過存在用于adcc或cdc依賴性耗竭的fc結構域或與細胞毒性劑綴合。
23、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分包含重鏈恒定區鉸鏈區和fc結構域。
24、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分是包含含有與表58中所示的重鏈恒定區氨基酸序列具有至少80%、90%、95%或97%序列同一性的氨基酸序列的重鏈恒定區的抗體。
25、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分是單克隆抗體。
26、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分是嵌合、人源化或人抗體,并且/或者包含去除asn(n)-糖基化位點或去除cys、asp、met、trp或lys的一種或多種突變(例如處于cdr中)。
27、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分是免疫球蛋白g(igg)亞型igg1抗體、igg2抗體或igg4抗體。
28、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分是包含fc區的抗體(優選地為人igg1),該抗體結合至fcγ受體(fcγr)并誘導抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(adcc)從而耗竭表達klrb1的細胞,或者結合至c1q并誘導補體依賴性細胞毒性(cdc)。
29、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分是抗原結合片段(本文中也稱為抗體片段),包括本文中描述的那些,例如fab、fab'、f(ab')2、fv和單鏈抗體(例如scfv)。
30、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分附接至第二分子(例如細胞毒性劑或部分),或使該抗體能夠被用于診斷和/或檢測的可檢測物質或分子。在一些實施方案中,使該抗體或其抗原結合部分與細胞毒性劑或部分綴合以耗竭表達klrb1的細胞或者促進表達klrb1的細胞的耗竭。
31、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分包含無巖藻糖基化的fc區。
32、本文還提供了包含編碼如本文所述的抗體或其抗原結合部分的核酸序列的多核苷酸。在一些實施方案中,該核酸序列可操作地連接至啟動子。
33、另外提供了包含本文所述的多核苷酸的載體,以及包含該多核苷酸或該載體并任選地表達如本文所述的抗體或其抗原結合部分的宿主細胞。本文還提供了用于制備如本文所述的抗體或其抗原結合部分的方法。該方法可以包括在足以使該抗體或其抗原結合部分表達的條件下培養宿主細胞以及分離該抗體或其抗原結合部分。在一些實施方案中,該方法包括將抗體配制為藥物組合物。
34、進一步地,本文提供了藥物組合物,該藥物組合物包含如本文所述的抗體或其抗原結合部分(例如包含該抗體或其抗原結合部分作為活性劑或者由作為活性劑的該抗體或其抗原結合部分組成)和藥學上可接受的運載體或稀釋劑。
35、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分不是克隆b199.2(invitrogen)、hp-3g10(invitrogen)、oti1d8(origene)、14f1f11(origene)、702228(r&d?systems)、b-d51(cell?sciences)、2f3(novus?biologics)、ep7169(abcam)或jnh25g2g22(creativediagnostics)、b199.2(invitrogen)、191b8(miltenyi)、dx12(bd?biosciences)、jnh25g2g22(creative?diagnostics)或us20210122826中描述的抗體(即kw1、kw1.2.1、kw1.3.12、kw7、kw7.2.2、kw7.3.7、kw9、kw9.3.3、kw17、kw17.3.4、km12、km12.2.3、km12.3.2或km12.4.7)。
36、本文還提供了用于治療有需要的受試者的自身免疫性疾病、過敏性疾病、移植物排斥和血液系統惡性腫瘤中的一種或多種的方法,該方法包括向受試者施用結合klrb1的抗體,優選如本文所述的抗體或其抗原結合部分、多核苷酸、載體、藥物組合物,或表達該抗體或其抗原結合部分的宿主細胞。還提供了結合klrb1的抗體,優選如本文所述的抗體或其抗原結合部分或藥物組合物,用于在治療有需要的受試者的自身免疫性疾病、過敏性疾病、移植物排斥和血液系統惡性腫瘤中的一種或多種的方法中使用。還提供了表達該抗體或其抗原結合部分的多核苷酸、載體或宿主細胞,例如用于在細胞或基因療法中使用。在一些實施方案中,自身免疫性疾病是自身免疫性肝炎、類風濕性關節炎、干燥綜合征、包涵體肌炎(ibm)、盤狀狼瘡、牛皮癬、特發性肺纖維化、糖尿病、普禿、原發性膽汁性膽管炎、多發性硬化癥、淋巴細胞性結腸炎、掌跖膿皰病或化膿性汗腺炎。在一些實施方案中,過敏性疾病是哮喘、過敏性嗜酸性粒細胞性哮喘、過敏、特應性皮炎、鼻息肉、嗜酸性粒細胞性胃腸道病癥或高嗜酸性粒細胞性綜合征。在一些實施方案中,移植物排斥可以是腎臟、肺、心臟、肝臟、肢體、皮膚或多器官移植物的排斥。在一些實施方案中,血液系統惡性腫瘤是白血病,例如t細胞白血病、nk細胞白血病、t細胞幼淋巴細胞白血病(t-pll)或大顆粒淋巴細胞白血病(lgll)。在一些實施方案中,血液系統惡性腫瘤是淋巴瘤,例如肝脾t細胞淋巴瘤、nk/t細胞淋巴瘤、蕈樣肉芽腫、塞扎里綜合征(sezary?syndrome)、外周t細胞淋巴瘤、血管免疫母細胞t細胞淋巴瘤(aitl)或未另作規定的外周t細胞淋巴瘤(ptcl-nos)。在一些實施方案中,血液系統惡性腫瘤表達klrb1。
37、在一些實施方案中,該抗體或其抗原結合部分結合至并耗竭th17、th17.1、ex-th17、tc17、粘膜相關不變t細胞(mait)、不變nk-t細胞(inkt)、2型和3型先天淋巴樣細胞(ilc2和ilc3)、致病效應子th2(peth2)細胞和/或表達klrb1的nk細胞。在一些實施方案中,使該抗體或其抗原結合部分與細胞毒性劑或部分綴合。
38、在一些實施方案中,本文所述的治療方法中使用的抗體或其抗原結合部分是或者不是克隆b199.2(invitrogen)、hp-3g10(invitrogen)、oti1d8(origene)、14f1f11(origene)、702228(r&d?systems)、b-d51(cell?sciences)、2f3(novus?biologics)、ep7169(abcam)或jnh25g2g22(creative?diagnostics)、b199.2(invitrogen)、191b8(miltenyi)、dx12(bd?biosciences)、jnh25g2g22(creative?diagnostics)或us20210122826中描述的抗體(即kw1、kw1.2.1、kw1.3.12、kw7、kw7.2.2、kw7.3.7、kw9、kw9.3.3、kw17、kw17.3.4、km12、km12.2.3、km12.3.2或km12.4.7)。
39、在前面提到的方面和實施方案中的每一個的一些實施例中,以及本文所述的其他方面和實施方案中,受試者是人。
40、不受理論的束縛,發明人相信本文公開的抗體將在以下活性中的一種或多種活性中表現出優于先前描述的抗體(例如,市售抗體)的優勢:
41、-結合效力增加(與細胞表達的klrb1或可溶性klrb1胞外結構域的結合ec50較低);
42、-adcc介導的耗竭效力增加(cho-klrb1+細胞耗竭的ec50較低或報告基因細胞系adcc測定的ec50較低);
43、-結合親和力動力學增加(kd較低或koff較低);
44、-阻斷效力增加(抑制clec2d與細胞表達的klrb1結合的ic50較低);和/或
45、-加強效力增加(加強(增加)clec2d與細胞表達的klrb1的結合的ec50較低)。
46、在一些實施方案中,與先前描述的抗體(例如,市售抗體)相比,本文公開的抗體具有更高的生產產量、更低的免疫原性(由于存在人源化的可變區和/或人fc序列)和/或改善的生物物理參數(例如,更高的解鏈溫度、更高的凍融穩定性、更低的異構化、減少的或不存在脫酰胺,和/或更低的氧化敏感性)。
47、當本公開的方面或實施方案以馬庫什組或其他替代方案分組的形式進行描述時,本公開不僅涵蓋作為整體列出的整個組,還涵蓋該組中的每個單獨成員以及主組的所有可能的子組,以及缺少組成員中的一個或多個組成員的主組。本公開還設想了明確排除所要求保護的公開內容中的任何組成員中的一個或多個。
48、參考附圖和下面的描述,本技術的這些和其他優點將顯而易見。