本發明涉及分子標記，更具體的說是涉及一種甜瓜果皮條紋的snp標記、檢測方法及應用。

背景技術：

1、甜瓜(cucumis?melo?l.)是世界上種植比較廣泛的一種重要的葫蘆科作物，更是一種水果型經濟作物，因其種植面積和年消費量而被評為世界第五大水果。甜瓜種最初起源于非洲埃塞俄比亞高原，中國是甜瓜種的次生起源中心，擁有豐富的甜瓜種質資源。我國甜瓜栽培歷史悠久，早在3000年前就有栽培甜瓜的史跡，在晉代已培育出眾多優良甜瓜品種，公元前1世紀甜瓜栽培方法就已寫入《尹都尉書》一書中。我國作為全球甜瓜栽培大國，栽培面積位居世界第一。因此，甜瓜作為我國重要的瓜類作物之一，在農業結構產業調整和農村經濟發展中發揮著重要的作用。

2、我國一直以來是甜瓜栽培和消費大國，栽培面積和產量均居世界第一位。果皮條紋作為甜瓜的一個重要商品性狀之一，不僅能夠直接影響消費者對于該品種的評估和購買意愿，同時也反映了該品種在生長過程中所經歷的環境和氣候條件。由于不同地區、不同季節以及栽培方式等因素的影響，甜瓜果皮條紋具有非常高的多樣性。這些多樣化特征使得消費者可以更加全面地了解到該品種所處環境和生長情況，并且選擇適合自己口感偏好和需求場景下最優質、最符合期望值的產品。

3、目前葫蘆科作物果皮覆紋遺傳規律及基因定位已有相關報道，但僅有較少的相關基因被克隆到。因此明確甜瓜果皮條紋遺傳規律，對調控甜瓜果皮條紋的基因進行精細定位也愈發重要，為甜瓜果實的品質及育種提供理論依據。甜瓜目前果皮覆紋qtl/基因共定位到11個區段，果皮覆紋定位結果中果皮覆紋基因qtl/基因主要被定位在2號染色體長臂段，ntc2.1、mt-2是對果皮網紋性狀的定位，甜瓜4號染色體上定位到的ns-s04也是對甜瓜果皮覆紋為條帶的定位結果，但均未對果皮覆紋基因調控原理進行解釋。近年來已報導的國內外研究中，甜瓜果皮條紋性狀多為隱性性狀。

4、因此，提供一種甜瓜果皮條紋的snp標記、檢測方法及應用是本領域技術人員亟需解決的問題。

技術實現思路

1、有鑒于此，本發明提供了一種甜瓜顯性控制果皮條紋的snp標記、檢測方法及應用，具體提供一個與甜瓜具果皮條紋性狀緊密連鎖的分子標記snp_ps，用該分子標記在苗期可準確檢測出甜瓜是否具果皮條紋，為甜瓜果皮條紋性狀分子標記輔助技術體系的建立提供幫助。

2、本發明在前人的研究基礎上，利用一份具果皮條紋的甜瓜材料‘yt-930’構建遺傳群體，通過對果皮條紋性狀的遺傳分析，發現一個新的單顯性果皮條紋控制基因(ps)，彌補了甜瓜條紋研究領域的空缺。

3、為了實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

4、一種甜瓜果皮條紋的snp標記，所述snp標記的核苷酸序列如seq?id?no.1或seqid?no.2所示；其中，seq?id?no.1所示的核苷酸序列與甜瓜果皮具條紋性狀高度連鎖，seqid?no.2所示的核苷酸序列與甜瓜果皮無條紋性狀高度連鎖。

5、進一步，一種用于檢測所述的snp標記的引物對，所述引物對的核苷酸序列如seqid?no.3和seq?id?no.4所示。

6、進一步，一種用于檢測所述的snp標記的試劑盒，所述試劑盒包含所述的引物對。

7、進一步，所述的snp標記、所述的引物對或所述的試劑盒在甜瓜育種中的應用。

8、進一步，一種檢測甜瓜果皮條紋性狀的方法，通過檢測待測甜瓜是否含有所述的snp標記來確定所述甜瓜的果皮是否具條紋。

9、進一步，所述的一種檢測甜瓜果皮條紋性狀的方法，具體步驟如下：

10、(1)提取待測甜瓜的基因組dna；

11、(2)利用引物對對甜瓜的基因組dna進行pcr擴增，獲得pcr擴增產物；所述引物對的核苷酸序列如seq?id?no.3和seq?id?no.4所示；

12、(3)對pcr擴增產物進行測序，獲得測序結果；對比所述測序結果與所述的snp標記來確定所述待測甜瓜果皮條紋性狀；

13、或對pcr擴增產物進行rsai酶切，再通過凝膠電泳顯示結果來確定所述待測甜瓜的果皮條紋性狀。

14、進一步，通過測序結果確定甜瓜果皮條紋性狀的具體操作為：當所述pcr擴增產物的測序結果和seq?id?no.1序列一致，表示該植株的甜瓜為果皮具條紋性狀；當所述pcr擴增產物的測序結果和seq?id?no.2序列一致，則表示該植株的甜瓜為果皮無條紋性狀；

15、通過酶切結果確定甜瓜果皮條紋性狀的具體操作為：當pcr擴增產物經酶切后，為229bp和121bp的兩條帶或229bp、191bp、121bp和38bp的四條帶，則該植株的甜瓜為果皮具條紋性狀；當pcr擴增產物經酶切后，為191bp、121bp和38bp三條帶，則該植株的甜瓜為果皮無條紋性狀。

16、經由上述的技術方案可知，與現有技術相比，本發明公開提供了一種甜瓜果皮條紋的snp標記、檢測方法及應用，通過利用bsa技術鑒定snps，根據鑒定的snps和公布的甜瓜基因組數據開發分子標記，并掃描f2分離群體，結合群體植株的果皮覆紋表型，開發與具果皮條紋調控基因連鎖更加緊密的分子標記。目前，已經開發的分子標記snp_ps與具果皮條紋調控基因位點連鎖緊密，因而對甜瓜果皮條紋性狀分子標記輔助育種體系的建立更有幫助。本發明的分子標記可以簡便、快速、高通量地應用于甜瓜育種實踐。

技術特征：

1.一種甜瓜果皮條紋的snp標記，其特征在于，所述snp標記的核苷酸序列如seq?idno.1或seq?id?no.2所示；其中，seq?id?no.1所示的核苷酸序列與甜瓜果皮具條紋性狀高度連鎖，seq?id?no.2所示的核苷酸序列與甜瓜果皮無條紋性狀高度連鎖。

2.一種用于檢測權利要求1所述的snp標記的引物對，其特征在于，所述引物對的核苷酸序列如seq?id?no.3和seq?id?no.4所示。

3.一種用于檢測權利要求1所述的snp標記的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含權利要求2所述的引物對。

4.權利要求1所述的snp標記、權利要求2所述的引物對或權利要求3所述的試劑盒在甜瓜育種中的應用。

5.一種檢測甜瓜果皮條紋性狀的方法，其特征在于，通過檢測待測甜瓜是否含有權利要求1所述的snp標記來確定所述甜瓜的果皮是否具條紋。

6.根據權利要求5所述的一種檢測甜瓜果皮條紋性狀的方法，其特征在于，具體步驟如下：

7.根據權利要求6所述的一種檢測甜瓜果皮條紋性狀的方法，其特征在于，

技術總結
本發明公開了一種甜瓜果皮條紋的SNP標記、檢測方法及應用，屬于分子標記技術領域。本發明公開的一種甜瓜果皮條紋的SNP標記，與顯性控制果皮條紋基因緊密連鎖；SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列與甜瓜具果皮條紋性狀高度連鎖，SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列與甜瓜果皮無條紋性狀高度連鎖。利用本發明獲得的SNP分子標記可以在甜瓜生長的任何時期快速、準確地鑒定其果皮條紋性狀，具有效率高、限制因素少等優點。本發明的SNP標記提高了選育甜瓜果皮條紋性狀的效率，縮短了育種周期。本發明對甜瓜分子標記輔助選擇育種，提高甜瓜雜交育種和制種效率，保障制種質量等方面具有重要意義。

技術研發人員：王中元,魏春華,張顯,段嘉豪,張思語,李好,馬建祥,張勇,李超,魏瑾瑾
受保護的技術使用者：西北農林科技大學
技術研發日：
技術公布日：2025/4/28