本發明屬生命科學和生物技術領域,特別涉及檢測與先天性角化不良癥有關的基因突變的引物和方法。
背景技術:
先天性角化不良癥(dskeratosiseongenita,DC)是一種具有遺傳異質性的骨髓衰竭綜合征,發病率約為1/100萬。典型的DC患者約80%~90%具有皮膚黏膜異常三聯征,表現為皮膚網狀色素沉著、指(趾)甲萎縮、口腔黏膜白斑。目前文獻報道可引起DC的突變基因主要有CTC1,DKC1,TERC,TERT,TINF2,NHP2,NOP10及WRAP53。文獻報道,這些基因有3種遺傳方式,分別為X-連鎖隱性遺傳、常染色體隱性遺傳、常染色體顯性遺傳。但目前仍約50%患者遺傳特征不明確。X-連鎖隱性遺傳包括DKC1,常染色體顯性遺傳包括TERC及TINF2,常染色體隱性遺傳包括CTC1,WRAP53,NHP2,NOP10,既可以作為常染色體顯性遺傳又可以作為隱性遺傳的有TERT。
端粒酶卡扎爾體蛋白1(telomerase cajal body protein 1,TCAB1又名WRAP53、WDR79)是2009年新發現的端粒酶關鍵核心蛋白組分,其主要存在于卡扎爾體蛋白中。WRAP53基因定位于染色體17p13上,共有10個外顯子,與P53基因重疊,是P53的反義轉錄基因,它不僅能調節p53基因的表達還能調節端粒的合成。WRAP53表達的缺失不會影響端粒酶活性及TERC水平,但可在細胞的S期阻止端粒酶與端粒結合,最終導致端粒變短。Zhong等發現WRAP53的突變阻止了端粒酶定位于卡扎爾體蛋白,導致了先天性角化不良癥的發生。近年來,通過全基因組測序,發現WRAP53基因突變在先天性角化不良癥患者中非常常見。目前文獻報道在兩個先天性角化不良癥的家族中發現WRAP53基因存在4個突變點,分別為F164L(第2外顯子)、H376Y(第7外顯子)、R398W(第8外顯子)、G435R(第9外顯子)。目前國內文獻報道的DC病例絕大多數為30歲左右皮膚受累的臨床病例,病例數較少,且較少進行基因檢測。因此有必要進行相關基因的突變檢測,有必要先對患者進行WRAP53基因進行全外顯子突變篩選,有助于對先天性角化不良癥的早期診斷,減少誤診、漏診,并進行治療。
技術實現要素:
本發明的目的是提供一種檢測遺傳性WRAP53基因多態突變熱點的引物,采用PCR技術,可用于快速檢測先天性角化不良癥患者體內WRAP53基因多態位點的突變情況。所述檢測WRAP53基因多態熱點突變情況的引物,包括:
擴增WRAP53基因的引物,其堿基序列為:
WRAP53-Exon1A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGAACGGGAAACCTTCTAA
WRAP53-Exon1A-R:AACAGCTATGACCATGGACAGCAGTCCGGAGCTAAC
WRAP53-Exon1B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTAATCTCCGCTGTGCTTCC
WRAP53-Exon1B-R:AACAGCTATGACCATGTCTTCTGCAGGAAGGCTTGT
WRAP53-Exon1C-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGACCCAGTTTCTCTCTCC
WRAP53-Exon1C-R:AACAGCTATGACCATGCTGGAGAAGTGGGTCTCAGG
WRAP53-Exon2-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTGGAGTCTGGGGAGATGAA
WRAP53-Exon2-R:AACAGCTATGACCATGGGGCATCCCTCTCCTAGAAA
WRAP53-Exon3-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGCCCTAGCCCTACACTTG
WRAP53-Exon3-R:AACAGCTATGACCATGTGCTGCCACAAGAAATTCAC
WRAP53-Exon4-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGAGCTCACCCTTGAACA
WRAP53-Exon4-R:AACAGCTATGACCATGCTGACCAGCCCCTCTGATAA
WRAP53-Exon5-F:TGTAAAACGACGGCCAGTACACCCAGCCTCATTTTTGT
WRAP53-Exon5-R:AACAGCTATGACCATGGGAAGGAAAGGGCTGAAAAC
WRAP53-Exon6-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCATATCTGGGACGCATTCA
WRAP53-Exon6-R:AACAGCTATGACCATGGTACAGAGGACGGCGTGAAC
WRAP53-Exon7A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCTTGTGACAGACAGCATGG
WRAP53-Exon7A-R:AACAGCTATGACCATGTCTCAGGGTGTGACCCCTAC
WRAP53-Exon7B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGTATGCCTGGGATGATG
WRAP53-Exon7B-R:AACAGCTATGACCATGATTGGTGGTCACCTCTCGAC
WRAP53-Exon8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTGAAGGAGTGCCTGGAGAC
WRAP53-Exon8-R:AACAGCTATGACCATGACCCTACAGCTGGGCTCTG
WRAP53-Exon9-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTCTGCCAGCAAATCTCTC
WRAP53-Exon9-R:AACAGCTATGACCATGTCTCTGTGGGCTCAGGAAAC
WRAP53-Exon10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGAGGGAGCAAGTGTCCTCA
WRAP53-Exon10-R:AACAGCTATGACCATGGCCTGGTTTCAGGACCAATA
進一步地,還包括測序引物,其堿基序列為:
檢測WRAP53基因的測序引物堿基序列為:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG
進一步地,引物序列WRAP53-Exon1A-F、WRAP53-Exon1A-R、WRAP53-Exon1B-F、WRAP53-Exon1B-R、WRAP53-Exon1C-R以及WRAP53-Exon1C-F是擴增WRAP53基因第1外顯子序列的引物,引物序列WRAP53-Exon2-F和WRAP53-Exon2-R是擴增WRAP53基因第2外顯子序列的引物,以此類推,引物序列WRAP53-Exon10-F和WRAP53-Exon10-R是擴增WRAP53基因第10外顯子序列的引物。
本發明還提供了檢測WRAP53基因全外顯子突變情況的方法,包括以下步驟:
1.抽提外周血中的基因組DNA;
2.用PCR擴增步驟1中提取的DNA;
3.對步驟2中的擴增產物進行測序;
4.對測序結果進行判斷,確定WRAP53基因是否發生突變;
其中PCR擴增引物為:
擴增WRAP53基因的引物,其堿基序列為:
WRAP53-Exon1A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGAACGGGAAACCTTCTAA
WRAP53-Exon1A-R:AACAGCTATGACCATGGACAGCAGTCCGGAGCTAAC
WRAP53-Exon1B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTAATCTCCGCTGTGCTTCC
WRAP53-Exon1B-R:AACAGCTATGACCATGTCTTCTGCAGGAAGGCTTGT
WRAP53-Exon1C-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGACCCAGTTTCTCTCTCC
WRAP53-Exon1C-R:AACAGCTATGACCATGCTGGAGAAGTGGGTCTCAGG
WRAP53-Exon2-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTGGAGTCTGGGGAGATGAA
WRAP53-Exon2-R:AACAGCTATGACCATGGGGCATCCCTCTCCTAGAAA
WRAP53-Exon3-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGCCCTAGCCCTACACTTG
WRAP53-Exon3-R:AACAGCTATGACCATGTGCTGCCACAAGAAATTCAC
WRAP53-Exon4-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGAGCTCACCCTTGAACA
WRAP53-Exon4-R:AACAGCTATGACCATGCTGACCAGCCCCTCTGATAA
WRAP53-Exon5-F:TGTAAAACGACGGCCAGTACACCCAGCCTCATTTTTGT
WRAP53-Exon5-R:AACAGCTATGACCATGGGAAGGAAAGGGCTGAAAAC
WRAP53-Exon6-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCATATCTGGGACGCATTCA
WRAP53-Exon6-R:AACAGCTATGACCATGGTACAGAGGACGGCGTGAAC
WRAP53-Exon7A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCTTGTGACAGACAGCATGG
WRAP53-Exon7A-R:AACAGCTATGACCATGTCTCAGGGTGTGACCCCTAC
WRAP53-Exon7B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGTATGCCTGGGATGATG
WRAP53-Exon7B-R:AACAGCTATGACCATGATTGGTGGTCACCTCTCGAC
WRAP53-Exon8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTGAAGGAGTGCCTGGAGAC
WRAP53-Exon8-R:AACAGCTATGACCATGACCCTACAGCTGGGCTCTG
WRAP53-Exon9-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTCTGCCAGCAAATCTCTC
WRAP53-Exon9-R:AACAGCTATGACCATGTCTCTGTGGGCTCAGGAAAC
WRAP53-Exon10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGAGGGAGCAAGTGTCCTCA
WRAP53-Exon10-R:AACAGCTATGACCATGGCCTGGTTTCAGGACCAATA
進一步地,還包括測序引物,其堿基序列為:
檢測WRAP53基因的測序引物堿基序列為:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG
本發明還提供了一種檢測WRAP53基因多態突變位點的試劑盒,包括:
(i)全血基因組DNA抽提試劑;
(ii)檢測體系PCR擴增反應液;
(iii)測序體系試劑;
其中PCR擴增反應液引物為:
擴增WRAP53基因的引物,其堿基序列為:
WRAP53-Exon1A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGAACGGGAAACCTTCTAA
WRAP53-Exon1A-R:AACAGCTATGACCATGGACAGCAGTCCGGAGCTAAC
WRAP53-Exon1B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTAATCTCCGCTGTGCTTCC
WRAP53-Exon1B-R:AACAGCTATGACCATGTCTTCTGCAGGAAGGCTTGT
WRAP53-Exon1C-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGACCCAGTTTCTCTCTCC
WRAP53-Exon1C-R:AACAGCTATGACCATGCTGGAGAAGTGGGTCTCAGG
WRAP53-Exon2-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTGGAGTCTGGGGAGATGAA
WRAP53-Exon2-R:AACAGCTATGACCATGGGGCATCCCTCTCCTAGAAA
WRAP53-Exon3-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGCCCTAGCCCTACACTTG
WRAP53-Exon3-R:AACAGCTATGACCATGTGCTGCCACAAGAAATTCAC
WRAP53-Exon4-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGAGCTCACCCTTGAACA
WRAP53-Exon4-R:AACAGCTATGACCATGCTGACCAGCCCCTCTGATAA
WRAP53-Exon5-F:TGTAAAACGACGGCCAGTACACCCAGCCTCATTTTTGT
WRAP53-Exon5-R:AACAGCTATGACCATGGGAAGGAAAGGGCTGAAAAC
WRAP53-Exon6-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCATATCTGGGACGCATTCA
WRAP53-Exon6-R:AACAGCTATGACCATGGTACAGAGGACGGCGTGAAC
WRAP53-Exon7A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCTTGTGACAGACAGCATGG
WRAP53-Exon7A-R:AACAGCTATGACCATGTCTCAGGGTGTGACCCCTAC
WRAP53-Exon7B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGTATGCCTGGGATGATG
WRAP53-Exon7B-R:AACAGCTATGACCATGATTGGTGGTCACCTCTCGAC
WRAP53-Exon8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTGAAGGAGTGCCTGGAGAC
WRAP53-Exon8-R:AACAGCTATGACCATGACCCTACAGCTGGGCTCTG
WRAP53-Exon9-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTCTGCCAGCAAATCTCTC
WRAP53-Exon9-R:AACAGCTATGACCATGTCTCTGTGGGCTCAGGAAAC
WRAP53-Exon10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGAGGGAGCAAGTGTCCTCA
WRAP53-Exon10-R:AACAGCTATGACCATGGCCTGGTTTCAGGACCAATA
進一步地,測序引物堿基序列為:
M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT
M13R:AACAGCTATGACCATG
有益效果:本發明設計了擴增WRAP5310個外顯子序列的引物。通過加接頭,使所有13對引物的PCR產物均可以用一種測序引物進行測序。采用PCR技術,構建了穩定的擴增體系。通過調整引物濃度、退火溫度等反應條件,可使擴增效率達到最佳。WRAP53基因的突變類型種類多且遍布整個基因,因此本發明所述引物既能將所述WRAP53全部外顯子序列都擴增出來,也保證無論這些外顯子的何處位置發生突變,都不會出現漏檢的情況。相比較熒光定量PCR法降低了檢測的成本和難度。熒光定量PCR法要針對不同的突變類型設計多個探針,成本高,檢測難度大。本發明的13對引物涵蓋了WRAP53基因全部外顯子區域,使得后續測序時的上下游引物均能測出目的片段,一定程度上保證了測序的準確性。
附圖說明
圖1為WRAP53基因在染色體上定位圖。
圖2和圖3為WRAP53基因經13對引物擴增后所得產物的電泳圖譜,每對引物的擴增均設有一個重復,M為Marker DL 2000,如圖2和圖3所示,引物擴增有效,且條帶單一。
圖4為樣本4WRAP53基因第2號外顯子引物擴增后的產物正反向測序圖。
具體實施方式
下面結合具體實施例和附圖,進一步闡述本發明。應當注意的是,實施例中未說明的常規條件和方法,通常按照所屬領域實驗人員常規采用方法:譬如,奧斯柏和金斯頓主編的《精編分子生物學實驗指南》第四版,或者按照制造廠商所建議的步驟和條件。
實施例1
一種檢測WRAP53基因多態突變位點的引物,該引物的設計是針對WRAP53全外顯子設計的擴增引物,包括:
擴增WRAP53基因全外顯子序列的引物,其堿基序列為:
WRAP53-Exon1A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGAACGGGAAACCTTCTAA
WRAP53-Exon1A-R:AACAGCTATGACCATGGACAGCAGTCCGGAGCTAAC
WRAP53-Exon1B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTAATCTCCGCTGTGCTTCC
WRAP53-Exon1B-R:AACAGCTATGACCATGTCTTCTGCAGGAAGGCTTGT
WRAP53-Exon1C-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGACCCAGTTTCTCTCTCC
WRAP53-Exon1C-R:AACAGCTATGACCATGCTGGAGAAGTGGGTCTCAGG
WRAP53-Exon2-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTGGAGTCTGGGGAGATGAA
WRAP53-Exon2-R:AACAGCTATGACCATGGGGCATCCCTCTCCTAGAAA
WRAP53-Exon3-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGCCCTAGCCCTACACTTG
WRAP53-Exon3-R:AACAGCTATGACCATGTGCTGCCACAAGAAATTCAC
WRAP53-Exon4-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGAGCTCACCCTTGAACA
WRAP53-Exon4-R:AACAGCTATGACCATGCTGACCAGCCCCTCTGATAA
WRAP53-Exon5-F:TGTAAAACGACGGCCAGTACACCCAGCCTCATTTTTGT
WRAP53-Exon5-R:AACAGCTATGACCATGGGAAGGAAAGGGCTGAAAAC
WRAP53-Exon6-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCATATCTGGGACGCATTCA
WRAP53-Exon6-R:AACAGCTATGACCATGGTACAGAGGACGGCGTGAAC
WRAP53-Exon7A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCTTGTGACAGACAGCATGG
WRAP53-Exon7A-R:AACAGCTATGACCATGTCTCAGGGTGTGACCCCTAC
WRAP53-Exon7B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGTATGCCTGGGATGATG
WRAP53-Exon7B-R:AACAGCTATGACCATGATTGGTGGTCACCTCTCGAC
WRAP53-Exon8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTGAAGGAGTGCCTGGAGAC
WRAP53-Exon8-R:AACAGCTATGACCATGACCCTACAGCTGGGCTCTG
WRAP53-Exon9-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTCTGCCAGCAAATCTCTC
WRAP53-Exon9-R:AACAGCTATGACCATGTCTCTGTGGGCTCAGGAAAC
WRAP53-Exon10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGAGGGAGCAAGTGTCCTCA
WRAP53-Exon10-R:AACAGCTATGACCATGGCCTGGTTTCAGGACCAATA
一種檢測WRAP53基因多態突變位點的試劑盒,包括
(i)全血基因組DNA抽提試劑;
(ii)檢測體系PCR反應液;
(iii)測序體系試劑;
其中,外周血基因組DNA提取所用試劑盒由天根生物科技有限公司提供。
檢測體系PCR擴增反應液包括:
測序體系試劑包括:
實施例2
血液/細胞/組織基因組DNA抽提試劑盒(天根生物)的操作流程:
(1)全血基因組DNA提取
1)于1.5ml離心管底部加入20μl QIAGEN Protease(或proteinase K)。.
2)離心管中加入200μl血漿。
3)加入200μl Buffer AL,振蕩15s。(注意:不可將QIAGEN Protease或proteinase K直接加入到Buffer AL中。若樣本量較大,則QIAGEN Protease和Buffer AL按比例增加。)
4)56℃水浴10min,之后短暫離心,以除去離心管蓋內沿的液體。
5)加入200μl乙醇(96%-100%),振蕩15s,短暫離心,以去除離心管蓋內沿液體。
6)小心將以上所得混合液(包括沉淀物)小心加入到QIAamp微型離心柱中(不要潤濕離心柱邊緣)將離心柱放入2ml收集管中,蓋緊離心管蓋,以6000×g(8000rpm)離心1min。將離心柱取出,放入一支潔凈的2ml收集管中(試劑盒提供)。丟棄收集管及其中液體。
7)小心加入500μl Buffer AW1到QIAamp微型離心柱中(不要潤濕離心柱邊緣)。蓋緊離心管蓋,以6000×g(8000rpm)離心1min。將離心柱取出,放入一支潔凈的2ml收集管中(試劑盒提供)。丟棄收集管及其中液體。
8)小心加入500μl Buffer AW2到QIAamp微型離心柱中(不要潤濕離心柱邊緣)。蓋緊離心管蓋,以20000×g(14000rpm)離心3min。
9)將QIAamp微型離心柱置入一支新的2ml收集管中(自備),丟棄收集管及其中液體。全速離心1min。
10)將QIAamp微型離心柱置入一支潔凈1.5ml收集管中(自備),丟棄收集管及其中液體。小心在QIAamp微型離心柱中加入100μl Buffer AE或蒸餾水。室溫下(15-25℃)靜置1min,6000×g(8000rpm)離心1min。將收集管蓋好,保存于-20℃。
(2)試劑配置:按檢測人份數配置檢測體系PCR反應液各Xμl,每人份19μl分裝:
X=19μl反應液×(n份標本+1份空白對照)
n為檢測標本數。
(3)加樣:在分裝好的PCR反應管中加入DNA,空白對照加等量生理鹽水或不加任何物質。加樣要求如下:
(4)擴增:檢測在常規PCR儀上進行,可用儀器包括ABI veriti(美國Applied Biosystems公司)等。反應條件如下:
PCR擴增體系試劑配制方法如下:
其中,引物序列為:
WRAP53-Exon1A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGAACGGGAAACCTTCTAA
WRAP53-Exon1A-R:AACAGCTATGACCATGGACAGCAGTCCGGAGCTAAC
WRAP53-Exon1B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTAATCTCCGCTGTGCTTCC
WRAP53-Exon1B-R:AACAGCTATGACCATGTCTTCTGCAGGAAGGCTTGT
WRAP53-Exon1C-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGACCCAGTTTCTCTCTCC
WRAP53-Exon1C-R:AACAGCTATGACCATGCTGGAGAAGTGGGTCTCAGG
WRAP53-Exon2-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTGGAGTCTGGGGAGATGAA
WRAP53-Exon2-R:AACAGCTATGACCATGGGGCATCCCTCTCCTAGAAA
WRAP53-Exon3-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGCCCTAGCCCTACACTTG
WRAP53-Exon3-R:AACAGCTATGACCATGTGCTGCCACAAGAAATTCAC
WRAP53-Exon4-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGAGCTCACCCTTGAACA
WRAP53-Exon4-R:AACAGCTATGACCATGCTGACCAGCCCCTCTGATAA
WRAP53-Exon5-F:TGTAAAACGACGGCCAGTACACCCAGCCTCATTTTTGT
WRAP53-Exon5-R:AACAGCTATGACCATGGGAAGGAAAGGGCTGAAAAC
WRAP53-Exon6-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCATATCTGGGACGCATTCA
WRAP53-Exon6-R:AACAGCTATGACCATGGTACAGAGGACGGCGTGAAC
WRAP53-Exon7A-F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCTTGTGACAGACAGCATGG
WRAP53-Exon7A-R:AACAGCTATGACCATGTCTCAGGGTGTGACCCCTAC
WRAP53-Exon7B-F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTGTATGCCTGGGATGATG
WRAP53-Exon7B-R:AACAGCTATGACCATGATTGGTGGTCACCTCTCGAC
WRAP53-Exon8-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTGAAGGAGTGCCTGGAGAC
WRAP53-Exon8-R:AACAGCTATGACCATGACCCTACAGCTGGGCTCTG
WRAP53-Exon9-F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCTCTGCCAGCAAATCTCTC
WRAP53-Exon9-R:AACAGCTATGACCATGTCTCTGTGGGCTCAGGAAAC
WRAP53-Exon10-F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGAGGGAGCAAGTGTCCTCA
WRAP53-Exon10-R:AACAGCTATGACCATGGCCTGGTTTCAGGACCAATA
(5)電泳:1.5%瓊脂糖凝膠電泳,110V,25min,凝膠成像系統觀察。
如圖2和圖3所示,即為引物擴增后所得產物的電泳圖譜。圖2中1-A為WRAP53-Exon1A-F和WRAP53-Exon1A-R引物擴增后的片段Exon1A,1-B為WRAP53-Exon1B-F和WRAP53-Exon1B-R引物擴增后的片段Exon1B,1-C為WRAP53-Exon1C-F和WRAP53-Exon1C-R引物擴增后的片段Exon1C,2為WRAP53-Exon2-F和WRAP53-Exon2-R引物擴增后的片段Exon2,以此類推,圖3中10為WRAP53-Exon10-F和WRAP53-Exon10-R引物擴增后的片段Exon10。通過電泳圖的分析表明本發明所述擴增有效,且條帶單一。
(6)Sanger測序:
取9μl PCR產物與2μl純化體系。按照以下程序進行純化:
將1μl純化產物分別與上、下測序引物按照如下體系進行混合:
測序反應程序:
沉淀環節:
向完成測序反應的產物中加入2μl 125mmol的EDTA,靜置5min;加入15:l無水乙醇,漩渦混勻;3700rpm離心30min;倒置離心15sec,加入50μl l70%乙醇,漩渦混勻;3700rpm離心15min;倒置離心15sec,置于95℃金屬浴上;加入10μl Hi-Di后進行變性試驗。變性程序:
變性程序結束后,上測序儀(ABI3730)測序。
(7)結果判斷:分別將測序結果與WRAP53基因參考序列(Genbankaccn:AC_000184.1)進行比對,根據實際突變情況對結果進行報告。
實施例3
為了驗證引物和整個檢測系統的可行性,取13例臨床樣本(每對引物設兩個重復,每組按引物編號為1-13)按實施例1和2的試劑和方法提取基因組、配制試劑、擴增和測序。取其中樣本4加入引物擴增,電泳結果如圖2和圖3所示,表明本發明所述引物對血液樣本能有效擴增,且條帶單一。測序結果如下表所示。
圖4顯示是樣本4的WRAP53第2號外顯子野生型正反測序截圖,說明測序結果峰值清晰無雜峰和重峰等影響結果的干擾。
從檢測結果可以看出,本發明所述引物已經把外顯子序列包括在內了,能夠擴展出WRAP53基因全部外顯子,并且測序結果完全準確。本發明所述引物可以準確的擴展出WRAP53基因全外顯子,通過結果表明本發明所述引物和方法及試劑盒能夠檢測出WRAP53基因所有外顯子。
SEQUENCE LISTING
<110> 福州艾迪康醫學檢驗所有限公司
<120> 檢測先天性角化不良癥WRAP53基因的方法和引物
<130>
<160> 28
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tgtaaaacga cggccagtgg gaacgggaaa ccttctaa 38
<210> 2
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
aacagctatg accatggaca gcagtccgga gctaac 36
<210> 3
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
tgtaaaacga cggccagtct aatctccgct gtgcttcc 38
<210> 4
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
aacagctatg accatgtctt ctgcaggaag gcttgt 36
<210> 5
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
tgtaaaacga cggccagtgg gacccagttt ctctctcc 38
<210> 6
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
aacagctatg accatgctgg agaagtgggt ctcagg 36
<210> 7
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
tgtaaaacga cggccagtgt ggagtctggg gagatgaa 38
<210> 8
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
aacagctatg accatggggc atccctctcc tagaaa 36
<210> 9
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
tgtaaaacga cggccagtca gccctagccc tacacttg 38
<210> 10
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
aacagctatg accatgtgct gccacaagaa attcac 36
<210> 11
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
tgtaaaacga cggccagttc tgagctcacc cttgaaca 38
<210> 12
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
aacagctatg accatgctga ccagcccctc tgataa 36
<210> 13
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
tgtaaaacga cggccagtac acccagcctc atttttgt 38
<210> 14
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
aacagctatg accatgggaa ggaaagggct gaaaac 36
<210> 15
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
tgtaaaacga cggccagttc atatctggga cgcattca 38
<210> 16
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
aacagctatg accatggtac agaggacggc gtgaac 36
<210> 17
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
tgtaaaacga cggccagtgc ttgtgacaga cagcatgg 38
<210> 18
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<212> DNA
<213> 人工序列
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aacagctatg accatgtctc agggtgtgac ccctac 36
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tgtaaaacga cggccagttc tgtatgcctg ggatgatg 38
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<212> DNA
<213> 人工序列
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aacagctatg accatgattg gtggtcacct ctcgac 36
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tgtaaaacga cggccagtct gaaggagtgc ctggagac 38
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<213> 人工序列
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aacagctatg accatgaccc tacagctggg ctctg 35
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tgtaaaacga cggccagtcc tctgccagca aatctctc 38
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aacagctatg accatgtctc tgtgggctca ggaaac 36
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tgtaaaacga cggccagtag agggagcaag tgtcctca 38
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aacagctatg accatggcct ggtttcagga ccaata 36
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<400> 28
aacagctatg accatg 16