1.一種蘋果育種方法，包括如下步驟：將蘋果品種C0進行持續多代的芽變選種，第一代芽變選種將蘋果品種CO作為出發品種，以后的每代芽變選種均將上一代芽變選種得到的品種作為出發品種，每代芽變選種從全滿足如下三個性狀的芽發育出的枝條或植株中選擇目標品種：(a)發生紅色芽變；(b)芽發育成的枝條或植株上生長的蘋果的果皮的花青苷含量為出發品種的2倍以上；(c)芽發育成的枝條或植株上生長的蘋果的果皮的特異DNA分子的甲基化水平為出發品種的二分之一以下；
所述特異DNA分子為如下(Ⅰ)或(Ⅱ)或(Ⅲ)：
(Ⅰ)序列表的序列1所示的DNA分子；
(Ⅱ)將序列表的序列1所示的DNA分子進行一個或幾個核苷酸的插入和/或缺失和/或替換得到的DNA分子；
(Ⅲ)與序列表的序列1所示的DNA分子具有90％以上同源性的DNA分子。
2.如權利要求1所述的蘋果育種方法，其特征在于：所述育種方法得到的蘋果品種滿足如下指標(a)和/或(b)：(a)著色速度大于蘋果品種C0；(b)著色指數大于蘋果品種C0。
3.一種蘋果育種方法，包括如下步驟：將蘋果品種C0進行持續多代的芽變選種，第一代芽變選種將蘋果品種CO作為出發品種，以后的每代芽變選種均將上一代芽變選種得到的品種作為出發品種，每代芽變選種從全滿足如下四個性狀的芽發育出的枝條或植株中選擇目標品種：(a)發生紅色芽變；(b)芽發育成的枝條或植株上生長的蘋果的果皮的花青苷含量為出發品種的2倍以上；(c)芽發育成的枝條或植株上生長的蘋果的果皮的特異DNA分子的甲基化水平為出發品種的二分之一以下；(d)芽發育成的枝條或植株上生長枝條的節間長度為2cm以下；
所述特異DNA分子為如下(Ⅰ)或(Ⅱ)或(Ⅲ)：
(Ⅰ)序列表的序列1所示的DNA分子；
(Ⅱ)將序列表的序列1所示的DNA分子進行一個或幾個核苷酸的插入和/或缺失和/或替換得到的DNA分子；
(Ⅲ)與序列表的序列1所示的DNA分子具有90％以上同源性的DNA分子。
4.如權利要求3所述的蘋果育種方法，其特征在于：所述育種方法得到的蘋果品種滿足如下指標(a)和/或(b)和/或(c)：(a)著色速度大于蘋果品種C0；(b)著色指數大于蘋果品種C0；(c)枝條的節間長度為2cm以下。
5.一種蘋果育種方法，包括如下步驟：
(1)將蘋果品種A和蘋果品種B進行雜交，獲得雜交種子；所述蘋果品種A為蘋果(Malus domestica)CSR6R6-666；蘋果(Malus domestica)CSR6R6-666，其保藏編號為CGMCC NO.13783；所述蘋果品種B為權利要求1至4中任一所述方法得到的蘋果品種；
(2)將步驟(1)得到的雜交種子播種并育苗，得到實生苗；
(3)將步驟(2)得到的實生苗移栽至大田，待其長出果實后不對果實進行套袋，篩選得到目的植株。
6.如權利要求5所述的方法，其特征在于：移栽第4年，在離地面20cm處對實生苗的主干進行環剝，環剝寬度為0.5-1.0cm，深達木質部。
7.如權利要求5或6所述的方法，其特征在于：移栽第5年，在實生苗的盛花期進行如下操作：每個花序的5朵花僅保留中心花，其他全部疏除。
8.如權利要求5或6或7所述的方法，其特征在于：所述目的植株為果肉全紅的植株。
9.如權利要求5或6或7所述的方法，其特征在于：所述目的植株為滿足如下(f1)和/或(f2)和/或(f3)和/或(f4)的蘋果植株：(f1)果肉全紅；(f2)果肉高類黃酮含量；(f3)果肉高花青苷含量；(f4)果肉高抗氧化能力。
10.蘋果(Malus domestica)CSR6R6-666在蘋果育種中的應用；蘋果(Malus domestica)CSR6R6-666，其保藏編號為CGMCC NO.13783。