中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點及其位點擴增引物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點及其位點擴增引物，屬于生物【技術(shù)領(lǐng)域】。本發(fā)明的12個鑒定位點的坐標為：chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、chr1_304503930、chr8_55949794、chr4_51135766、chr14_51320355、chr14_71621254、chr6_261199、chr1_82559795、chr15_101338073、chr4_81507260，12個鑒定位點中國家豬的優(yōu)勢等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G。用于中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點擴增的引物如表1所示。本發(fā)明的有益效果在于：篩選中國家豬遺傳組分中特有的單核苷酸標記位點，通過現(xiàn)代分子生物學技術(shù)檢測分子標記位點的基因型，用于有效地鑒定并區(qū)分中國家豬品種與中國野豬血緣。為中國家豬的育種及種質(zhì)資源保護過程中種質(zhì)的鑒定提供準確指導。
【專利說明】中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點及其位點擴增引物
【技術(shù)領(lǐng)域】:
[0001]本發(fā)明提供一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點及其位點擴增引物，屬于生物【技術(shù)領(lǐng)域】。
【背景技術(shù)】:
[0002]本發(fā)明基于全基因組重測序數(shù)據(jù)，與傳統(tǒng)的單一基因，如MClR基因以及AFLP等鑒別技術(shù)相比，本發(fā)明所給出的分子標記位點更加全面地代表了中國家豬品種中受到選擇的經(jīng)濟性狀連鎖區(qū)域。解決了現(xiàn)如今中國多個家豬品種種質(zhì)資源混亂，難以排除野豬血緣的尷尬局面。12個分子標記位點位于7條不同的染色體上，較單一基因的檢測效力更可信。與傳統(tǒng)鑒定技術(shù)微衛(wèi)星相比較，微衛(wèi)星標記技術(shù)雖然得到了較廣泛的應用，但其隨機分布在遺傳圖譜上，不能直接與中國家豬品種所特有分子遺傳組分相關(guān)聯(lián)。

【發(fā)明內(nèi)容】
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[0003]本發(fā)明的目的是提供一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點及其位點擴增引物，為中國家豬的育種及種質(zhì)資源保護過程中種質(zhì)的鑒定提供準確指導。
[0004]本發(fā)明篩選中國家豬遺傳組分中特有的單核苷酸標記位點，通過現(xiàn)代分子生物學技術(shù)檢測這12個分子標記位點的基因型，用于有效地鑒定并區(qū)分中國家豬品種與中國野豬血緣。
[0005]本發(fā)明的技術(shù)方案主要包括:豬DNA的提取，Illumina 二代測序技術(shù)進行全基因組重測序，在全基因組分析的基礎(chǔ)上篩選分子標記并進行擴大群體驗證。使用本方法對所要鑒定的個體進行基因分型，在本發(fā)明的12個單核苷酸標記位點上，不同的基因型被認為是家豬、野豬兩個群體分別特有的，依此來判斷該個體屬于哪一群體。12個分子標記位點的坐標如下(基因組版本:NCBI Build Sscrofal0.2)。chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、 chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、 chrl4_51320355、chrl4_71621254、chr6_261199、chrl_82559795、chrl5_101338073、chr4_81507260，12 個位點中國家豬的優(yōu)勢等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G。
[0006]用于中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點擴增的引物如表1所示。
[0007]表1引物序列表
[0008]
【權(quán)利要求】
1.一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點，其特征在于該鑒定位點是基因組版本為NCBI Build Sscrofal0.2的12個鑒定位點，鑒定位點的坐標是:chr4_90338649、chr6_46031147、 chr3_40173091、 chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、chrl4_51320355、 chrl4_71621254、 chr6_261199、 chrl_82559795、 chrl5_101338073、chr4_81507260。
2.權(quán)利要求書I中所述的12個分子標記位點，G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G是中國家豬的基因型。
3.在豬的樣品中擴增含有權(quán)利要求書1-2所述的核苷酸多態(tài)位點的片段。
4.在豬的DNA樣品中對含有權(quán)利要求書1-3所述的核苷酸多態(tài)位點的片段進行測序。
5.用于權(quán)利要求1-4所述的中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點擴增的引物為:
【文檔編號】C12Q1/68GK103789412SQ201310723429
【公開日】2014年5月14日 申請日期:2013年12月25日 優(yōu)先權(quán)日:2013年12月25日
【發(fā)明者】張亞平, 謝海兵, 韓徐曼 申請人:中國科學院昆明動物研究所