【】本發明涉及分子標記，特別涉及方格星蟲indel分子標記引物組及其應用。

背景技術

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背景技術：

1、方格星蟲，又名沙蟲，屬于星蟲動物門家族中的海洋星蟲。廣泛分布于我國廣東、福建、廣西、海南等沿海地區。尤其在廣西沿海地區，沙蟲的遺傳資源最為豐富。一般生活在沿岸的潮間帶泥灘區或沙質海床中。高潮時浮現，低潮時潛伏于砂、泥洞中。它以藻類、有機物和浮游生物為食。現代醫學研究表明，方格星蟲具有包括抗疲勞在內的多種功效，促進創面愈合、增強細胞免疫、延緩衰老、降血壓以及抗氧化活性。

2、隨著人們生活水平的提高和飲食結構的變化，市場對沙蟲等海產品的需求不斷增加。為滿足市場需求，捕撈漁獲量也相應增加，過度捕撈導致自然資源保護失敗，海洋生態系統遭到嚴重破壞。因此，開展光裸星蟲的遺傳多樣性研究和自然資源保護具有重要意義。

3、遺傳多樣性是指一個物種內一個品種或一個種群的個體間存在的遺傳變異量。它是遺傳物質(dna)在遺傳過程中重組、突變、基因流、遺傳漂變的產物，它導致dna序列、表觀遺傳特征、蛋白質結構或同工酶、生理特性和形態特征的變化。目前，關于沙蟲遺傳多樣性的研究已有一些報道。沙蟲種群內存在高水平的遺傳變異，而居群間沒有明顯的遺傳分化。群體間低水平的遺傳多樣性也被報道為。造成不同結論的主要因素可能是分子標記的種類。由于rapd標記引物較短(10nt)，結合位點較多，缺乏穩定性。動物的線粒體基因組是保守的，其標記并不是發現遺傳多樣性的理想標記。

4、插入和缺失(indel)是生物體的dna序列中增加或去除堿基對所對應的一種常見的多態性形式。此外，indels還可以通過改變啟動子區域中dna序列的相位和間隔來改變基因的表達。這些indel標記常與重要性狀相關聯。

5、重測序(wgrs)的出現為以相對經濟的成本產生大量的序列數據鋪平了道路，從而解開了迄今為止無法獲得的遺傳標記。單核苷酸多態性(single?nucleotidepolymorphisms，snps)和indels已經成為通過wgrs鑒定的最普遍的遺傳標記類型。中等大小的indel標記可以有效地用于pcr擴增和電泳檢測多態性。這些標記已被用于多種動物的遺傳研究，包括山羊和雞。然而，在沙蟲中，迄今為止還沒有關于indels的報道。

6、我們將探索沙蟲的indel標記，并發現中國北部灣沿岸的遺傳多樣性和遺傳結構。

技術實現思路

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技術實現要素：

1、鑒于上述內容，有必要針對方格星蟲基因組的indel標記進行開發，并對分子標記進行驗證；利用開發indel標記對不同地域的方格星蟲群體進行遺傳多樣性和聚類分析，能為方格星蟲的分子輔助遺傳育種、群體遺傳分析、圖位克隆、基因定位及遺傳圖譜的構建等領域發揮著巨大的作用。

2、為達到上述目的，本發明所采用的技術方案是：

3、方格星蟲indel分子標記引物組，所述引物組包括核苷酸序列如seq?id?no.1-32所示的16對indel引物。

4、本發明還包括包含所述方格星蟲indel分子標記引物組的試劑盒。

5、進一步的，其還包括進行pcr反應和/或電泳所需的試劑。

6、本發明還包括所述方格星蟲indel分子標記引物組或者所述試劑盒在方格星蟲聚類分析和/或遺傳多樣性分析中的應用。

7、本發明還包括所述方格星蟲indel分子標記引物組或者所述試劑盒在區分不同地域方格星蟲種質中的應用。

8、進一步的，所述不同地域為廣西壯族自治區防城港市、廣東省湛江市、廣西壯族自治區欽州市、海南省和廣西壯族自治區北海市鐵山港區。本發明具有如下有益效果：

9、1、本發明基于方格星蟲基因組indel標記開發出16對indel引物對，使用該indel標記的方格星蟲群體的平均等位基因8.875；有效等位基因數平均為4.110；多態信息含量(pic)的平均值為0.692，具有高多態性的特點，應用上述的16對引物對能有效的對方格星蟲進行遺傳分析和聚類分析，為后期提高對方格星蟲種質資源的利用奠定了堅實基礎和理論基礎。

技術特征：

1.方格星蟲indel分子標記引物組，其特征在于，所述引物組包括核苷酸序列如seq?idno.1-32所示的16對indel引物。

2.包含權利要求1所述方格星蟲indel分子標記引物組的試劑盒。

3.根據權利要求2所述的試劑盒，其特征在于，其還包括進行pcr反應和/或電泳所需的試劑。

4.如權利要求1所述方格星蟲indel分子標記引物組或者權利要求2或3所述試劑盒在方格星蟲聚類分析和/或遺傳多樣性分析中的應用。

5.如權利要求1所述方格星蟲indel分子標記引物組或者權利要求2或3所述試劑盒在區分不同地域方格星蟲種質中的應用。

6.如權利要求5所述的應用，其特征在于，所述不同地域為廣西壯族自治區防城港市、廣東省湛江市、廣西壯族自治區欽州市、海南省和廣西壯族自治區北海市鐵山港區。

技術總結
本發明涉及分子標記技術領域，特別涉及方格星蟲InDel分子標記引物組及其應用，本發明基于方格星蟲基因組InDel標記開發出16對InDel引物對，使用該InDel標記的方格星蟲群體的平均等位基因8.875；有效等位基因數平均為4.110；多態信息含量(PIC)的平均值為0.692，具有高多態性的特點，應用上述的16對引物對能有效的對方格星蟲進行遺傳分析和聚類分析，為后期提高對方格星蟲種質資源的利用奠定了堅實基礎和理論基礎。

技術研發人員：倪玉珠,王鵬良,劉婭婷,楊家林,李滿滿,何煒杰,彭慧婧,鄒杰
受保護的技術使用者：北部灣大學
技術研發日：
技術公布日：2025/4/28