本發(fā)明屬于分子標記，具體涉及厚殼貽貝足絲粘附蛋白基因編碼區(qū)snp標記及其應用。

背景技術：

1、貽貝是貝類養(yǎng)殖業(yè)中的重要品種，目前尚未有性能優(yōu)良的貽貝新品種，“種”的缺乏制約其產業(yè)發(fā)展。厚殼貽貝（mytilus?coruscus）是重要的養(yǎng)殖貽貝品種之一，養(yǎng)殖者傾向于求量而非求質，極端溫度會降低足絲的黏附力，導致夏季苗種脫落事件頻發(fā)。因此，提高厚殼貽貝足絲黏附性能是提高產量的重要途徑。厚殼貽貝通過足腺體分泌足絲蛋白，經海水固化后形成足絲附著在基質表面，目前貽貝足絲和腺體中已鑒定出多種蛋白，其中mfp5是存在于足絲盤和附著基界面的黏附蛋白，具有重要的黏附功能。snp標記遵循孟德爾共顯性遺傳定律，能鑒別純、雜合子，提供完整的遺傳信息，同時不受季節(jié)、發(fā)育階段和環(huán)境等因素影響，具有數量多、多態(tài)性高，技術簡單、快速、易自動化的優(yōu)點，是遺傳結構分析、種質資源鑒定、遺傳多樣性分析和標記輔助選擇育種的有力工具。基于足絲黏附蛋白基因在厚殼貽貝足絲附著中的重要作用，鑒定基因中的snp位點，篩選可作為足絲附著強度篩選的分子標記，可為選育具有較強足絲附著力的厚殼貽貝新品種提供重要工具。

技術實現思路

1、本發(fā)明提供了厚殼貽貝足絲粘附蛋白基因mfp5編碼區(qū)snp標記及其應用，擴增穩(wěn)定且多態(tài)性良好，可應用于厚殼貽貝群體遺傳多樣性分析、種質資源鑒定和標記輔助選擇育種。

2、本發(fā)明提供了厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)，包括編號為mcmfp5編碼區(qū)的基因序列，所述基因序列的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。

3、mussel?foot?protein?(mfp)?是貽貝足絲分泌的粘附蛋白家族的統(tǒng)稱，根據蛋白結構和功能差異，通過數字編號區(qū)分不同成員（如mfp1、mfp3、mfp5等）。足絲粘附蛋白mfp5的英文名稱通常為?mussel?foot?protein?5（縮寫為?mfp5?或?mfp-5）。mfp5?是其中的一種關鍵蛋白，主要參與貽貝足絲與基底材料的界面粘附，其特性包括富含多巴（dopa）和賴氨酸的重復序列。

4、厚殼貽貝（mytilus?coruscus）縮寫為?mc，厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5縮寫為mcmfp5。

5、本發(fā)明提供了一種檢測厚殼貽貝群體多樣性的snp標記引物對，針對上述mcmfp5編碼區(qū)的基因序列設計得到。

6、優(yōu)選的，針對編號為mcmfp5編碼區(qū)的基因序列設計的引物對序列依次如seq?idno.2和seq?id?no.3所示。

7、優(yōu)選的，所述的引物對通過pcr直接測序獲得3個snp標記，分別為mcmfp5_1、mcmfp5_2和mcmfp5_3。

8、本發(fā)明還提供了上述厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)或上述snp標記引物對在厚殼貽貝的群體遺傳分析和/或標記輔助選擇中的應用。

9、本發(fā)明還提供了一種檢測厚殼貽貝snp多態(tài)性的方法，包括以下步驟：以厚殼貽貝的基因組dna為模板，利用針對上述厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)的基因序列分別設計得到的引物對或上述snp標記引物對配制建立pcr擴增體系，進行pcr擴增，對擴增產物進行基因分型，根據分型結果進行群體遺傳分析和/或種質資源鑒定。

10、優(yōu)選的，所述模板包括厚殼貽貝鰓絲組織的基因組dna。

11、優(yōu)選的，所述pcr擴增的體系以25?μl計，包括：1~2?μl模板，共0.5?μl上游引物，共0.5?μl下游引物，0.5?μl?dntp，2.5?μl?10×pcr?buffer，0.2?μl?taq?plus?dna聚合酶和余量的滅菌去離子水。

12、優(yōu)選的，所述pcr擴增的程序包括：95℃預變性5?min；94℃變性30?s，?60℃退火30s，72℃延伸40?s，循環(huán)35次；72℃再延伸10?min。

13、有益效果：本發(fā)明克隆得到厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)，編號為mcmfp5編碼區(qū)的基因序列，其基因序列的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。本發(fā)明針對mcmfp5編碼區(qū)的基因序列設計了snp標記引物對，所述snp標記引物對特異性強、擴增穩(wěn)定且多態(tài)性高，可用于厚殼貽貝群體遺傳多樣性分析以及標記輔助選擇育種，為厚殼貽貝的遺傳育種提供有力工具。

技術特征：

1.?厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)，其特征在于，包括編號為mcmfp5編碼區(qū)的基因序列，所述基因序列的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。

2.一種檢測厚殼貽貝群體多樣性和標記輔助選擇育種的snp標記引物對，其特征在于，針對權利要求1所述mcmfp5編碼區(qū)的基因序列設計得到。

3.?根據權利要求2所述snp標記引物對，其特征在于，針對mcmfp5編碼區(qū)的基因序列設計的引物對序列依次如seq?id?no.2和seq?id?no.3所示。

4.根據權利要求3所述標記引物對，其特征在于，所述引物對通過pcr測序獲得3個snp標記，分別為mcmfp5_1、mcmfp5_2和mcmfp5_3。

5.權利要求1所述的厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)或權利要求2~4任一項所述snp標記引物對在厚殼貽貝的群體遺傳分析和/或種質資源鑒定中的應用。

6.一種檢測厚殼貽貝snp多態(tài)性的方法，其特征在于，包括以下步驟：以厚殼貽貝的基因組dna為模板，利用針對權利要求1所述厚殼貽貝足絲粘附蛋白mfp5編碼區(qū)的基因序列分別設計得到的引物對或權利要求2~4任一項所述snp標記引物對配制建立pcr擴增體系，進行pcr擴增，對擴增產物進行基因分型，根據分型結果進行群體遺傳分析和/或種質資源鑒定。

7.根據權利要求6所述方法，其特征在于，所述模板包括厚殼貽貝鰓絲組織的基因組dna。

8.?根據權利要求6所述方法，其特征在于，所述pcr擴增的體系以25?μl計，包括：1~2?μl模板，共0.5?μl上游引物，共0.5?μl下游引物，0.5?μl?dntp，2.5?μl?10×pcr?buffer，0.2μl?taq?plus?dna聚合酶和余量的滅菌去離子水。

9.?根據權利要求6或8所述方法，其特征在于，所述pcr擴增的程序包括：95℃預變性5min；94℃變性30?s，?60℃退火30?s，72℃延伸40?s，循環(huán)35次；72℃再延伸10?min。

技術總結
本發(fā)明涉及厚殼貽貝足絲粘附蛋白基因Mfp5編碼區(qū)SNP標記及其應用，包括編號為McMfp5編碼區(qū)的基因序列，所述基因序列的核苷酸序列如SEQ?ID?No.1所示，基于以上序列設計SNP標記引物對，測序得到3個SNP標記，分別編號為McMfp5_1、McMfp5_2、和McMfp5_3，其引物序列依次如SEQ?ID?No.2和SEQ?ID?No.3所示。本發(fā)明針對所述McMfp5編碼區(qū)的基因序列設計的引物用于SNP標記分型，所述引物特異性強、擴增穩(wěn)定且多態(tài)性高，可用于厚殼貽貝群體遺傳多樣性分析、種質鑒定以及標記輔助選擇育種，為厚殼貽貝的遺傳育種提供了有力工具。

技術研發(fā)人員：盧霞,李一峰,胡光強,林悅彤,孔清,唐永政,婁方瑞,張澤斌,姜楠
受保護的技術使用者：煙臺大學
技術研發(fā)日：
技術公布日：2025/4/28