專利名稱：水稻產量基因gy6的克隆及其應用的制作方法
技術領域：
本發明涉及植物基因工程領域。具體涉及到一個位于水稻第6染色體短臂上控制谷粒產量的基因GY6的克隆與應用。
背景技術：
水稻谷粒產量是水稻生產最重要的目標，單株穗數、每穗實粒數和千粒重是水稻谷粒產量的三個主要構成因子。水稻產量及其構成因子是典型的數量性狀，由數量性狀基因(Quantitative trait Ioci7QTL)控制。隨著分子生物學的發展,近年來已有14個控制水稻產量相關性狀的QTL應用圖位克隆策略獲得克隆，分布于除第6、11和12染色體外的10個不同座位上，它們通過調控株型、穗形、每穗實粒數、每穗穎花數、粒重或灌漿速率控制產量。近等基因系(Near-isogenic line, NIL)是QTL精細定位和克隆中最常用的材料，其優點是只在目標區間存在差異，遺傳背景高度一致，使得群體只在單個QTL區間發生分離，極大地降低了遺傳背景差異對目標QTL作用的干擾和對目標性狀測定結果的影響，有效地提高了 QTL檢測的靈敏度和可靠性。長期以來，近等基因系的構建一般通過多代回交獲得，利用剩余雜合體(Residual heterozygote, RH)或剩余雜合系(Residualheterozygous line,RHL)發展近等基因系是ー種新的策略。所謂RH,指的是目標區間雜合而遺傳背景純合的單株，可從重組自交系群體中通過ー輪標記篩選獲得，它相當于ー對近等基因系雜交產生的Fl單株。應用RH自交產生的只在目標區間發生分離的群體，可以有效地實現QTL的精細定位和克隆。這種策略為分離和克隆新基因提供了一種新的途徑。

發明內容
本發明的目的是應用圖位克隆法從水稻中分離克隆一種控制谷粒產量的基因，并利用該基因提高水稻的谷粒生產能力。申請人將克隆的這個基因命名為GY6，所述片段如序列表SEQ ID No :1-6所示，或者基本相當于SEQ ID No : 1_6所示的高度同源核苷酸序列。具體地，本發明分離克隆的基因或等位基因的核苷酸序列及其氨基酸序列的信息如下—種控制水稻谷粒產量的基因GY6,它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:l所不。上述基因GY6的編碼序列如序列表SEQ ID No 2所不。上述基因GY6的氨基酸序列如序列表SEQ ID No 3所示。與此同時，申請人得到GY6的ー種等位基因，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID No:4所示。上述等位基因的編碼序列如序列表SEQ ID No:5所不。上述等位基因的氣基酸序列如序列表SEQ ID No:6所不。本發明通過以下技術方案實現從珍汕97/密陽46F7重組自交系中篩選獲得一個在第6染色體短臂上的、RM190-RM19784約7. 3Mb區域呈雜合而背景基本純合的剩余雜合體，自交產生分離群體，通過DNA分子標記分析，篩選獲得雜合區間更小且相互交疊的RH梯系材料。經連續4次自交構建群體和基因型篩選，最終獲得僅在13. 7kb區間呈分離的近等基因系。近等基因系群體產量性狀鑒定結果顯示，該基因對每穗實粒數、千粒重和單株產量均具顯著作用，來源于珍汕97的等位基因提高每穗實粒數、千粒重和單株產量(見本發明下述的表2)。該區間僅含一個候選基因，將之命名為GY6。序列分析表明，珍汕97和密陽46等位基因的基因組DNA分別長為6842bp和4716bp，編碼序列長度均為537bp，編碼ー個由178個氨基酸組成的含 PEBP結構域的蛋白。與珍汕97等位基因相比，密陽46等位基因在編碼區共存在11處單核苷酸多態，導致了 6處氨基酸的置換。將GY6 (ZS97)等位基因轉入中花11中，其T2代產量性狀鑒定結果顯示，該基因對每穗實粒數、千粒重和單株產量均具顯著作用，轉入GY6 (ZS97)可提高每穗實粒數、千粒重和單株產量(見本發明下述的表3)。本發明的優點在于本發明在水稻中克隆了ー個對粒數、粒重和谷粒產量具有較大正調控效應的基因GY6，為水稻等禾谷類作物的高產育種提供了新的基因資源。


序列表SEQ ID No 1顯示的是本發明分離克隆的來源于珍汕97的GY6等位基因的核苷酸序列。序列表SEQ ID No 2顯示的是本發明分離克隆的來源于珍汕97的GY6等位基因的編碼序列。序列表SEQ ID No 3顯示的是本發明分離克隆的來源于珍汕97的GY6蛋白的氨
基酸序列。序列表SEQ ID No 4顯示的是本發明分離克隆的來源于密陽46的GY6等位基因的核苷酸序列。序列表SEQ ID No 5顯示的是本發明分離克隆的來源于密陽46的GY6等位基因的編碼序列。序列表SEQ ID No 6顯示的是本發明分離克隆的來源于密陽46的GY6蛋白的氨
基酸序列。圖I為近等基因系單株和主穗在灌漿期的表現。圖I左側圖片中的左邊為攜帶珍汕97GY6等位基因的NIL-GY6 (ZS97)單株，右邊為攜帶密陽46GY6等位基因的NIL-GY6(MY46)單株；圖I右側圖片中的左邊為NIL-GY6 (ZS97)主穗，右邊為 NIL-GY6 (MY46)主穗。圖2為本發明的轉基因所用的表達載體圖譜。圖3為本發明的轉基因單株和主穗在灌漿后期的表現。圖3左側圖片中的左邊為中花11陰性單株，右邊為轉GY6(ZS97)陽性單株；圖3右側圖片中的左邊為成熟時期的中花11陰性單株主穗，右邊為轉GY6(ZS97)陽性單株主穗。
具體實施例方式以下結合實施例來進ー步解釋本發明，但實施例并不對本發明做任何形式的限定。下述實施例中的實驗方法，如無特殊說明，均為常規方法。下述實施例中所用的實驗材料，如無特殊說明，均為常規生化試劑商店購買得到。實施例1GY6的圖位克隆I. NIL 構建根據珍汕97/密陽46衍生群體產量性狀的初定位結果，從F7株系中選擇到ー個剩余雜合體，該單株在第6染色體短臂上的RM190-RM19784約7. 3Mb區域呈雜合，在其他區域基本呈純合。利用該單株自交，獲得由221個株系組成的F8:9群體。應用位于RM190和RM19784之間的22個SSR(簡單序列重復)標記進行基因型檢測，從23個F8家系的332個F9單株中篩選獲得14個在RM4923-RM6119區域的部分區間呈雜合且相互交疊的RH梯系材料；分別自交獲得14套Fltl群體，從其中ー套含288個體的群體中篩選獲得I個在 RM3414-RM19417區間約97. Ikb呈雜合的單株，自交后形成由200個個體組成的F11群體；從中選取I個雜合單株自交形成了由680個單株組成的F12群體，應用3個SSR標記和新發展的4個InDel (插入缺失)標記，從后代中挑選出I個在RM19410-RM19417區間約64. 2kb呈雜合的單株，自交后形成由288個個體組成的F13群體；應用包含新發展的2個在內的6個InDel標記進行篩選，挑選到I個僅在Si2925和Si2927_4/5之間、只包含一個預測基因的約I. 7kb區間呈雜合的單株，從其自交群體中挑選出30個母本純合型和30個父本純合型的株系，構建了只在第6染色體短臂Si2925和Si2927-4/5區間呈分離的NIL群體。2. DNA微量提取(I)剪取水稻幼苗葉片2 3cm，剪成O. 5cm長的碎片，放入2. OmL離心管中。(2)加入450ul DNA提取液和ー顆鋼珠，應用組織研磨儀進行研磨。(3)加入450ul氯仿萃取液，蓋緊蓋子，上下顛倒混勻。(4) 11, OOOrpm離心2分鐘至清晰分相。吸取上清液400ul,轉入新的I. 5ml離心
管中，棄槍頭。(5)加入800ul預冷的無水こ醇，蓋緊蓋子，上下顛倒混勻。-20°C放置30分鐘。(6) 11，OOOrpm離心3分鐘至沉淀附于離心管底部，棄上清液。(7)用70%こ醇洗滌沉淀2遍，將I. 5ml離心管倒置于紙上，自然干燥。(8)加入50ul的1/10XTE緩沖液溶解沉淀。(9)取 I μ I 進行 PCR 擴增。3.分子標記開發本發明所用到的SSR標記信息來自于Gramene網站(www. gramene. org)。此外，根據珍汕97和密陽46在第6染色體短臂RM19410-RM19417區間的基因組片段測序結果，挑選具有InDel差異、PCR產物長度大約在100-500bp的片段進行分子標記開發，引物設計軟件為Oligo 7. O (Lasergene公司)。應用設計的引物對珍汕97和密陽46檢測，檢查擴增效果和多態性，最終選用6個在珍汕97和密陽46之間呈多態的InDel標記(表I)。4. PCR 擴增反應體系如下335mMTris-HCL, pH 8. 8 ；80mM(NH4)2SO4 ；0. 9mM MgCl ；0. 05 %TWEEN-20 ；0. 2mM dNTPs ；3. 3ng/μ I 正向引物；3. 3ng/μ I 反向引物；O. 5 單位 TaqDNA 聚合酶/10 μ I ;1μ L DNA/10 μ I。
擴增條件如下94°C 2分鐘；94°C 45秒，55°C 45秒，72°C I分鐘，30循環；
權利要求
1.ー種控制水稻谷粒產量的基因GY6，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO :1所示。
2.如權利要求I所述的基因GY6，它的編碼序列如序列表SEQID NO :2所示。
3.如權利要求I所述的基因GY6，它的編碼氨基酸序列如序列表SEQID NO :3所示。
4.如權利要求I所述的基因GY6的等位基因，它的核苷酸序列如序列表SEQID NO 4所示。
5.如權利要求4所述的等位基因，它的編碼序列如序列表SEQID N0:5所示。
6.如權利要求4所述的等位基因，它的編碼氨基酸序列如序列表SEQID N0:6所示。
7.權利要求I或2或3所述的基因在作物遺傳改良中的應用。
全文摘要
本發明屬于植物基因工程領域，公開了分離克隆的控制水稻谷粒產量的基因GY6及其等位基因的核苷酸序列。所述序列如SEQ ID NO1(珍汕97)和SEQ ID NO4(密陽46)所示，包含4個外顯子；其編碼序列如SEQ ID NO2和SEQ ID NO5所示，其氨基酸序列如SEQ ID NO3和SEQ ID NO6所示。兩者在在編碼區共存在11處單核苷酸多態，導致6個氨基酸變化。利用轉基因技術獲得了轉GY6基因的水稻植株，轉基因陽性植株表現出實粒數增加、千粒重提高、產量增加的特點。
文檔編號C12N15/29GK102643829SQ20121004730
公開日2012年8月22日 申請日期2012年2月28日 優先權日2011年11月25日
發明者付亞萍, 劉文真, 莊杰云, 朱玉君, 樊葉楊, 程式華, 黃得潤 申請人:中國水稻研究所