1.一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,包括以下步驟:
2.根據權利要求1所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,在步驟s1中,使用m×n的關聯網絡來表示lncrna-disease的關聯信息,其中,m表示lncrna的數量,n表示disease的數量;
3.根據權利要求2所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,lncrna序列相似性lsseq的計算過程中,使用smith-waterman序列比對算法來評估lncrna之間的序列相似性;計算序列相似性的公式如下:
4.根據權利要求3所述的基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,lncrna功能相似性lsfunc的計算過程中,采用公式表示為:
5.根據權利要求4所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,lncrna高斯相互作用譜核相似性lsgipk的計算過程中,lncrna之間的gipk核相似性計算公式如下:
6.根據權利要求5所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,疾病語義相似性dssem的計算過程中,使用疾病本體do來衡量相關疾病之間的語義相似性,表示為有向無環圖,通過利用do中疾病的層次結構,基于有向無環圖計算語義相似性,計算公式表示為:
7.根據權利要求6所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,疾病高斯相互作用譜核相似性dsgipk的計算過程中,計算公式表示為:
8.根據權利要求7所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,在步驟s2中,transformer特征提取器包括三層編碼層,在其中一個編碼層的第h個注意頭中,包含三個線性變換矩陣:query矩陣、key矩陣和value矩陣,具體的線性變換為:
9.根據權利要求8所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,在步驟s3中,graphsage特征提取器包括三層graphsage計算層組成,通過鄰居采樣和聚合機制實現特征提取;其中,對于每個lncrna和疾病節點,隨機采樣其鄰居節點集合,并計算其特征的均值,表示為:
10.根據權利要求9所述的一種基于kan網絡的lncrna-疾病關聯預測方法,其特征在于,在融合全局序列化特征和拓撲結構特征得到綜合的lncrna-disease關聯對特征信息的步驟中,其融合方式表示為: